가. 원고는 2001. 11. 5. 피고로부터 서울 관악구 B 지상 철골조, 철근콘크리트조, 조적조(세멘벽돌조) 경사지붕 5층 근린생활시설 및 단독주택 1층 52.41㎡, 2층 315.46㎡, 3, 4층 각 325.74㎡, 5층 206.03㎡, 지층 408.16㎡(이하 ‘이 사건 건축물’이라 한다)에 대한 사용승인을 받고, 2001. 12. 3. 피고에게 취득가액 526,485,270원을 과세표준으로 하여 취득세 11,582,670원, 등록세 4,211,880원, 지방교육세 842,370원 합계 16,636,920원을 신고납부한 후 2001. 2. 5. 이 사건 건축물에 관하여 원고 명의로 소유권보존등기를 경료하였다.

나. 원고는 2016. 7. 20. 이 사건 건축물의 1층 필로티 부분을 일반철골구조(소매점, 176.67㎡)로 증축한 후(이하 ‘이 사건 증축’이라 하고, 위와 같이 증축된 부분을 ‘이 사건 증축 부분’이라 한다), 2016. 7. 22. 시가표준액 209,671,956원을 과세표준으로 하고 원시취득세율인 1,000분의 28을 적용하여 산출한 취득세 5,870,810원, 지방교육세 335,470원, 농어촌특별세 419,340원 합계 6,625,620원을 신고납부하였다.

다. 원고는 2016. 9. 8. 피고에게 이 사건 증축 부분과 관련하여 원고가 신고납부한 취득세, 지방교육세, 농어촌특별세에 관하여 ‘이 사건 건축물을 신축할 당시 이 사건 증축 부분의 기둥, 바닥 및 천장 부분에 관하여 취득세를 납부하였으므로 증가한 면적의 시가표준액을 과세표준으로 과세하는 것은 이중과세에 해당하고, 이 사건 증축 부분의 실제 공사비는 10,285,000원(부가가치세 포함)인데, 시가표준액인 약 2억 원의 1/20에 불과하므로, 실제 공사비를 과세표준으로 하여 취득세를 경정해 달라’는 내용의 감액 경정청구를 하였으나 피고는 2016. 9. 13. '이 사건 증축 부분은 취득세 과세대상인 건축물에 해당하고 2001. 12. 5....