2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 2006. 1. 26.경 ○○교육청과 사이에 자신의 비용으로 학교시설을 건축한 후 그 소유권을 주무관청에게 귀속시키되，원고가 위 시설을 관리•운영하면서 주무관청으로부터 임대료와 운영비를 지급받기로 하는 내용의 사회기반시설에 대한 민 간투자법(이하 '민간투자법'이라 한다)에 따른 민자투자사업 실시협약을 체결하였고， 2007. 12. 21. 위 협약의 내용 중 일부를 변경하는 내용(총민간투자비 및 공사기간, 운 영비의 결정 등을 변경하였다)의 민자투자사업 실시협약(변경)(이하 '이 사건 실시협약' 이라 한다)을 체결하였다.

"나. 원고는 2008. 1. 30.경까지 ○○초등학교，○○중학교，○○여자고등학교 등(이하이 사건 시설'이라 한다)을 신축하여 각 주무관청(○○초등학교: ○○광역시 ○○교육 지원청，○○중학교: ○○광역시 ○○교육지원청，○○여자고등학교: ○○광역시 ○○교육지원청)에게 제공하였다.",다. 피고는 원고가 부동산 임대사업자임에도 2010년 제2기부터 2013년 제2기까지 주무관청으로부터 지급받은 정부지급금(임대료，운영비 명목)에 관한 부가가치세를 신고하면서 부동산임대 공급가액명세서를 제출하지 않았다는 이유로, 2014. 11. 3. 원고에게 가산세로 2010년 제2기분 13,821,400원, 2011년 제1기분 13,821，400원，2011년 제2 기분 13,821,400원, 2012년 제1기분 13,315,180원, 2012년 제2기분 13,066,230원, 2013 년 제1기분 12,524,470원，2013년 제2기분 6,221,110원 합계 86,591,190원을 부과,고지 하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

라. 원고는 2015. 2. 9. 조세심판원에 심판청구를 하였으나，위 청구는 2015. 3. 31. 기각되었다.

[인정근거 다툼 없는 사실，갑 제1 내지 13호증，을 제1호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지 2. 이 사건 처분의 적법 여부 가. 원고의 주장

원고는 이 사건 실시협약에 따라 자신의 비용으로 이 사건 시설을 건축하여 주무 관청에게 제공하고, 그에 대한 대가를 시설임대료 명목으로 지급받았는바, 그 실질은 시설 제공에 대한 대가를 분할하여 지급받은 것에 불과하다. 따라서 원고가 부동산임 대업자임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관련 법령 별지 기재와 같다.

다. 판단

1) 인정사실

앞서 든 증거에 변론 전체의 취지를 종합하면 다음과 같은 사실을 인정할 수 있 다.

① 원고는 민간투자법 제4조 제2호에 따라 이 사건 실시협약을 체결하였는데，이 사건 실시협약의 주요내용은 아래와 같다.

- 민간이 각 시설의 설계•건설•유지관리 및 운영과 사업시행을 위한 재원조달을 수행하고, 교육청은 이에 대한 관리운영권을 부여하고 임대료를 지급한다.

- 본 사업시설의 건설을 위해 사업시행자가 투자한 자금은 본 협약에서 정한 바에 따라 산 정•지급되는 임대료로 회수되며, 시설의 운영에 소요되는 비용은 운영비로 회수된다(제2조 사업의 추진방식).

"-임대료'라 함은 관리운영권 설정기간 동안 본 협약에 따라 사업시행자가 주무관청으로부 터 원리금균등분할 방식으로 지급받는 본 사업시설의 제공에 대한 대가를 말하고,운영비' 라 함은 관리운영권 설정기간 동안 본 협약에 따라 사업시행자가 주무관청으로부터 지급받 는 본 시설의 유지관리 및 운영의 대가로서 인건비, 유비관리비, 운영설비 대체비, 부대비 및 제경비를 말한다(제3조 용어의 정의).",- 본 사업시설의 소유권은 본 사업시설의 준공과 동시에 주무관청에게 귀속된다(제9조 소유 권의 귀속).

- 본 협약에서 정한 본 사업시설의 관리운영권 설정기간은 20년으로 한다(제10조 관리운영 권 설정기간).

- 사업시행자는 본 협약에서 정한 관리운영권을 근거로 하여 본 사업시설을 주무관청에게 임대함과 동시에 본 사업시설을 본 협약에 따라 적절하게 유지관리 및 운영을 하여야 한다. 본 협약에서 정한 바에 따라 사업시행자는 주무관청으로부터 본 시설의 운영비를 지급받기 로 한다(제38조 관리운영권의 행사).

- 본 사업시설의 임대차계약은 본 협약에서 정한 바에 따라 관리운영권 설정기간을 임대차 존속기간으로 하여 사업시행자가 주무관청에게 본 사업시설을 사용하게 하고 주무관청이 이에 대하여 임대료를 지급하는 것을 내용으로 한다(제39조 본 사업시설의 임대차계약 ①).

본 협약이 체결됨으로써 제1항의 임대차계약이 동시에 체결된 것으로 간주하여 임대차를 위한 별도 방식의 계약을 필요로 하지 않으며, 관리운영권 설정기간 동안 임대차계약의 효 력이 발생한다. 이 경우 관리운영권 설정기간의 개시일을 임대차 존속기간의 개시일로 하기 로 한다(제39조 ②).

- 본 사업시설의 임대개시 후 최초 5년 동안 매 분기별로 주무관청이 사업시행자에게 지급 하는 임대료는 제53조 제2항에 따라 산정되는 사업수익률을 반영하여 산정한다. 임대료는 원리금균등분할 산식을 적용하여 산정한다. 본 협약에 따른 총민간투자비 변경사유로 임대 료 조정을 하기로 한 경우에는 이를 반영하여 임대료 산정방법에 의하여 임대료를 재산정 하기로 한다(제55조 임대료의 산정).

- 임대료는 본 사업시설의 임대개시 후 매 5년이 경과할 때마다 1회에 한하여 제54조(사업 수익를의 조정)에 따라 조정되는 수익률에 연동하여 조정하기로 한다例56조 임대료의 조정

② 원고는 2008. 1. 30.경까지 이 사건 실시협약에 따라 이 사건 시설을 신축하 여 주무관청에게 각 제공한 후, 이 사건 시설에 대한 관리•운영 업무를 수행하였다. 원고는 2010년 3분기부터 주무관청으로부터 임대료，운영비 명목의 정부지급금을 각 지 급받았다.

③ 원고는 주무관청으로부터 지급받은 임대료와 운영비에 대하여 부동산관리업 에 의한 수입금액으로 부가가치세를 신고하면서 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않다가，2014년 제1기분부터 부동산임대공급가액명세서를 제출하였다.

2) 판단

위 인정사실에 의하면 이 사건 실시협약은 원고가 자신의 비용으로 이 사건 시 설을 건축하여 주무관청에게 그 소유권을 귀속시키되，원고가 이 사건 시설의 건설을 위해 투자한 자금은 이 사건 실시협약에 따라 산정된 임대료로 회수하는 것을 기본적인 구조로 하고 있고, 원고와 주무관청 사이에 이 사건 실시협약 외에 별도의 임대차 계약은 체결된 바가 없으며, 이 사건 시설에 대한 임대료는 일반적인 임대차계약과는 달리 원고가 투자한 총민간투자비에 이 사건 실시협약에서 정한 사업수익률을 반영하 는 방식으로 일괄적으로 산정되어 원고에 대한 관리운영권 설정기간인 20년 동안 원고 가 투자한 총민간투자비를 원리금균등분할 상환방식으로 지급하도록 약정되 었다. 따라 서 이 사건 실시협약 및 민간투자법에서 임대차，임대료 등의 용어를 사용하고 있지만, 원고가 주무관청으로부터 임대료 등의 명목으로 지급받은 돈은 실질적으로는 이 사건 시설에 대한 도급 용역대금의 장기분할금이라고 봄이 타당하다.

나아가 민간투자법은 국가 또는 지방자치단체가 사회기반시설의 소유권을 보유 하는 방식 의 민간투자사업 추진방식 에 관하여 사업 시 행자에 게 일정 기간의 시설관리 운 영권을 인정하는 방식만을 정하고 있다가，2005. 1. 27. 법률 제7386호로 개정되면서 사업시행자에게 시설관리 운영권을 인정하는 한편 국가 또는 지방자치단체에게 사회기 반시설을 임대하여 사용•수익하는 방식의 민간투자법 제4조 제2호가 신설되었다. 그런 데 위 조항은 사업시행자가 직접 시설을 운영하기 곤란하거나 운영수입만으로는 투자 비의 회수가 어려운 시설 등에 대하여 사업시행자의 투자비를 국가 또는 지방자치단체 가 보전해 주어 민간의 투자를 활성화시키되, 국가 또는 지방자치단체 입장에서는 위 투자비를 장기간에 걸쳐 임대료의 형식으로 지급함으로써 국가 또는 지방자치단체의 재정 부담을 분산시키려는 데 그 입법취지가 있다고 보이므로, 이와 같은 점을 보더라 도 원고가 지급받은 임대료 형식의 돈은 실질적으로 민간투자사업의 사업시행자로서 투자한 도급용역에 대한 대금을 분할지급 받은 것이라고 봄이 타당하다.

따라서 원고가 이 사건 실시협약에 따라 지급받은 돈은 그 실질에 맞게 용역대금의 장기분할금이라고 보는 것이 실질과세 원칙에 부합하므로, 원고가 부동산임대업 자임을 전제로 부동산임대공급가액명세서를 제출하지 않았음을 이유로 한 이 사건 처 분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 있으므로 인용한다.