가. 피고와 B 사이에 2011. 12. 8. 체결된 매매계약을...

가. 최초 양도소득세의 과세 경위 (1) B는 2004. 10. 7. 자신이 소유하던 서울 강남구 C 주유소용지 843㎡와 같은 구 D 주유소용지 17㎡ 및 그 지상의 주유소 건물을 에스케이네트웍스 주식회사에 매매대금 34억 5,000만 원으로 매도하고 그 매매대금을 모두 받은 후 2005. 3. 3. 이에 따른 소유권이전등기를 마쳤으나, 그 거래에 관한 양도소득세(이하 ‘이 사건 양도소득세’라 한다)를 신고하거나 납부하지 않았다.

(2) 삼성세무서장은 이 사건 양도소득세를 실거래가가 아닌 기준시가에 따라 산정함을 전제로 2011. 1. 3. 이 사건 양도소득세를 344,013,624원(= 산출세액 214,592,742원 신고 불성실 가산세 21,459,274원 납부 불성실 가산세 107,961,608원)으로 결정하여 이를 2011. 1. 31.까지 납부하라고 B에게 고지하였고, B는 납부기한 내인 2011. 1. 26. 그 전액을 납부하였다.

나. 양도소득세 경정 경위 (1) 서울지방국세청이 삼성세무서에 대하여 2011. 11. 15.부터 2011. 12. 2.까지 종합감사를 시행한 결과, 이 사건 양도소득세는 그 과세 대상인 거래가 당시 투기지역으로 지정된 곳의 부동산에 관한 매매이어서 기준시가가 아닌 실거래가에 따라 양도소득세를 산정하여야 함에도 삼성세무서장이 기준시가에 따라 이 사건 양도소득세를 산정하여 B에게 결정고지한 잘못이 드러났고, 서울지방국세청장은 2011. 12. 8. 삼성세무서장에게 이 사건 양도소득세를 실거래가에 따라 다시 산정하여 부족분을 부과징수하라는 처분지시를 하였다.

(2) 삼성세무서장은 2011. 12. 8. 이 사건 양도소득세를 실거래가에 따라 다시 산정하여 1,127,272,932원(= 산출세액 669,632,136원 신고 불성실 가산세 66,963,213원 납부 불성실 가산세 390,677,583원)으로 경정한 다음, 2012. 1. 6. B의 당시...