가. 청구인은 1991.1.3. 개업하여 ‘의약품 도매업’을 영위하고 있는 법인으로 주식회사 동아제약(이하 “동아제약”이라 한다)으로부터 전문 및 일반의약품 이외에 박카스를 구입하여 판매하고 있다.

나. 처분청은 서울지방국세청장(이하 “조사관서”라 한다)이 동아제약에 대하여 세무조사를 실시하는 과정에서 청구인이 2004년 제1기부터 2005년 제2기까지의 부가가치세 과세기간에 동아제약으로부터 박카스 매입과 관련하여 공급가액 2,289,753,000원(2004년 1,919,940,000원, 2005년 369,813,000원이며, 이하 “쟁점매입액”이라 한다)의 가공매입세금계산서를 교부받은 사실을 확인하여 과세자료로 통보함에 따라, 쟁점매입액과 관련된 매입세액 공제를 부인하고, 쟁점매입액을 법인소득금액 계산상 손금불산입하여 2008.3.10. 청구인에게 부가가치세 2004년 제1기분 161,251,780원, 2004년 제2기분 139,866,950원, 2005년 제1기분 41,058,610원, 2005년 제2기분 13,343,460원과 법인세 2004사업연도 786,188,500원, 2005사업연도 130,085,690원을 경정고지하고, 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 2,518,728,300원(2004년 2,111,934,000원, 2005년 406,794,300원)을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 청구인에게 소득금액변동통지서를 발송하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2008.4.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 2004～2005사업연도에 주주총회 및 이사회의 의결을 거쳐 영업사원들에게 영업성과에 따라 24억1,300만원(2004년 20억9,140만원, 2005년 3억2,160만원이며, 이하 “쟁점금액”이라 한다)의 판촉수당을 지급하였으나, 다음과 같은 이유로 손금에 산입하지 아니하였으므로 이를 청구인의 소득금액 계산상 손금으로 인정하여야 한다.

첫째, 청구인이 쟁점금액을 장부에 기장하지 아니하고 현금으로 지급한 것은 대기업인 동아제약의 요구를 거절하기 어려워 쟁점매입액에 대한 가공세금계산서를 교부받아 외형상 지출증빙으로 처리한 상황에서 추가로 판촉수당 지출내역을 금융증빙으로 나타낼 수 없어 약국에서 수금한 현금을 재원으로 지급하게 된 현실적인 이유와 0.5% 수준의 당기순이익을 얻는 어려운 영업환경하에서 이를 인건비로 처리할 경우 추가로 부담하게 될 4대 공공보험료를 줄이고자 하는 의도에서 비롯된 것이다.

둘째, 청구인은 위 판촉수당의 지급과 관련된 자료를 컴퓨터 자료의 형태로 사실대로 정확하게 유지·관리하여 왔고, 청구인이 쟁점금액을 판촉수당으로 지급한 사실은 청구인이 보관하고 있던 주주총회의사록과 이사회의사록, 대표이사가 매월 결재한 판촉수당지급품의서, 컴퓨터로 작성·보관해 온 판촉수당계산내역과 지급내역 및 판촉수당을 지급받은 영업사원들이 인감증명서를 첨부하여 제출한 확인서 등에 의하여 확인된다.

셋째, 청구인이 판촉수당지급품의서를 편의상 월 1회 작성하고 현금 수급상황에 따라 2회에 걸쳐 지급하는 것은 중소기업에서는 종종 있는 일이고, 보안유지가 필요한 판촉수당의 관리는 신뢰할 수 있는 임직원에게 맡겨야 하므로 담당자나 과장의 결재없이 영업관리부장이 직접 작성하여 사장의 결재를 받았던 것이며, 매출액의 0.5%를 판촉수당으로 지급하는 종합병원 대상 판촉사원이 1명에 불과한 것은 청구인이 2004～2005사업연도에 판촉경쟁이 치열하지만 쉽게 거래처를 이동하는 약국 중심으로 영업을 하였기 때문이고, 판촉수당 산정의 근거가 되는 2004년도 매출액과 청구인이 신고한 2004년도 매출액이 차이가 나는 이유는 부가가치세와 매출에누리의 차이에서 비롯된 것이다.

넷째, 조사관서는 2006.8.16.부터 2006.11.16.까지 청구인과 청구인의 관계회사인 주식회사 유니온팜의 2003～2005사업연도 법인 자금흐름 및 청구인의 대표이사 안병광과 그 일가족의 금융거래내역에 대하여 조사하고, 안병광이나 그 일가족이 청구인의 자금을 개인적으로 부당하게 인출한 사실은 없다고 확인하였는 바, 만약 24억여원이나 되는 쟁점금액이 청구인의 대표이사에게 귀속된 것이 사실이라면 그 중 일부라도 확인되었을 것이다.

나. 처분청 의견

쟁점금액은 다음과 같은 이유로 청구인의 영업사원들에게 실제로 지급되었는지 여부를 확인하기 어려우므로 청구인의 손금으로 인정하기 어렵다.

첫째, 청구인은 금융증빙 등 객관적인 증빙없이 판촉수당 지급시 영업사원들이 매출처로부터 수금한 현금을 보관하였다가 매월 2회로 나누어 현금으로 지급하였다고 주장하나, 거액의 현금을 사내에 보관하였다가 지급하였다는 것은 사회 통념상 수긍하기 어렵다.

둘째, 청구인이 제출한 판촉수당지급품의서를 보면 매월 2회로 나누어 지급하는 판촉수당을 매월초에 1회에 걸쳐 품의서를 작성하여 결재하였고, 동 품의서가 담당자나 과장의 결재없이 부장·이사·대표이사의 사인만으로 작성된 점으로 보아 정상적인 지급절차를 거치지 아니한 것으로 보인다.

셋째, 2004～2005사업연도에 판촉수당을 지급받은 35명의 영업사원 중 매출액의 0.5%를 수당으로 지급하는 종합병원 대상 판촉사원이 1명에 불과하고, 영업사원별로 구체적인 거래처별 매출자료를 제시하지 못하여 영업사원별로 기준에 적정하게 판촉비가 지급되었는지 여부를 확인하기 어렵다.

넷째, 청구인이 제출한 서류 중 2004년도 판촉수당 지급내역을 살펴보면, 판촉수당 계산의 근거가 되는 매출액이 844억2,200만원인데 비하여 청구인이 처분청에 신고한 2004년도 매출액은 765억4,300만원으로 상이하여 판촉수당이 적정하게 계산되었는지 여부를 확인하기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점금액이 영업사원들에게 판촉수당으로 실제 지급된 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련법령

(1) 국세기본법(2005.12.29. 법률 제7796호로 개정되기 전의 것) 제14조 【실질과세】 ① 과세의 대상이 되는 소득·수익·재산·행위 또는 거래의 귀속이 명의일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있는 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득·수익·재산·행위또는 거래의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 적용한다.

제16조 【근거과세】 ① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치·기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치·기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

(2) 법인세법(2005.12.31. 법률 제7838호로 개정되기 전의 것) 제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제66조 【결정 및 경정】 ② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

제67조 【소득처분】 제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여·배당·기타 사외유출·사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(3) 법인세법시행령(2005.12.31. 대통령령 제19255호로 개정되기 전의 것) 제19조 【손비의 범위】 법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

3. 인건비

제106조 【소득처분】 ① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주등인 임원 및 그와 동조제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 「조세특례제한법」 제46조제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주등인 임원중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다. (이하 생략)

(4) 소득세법(2005.12.31. 법률 제7837호로 개정되기 전의 것) 제20조 【근로소득】 ① 근로소득은 당해연도에 발생한 다음 각호의 소득으로 한다.

1. 갑 종

가. 근로의 제공으로 인하여 받는 봉급·급료·보수·세비·임금·상여·수당과 이와 유사한 성질의 급여

나. 법인의 주주총회·사원총회 또는 이에 준하는 의결기관의 결의에 의하여 상여로 받는 소득

다. 법인세법에 의하여 상여로 처분된 금액

다. 사실관계 및 판단

(1) 조사관서가 2006년 12월부터 2007년 4월까지 동아제약에 대하여 법인제세통합조사를 실시하고 작성한 조사복명서에 의하면, 동아제약은 2001～2005사업연도에 의약품인 박카스를 의약품 판매허가를 받지 않은 식품 유통업자(미등록사업자 포함)와 세금계산서 수취를 거부하는 소매약국 등에 무자료로 매출하고 같은 금액 상당의 매출세금계산서를 실제 매출거래가 없는 의약품 도매상에 교부하는 방법으로 167개 업체에 공급가액 842억9,100만원의 위장매출세금계산서를 교부하였다고 기재되어 있고, 기타의약품과 의약부외품의 매출거래명세표상 매출가액과 매출세금계산서상 공급가액을 거래처별로 대사한 결과 실제 매출처와 세금계산서 교부처가 다른 금액 174개 업체, 168억8,500만원이 확인되어 이와 관련된 세금계산서를 위장매출세금계산서로 보았다고 기재되어 있다.

(2) 위 세무조사 과정에서 조사관서는 2006.8.16.부터 2006.11.16.까지 청구인과 청구인의 관계회사인 주식회사 유니온팜(안병광이 대표이사 겸 지분 91.64%를 보유한 대주주이며, 이하 “유니온팜”이라 한다)의 2003～2005사업연도 법인 자금흐름 및 청구인의 대표이사 안병광과 그 일가족의 금융거래내역에 대하여 조사하고, 안병광이나 그 일가족이 청구인의 자금을 개인적으로 부당하게 인출한 사실은 없다고 확인하였으나, 동아제약이 박카스의 판매와 관련하여 청구인에게 실제 거래액보다 많은 금액의 세금계산서를 교부하였다고 조사하여 처분청에 과세자료로 통보하였으며, 이 건 세금계산서가 실물거래없이 수수되었다는 사실은 청구인도 이를 인정하고 있다.

(3) 청구인은 쟁점금액을 판촉수당으로 지급하게 된 경위와 관련하여 “청구인은 1991.1.3. ‘주식회사 유니온상사’라는 법인명으로 설립등기를 하였으나 사업실적이 거의 없어 사실상 휴면상태에 있다가 청구인의 대표이사 안병영이 경영하던 유니온팜이 2004.1.8. 사업장을 서울특별시 금천구 가산동 50-3번지에서 대전광역시 서구 둔산동 1322번지로 이전하여 대전지역을 중심으로 의약품 도매업을 수행하게 됨에 따라, 2003.12.18. 법인명을 주식회사 유니온약품으로 변경한 후, 2004.1.1.부터 본격적으로 의약품 도매업을 개시하였으며, 거래처 확보를 위하여 2004.1.5. 청구인의 주주총회에서 영업사원에게 강력한 동기를 부여하고자 매출액의 5% 범위내에서 판촉수당을 지급할 것을 결의하고, 주식회사 유니온팜에서 퇴사한 약 40여명의 영업부 직원을 신규로 채용하여 공격적인 영업을 한 결과 2004～2006사업연도 매출액은 급신장하였으나, 매출원가율이 95%에 이르러 당기순이익율은 0.47%에 불과하다”고 소명하면서 유니온팜의 이전 등과 관련된 자료를 제출하였는 바, 제출된 자료의 내용으로 보아 위 소명내용은 사실로 보이며, 청구인은 대표이사 안병광(66.89%)과 그의 처(6.62%) 및 자녀들이 지분 100%를 보유하고 있는 법인으로 청구인이 신고한 2004～2005사업연도 매출액 대비 매출원가 및 매출액 대비 인건비의 비중은 각각 아래 <표1>과 같이 확인된다.

<표1> 청구인이 신고한 매출액 대비 매출원가 및 인건비 비중

(4) 청구인은 쟁점금액이 판촉수당으로 실제로 지급되었음을 입증하기 위하여 주주총회의사록과 이사회의사록, 판촉수당지급품의서, 영업사원별 판촉수당계산내역 및 각 영업사원들의 사실확인서 등을 제출하였으므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인이 제출한 임시주주총회의사록(2004.1.5.)의 제3호 의안에는 ‘1.1.부터 의약품 유통업을 대대적으로 개시함에 따라 매출처 확보를 위한 경쟁이 심화될 것으로 예상되므로 영업난이도를 감안하여 영업사원별로 매출액의 5% 범위 이내에서 영업사원에 대한 판매촉진수당을 이사회에 위임하여 지급하기로 한다’는 취지의 결의내용이 기재되어 있고, 이에 근거한 이사회의사록(2004.1.5.)의 제2호 의안에는 ‘임시주주총회에서 위임한 영업사원에 대한 판매촉진수당은 영업의 난이도를 감안하여 직영약국의 경우 매출액의 4.5%를, 도매상 거래처의 경우 매출액의 4.0%를, 종합병원의 경우 매출액의 0.5%를 기준으로 산출한 금액을 다음 달에 2회로 나누어 지급하기로 한다’는 취지의 결의내용이 기재되어 있다.

(나) 판촉수당지급품의서는 매월별로 작성되었는 바, 영업사원별 매출액과 판촉수당 지급대상액, 실제지급액 및 미지급액이 기재되어 있고, 결재란에는 담당과 과장의 서명없이, 부장·이사·대표이사의 서명만 되어 있다.

(다) 판촉수당계산내역서에는 연도별 영업사원별로 지급액과 그 산정의 근거가 되는 매출액, 판촉수당 지급율 및 판촉수당액 등이 기재되어 있고, 판촉수당수불대장(세부명세)에는 각 영업사원별로 일자별 매출액, 지급율, 지급할 금액, 미지급액, 실제지급대상액, 지출액, 차감미지급액 등이 상세히 기재되어 있는 바, 그 내역은 다음과 같이 요약된다.

<표> 각 사업연도별, 영업사원별 판촉수당 계산내역

(라) 청구인이 제출한 영업사원 박부일외 29명의 사실확인서(이현웅외 4인은 사망 및 연락두절 등으로 사실확인서 미제출)에는 각 영업사원이 판촉수당지급명세서에 기재된 판촉수당을 실제로 지급받았다고 기재되어 있고 각 영업사원의 인감증명서가 첨부되어 있다.

(5) 청구인이 제출한 근로득세 원천징수영수증 등에 의하면, 청구인이 2004～2005사업연도에 근로소득세를 원천징수하여 납부한 청구인의 임직원은 총 59명(일용직을 포함한 평균 재직인원임)으로 1인당 평균 급여지급액은 2004년 2,153만원, 2005년 2,572만원 수준인 것으로 확인되고, 청구인은 이 중 약 40여명의 임직원이 영업 및 영업관리 업무에 종사하고 있다고 소명하고 있으며, 청구인이 소득세를 원천징수하여 납부한 인건비(급여대장 및 결산서상 인건비와 일치)에는 쟁점금액이 포함되어 있지 아니한 사실이 확인된다.

(6) 청구인은 이 건 판촉수당 산정의 근거가 되는 매출액(844억2,200만원)과 청구인이 당초 신고한 손익계산서상 매출액(765억4,300만원)이 차이가 나는 이유에 대하여 부가가치세와 매출에누리의 차이라고 소명하면서 상품매출계정원장과 판매장려금 원장 등을 제시하였는 바, 이 건 판촉수당의 산정의 근거가 되는 매출액은 부가가치세 등이 모두 포함된 금액이고, 청구인이 2004사업연도에 신고한 매출액은 부가가치세 76억7,500만원과 매출에누리 2억400만원 등이 제외된 금액인 것으로 확인된다.

(7) 청구인은 약국에서 수금한 현금을 전액 금고에 보관하였다가 지급한 것이 아니라 그 중 일부는 청구인의 통장에 입금하였다가 상대계정없이 현금으로 출금하여 지급한 것이라고 소명하면서 청구인의 통장 입출금내역을 제시하였는 바, 쟁점금액의 지급시기(매월 2회 지급)를 전후하여 청구인의 통장(하나은행 128-910003-37904계좌 및 조흥은행 562-01-007451계좌)에서 상대계정없이 쟁점금액과 유사한 액수의 현금이 인출된 것으로 나타난다.

(8) 한편, 우리 심판원에서 조사관서의 동아제약에 대한 세무조사 과정에서 동아제약으로부터 가공매입세금계산서를 교부받은 사실이 있고, 청구인과 동일한 업종(의약품 도매업)을 영위하면서 판촉수당을 동아제약으로부터 받은 가공매입세금계산서로 대체하여 비용처리하였다고 주장하는 사업자 중 가공매입세금계산서 수취금액에 가장 큰 사업자와 청구인의 관계회사인 유니온팜에 대하여 과세전 적부심사 결정내용을 확인한 바, 의약품 도매시장은 그 특성상 판매와 관련하여 많은 판촉비용이 발생하는 것이 현실이며, 당해 사업자들이 판촉수당 지급과 관련된 금융증빙은 제시하지 못하고 있지만, 판촉수당 지급사실이 판촉수당지급결의서 및 지급전표와 판촉수당을 지급받은 영업사원들의 확인서 등에 의하여 확인된다며 청구주장을 인용한 것으로 확인된다(부천세무서 납세자보호담당관-1384, 2008.4.7. 및 서대전세무서 남세자보호담당관-163, 2008.1.25. 참조)

(9) 이상의 내용을 종합하여 살피건대, 의약품 도매시장은 그 특성상 판매와 관련하여 많은 판촉비용이 발생하는 것이 현실인 것으로 보이고, 청구인이 판촉수당의 지급과 관련된 금융증빙은 제시하지 못하고 있지만, 쟁점금액 상당의 판촉수당을 지급한 내역이 대표이사가 매월 결재한 판촉수당지급품의서, 컴퓨터로 작성·보관해 온 판촉수당계산내역과 지급내역 및 판촉수당을 지급받은 영업사원들이 인감증명서를 첨부하여 제출한 확인서, 청구인의 계좌에서 판촉수당 지급시기에 판촉수당 지급액과 유사한 금액이 상대계정없이 인출된 사실 등에 의하여 확인되는 바, 청구인의 관계회사가 대전지역으로 사업장을 이전하면서 청구인이 수도권에서 의약품 도매업을 본격적으로 영위하기 위하여 관계회사에서 퇴직한 영업사원을 신규로 채용한 후, 영업사원들에게 강력한 동기를 부여하고자 주주총회에서 매출액의 5% 범위내에서 판촉수당을 지급할 것을 결의하고, 2004～2005사업연도에 쟁점금액 상당의 판촉수당을 지급하였으며, 부득이하게 판촉수당과 유사한 금액의 가공매입세금계산서를 수취하여 비용처리한 상태에서 이를 별도의 금융증빙으로 나타낼 수 없어 현금으로 지급처리하였다는 청구주장은 사실인 것으로 보인다.

따라서, 영업사원들에게 쟁점금액에 해당되는 근로소득세를 과세하는 것은 별론으로 하고, 쟁점금액은 청구인의 손금으로 인정하는 것이 타당하다고 판단된다.

5. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2008 년 12 월 31 일

주심조세심판관 이 영 우

배석조세심판관 이 광 호

이 전 오

박 요 찬