가. 청구법인은 2005.4.1. 개업하여 소매 주유소업을 영위하는 사업자로서 2007년 제1기 부가가치세 과세기간에 (주)OOOOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)로부터 공급가액 537,765,455원의 세금계산서 11매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 교부받아 동 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고하였다.

나. 중부지방국세청장은 쟁점거래처의 자료상 조사결과, 쟁점거래처로부터 쟁점세금계산서를 수취한청구법인에 대하여 ‘자료상거래확정자’로 통보함에 따라 처분청은 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아쟁점세금계산서상의 매입세액을 관련 매출세액에서 공제하지 아니하여 2009.5.1.청구인에게 2007년 제1기 부가가치세 91,065,970원을 경정⋅고지하였다.

다. 청구인은이에 불복하여 2009.5.27. 이의신청을 거쳐 2009.10.12. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 쟁점거래처와 거래하기 전에 사업자등록증, 납세증명서, 부가가치세과세표준증명, 법인인감증명서, 법인등기부등본 및 쟁점거래처 계좌번호 등을 교부받아 검토하고, 거래를 시작한 사실과, 유류를 공급받으면서 입고 확인한 후 단기간 내 매입대금을 계좌 이체한 사실 등으로 미루어 청구법인이 이 건 유류를 공급받는 과정에서 선량한 사업자로서 주의의무를 다하지 아니한 잘못이 있다고 인정하기는 어렵다.

따라서 사업자가 거래상대방의 사업자등록증을 확인하여 거래에 따른 세금계산서를 교부받은 경우 거래상대방이 관계 기관의 조사로 인하여 명의위장사업자로 판정되었다 하더라도 당해 사업자를 선의의 거래당사자로 볼 수 있는 때에는 경정 등 불이익한 처분을 받지 아니하는 것(부가가치세법 기본통칙 21-0-1)과 같은 뜻인 바, 처분청이 쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 매출세액에서 불공제하여 과세한 이 건 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점거래처와 거래하기 전에 사업자등록증, 납세증명서, 부가가치세과세표준증명, 법인인감증명서 등을 교부받아 검토하고 정상거래처로 판단하여 거래를 시작하였으며, 유류를 공급받으면서 입고 확인한 후 단기간 내 매입대금을 계좌 이체하는 등 거래과정에서 선량한 사업자로서 주의의무를 다하였으므로 처분청의 부과처분은 부당하다는 주장이나,

청구법인의 대표자는 쟁점거래처 사업장에 가 본 사실이 없어 쟁점거래처 영업이사의 거래제안 이후 전화로만 거래를 하였음을 중부지방국세청 이의신청 심리과정에서 진술하였고, 정유사가 발행한 출하전표 상 공급자 및 출하지가 쟁점세금계산서상 공급자가 서로 다른 회사로 되어 있고 청구법인이 선량한 사업자로서의 주의의무를 하였더라면 위 쟁점유류의 공급자에 대하여 의구심을 가지고 주의를 기울이는 것이 정상적임에도 청구법인은 단지 관행이라는 이유로 이에 대하여 별다른 조치를 취하지 아니한 바, 선의의 거래당사자로 보기 어려운 것으로 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

청구법인이 선의의 거래당사자로서 선량한 주의의무를 다 하였는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제16조 【세금계산서】① 납세의무자로 등록한 사업자가 재화 또는 용역을 공급하는 때에는 제9조에 규정하는 시기에 다음 각호의 사항을 기재한 계산서(이하 “세금계산서”라 한다)를 대통령령이 정하는 바에 의하여 공급을 받는 자에게 교부하여야 한다.(단서 생략)

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성연월일

5. 제1호 내지 제4호 이외에 대통령령이 정하는 사항

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 "매입세액" 이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 “환급세액”이라 한다)으로 한다.

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액.(단서 생략)

제21조【경 정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여 경정하여야 한다.(단서 생략)

다. 사실관계 및 판단

(1)청구법인이 쟁점거래처에서 수취한 세금계산서 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOOOO OO

(OO O O)

(2) 중부지방국세청장은 쟁점거래처에 대하여 자료상 협의가 있다고 보아 2007.9.18. ~ 2008.3.6. 법인세 통합 및 부가가치세 세목별 조사를 실시한 것으로 자료상혐의자 조사종결보고서에 나타난다.

(가) 중부지방국세청장의 쟁점거래처에 대한 자료상 조사실적은 아래 <표2>와같다.

OOOOOOOOOO OOO OOOO

(OO O OOO, O)

(나) 쟁점거래처는 2006.10.19. OOO OOO OOO OOO OOOOOOOO OOOO에 법인사업자로 개업한 후, OO세무서장이 사업자등록 사후관리대상자로 선정하여 사후관리하던 중 2007.6.16. 사업장 현지확인하여 2007.3.31. 직권폐업처리하였고, 쟁점거래처는 유류운송에 따른 수송장치를 보유하거나, 수송장비를 용차한 사실이 전혀 없는 것으로 보아 실제 유류를 운송한 사실은 없는 것으로 조사종결보고서에 나타난다.

(다) 쟁점거래처의 가공세금계산서 유통과정을 보면, 매입세금계산서는 자료상으로 고발 및 구속된 (주)OOOOO O (O)OOOOO 등으로부터 실물거래없이 가공매입세금계산서를 수취하였고, 매출세금계산서는 자료상으로 고발 및 구속된 자료상혐의자로부터 실물거래없이 수취한 가공자료를 토대로 실물거래없이 가공매출세금계산서를 발행하면서 출하전표와 금융거래를 조작하는 수법으로 실물거래인 것처럼 위장한 것으로 조사종결보고서에 나타난다.

(라) 이러한 조사결과에 따라 쟁점거래처의 가공매입금액 27,424백만원 및 가공매출금액 37,231백만원에 대하여 실물거래없이 부당하게 매입⋅매출세금계산서를 수취⋅발행한 것으로 보아 이를 과세표준에서 제외하고, 쟁점거래처 및 대표이사 김OO은 「조세범처벌법」제11조의2 제4항 제1호⋅제3호 및 「특정범죄가중처벌 등에 관한 법률」제8조의2에 해당하여 「조세범처벌법」제9조 제2항에 의거 즉시 고발조치한 것으로 조사종결보고서에 나타난다.

(3) 청구법인이 2009.3.25. 처분청에 제기한 과세전적부심사청구에서 청구법인은 537,625천원 상당의 유류를 구입한 것이라고 주장하며 세금계산서, 거래명세서, 통장내역을 포함하여 쟁점세금계산서 거래량의 일부에 해당하는 15매 출하전표 등을 제시하였고 이에 대하여 처분청은 청구법인에 실제 유류가 얼마나 입고되었는지를 확인할 수 있는 근거자료로는 위 OOOOOOOO O OOOOO 발행의 출하전표로써 출하전표상 고객명은 청구법인과 일치하지 않으나 기재사항란 ‘운송자’에 의하여 실제 입고 사실이 확인되는 유류매입액 266,485천원에 대하여 청구법인의 손금으로 인정하되, 유류 구입사실을 입증하는 출하전표를 갖추지 못한 것은 청구법인에 책임이 있다 할 수 있으며, 청구인이 제출한 자료만으로는 청구인이 쟁점세금계산서를 수취할 당시 선량한 주의의무를 다 하였다고 보기는 어려운 것으로 판단한 사실이 과세전적부심사결정서에 나타난다.

(4) 청구법인이 2009.6.5. 중부지방국세청장에게 제기한 이의신청에서청구법인은 과세전적부심사에서 제출하지 못하였던 정유사 보관 출하전표 13매를 추가로 제출한 결과, 출하전표상 거래자가 청구법인과 일치하지 않으나 출하전표에 기재된운반인 장OO이 청구법인의 직원이고, 운반인 정OO는 저유소로부터 청구법인에게로 유류를 운송한 사실이 있다는 사실을 확인해 준 정황으로 볼 때, 쟁점거래처가 아닌 다른 어떤 거래처로부터 청구법인이 쟁점세금계산서에 해당하는 유류를 매입한 사실은 인정할 수 있는 것으로 보아 과세전적부심사청구에서 받지 못하였던 나머지 원가도 인정하되, 다만, 쟁점법인의 대표자가 쟁점거래처 사업장에 가 본 사실이 없이 쟁점거래처 영업이사의 거래 제안 후 전화로만 거래를 하였음을 진술하고 있고, 정유사가 발행한 출하전표상 공급자 및 출하지가 쟁점세금계산서상 공급자가 서로 다른 회사로 되어 있는 점을 들어 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다 하였다고 보기는 어렵다고 판단한 사실이 이의신청 결정서에 나타난다.

(5) 이에 대하여청구법인은 쟁점거래처의 사업장소재지는 OOOO OOOOOOOO OOOO로서 고양시의 송유관공사부지는 또한 저유소로서 정유사 및 중간상들의 유류가 보관되어 있는 장소이므로 청구법인의 지정 운송기사가 유류를 수령하기 위하여 상시적으로 출입하는 장소로서 청구법인의 임직원이 쟁점거래처 사무실에 가본 적이 없다는 것은 있을 수 없으며, 유류를 정유사에서 구입하는 방법 이외에 중간상과의 거래분에 대하여는 정유사가 출하전표에 최초 거래하는 중간상만을 기재하는 것이 관행이므로 이는 특별한 주의의무를 갖추어 의구심을 가지기는 어려우므로 이를 과실로 볼 수는 없다고 주장한다.

(6) 이상의 사실관계 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점거래처와 유류를 거래하면서 선량한 주의의무를 다 한 선의의 거래당사자라고 주장하나, 쟁점거래처는 중부지방국세청장의 자료상 조사종결보고서에 의하면 세금계산서를 자료상으로 고발된 업체로부터실물거래없이 가공의 세금계산서를 수취 및 교부하면서출하전표와 금융거래를 조작하는 수법으로 실물거래인 것처럼 위장한 것으로 조사되어 조세범처벌법에 의하여 쟁점거래처의 대표자가 고발된 점, 청구법인이 쟁점거래처로부터 실지 유류를 매입한 증빙으로 정유사 출하전표를 제시하고 있고, 출하전표상 기재된 운반인이 청구법인의 직원으로서 과세전적부심사청구 및 이의신청에서 실지 유류를 매입한 것으로 보아 이를 원가로 인정받은 사실은 있으나 정유사가 발행한 출하전표상 공급자 및 출하지가 쟁점세금계산서상 공급자와 일치하지 아니하는 점으로 볼 때, 청구법인이 선의의 거래당사자로서 주의의무를 다 하였다고 보기는 어렵다고 보인다. 따라서 처분청이쟁점세금계산서상의 매입세액을 관련 매출세액에서 공제하지 아니하고 이 건 부가가치세를 부과한 당초 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.