1. 사안의 개요

원심판결 이유와 기록에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

가. 원고는 의료법에 따라 설립된 의료법인으로서 종합병원 건축을 위하여 2017. 7. 18. 서울 금천구 (주소 생략) 공장용지 32,402.4㎡ 중 20,000/32,402.4 지분(이하 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 취득하고, 그 무렵 피고에게 구 지방세특례제한법(2018. 12. 24. 법률 제16057호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제38조 제1항 등의 경감세율에 따른 취득세와 농어촌특별세 및 지방교육세(이하 ‘취득세 등’이라 한다)를 신고·납부하였다.

나. 피고는 원고가 이 사건 부동산을 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 의료업에 직접 사용하지 아니하였다는 이유로 구 지방세특례제한법 제178조 제1호 에 따라 2020. 2. 10. 원고에게 경감된 취득세 등을 부과하였다.

2. 관련 법리

가. 구 지방세특례제한법 제38조 제1항 은 의료법 제48조 에 따라 설립된 의료법인이 의료업에 직접 사용하기 위하여 특별시 지역에서 2017. 1. 1.부터 2018. 12. 31.까지 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를 일반세율에서 1%만큼 경감하도록 규정하고 있고, 구 지방세특례제한법 제178조 제1호 는 그 부동산을 정당한 사유 없이 취득일부터 1년이 경과할 때(이하 ‘유예기간’이라 한다)까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우 그 해당 부분에 대하여 감면된 취득세를 추징하도록 규정하고 있다.

나. 구 지방세특례제한법 제178조 제1호 에서 정하는 ‘정당한 사유’라고 함은 법령에 의한 금지, 제한 등 납세의무자가 마음대로 할 수 없는 외부적인 사유는 물론 해당 용도로 사용하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 시간적인 여유가 없어 유예기간을 넘긴 내부적인 사유도 포함한다. 그리고 정당한 사유의 유무를 판단할 때에는 납세의무자에 의하여 수행되는 사업의 공익성을 감안하여 취득세를 부과하지 않는 입법 취지를 충분히 고려하면서, 부동산의 취득목적에 비추어 그 목적사업에 직접 사용하는 데 걸리는 준비기간의 장단, 목적사업에 사용할 수 없는 법령상, 사실상의 장애사유 및 장애정도, 납세의무자가 목적사업에 사용하기 위한 진지한 노력을 다하였는지 여부 등을 아울러 참작하여 구체적인 사안에 따라 개별적으로 판단하여야 한다 ( 대법원 2017. 8. 18. 선고 2017두42293 판결 등 참조).

3. 상고이유에 관한 판단

원심은, 원고가 이 사건 부동산을 의료업이 아닌 다른 목적이나 용도로 사용하는 것은 사실상 불가능하고 이 사건 부동산에 종합병원을 건축하는 데에 상당한 시간이 소요되며 원고가 종합병원을 건축하기 위한 정상적인 노력을 다하였으나 원고가 마음대로 할 수 없는 다양한 사유로 유예기간을 경과하였다는 등 판시와 같은 이유로, 원고가 이 사건 부동산을 유예기간 내에 의료업에 직접 사용하지 못한 데에 정당한 사유가 있다고 판단하였다.

원심판결 이유를 관련 법리와 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 판단은 정당하고 거기에 상고이유 주장과 같이 구 지방세특례제한법 제178조 제1호 의 ‘정당한 사유’에 관한 법리오해, 심리미진 등으로 판결에 영향을 미친 잘못이 없다. 상고이유에서 들고 있는 대법원판결은 이 사건과는 사안을 달리하여 이 사건에서 원용하기에 적절하지 아니하다.

4. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하도록 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.