원고는 국내 조선사에 선박용 원격밸브조절장치(Valve Remote Control) 등 선박기자재를 제조, 공급하는 것을 주된 사업목적으로 2000. 6. 16. 설립된 외국인투자법인이다.

원고는 국내 조선회사에 선박건조를 발주하는 해외 선주들과 사이에 '해외 선주들이 국내 조선회사에 발주한 선박에 대하여 원고의 선박용 원격밸브조절장치 등을 사용하도록 지정하여 국내 조선회사에 납품되는 경우 해외 선주들에게 약정한 수수료를 지급하기로 하는 내용의 계약을 체결하였다

이하 '이 사건 수수료 계약'이라 한다

). 이는 해외 선주가 국내 조선회사에 대하여 오너옵션(owner option, 선박구매자와 조선회사가 선박건조에 관한 계약을 체결하면서 선박건조에 공급되는 부품에 대하여 어느 회사의 제품을 사용할 것인지를 선박구매자가 선택할 수 있는 권리 을 가지고 있음을 전제로 한 것이다.

원고는 이 사건 수수료 계약에 따라 국내 조선회사에 선박건조를 의뢰한 해외 선주들이 선박건조에 원고의 선박용 원격밸브조절장치 등을 사용하도록 지정해준 대가로 해외 선주들에게 2012 사업연도에 635,906,851원, 2013 사업연도 359,908,499원, 2014 사업연도 624,816,621원, 2015 사업연도 343,149,891원을 각 지급하였다.

피고는 원고에 대한 법인통합조사 결과, 원고가 2011년부터 2015년까지 이 사건 수수료 계약에 따라 해외 선주들에게 지급한 전체 수수료 금액 중 조세조약상 기타소득에 대한 대한민국의 과세권을 인정하는 국가 및 조세조약이 체결되지 아니한 국가의 해외 선주에게 지급된 2011 사업연도 828,641원, 2012 사업연도 129,499,156원, 2013 사업연도 83,947,908원, 2014 사업연도 12,894,000원, 2015 사업연도 82,066,962원 이하 '이 사건 수수료'라 한다

에 대하여...