2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용 중 3/10은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

가. 원고의 지위

원고는 1982. 2. 16. 설립되어 ○○○렛 매장을 운영하면서 의류 ・ 식품 ・ 시계 ・ 잡화의 제조판매업 그리고 부동산분양 및 임대업 등의 사업을 영위하는 회사이다.

나. 법인세 신고・납부

원고는 2001년, 2002년 및 2003년 각 사업연도 법인세를 신고 ・ 납부하면서 아래 [표1] '특정매입구매대금(원)'란 기재와 같이 '특정매입거래'방식으로 납품업자로부터 납품받은 제품을 판매하고 해당 납품업자에게 지급한 대금을 조세특례제한법(2004.12.31. 법률 제7322호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제7조의2 제1항에 따라 세액공제 대상으로 신고하였다.

(아래 표 생략)

다. 부가가치세 신고 ・ 납부

(1) 원고는 2003년경부터 정리회사 주식회사 △△아의 관리인 강AA로부터 주식회사 △△아(이하 '△△아'라고만 한다)의 발행주식을 매입하기 시작하여 2005. 12.말 현재 △△아 발행주식의 74.9%를 보유하게 되었다.

(2) 원고는 2003년 1기 , 2003년 2기 , 2004년 1기 및 2004년 2기 각 부가가치세를 신고 ・ 납부하면서, 아래 [표2] 기재와 같이 △△아의 경영권을 인수하는 과정에서 자문 용역을 받고 그 대가로 지급한 비용을 매입세액으로 하여 매출세액에서 공제하였다(원고가 지출한 자문용역비를 '이 사건 자문용역비'라 한다).

(아래 표 생략)

라. 증액경정처분

(1) 법인세 증액경정처분

(가) 피고는 2007. 1. 3. 다음과 같은 경정이유 즉, ㉮ 위 [표1] '특정매입구매대금 (원)'란 기재 각 금액은 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호에서 규정한 '구매대금'에 해당하지 아니하므로 위 [표1] '세액공제부인액(원)'란 기재 각 금액 상당은 세액공제대상에서 제외하여야 하는 점(2001년, 2002년 및 2003년 각 사업연도 법인세의 경우), ㉯ 특례기부금 부인의 점(2003년 사업연도 법인세의 경우) 등을 이유로 하여 아래 [표 3] 기재와 같이 2001년, 2002년 및 2003년 각 사업연도 법인세에 대한 증액경정처분을 하였다.

(아래 표 생략)

(나) 피고는 이후 원고에 대하여 2003년 사업연도 법인세를 2,094,437,933원으로 감액경정하고, 당초 신고・납부세액과의 차액인 572,883,587원(= 2,667,321,520원 - 2,094,437,933원)을 환급하여 주었다.

(2) 부가가치세 증액경정처분

피고는 2007. 1. 3. 다음과 같은 경정이유 즉,① 이 사건 자문용역비는 원고의 사업과 직접 관련이 없거나 면세재화인 주식의 취득에 대한 것으로 매입세액으로 공제될 수 없는 점 (2003년 1기 , 2003년 2기, 2004년 1기 및 2004년 2기 각 부가가치세의 경우), ② 과세품목을 면세품목으로 하여 부가가치세 신고를 누락한 점(2003년 1기, 2003년 2기, 2004년 1기 및 2004년 2기 각 부가가치세의 경우), ③ 사업상증여(경품제공)의 점(2003년 1기, 2004년 1기 각 부가가치세 경우)을 이유로 아래 [표4] 기재와 같이 2003년 1기, 2003년 2기, 2004년 1기 및 2004년 2기 각 부가가치세에 대한 증액경정처분을 하였다.

(아래 표 생략)

마. 심판청구

(1) 원고는 2007. 4. 13. 조세심판원에 위 각 법인세 및 부가가치세 증액경정처분의 취소를 구하는 심판청구(조심 2007서1844)를 하였다.

(2) 조세심판원은 2010. 2. 4. 위 ㉯항의 경정이유에 대한 원고의 주장만을 받아들여 원고의 심판청구를 일부 인용하는 결정을 하였다.

(3) 피고는 2010. 2.경 위 조세심판원의 결정취지에 따라 2003년 사업연도 법인세를 2,061,242,400원으로 감액경정 하였다[2007.1. 3.자 2003년 사업연도 법인세 부과처분의 잔존 고지세액은 265,405,277원{= 298,600,810원 - 33,195,533원(감액분)}이 되었다].

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 1-3호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함), 을 1, 3, 4, 7호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함) 의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 위 법인세 및 부가가치세 증액경정처분의 적법여부

가. 원고의 주장

(1) 법인세 부분과 관련하여

조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호에서는 구매대금을 '재화의 공급'에 대한 대가이면 재화의 공급을 받는 매매거래의 성격에 제한을 두고 있지 아니하므로 원고와 ○○렛 납품업자 사이의 특정매입거래와 관련한 금액도 위 구매대금에 해당하므로 조세특례제한법 제7조의2 제1항에서 정한 바에 따라 세액공제 되어야 한다.

(2) 부가가치세 부분과 관련하여

이 사건 자문용역비는 △△아 주식을 취득하여 △△아의 경영권을 인수하는 과정에서 사용한 것이다. 이는 원고의 사업과 직접적인 관련이 있다. 그리고 경영권 인수 과정에서 취득한 △△아 주식을 차후에 양도하더라도 부가가치세를 납부할 의무가 없는 것은 주식이 부가가치세법 제12조 제1항 각 호에서 규정하는 면세재화에 해당하기 때 문이 아니라 '회사가 공급하는 재화' 자체가 아니기 때문이고, 원고의 이 사건 자문용 역비가 '매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액'을 제한적 ・ 열거적으로 규정한 부가가치세법 제17조 제2항 각 호 어디에도 해당하지 아니하는 이상, 매출세액에서 공제되어야 한다(원고는 위 ①항의 경정이유만 다툰다).

나. 관계법령

별지2 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 법인세 부분에 관하여(원고가 납품업자와 사이에 특정매입거래약정을 체결하고 납품업자에게 지급한 대금이 세액공제대상인지 여부, 위 ㉮항의 경정이유 관련)

조세특례제한법 제7조의2 제3항에서는 "제1항과 제2항에서 사용하는 용어의 뜻은 다음과 같다 고 하면서, 제1호에서 구매대금을 "구매기업이 그 기업의 사업 목적에 맞는 경상적 영업활동과 관련하여 판매기업으로부터 재화를 공급받거나 용역을 제공받고 그 대가로 지급하는 금액"이라고 정의하고 있다. 한편, 계약 내지 법률상의 원인에 의한 '재화의 공급'을 직접적인 과세요건으로 하는 부가가치세를 규율하는 부가가치세법 제6조 제5항 본문에서는 "위탁매매 또는 대리인에 의한 매매를 할 때에는 위탁자 또는 본인이 직접 재화를 공급하거나 공급받은 것으로 본다 고 규정하고 있고, '특정 매입거래'에 대하여 규정한 대규모소매점업에 있어서의 특정불공정거래행위의 유형 및 기준(공정거래위원회 고시 제2001-9호) 제2조 제7항에서는 특정매입거래를 '대규모소매점업자가 납품업자로부터 상품을 수탁하여 판매하고 재고품은 반품하는 거래형태'라고 정의하고 있다.

원고가 ○○렛의 납품업체와 사이에 '특정매입거래 계약서(을 7호증의 4 참조)'를 이용하여 체결한 계약의 법적 성격에 관하여 보건대, 을 7호증의 1-7의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 인정되는 다음과 같은 사정 즉, ㉠ 납품업자는 원고의 ○○렛 매장에 판매직원을 파견하여야 하고, 그 판매직원이 판매 업무를 전적으로 담당하고 있는 점, ㉡ 원고는 납품업자로부터 받은 제품을 소비자에게 판매하면 그 때 비로소 납품업자가 원고에게 납품한 것으로 인식하고 소비자로부터 받은 판매대금에서 약정 수수료를 공제한 금액을 납품업자에게 지급하는 점, ㉢ 소비자에게 판매된 제품에 이상이 있는 등의 이유로 원고가 손해를 보게 된 경우 그 종국적인 책임을 납품업체가 부담하게 되는 점 등에 비추어 볼 때, 위 특정매입거래 계약서에 따른 계약은 그 실질이 위탁매매와 다르지 않아 원고는 수탁자에 불과하다고 봄이 상당한바, 납품업자가 위탁자로서 직접 소비자에게 재화를 공급하였다고 볼 것이어서, 원고가 납품업자에게 지급한 대금을 조세특례제한법 제7조의2 제3항 제1호에서 규정한 '구매대금'이라고 볼 수 없다.

따라서, 위 ㉮항의 경정이유를 근거로 한 위 법인세 증액경정처분은 적법하고, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

(2) 부가가치세 부분에 관하여(이 사건 자문용역비가 매입세액 불공제대상인지 여부, 위 ①항의 경정이유 관련)

(가) 원고는 1982. 2. 16. 설립되어 의류 ・ 식품 ・ 시계 ・ 잡화의 제조판매업 그리고 부동산분양 및 임대엽 등의 사업을 영위하는 회사인 사실은 앞서 본 바와 같고, 원고가 유통사업 부분의 확대를 위하여 백화점 유통업을 하던 △△아의 경영권을 인수한 것은 원고의 사업과 관련이 있는 것으로 봄이 상당한바, 이 사건 자문용역비가 부가가치세법(2010.1. 1. 법률 제9915호로 개정되기 전의 것) 제17조 제2항 제2호에서 매출세액에서 공제되지 아니하는 매입세액으로 규정한 '사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액'이라고 볼 수 없다. 이에 덧붙여, 부가가치세법 시행령(2010.2.18.대통령령 제22043호로 개정되기 전의 것) 제60조 제3항에서 규정한 위 부가가치세법 제17조 제2항 제2호의 '사업과 직접 관련이 없는 지출'의 범위 안에 포함되지도 아니한다.

(나) 위 부가가치세법 제17조 제2항은 "다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 하면서, 제4호에서 '부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액'을 규정하고 있다. 그런데, 원고가 취득한 위 △△아 주식이 위 부가가치세법 제12조 제1항 각 호에서 규정한 면세재화에 해당한다고 볼 수 없을 뿐만 아니라 원고가 주식을 공급하는 사업을 하는 회사도 아니다.

(다) 따라서, 위 ①항의 경정이유는 위법하고, 이를 지적하는 원고의 이 부분 주장은 이유 있다.

(라) 위 ①항의 경정이유가 위법함을 전제로 하여, 2003년 1기, 2003년 2기, 2004년 1이 및 2004년 2기 각 부가가치세의 정당 고지세액을 산출하면, 별지3, 4, 5, 6 각 부가가치세결의서 기재와 같이, 2003년 1이 부가가치세의 경우는 4,919,955원, 2003년

2기 부가가치세의 경우는 251,142원, 2004년 1기 부가가치세의 경우는 1,862,043원, 2004년 2기 부가가치세의 경우는 1,355,483원으로, 원고가 주장하는 각 정당 고지세액보다 적다. 그러나 이 법원은 처분권주의에 따라 원고가 구하는 범위를 초과하여 취소를 명할 수 없으므로, 원고가 구하는 범위를 한도로 하여 이를 취소한다.

3. 결 론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구 중 2007.1.3.자 2003년 1기, 2003년 2기, 2004년 1기 및 2004년 2기 각 부가가치세 증액경정처분 중 각 일부 취소를 구하는 부분은 이유 있으므로 이를 인용하고, 원고의 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.