가. 원고는 2009. 12. 16. 경남 산청군 신안면 하정리 614-1 답 2,479㎡를, 2010. 6. 11. 같은 리 614-8 답 2,631㎡를 각 취득하여 2011. 1. 20. 및 2011. 1. 24. 위 각 토지 위에 판매시설 1,251.62㎡(이하 위 각 토지와 판매시설을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)를 신축하였고, 2011. 2.경부터 이 사건 부동산에서 하나로마트 신안점을 운영하고 있다

(이하 ‘이 사건 마트 사업’이라 한다). 나.

원고는 이 사건 부동산이 원고의 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산이라는 이유로 구 지방세법(2010. 3. 31. 법률 제10221호로 전부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제266조 제5항 및 구 지방세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11138호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제14조 제3항에 따라 취득세 등의 감면을 신청하였고, 이에 피고는 원고에 대하여 이 사건 부동산에 관한 취득세, 등록세, 농어촌특별세, 지방교육세를 면제하였다.

다. 이후 경상남도지사는 2013. 5. 23.부터 2013. 5. 25.까지 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 2013. 6. 21. 원고에게 “농업협동조합법에 따라 설립된 지역 농협은 영리 및 투기를 목적으로 하는 사업을 하지 못하도록 되어 있음에도 원고는 이 사건 부동산에서 불특정 다수인을 대상으로 구매사업(하나로마트)을 영위하고 있고, 이는 조합원(비조합원 및 준조합원의 사용량이 50% 초과)을 위한 구매사업이 아니라 영리를 목적으로 하는 사업으로 보아야 하므로, 원고의 하나로마트는 농협의 고유목적 사업에 사용하는 부동산에 해당하지 아니하여 기 면제세액은 추징대상에 해당한다.”는 이유로 원고의 이 사건 부동산 취득가액을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 118,265,768원, 농어촌특별세 9,906,049원, 등록세 59,972,537원,...

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