가. 2008. 6. 16.자,

1)2004년 2기분 부가가치세 417,190,610원의, 2005년 1기분 부가가치세 557,684,860 원의, 2005년 2기분 부가가치세 338,879,800원의,

2)2004년 귀속 법인세 58,242,800원의, 2005년 귀속 법인세 131,130,920원의 각부과처분과,

나. 2009. 12. 1.자,

1)2006년 1기분 부가가치세 755,237,780원의, 2006년 2기분 부가가치세 467,960,340원의, 2007년 1기분 부가가치세 1,071,191,570원의, 2007년 2기분 부가가치세 436,126,750원의 ,

2)2006년 귀속 법인세 170,982,060원의, 2007년 귀속 법인세 203,686,620원의 각 부과처분을 각 취소한다.

2. 피고 수영세무서장이 2008. 7. 1. 원고 유AA에 대하여 한 2004년 1기분 부가가치세 4,013,110원의,2004년 2기분 부가가치세 63,909,390원의 각 부과처분을 취소한다.

3. 소송비용은 피고들이 부담한다.

가. 원고 주식회사 □□(이하 '원고회사'라 한다)은 2004. 8. 9. 설립되어 그 무렵부터 고철도매업을 영위하는 회사이고, 원고 유AA은 원고회사 대표이사인 허BB의 처로서 2004. 5. 10.경부터 '△△기업'이라는 상호로 고철도매업을 영위하다가 2007. 12. 31. 폐업한 자이다.

나.1) 원고회사는 피고 북부산세무서장에게 부가가치세 및 법인세 신고를 하면서, ①2004년 2기분부터 2005년 2기분까지 각 과세기간 중 별지1 기재와 같이유한회사 ◇◇철강(이하 '◇◇철강'이라 한다), 유한회사 ▽▽철강(이하 '▽▽철강'이라 한다) 명의로 교부받은 합계 8,607,596,400원의 매입세금계산서 22장에 대한 매입세액을,② 2006년 1기분부터 2007년 2기분까지 각 과세기간 중 별지2 기재와 같이유한회사 ●●철강(이하 '●●철강'이라 한다), 유한회사 ○○철강(이하 '○○철강'이라 한다), 유한회사 ▲▲철강(이하 '▲▲철강'이라 하고, ◇◇철강, ▽▽철강, ●●철강, ○○철강, ▲▲철강을 통틀어 '이 사건 매입처들'이라 한다) 명의로 교부받은 합계 16,566,944,660원의 매입세금계산서 42장에 대한 매입세액을 각 매출세액에서 공제하고 필요경비에 산입하여 신고하였다.

2) 원고 유AA은 피고 수영세무서장에게 2004년 1, 2기분 부가가치세 신고를 하면서, 각 과세기간 중 ◇◇철강 명의로 교부받은 합계 430,142,000원(2004년 1기 24,600,000원, 2004년 2기 405,542,000원)의 매입세금계산서 3장(이하 원고들이 이 사건 매입처들로부터 교부받은 67장의 매입세금계산서를 통틀어 '이 사건 세금계산서'라 한다)에 대한 매입세액을 각 매출세액에서 공제하고 필요경비에 산입하여 신고하였다.

다. 이후 부산지방국세청장은 염CC 및 정DD과 ◇◇철강, ▽▽철강 등에 대한 세무조사를 실시한 결과, 이 사건 매입처들은 정DD이 허위세금계산서를 발행 ・ 수취하여 경제적 이득을 얻기 위하여 친인척 및 지인의 명의를 빌려 설립한 회사로서 자료상에 불과하고, 염CC이 자신이 운영하는 ◆◆자원의 매출사실을 숨겨 소득세 등의 부담을 줄일 목적으로 정DD에게 일정한 수수료를 지불하고서 이 사건 매입처들 명의의 이 사건 세금계산서를 발행한 것으로, 실제 원고들에게 이 사건 세금계산서의 공급가액 상당의 고철(이하 '이 사건 고철'이라 한다)을 공급한 자는 염CC임에도 불구하고, 염CC이 '공급하는 사업자'를 '이 사건 매입처들'로, '공급받은 사업자'를 '원고들'로 한 이 사건 세금계산서를 원고들에게 교부한 사실을 적발하고, 피고들에게 이를 통보하였다.

라. 이에 피고들은 원고들이 수취한 이 사건 세금계산서를 그 필요적 기재사항인 공급하는 사업자가 사실과 다르게 기재되어 있는 세금계산서에 해당한다고 보아, 이 사건 세금계산서의 공급가액에 대하여 그 매입세액을 불공제하고, 법인세 증빙 미수취 가산세를 적용하여, 원고들에 대하여 아래 표 기재와 같이 부가가치세 및 법인세를 각 경정 ・ 고지하였다(이하 피고들의 원고들에 대한 각 부가가치세 부과처분을 '이 사건 각 부가가치세 부과처분', 피고 북부산세무서장의 원고회사에 대한 각 법인세 부과처분을 '이 사건 각 법인세 부과처분'이라 한다).

마. 원고들은 이에 불복하여 위 라.항 표 기재와 같이 조세심판원에 심판청구를 하였으나 위 각 심판청구는 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 갑 제2호증, 을 제1 내지 4, 7호증, 을 제4, 8호증의 각 1 내지 3, 을 제5, 9호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 처분의 적법 여부

가. 원고들의 주장

1) 이 사건 세금계산서가 사실과 다른 세금계산서에 해당한다 하더라도, 염CC이 이 사건 매입처들을 자신이 직접 운영하다고 하면서 사업자등록증, 통장 사본 등을 제시하기에 원고들은 이를 믿고 거래대금 또한 이 사건 매입처들 명의 계좌로 송금하였던 점, 이 사건 매입처들과 거래하는 과정에서 이 사건 고철이 모두 ◁◁제강으로 직접 입고 ・ 검수되는 등 수년간 염CC을 통한 거래가 문제없이 지속되었던 점, 2006년 4월경 세무조사 결과에서도 ▽▽철강과 ◇◇철강은 자료상이 아닌 것으로 판단되었던 점 및 고철 유통과정의 특수성과 원고들의 경험 부족 등을 고려하면, 원고들은 선의의 거래당사자에 해당하므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 부가가치세 부과처분은 위법하다.

2) 또한, 법인세법 제116조 제2항 제2호는 부가가치세법 제16조에 의한 세금계산서를 수취 ・ 보관하도록 규정하고 있을 뿐이므로, 가사 원고회사가 사실과 다른 내용의 세금계산서를 수취 ・ 보관하였다 하더라도, 세금계산서를 수취한 이상 피고 북부산세무서장이 원고회사에게 법인세법 제76조 제5항에 따른 증빙불비 가산세를 부과할 수는 없다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1) 염CC의 ◆◆자원 운영

염CC은 2001. 3. 2. 경남 ○○군 ○○면 ○○리 1078-1에서 '◆◆자원'이란 상호로 고철도매업을 시작하여 2003. 2. 25. △△시 △△동 1088로 사업장을 이전하였고, 2003. 6. 26. 다시 △△시 ▽▽동 668-2, 668-9로 사업장을 이전하여 계속 고철도매업을 영위하여 왔다.

2) 정DD의 이 사건 매입처 설립 등

가) 한편, 정DD은 허위 세금계산서를 발행 ・ 수취하여 소득세 등을 탈루하기 위하여 친인척과 지인들의 명의를 빌려 아래 표 기재와 같이 이 사건 매입처들을 설립하여, 2004년경부터 2006년경까지 사이에 실물거래 없이 이 사건 매입처들 명의로 세금계산서를 발행 ・ 수취하여 왔다.

나) 이 사건 매입처들은 각 사업장 소재지 등에서 실제 영업을 한 바 없을 뿐 아니라, 이 사건 매입처들 명의로 국세청에 제출된 근로소득 지급조서상의 근로자들 또한 위 매입처들에서 근무한 사실이 없다.

다) 염CC은 이 사건 매입처들의 설립 과정에 관여한 바 없고, 이 사건 매입처들의 사업자등록증, 법인 인감도장, 통장, 통장 인감도장 등도 정DD이 보관 ・ 관리하였으며, 다만 세금계산서 발행 및 현금 인출 등에 사용할 수 있도록 사업자등록증 사본 및 통장만 정DD이 염CC에게 건네주었을 뿐이다.

3) 염CC의 허위 세금계산서 발행 등

가) 염CC은 2003년경부터 2005년경까지 사이에 고철가격 급등으로 위 '◆◆자원'의 매출도 급증하자, 위 '◆◆자원' 명의의 세금계산서 발행에 부담을 느끼던 중, 정DD로부터 일정한 수수료를 지급하고 이 사건 매입처들 명의의 세금계산서를 발행하는 방법으로 ◆◆자원의 매출액을 줄이라는 취지의 제의를 받았다.

나) 이에 염CC은 소득세 등의 탈루 목적으로, 원고들에게 이 사건 고철을 매도하면서 이 사건 매입처들의 사업자등록증 사본 및 계좌번호를 직접 전달하거나 우편으로 송부하고, 원고들로부터 이 사건 매입처들 명의의 계화로 거래대금이 송금되어 오면, 정DD로부터 받은 이 사건 매입처들의 사업자등록번호 등을 이용하여 원고들에게 이 사건 매입처들 명의의 세금계산서를 발행 ・ 교부하여 주었고, ◆◆자원의 다른 일부 매출액에 대하여도 같은 방법으로 매출처에 이 사건 매입처들의 세금계산서를 발행 ・ 교부하는 방법으로 ◆◆자원의 매출액을 줄였다.

다) 위와 같이 허위 발행 ・ 교부된 세금계산서와 관련된 매출세액에 대한 부가가치세, 법인세 등 납부에서는, 염CC이 실제 자신이 매출한 부분에 대하여 먼저 장부정리를 하여 그 장부복사본과 허위 발행 ・ 교부된 세금계산서를 정DD에게 교부하면, 정DD이 이 사건 매입처들의 계화로 입금된 고철대금에서 각 그에 상응하는 세액만큼을 인출하여 이 사건 매입처들 명의로 해당 부가가치세, 법인세 등을 신고 ・ 납부하는 방식으로 이루어져 왔다.

라) 원고들을 비롯한 염CC의 매출처들이 이 사건 매입처들 명의의 계좌로 송금한 거래대금은 다시 염CC과 그 처 이EE의 은행 계좌로 송금되거나 정DD에 의해 출금되어 현금으로 염CC에게 건네졌다.

4) 원고들의 이 사건 고철 매입 경위 등

가) 원고회사의 대표이사인 허BB은 2004. 4. 1. 직장생활을 그만둔 후 2004. 4. 10. 지인의 소개로 고철을 구입할 수 있는 기회를 갖게 되자 법인 설립을 구상하면서 일단 자신의 처인 원고 유AA의 명의로 '△△기업'이라는 상호의 사업자등록증을 교부 받아 실질적으로 사업을 수행해 오다가 2004. 8. 9. 원고회사를 설립하였다.

"나) 한편, 허BB은 고철도매업을 시작하기 전인 2000년경 평소 친분이 있던 김FF의 소개로 염CC을 알게 되었는데, 당시 김FF은 염CC을 고철회사를 여러 개 운영하고 있는 그룹사의 회장 수준이라고 소개하였다. 그 후 허BB이 고철도매업을 시작할 초기 무렵이던 2004년 5월경 염CC은 김FF과 함께 허BB을 찾아와 원고의 주 거래처인 ♧♧철재를 통해 ◁◁제강에 납품을 하고 싶다면서 고철 거래를 제의하였고, 이에 허BB은△△기업' 대표자인 원고 유AA 명의로 염CC과 거래하기 시작한 후 원고회사 설립 후에는 원고회사 명의로 거래를 계속하였다.",다) 염CC은 위와 같은 거래개시과정에서 원고들에게, 초기 거래처인 ◇◇철강, ▽▽철강의 사업자등록증과 각 법인 명의의 통장 사본 및 대표자들의 명함을 제시하면서, ◇◇철강 등은 실질적으로 자신이 직접 운영하는 회사들이지만 자신은 '◆◆자원' 이라는 상호의 개인업체에 대표로 등재되어 있어 부득이 관리자를 별도로 고용하여 운영하고 있다고 하였다.

라) 그러다가 2005년이 되자 염CC은 원고들에게 ◇◇철강, ▽▽철강에 내부사정이 생겨 별도 업체를 통해 계속 납품해 주겠다고 하였고, 이에 원고들은 그 무렵부터 전과 마찬가지로 염CC이 자신이 실제 운영자라면서 사업자등록증과 통장 사본, 대표자 명함을 제시한 ●●철강, ○○철강, ▲▲철강으로 매입처를 변경하여 거래를 계속하였다.

마) 이 사건 매입처들로부터 원고를 거쳐 ◁◁제강까지 이르는 고철의 유통과정을 살펴보면 다음과 같다. 즉,① 이 사건 매입처들은 ◁◁제강에게 직접 고철을 납품한 후,② 중간상인 원고들에게 이를 유선 통보하고,③ ◁◁제강은 납품된 고철을 검수한 후 일일 고철 입고현황을 지정납품상인 ♧♧철재에게 이메일이나 팩스로 통지하며,④ 그 후 원고들은 ♧♧철재 및 이 사건 매입처들과 각 거래단계별로 매출 ・ 매입에 관한 월 합계 세금계산서를 수수하고,⑤ 공급대가 상당액을 입고일 다음 영업일에 이 사건 매입처들이 지정한 납품회사의 법인 계좌로 송금한다. 위와 같은 고철의 유통 과정에서 발생하는 운반비는 이 사건 매입처들이 부담한다.

5)부산지방국세청은 2006년 4월경 원고회사에 대하여 2004년 2기부터 2005년 2기까지 과세기간에 대한 유통과정 추적조사(이하'1차 세무조사'라 한다)를 실시한 결과, ▽▽철강과 ◇◇철강에 대하여 모두 위장, 가공거래 혐의사항을 발견할 수 없다고 판단한 후 원고회사가 유통과정과 관련하여 부실 세금계산서를 수수한 사실 등을 발견할 수 없다면서 1차 세무조사를 종결한 바 있다.

6) 한편, 정DD과 염CC은 부가가치세법 규정에 의한 재화나 용역을 공급함이 없이 세금계산서를 교부하여서는 아니 됨에도 이에 반하여 ▽▽철강 또는 ◇◇철강 명의의 세금계산서를 교부하였다는 등의 범죄사실로 각 조세범처벌법위반죄로 기소되어 형사 처벌 받았다(창원지방법원 2009. 2. 16. 선고 2008고단1272 판결). 그러나 원고회사 및 허BB은 허위 세금계산서 수취로 인한 조세범처벌법위반혐의에 대하여, 관련 자료들로 보아 염CC과 통정하거나 이를 인식하고 허위의 세금계산서를 교부받았다고 볼 증거가 부족하다는 이유로 2008. 7. 10. 및 2010. 1. 7. 부산지방검찰청으로부터 각 혐의 없음 처분을 받았다(2008형제66212호 및 2010형제1804호).

[인정근거] 앞서 든 각 증거, 갑 제3, 4,7, 8호증의 각 1, 2, 갑 제5, 6, 10, 13, 17 호증의 각 기재, 증인 염CC의 일부 증언

라. 판단

1) 이 사건 각 부가가치세 부가처분의 적법 여부

가) 부가가치세법 제17조 제2항 제1호의2는 '세금계산서에 필요적 기재사항의 전부 또는 일부가 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액은 매출세액에서 공재하지 아니한다.'라고 규정하고 있는데, 여기서 '사실과 다르다'는 의미는 세금계산서에 기재된 필요적 기재사항의 내용이 그 재화 또는 용역을 실제로 공급하거나 공급받는 주체와 가액 및 시기 등과 서로 일치하지 아니하는 경우를 말하고(대법원 1996. 12. 10. 선고 96누617 판결 등 참조), 실제의 공급자와 세금계산서상의 공급자가 다른 세금계산서는, 공급받는 자가 세금계산서의 명의위장사실을 알지 못하였고 알지 못한 데에 과실이 없다는 특별한 사정이 없는 한, 그 매입세액을 공제 내지 환급받을 수 없으며, 공급받는 자가 위와 같은 명의위장 사실을 알지 못한 데에 과실이 없다는 점은 매입세액의 공제 내지 환급을 주장하는 자가 이를 증명하여야 한다(대법원 2002. 6. 28. 선고 2002두2277 판결 등 참조).

그러나 재화나 용역을 공급받는 자에게는 상대방이 위장사업자인지의 여부를 적극적으로 조사할 의무는 없다고 할 것이므로, 그 상대방이 거래적격자에 해당하는지의 여부를 판단하기 위한 자료를 수집하는 과정에서 밝혀진 사실관계를 기초로 하여 판단하여 볼 때 위장사업자라고 의심할 만한 충분한 사정이 있어야만, 그 상대방이 위장사업자라는 사실을 알지 못한데 대하여 과실이 있다고 보아야 할 것이다(대법원 1997. 9. 30. 선고 97누7660 판결 참조).

나) 앞서 인정한 사실들에 의하면, 원고들에게 실제 이 사건 고철을 공급한 자는 이 사건 매입처들이 아니라 염CC이라 할 것인데, 이 사건 세금계산서에는 그 공급명의자가 이 사건 매입처들로 되어 있으므로, 이는 사실과 다르게 기재된 세금계산서에 해당한다.

다) 그런데, 앞서 인정한 사실들 및 갑 제9호증, 갑 제14호증의 1 내지 11, 갑 제15호증의 1,2, 갑 제16호증의 1 내지 5의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉 ① 실제 거래대상인 고철은 중간상인 원고를 거치지 않고 이 사건 매입처들로부터 ◁◁제강으로 직접 납품되는 고철의 유통과정을 고려하면, 원고들로서는 특별히 고철을 매입할 때마다 일일이 이 사건 매입처들을 방문하여 고철의 이동 여부 등을 확인할 필요가 없을 뿐 아니라, 실제 이를 확인하기란 현실적으로 불가능한 점,② 더구나 고철의 발생처인 공장, 폐차, 폐구조물 등에서부터 최종 수요자인 제강회사에 이르기까지 거치게 되는 고철 유통업체인 고물상, 중간상 및 납품상은 단순히 제강회사에 공급된 물량에 대하여 제강회사의 검수에 따라 결정된 단가의 고철대금만을 지급하기 때문에, 발생처로부터 제강회사까지 정해진 기간 내에 제대로 고철이 납품이 되는지에만 관심이 있을 뿐이므로, 매입처들의 사업장이나 설비, 임직원 및 고철의 실존 여부 등에 대한 현장을 확인할 필요도 없는 점,③ 염CC은 거래 초기 원고들에게 이 사건 매입처들의 사업자등록증과 그 명의의 통장 사본 및 대표자 명함 등을 제시하였고, 원고들은 이 사건 고철 거래와 관련하여 이 사건 매입처들과 그 대표자 명의로 발행된 세금계산서를 수취해 온바, 사정이 이와 같다면 원고들로서는 염CC이 이 사건 매입처들을 대리하여 원고들과 이 사건 고철 거래를 해 온 것으로 볼 여지가 충분한 점,④ 또한 원고들이 이 사건 고철 거래대금을 이 사건 매입처들 명의의 계좌로 이체 ・ 지급하면 그 후 염CC 등이 이를 다시 인출해 분배하는 방식을 취한바, 이러한 이득배분 경위는 통상의 자료상 거래와 달라 제3자인 원고들로서는 실사주라는 염CC과 이 사건 매입처들 사이에 협력관계 내지는 제휴관계가 있는 것으로 볼 여지가 충분한 점,⑤ 고철의 수거 및 제강회사 납품에 소요되는 운반비는 이 사건 매입처들이 부담하고, 원고들은 이 사건 고철 거래와 관련한 모든 사항을 이 사건 매입처들의 실질적인 운영자로 믿고 있던 염CC의 개인 휴대폰을 통해서만 결정 ・ 통보하여, 이 사건 매입처들의 사무실 소재지나 그 전화번호를 알지 못하였고 또 알 필요가 없었으므로, 원고들로서는 ◆◆자원과 이 사건 매입처들의 사무실 소재지가 서로 달라 이 사건 매입처들이 실제 거래처인지 여부에 대해 충분히 의심할 수 있는 상황이었다고 보기 어려운 점,⑥ 부산지방국세청이 실시한 1차 세무조사 결과에 의하더라도 ▽▽철강과 ◇◇철강은 자료상이 아니라는 것인바, 세무조사의 수검자인 원고들로서는 과세관청의 위와 같은 세무조사결과를 전적으로 신뢰할 수밖에 없을 뿐 아니라 과세관청조차 몰랐던 위장 ・ 가공거래사실을 원고들이 알았거나 알지 못함에 과실이 있다고 인정할 수는 없는 점,⑦ 원고회사와 △△기업을 실질적으로 운영해 온 허BB은 고철도매업을 시작할 당시부터 염CC과 사이에 거래를 시작해 왔는바, 이와 같이 고철도매업체의 운영 경험이 거의 없던 원고들로서는 그 후 수년간 고철 납품거래도 정상적으로 이루어져 왔고 과세관청조차 이 사건 매입처들이 정상 업체임을 확인해 준 상황에서 이 사건 매입처들의 위장거래 여부에 대해 의심하기는 어려웠을 것으로 보이는 점,⑧ 염CC 역시 관련 형사사건에 참고인으로 출석하여 원고가 이 사건 세금계산서가 허위임을 알지 못하였을 뿐 아니라 이 사건 매입처들의 위장거래 여부에 대하여 의심할 사정도 없었다고 진술한 바 있는 점,⑨ 원고들은 고철도매업 시작 후 단 한 차례도 조세를 체납한 사실이 없고, 이 사건 고철 거래와 관련한 허위 세금계산서 발행으로 어떠한 이익도 누린바 없는 점,⑩ 조세범처벌법위반과 관련한 형사사건에서도 원고회사는 혐의 없음 처분을 받은 점,⑪ 원고들과 같은 방법으로 염CC과 거래한 업체 중에서 위장거래에 관한 선의 ・ 무과실을 인정받아 과세처분을 취소 받은 업체도 2개나 있는 점(원고들 2010. 8. 19. 제출 참고자료 및 2010. 10. 9. 제출 참고자료 참조)을 종합해 보면, 원고들로서는 이 사건 세금계산서의 공급자 명의가 실제 공급자와 다르다는 사실을 알지 못하였다 할 것이고, 또한 원고들에게 그와 같이 알지 못한 데에 과실이 있다고 보기도 어려우므로, 이와 다른 전제에서 한 이 사건 각 부가가치세 부가처분은 위법하다.

2) 이 사건 각 법인세 부가처분의 적법 여부

가) 구 법인세법(2009. 1. 30. 법률 제93346호로 개정되기 전의 것, 이하 '법인세법'이라 한다) 제76조 제5항이 재화나 용역을 공급받은 법인으로 하여금 세금계산서 등의 정규지출 증빙서류를 수취하지 않은 경우 가산세를 부담하도록 하는 것은 법인의 경비지출 내용의 투명성을 제고함과 아울러 거래상대방 사업자의 과세표준 양성화를 유도하기 위한 것으로서, 그 목적의 정당성이 인정되며 과세표준 양성화 대상이 되는 거래 상대방 사업자에게 성실신고의무를 부과하는 것만으로는 이러한 입법목적 달성에 어려움이 있으므로, 재화나 용역을 공급받는 법인에게 정규지출 증빙서류를 수취하도록 하고 그 의무위반에 대하여 그 수취하지 아니한 금액의 일정 비율에 상당한 금액을 추가하여 납부하도록 제재하는 것이므로(헌법재판소 2005. 11. 24.자 2004헌가7 결정, 2007. 5. 31.자 2006헌바88 결정 참조), 위 규정에 의한 가산세는 실제의 거래가 있음에도 그 지출 증빙서류를 수취하지 않은 경우에 적용되어야 하고, 이 사건과 같이 실제 거래의 내용과 다른 증빙서류를 수수한 행위에 대하여는 적용할 수 없다.

나) 따라서 이 사건 고철 거래에 관하여 법인세법 제76조 제5항을 적용하여 원고 회사에게 증빙 미수취를 이유로 법인세에 대한 가산세를 부과한 이 사건 각 법인세 부과처분은 위법하다.

3. 결 론

그렇다면, 원고들의 이 사건 청구는 모두 이유 있으므로 이를 각 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.