가. 주식회사 OOO씨(합병 후 상호를 OOO주식회사로 변경, 이하 “청구법인”이라 한다)는 자회사(지분 100%)인OOO주식회사(이하 “피합병법인”이라 한다)를 2009.7.31.흡수합병하고 구 「법인세법」제45조(합병에 따른 이월결손금의 승계)에 따라 아래 <표>와 같이 피합병법인의 이월결손금 OOO원 중 OOO원을 공제받았다.

OOO

나. 합병 계약시 청구법인은 피합병법인의 전체 주식에 대하여 합병법인의 보통주식 1주(액면 OOO원)의 신주를 배정하였으며 합병법인과 피합병법인은 합병등기일 현재 1년 이상 사업을 영위하고 있으며, 합병법인이 승계한 사업을 합병등기일이 속하는 사업연도 종료일까지 계속 영위하였다.

다. 처분청은 청구법인이 발행한 자기주식 1주(피합병법인의 주주 등이 합병병인으로부터 받은 주식)가 구 「법인세법」제45조 제2항 제3호에 의한 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10이상에 해당하지 않아 이월결손금 승계요건을 충족하지 않는 것으로 보아합병 후 공제받은 피합병법인의 이월결손금을 모두 부인하여 2013.5.16. 청구법인에게 법인세 2009사업연도 OOO원을 경정·고지하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2013.8.5. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청에서 제시한 ‘1차 제출서류와 2차 제출서류의 차이’ 비교표는 회계법인의 업무절차를 오해한 데서 비롯된 것이다. 통상 회계법인에서 외부감사를 위해 피감사회사를 방문하는 경우 3명이 한 팀으로 구성된다. 당시 피합병법인에 대한 외부감사를 수행한 회계사 역시 3명으로 구성 되어 있었다. 회사의 직원이 보관하고 있던 조서는 중간감사(연말 감사 전에 예비적으로 수행하는 감사)시 현장 책임자가 아닌 실무 회계사에 의해 작성된 것으로서 본건합병 거래를 완전히 이해하고 있지 못한 사람에 의해 작성되었던 것이며 추후 연말감사시 현장책임자의 감독하에 전체적인 본건합병에 대한 세무검토가 이루어졌던 것이다.

OOO

본건합병 당시 피합병법인은 무역오퍼업을 영위하던 회사로서 회사의 대차대조표상 공정가액으로 평가할 만한 자산이 없었으며 따라서 본건합병은 당연히 장부가액으로 승계가 이루어졌다. 합병의 대가로 합병법인 주식 1주(사실상의 무증자 합병)를 발행하였으므로 상기 두 번째 요건도 검토할 의미가 없었다. 세번째 요건은 현재 본 심판청구에서 다투고 있는 상황이다. 한편 상기 두번째 문서(기말감사조서)는 2012.8.25.에 제출된 것이 아니라 청구법인 회계팀 직원이 처분청에 1차 서류를 제출한 바로 다음날인 2012.4.26.에 이메일로 처분청에 제출되었다.

주식평가서의 작성 시기에 대하여 보면, 2012년 7월경 본건합병이 일어나던 당시 감사팀이 아닌 다른 팀의 회계사에 의해 작성된 것이다. 회계법인은 내부업무규정 등에 따라 감사를 담당하는 법인에 대한 기타 용역(주식 평가 및 M&A 거래 등)은 해당 감사팀원이 아닌 자에 의해 이루어지는 것이 일반적이다.

합병비율산정에 대하여 보면, 본건합병과 같은 무증자합병의 경우, 합병의 대가로서 존속회사가 합병신주를 발행하여 소멸회사의 주주에게 교부할 필요가 없기 때문에 합병비율(즉, 합병법인 주식과 피합병법인 주식의 교환비율)이라는 개념 자체가 성립할 수 없다. 또한, 처분청에서 인용한 신예규의 질의 대상이 된 합병은 상장법인과 비상장법인 간의 합병인데, 상장법인이 비상장법인과 합병하는 경우에 있어 비상장법인의 가치를 실제보다 높게 산정한다면 상장법인의 주식을 보유한 투자자들에게 손실이 발생하게 되므로, 투자자를 보호하기 위해 합병비율이 객관적이고 공정하게 결정되도록 법적으로 규제할 필요가 있으므로, 이를 위하여「자본시장법」은 상장법인이 비상장법인과 합병하는 경우에 대한 합병가액(즉, 합병법인과 피합병법인의 기업가치)의 산정방법을 구체적으로 규정하고 있으며, 이와 같이 산정된 합병가액에 따라서만 합병비율을 산정하도록 함으로써, 합병 당사자들이 자의적으로 합병비율을 결정하는 것을 방지하고 있다.( 「자본시장법」 제165조의4, 동법 시행령 제176조의5 제2항)

이처럼, 상장법인과 비상장법인 간의 합병에 있어서는, 법에서 정한 방법에 의하여 합병비율을 산정하는 것이 강제되는 바, 실제로는 주식을 교부할 필요가 없는 무증자합병의 경우에도 ‘합병비율’ 자체는 존재하게 되며, 그 정당성에 대하여도 이의를 제기할 수 없다. 그러나 본건합병과 같은 비상장법인 간의 합병은 그 합병으로 인하여 영향을 받는 이해관계자의 수가 많지 않아 투자자를 보호하기 위한 별도의 제도적 장치를 두고 있지 않기 때문에, 사적자치의 원칙에 의거, 당사자 간의 합의에 따라 합병비율을 결정하게 되며, 합병비율을 산정하는 방법 또한 당사자들이 자유롭게 선택할 수 있다.

피합병법인의 실질 가치에 대하여 보면, 본건합병 당시 평가한 합병당사법인의 주식가치에 따르면 합병법인의 주식가치는 약 OOO원이고 피합병법인의 주식가치는 약 OOO원이어서 10% 이상 주식교부 요건을 충족하는 것으로 나타나고 있다. 이 같은 평가결과는 합병 당시 피합병법인이 일시적인 사업상의 어려움으로 순자산이 결손 상태이긴 하였으나, 미래의 예상현금흐름(즉, 미래의 예상이익)을 기준으로 가치를 평가하였을 때에는 어느 정도의 기업가치를 가지고 있었다는 것을 뜻한다. 또한 합병 이후 합병법인은 피합병법인으로부터 승계한 결손금의 대부분을 공제하여 사용할 수 있었고, 이는 곧 피합병법인으로부터 승계한 사업에서 이익이 발생하였다는 것을 의미하므로, 위 주식 평가는 결과적으로 타당한 것이다.

또한 현금흐름할인법에 의한 평가결과는 미래의 예상현금흐름을 일정한 이자율로 할인하여 계산된 결과로서, 상표권 등 무형의 가치는 반영하고 있는 것이 아니므로, 앞서 언급하였던 합병 당시 피합병법인의 브랜드가치까지 감안하는 경우, 피합병법인의 합병가액은 위 현금흐름할인법에 의한 평가결과 이상이 될 수 있다. 이러한 사실들을 종합하여 볼 때, 본건합병에 있어 피합병법인의 순자산가치가 결손이었다는 사실에만 주목하여, 본건합병이 10% 이상 주식교부 요건을 충족하지 못하였다고 본 처분청의 입장은 합리성이 결여된 것이다. 따라서, 청구법인이 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금은 법인세법상의 승계요건을 충족하므로 처분청의 청구법인에 대한 2009～2011사업연도 법인세 부과처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 합병시 발행 주식의 10% 미만을 교부하여 구 「법인세법」제45조 제2항 제3호에서 규정한 합병에 따른 이월결손금 승계요건을 충족하지 못하였다. 청구법인의 합병시 주식발행 총수를 보면 OOO주(액면금액 OOO원)인데도 자기주식 1주(액면금액 OOO원)만을 교부한 것이 합병계약서에 의해 확인되고 이는 합병에 따른 이월결손금의 승계 요건인 구 「법인세법」제45조 제2항 제3호 “피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10이상일 것”에해당하지 않아 이월결손금 승계의 법률 요건을 충족하지 못하였다.

청구법인의 주장대로 합병신주를 발행하지 않은 것으로 보아도 출자총액의 10%이상이 되지 않아 역시 요건을 충족하지 못하였다. 청구법인이 자기주식 1주를 교부한 사유는 합병등기의 편의목적이며 실질적으로 주식을 교부하지 않은 경우에 해당하는 것으로 완전모회사가 자회사의 합병시 합병신주가 발행되지 아니한 경우에도 합병신주를 발행한 것(법인세제과-440, 2006.6.15.)으로 보아야 하고 당시 피합병법인의 평가액은 OOO원으로 출자총액의 10%를 초과한다고 주장하고 있으나,

① 청구법인이 제출한 주식평가내역서는 정당한 평가보고서로 볼 수 없다. 먼저 청구법인이 처분청에 제출한 서류내용을 보면, 아래 <표>와 같이 1차로 청구법인은 합병 후 중간감사시 감사를 담당한 회계사가 ‘10%이상 주식을 교부하지 못하여 이월결손금 승계할 수 없음’으로 작성한 검토조서를 제출(1차 제출서류)하였다가, 중간 감사를 담당하던 회계사, 세무조정 담당 회계사의 퇴사로 최종 의견(이월결손금 승계 적정)이 아닌 중간 감사 의견(이월결손금 승계 부적정)이 전달되었다며, 2차로 합병 편의상 회계사가 임의로 계산하고 내부적으로 보관하고 있는 주식평가서를 이건 심판청구를 위임받은 회계사의 확인서(회계사 직인 날인) 형식으로 제출(2차 제출서류)하고 있어 주식 평가서를 신뢰할 수 없다.

OOO

또한 회계법인이 일반적으로 수임계약에 의하여 이루어지는 주식평가서(이하 “회계법인 평가서”라 한다)와 회계사가 제출한 주식평가서(2차 제출서류로서 이하 “회계사 평가서”라 한다)를 비교해 보면, 아래 <표>에서 보는 바와 같이, 청구법인이 제출한 회계사 평가서에는 회계법인의 평가서와 다르게 형식면에서 회계법인의 직인이나 평가일, 평가방법의 설명이 나타나 있지 않아 언제·누가 작성하였는지를 확인 할 수 없고(회계사의 확인서에서도 정확한 작성날짜가 없음), 내용면에서도 재무추정이나 추정현금흐름, 추정재무제표 등이 나타나 있지 않아 회계법인의 일반적인 평가서와는 다른 평가 방법(주식가치 산정시 부채를 차감하지 않음)을 사용하고 있어 회계법인의 정식보고서로 볼 수 없다. 따라서 공인회계사법에 의한 회계법인에서 평가하지 않았음이 확인되므로 형식적으로나 실질적으로 법규에 맞는 정당한 주식평가서로 볼 수 없다.

OOO

② 피합병법인의 주식가치를 상증법으로 평가한 결과, 자본잠식으로 주식평가액이 “0”이 되어 발행 발행주식총수 또는 출자총액의 10%에 미달한다. 구 「상속세 및 증여세법」제56조에서 법인의 일시우발적 사건으로 비상장주식의 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 산정한 가액이 불합리할 경우 기획재정부령이 정하는 신용평가전문기관 또는 공인회계사법에 의한 회계법인에서 1주당 추정이익의 평균가액을 산정할 수 있도록 규정하고 있지만, 청구법인이 제출한 회계사 평가서가 정당한 주식평가서가 아니므로 구 「상속세 및 증여세법」제56조에 따라 평가하여야 하는 것이고, 동법에 의해평가하면 1주당 평가액은 청구법인은 OOO원, 피합병법인은 0원이다.따라서 청구법인과 피합병법인의 합병가액(주식가치) 비율이 1:0이므로 “합병가액 비율이 1:0으로 계산된 경우에는 합병으로 인하여 합병신주를 발행한 것으로 간주할 주식수가 없어 이월결손금 승계요건을 충족하지 못한 것에 해당”(법인세과-796, 2010.8.25 참조.)되므로 합병에 따른 이월결손금의 승계 요건을 충족하지 못한 것으로 보아 과세한 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

피합병법인에게 합병법인의 주식 1주(액면가액 OOO원)를 발행한 것에 대하여 발행주식 총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상에 해당하지 않아 이월결손금 승계요건을 충족하지 않는다고 보아 피합병법인의 이월결손금을 부인하여 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관계법령

(1) 구 법인세법

제44조【합병평가차익상당액의 손금산입】① 다음 각호의 요건을 갖춘 합병으로서 합병법인이 피합병법인의 자산을 평가하여 승계하는 경우 그 승계한 자산(대통령령이 정하는 자산에 한한다)의 가액 중 당해 자산에 대한 합병평가차익에 상당하는 금액은 대통령령이 정하는 바에 따라 합병등기일이 속하는 사업년도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입할 수 있다.

1. 합병등기일 현재 1년 이상 계속하여 사업을 영위하던 내국법인간의 합병일 것

2. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 합병대가를 받은 경우에는 동합병대가의 총합계액중 주식등의 가액이 100분의 95이상일 것

3. 합병법인이 합병등기일이 속하는 사업년도의 종료일까지 피합병법인으로 부터 승계 받은 사업을 계속 영위할 것

제45조【합병에 따른 이월결손금의 승계】② 다음 각 호의 요건을 갖춘 합병의 경우 합병등기일 현재 피합병법인의 제13조제1호의 결손금은 합병법인의 결손금으로 보아 피합병법인으로 부터 승계받은 사업에서 발생한 소득금액의 범위에서 대통령령으로 정하는 바에 따라 합병법인의 각 사업연도의 과세표준을 계산할 때 공제한다.

1. 제44조제1항 각 호에 해당할 것

2. 합병법인이 피합병법인의 자산을 장부가액으로 승계할 것

3. 피합병법인의 주주등이 합병법인으로부터 받은 주식등이 합병법인의합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10 이상일 것

(2) 구 상속세 및 증여세법 시행령

제56조【1주당 최근 3년간의 순손익액의 계산방법】① 제54조 제1항의 규정에 의한 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액은 제1호의 가액으로 하되, 당해 법인이 일시우발적 사건에 의하여 최근 3년간의 순손익액이 비정상적으로 증가하는 등의 사유로 제1호의 가액에 의하는 것이 불합리한 것으로 기획재정부령이 정하는 경우에는 제2호의 가액으로 할 수 있다. 이 경우 그 가액이 0원 이하인 경우에는 0원으로 한다.

2. 기획재정부령이 정하는 신용평가전문기관 또는 「공인회계사법」에 의한 회계법인 중 2이상의 신용평가전문기관 또는 회계법인이 기획재정부령이 정하는 기준에 따라 산출한 1주당 추정이익의 평균가액(법 제67조 및 법 제68조의 규정에 의한 상속세과세표준신고 및 증여세과세표준신고의 기한내에 신고한 경우로서 1주당 추정이익의 산정기준일과 평가서 작성일이 과세표준신고기한내에 속하고, 산정기준일과 상속개시일 또는 증여일이 동일연도에 속하는 경우에 한한다)

다. 사실관계 및 판단

(1) 서울지방국세청장의 검토 보고서(2013년 3월)에는 “구 「법인세법」제45조 제2항에 의거 합병요건을 충족하지 못하여 피합병법인의 이월결손금 승계가 적정하지 않으므로 이월결손금 부당공제에 대하여 경정하고자 한다”고 기재되어 있다.

(2) 청구법인은 피합병법인으로부터 승계 받은 이월결손금은 법인세법상의 승계요건을 충족한다고 주장하면서, 주식평가내역서(합병법인의 주식가치는 약 OOO원이고 피합병법인의 주식가치는 약 OOO원이어서 10% 이상 주식교부 요건을 충족하는 것으로 되어 있다), 기획재정부 예규(법인세제과-440, 2006.6.15., 재법인46012-67, 2001.3.24.) 등을 제시하고 있다.

(3) 살피건대, 청구법인은 청구법인이 피합병법인으로부터 승계받은이월결손금은「법인세법」상의 승계요건을 충족하였다고 주장하나, 청구법인의 합병시 주식발행 총수를 보면 OOO인데도 자기주식 1주(액면금액 OOO원)만을 교부하였고, 이는 합병에 따른 이월결손금의 승계 요건인 구 「법인세법」제45조 제2항 제3호 “피합병법인의 주주 등이 합병법인으로부터 받은 주식 등이 합병법인의 합병등기일 현재 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 10이상일 것”에 해당하지 않아 이월결손금 승계의 법률 요건을 충족하지 못한 것으로 보이는 점, 청구법인의 주장대로 합병신주를 발행하지 않은 것으로 보더라도, 청구법인은 1차로 합병 후 중간감사시 감사를 담당한 회계사가 ‘10%이상 주식을 교부하지 못하여 이월결손금 승계할 수 없음’으로 작성한 검토조서를 제출(1차 제출서류)하였다가, 2차로 합병 편의상 회계사가 임의로 계산하고 내부적으로 보관하고 있는 주식평가서를 이건 심판청구를 위임받은 회계사의 확인서(회계사 직인 날인) 형식으로 제출(2차 제출서류)하고 있어 주식 평가서를 신뢰하기 어려워 보이는 점, 또한 회계법인이 일반적인 수임계약에 의하여 작성한 주식평가서와 회계사가 제출한 주식평가서를 비교하면, 청구법인이 제출한 회계사 평가서에는 회계법인 평가서와 다르게 형식면에서 회계법인직인이나 평가일, 평가방법 설명이 나타나 있지 않아 언제·누가 작성하였는지를 확인할 수 없고, 내용면에서도 재무추정이나 추정현금흐름, 추정재무제표 등이 나타나 있지 않아 회계법인의 일반적인 평가서와는 다른 평가 방법(주식가치 산정시 부채를 차감하지 않음)을 사용하고 있어 회계법인의 정식보고서로 보기 어려운 점, 구 「상속세 및 증여세법」제56조에서 법인의 일시우발적 사건으로 비상장주식의 1주당 최근 3년간의 순손익액의 가중평균액으로 산정한 가액이 불합리할 경우 기획재정부령이 정하는 신용평가전문기관 또는「공인회계사법」에 의한 회계법인에서 1주당 추정이익의 평균가액을 산정할 수 있도록 규정하고 있지만, 청구법인이 제출한 회계사 평가서가 정당한 주식평가서로 보기 어려워 구 「상속세 및 증여세법」제56조에 따라 평가하여야 할 것으로 보이고, 처분청이 동법에 의해 평가한 1주당 평가액은 청구법인이 OOO원, 피합병법인 0원으로 나타나는 점(합병가액 비율이 1:0) 등을 종합하면, 청구법인과 피합병법인 간의 합병은 이월결손금의 승계 요건을 충족하지 못한 것으로 보이므로 청구법인이 공제한 피합병법인의 이월결손금을 처분청이부인하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.