가. 원고는 1986. 12. 15. 서울 성동구 B 토지 및 그 지상 건물(지하 1층부터 지상 2층까지 근린생활시설 200㎡, 지상 3층 주택 55.14㎡, 이하 위 토지와 건물을 합하여 이 사건 부동산이라고 한다)을 취득하였는데, 이 사건 부동산이 2010. 12. 10. C구역 주택재개발사업조합에 수용되자, 2011. 2. 피고에게 이 사건 부동산의 취득당시 실지거래가액을 알지 못하는 것을 전제로 환산가액인 401,543,209원을 취득가액으로 하여 2010년 귀속 양도소득세 118,235,360원을 신고, 납부하였다.

나. 피고는 2013. 7. 18.부터 2013. 7. 31.까지 원고의 2010년 귀속 양도소득세 실지 조사를 실시한 뒤, 이 사건 건물 중 상가 부분과 그 부수토지는 원고의 장부계상내역에 따라 150,373,794원으로 취득가액이 확인됨에도 원고가 이 사건 부동산 전체의 취득가액이 확인되지 않는다며 취득가액을 과대 계상한 것으로 보고, 이 사건 부동산 중 주택 및 부수토지는 원고의 신고가액인 109,502,822원으로, 이 사건 부동산 중 상가 및 부수토지의 취득가액은 원고의 장부계상가액인 143,589,562원(= 위 150,373,794원에서 건물의 감가상각 누계액 6,784,232원을 차감한 액수이다), 총 취득가액을 253,092,384원으로 경정한 후, 2013. 8. 2. 원고에게 2010년 귀속 양도소득세 41,780,140원(신고불성실 가산세 3,510,243원, 납부불성실 가산세 8,030,226원 포함)과 농어촌특별세 2,065,020원(가산세 552,739원 포함)을 경정, 고지하는 이 사건 처분을 하였다.

다. 원고는 2013. 10. 21. 이 사건 처분에 대하여 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2014. 4. 7. 기각되었다.

【인정근거】다툼 없는 사실, 갑1, 2, 4, 6호증의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장 요지 원고는 2001년 복식부기의무자로 전환됨에 따라 재무제표의...