처분청은 청구법인이 1994.12.14. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 토지 279.1㎡를 취득한 후 1995.5.31. 그 지상에 건축물 660.04㎡를 신축 취득하여 이중 327.51㎡(이하 “이건 건축물”이라 한다)를 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하였으므로 이건 건축물의 면적비율(49.62%)에 의해 안분한 토지 취득가액(106,649,520원)과 이건 건축물 취득가액(124,050,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액(농어촌특별세)을 차감한 취득세 5,536,780원, 등록세 4,675,050원, 교육세 797,870원, 농어촌특별세 1,556,470원, 합계 12,566,170원(가산세포함)을 1996.5.15. 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구법인은 ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 법인으로서 이건 건축물을 신축 취득하여 조합원들의 입출금 등 편의도모와 자체회관으로 사용코자 하였으나 조합의 자산증가를 위하여 일부 임대하였는 바, 지방세법 제290조제2항에서 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세 등을 면제하되, 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유의 업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세 등을 추징한다고 규정되어 있으므로 1년이 경과되는 시점에서 면제된 취득세 등을 추징해야 함에도 처분청이 이건 건축물 취득일(1995.5.31.)로부터 1년 이내인 1996.5.15. 가산세를 포함하여 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 법인이 취득한 부동산을 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 부동산에 대하여 취득일로부터 1년 이내에 과세면제된 취득세 등을 부과고지한 처분이 적법한지 여부에 관한 다툼으로서

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

지방세법 제290조제2항에서 “다음 각호의 법인이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여는 취득세와 등록세를 면제한다. 다만, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다”라고 규정하면서, 그 제9호에서 “ㅇㅇ조합법에 의하여 설립된 ㅇㅇ조합(...)”이라고 규정하고, 같은법 제120조제3항에서 “이 법 또는 다른 법령에 의하여 취득세를 ... 과세면제 ... 받은 후에 당해 과세물건이 취득세 부과대상 또는 추징대상이 된 때에는 제1항의 규정에 불구하고 그 사유발생일로부터 30일 이내에 당해 과세표준액에 제112조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 세액(...)을 신고납부하여야 한다”라고 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구법인의 경우에 대하여 살펴보면

청구법인은 이건 건축물을 신축 취득한 후 고유업무에 직접 사용하지 아니하고 임대하고 있으므로 과세면제 되었던 취득세 등을 부과고지한 사실은 제출된 관계증빙자료에 의해 알 수 있다.

그런데 청구법인은 조합의 자산증가를 위해 이건 건축물을 일시적으로 임대하였음에도 처분청에서 지방세법의 규정에 의한 취득후 1년의 유예기간을 무시하고 이건 건축물 취득일로부터 1년 이내에 과세면제되었던 취득세 등을 부과고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 지방세법 제290조제2항에서 ㅇㅇ조합이 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득한 부동산은 취득세 등을 과세면제토록 하고 있으나, 취득일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 당해 부동산을 그 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 취득세 등을 추징한다고 규정하고 있는 바, 여기에서 부동산 취득후 1년 이내 직접 사용하지 못한 정당한 사유란 법인이 부동산을 취득한 후 고유업무에 직접 사용하기 위한 정상적인 노력과 추진을 말하는 것으로서 당해 부동산 취득후 고유업무에 직접 사용할 수 있음에도 취득후 1년 이내에 고유업무 이외의 용도로 사용하는 것까지를 포함하는 것은 해당되지 아니한다 할 것이므로, 청구법인의 경우 1994.12.14. 이건 토지를 취득한 후 사무실 및 자체회관으로 사용하기 위하여 1995.5.31. 이건 토지상에 이건 건축물을 신축 취득하였으므로 이 날로부터 고유업무에 직접 사용할 수 있었음에도 이건 건축물을 청구외 ㅇㅇㅇ 등 3인에게 1995.6.26.부터 24개월간 전세계약을 체결하고 임대해 준 사실이 임대차계약서에 의해 알 수 있으므로 청구법인이 이건 건축물 취득후 고유업무에 사용코자 노력한 사실이 없다 하겠고, 청구법인의 법인등기부등본상 고유업무에 임대업이 없으므로 이건 건축물을 임대업에 공하였다면 고유업무에 직접 사용한 것으로 볼 수 없다 하겠으므로 처분청에서 이건 건축물의 임대일을 취득세 납세의무 성립일로 보아 취득세 등을 부과고지한 처분은 적법하다 하겠으나, 처분청에서 세액산출시 취득세 및 등록세에 부과고지되는 교육세 및 농어촌특별세액이 잘못 산출되었으며, 또한 관계법령에 의하여 취득세ㆍ등록세가 과세면제 되었다가 추징대상이 된 경우 신고납부 의무를 규정한 지방세법 제120조제3항의 규정은 1995.1.1.부터 시행됨에도 시행일 이전에 취득이 이루어진 이건 토지에 대하여 이건 건축물의 비율에 따라 안분계산하여 산출한 취득세 등에 대한 가산세를 부과한 처분은 법리를 오해한 흠이 있다 하겠다.

따라서 청구법인의 주장은 이유가 없다고 인정되나, 세액산출 및 취득세 등에 대한 가산세 부과처분은 위법성이 인정되어 지방세법 제58조제5항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1996. 11. 27.

내 무 부 장 관