가. 인천광역시장은 2007. 2. 5. 인천 부평구 D 일원에 대한 E구역 주거환경개선사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)에 관하여 인천광역시 고시 F로 정비계획 수립 및 정비구역 지정을 하였다.

인천광역시장은 2016. 3. 7. 이 사건 사업의 시행방법을 수용방법에서 관리처분계획에 따라 주택 등을 건설하여 공급하는 방법으로 변경하고 토지등소유자에게 분양될 주택을 제외한 나머지 분양주택 전부를 기업형 임대사업자에게 매각하여 임대주택으로 공급하는 등의 정비계획으로 인천광역시 고시 G로 정비계획 수립 및 정비구역지정 변경을 하였고, 인천광역시 부평구청장(이하 ‘부평구청장’이라 한다)은 2016. 7. 22. 이 사건 사업에 관하여 피고를 사업시행자로 하여 피고가 관리처분계획에 따라 주택 및 부대복리시설을 건설하여 공급하는 등의 사업시행계획에 대하여 인천광역시 부평구 고시 H로 사업시행변경인가를 하였다.

나. 원고 A종교단체 B교회(이하 ‘원고 교회’라 한다)는 이 사건 사업구역 내에 있는 인천 부평구 I 도로 252㎡의 소유자이고, 원고 재단법인 C은 이 사건 사업구역 내에 있는 인천 부평구 J 임야 1,664㎡ 및 그 지상 교회건물의 소유자이다.

원고들의 소유인 위 각 토지(이하 ‘이 사건 토지’라 한다)는 위 교회건물의 부속 토지로 이용되어 왔다.

다. 피고는 2017. 1. 22. 이 사건 사업구역에 공동주택 5,678세대(그 중 3,589세대는 기업형임대주택으로, 550세대는 공공임대주택으로 건설)를 건설하고 종교용지로 3,962.9㎡를 배정하는 내용의 관리처분계획(이하 ‘종전 관리처분계획’이라 한다)을 수립하였고, 부평구청장은 2017. 3. 8. 인천광역시 부평구 고시 K로 이를 인가하였다. 라.

이 사건 사업구역 내의...