2. 항소비용은 피고가 부담한다.

피고가 2005. 12. 9. 원고에 대하여 한 2003년 1기 부가가치세 753,942,140원, 2003년 2기 부가가치세 5,557,756,140원, 2004년 1기 부가가치세 6,164,741,920원, 2004년 2기 부가가치세 125,389,850원 및 2003년 법인세 1,080,895,470원, 2004년도 법인세 1,052,230,630원의 각 부과처분을 각 취소한다(2008. 3. 24.자 청구취지변경서의 청구취지에 기재된 각 세액은 오기로 보인다).

2. 항소취지

제1심 판결 중 피고 패소부분을 취소하고 위 취소 부분에 해당하는 원고의 청구를 기각한다.

제1심 판결의 해당부분 기재와 같으므로 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

2. 이 사건 부과처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

제1심 판결의 해당부분 기재와 같으므로 이를 그대로 인용한다.

나. 관계법령

아랫부분을 추가하는 것을 제외하고는 제1심 판결의 해당부분 기재와 같으므로 이를 그대로 인용한다.

부가가치세법 제1조 (과세대상)

부가가치세법 제6조 (재화의 공급)

다. 판단

(1) 먼저, 이 사건 부과처분 중 부가가치세부과처분 부분에 관하여 본다.

부가가치세법 제1조 제1항 제1호는 부가가치세 과세대상으로서 '재화의 공급'을 규정하고 있고, 제6조 제1항은 "재화의 공급은 계약상 또는 법률상의 모든 원인에 의하여 재화를 인도 또는 양도하는 것으로 한다."라고 규정하고 있는바, 부가가치세가 다단계 거래세로서의 특성이 있는 점 등에 비추어 볼 때, 부가가치세법 제6조 제1항 소정의 '인도 또는 양도'는 실질적으로 얻은 이익의 유무에 불구하고, 재화를 사용ㆍ소비할 수 있는 권한을 이전하는 일체의 원인행위를 모두 포함하고, 이 경우 어느 일련의 거래과정 가운데 특정 거래가 부가가치세법 소정의 재화의 공급에 해당하는지 여부는 각 거래별로 거래당사자의 거래의 목적과 경위 및 태양, 이익의 귀속주체, 대가의 지급관계 등 제반 사정을 종합하여 개별적ㆍ구체적으로 판단하여야 하며, 그 특정 거래가 실질적인 재화의 인도 또는 양도가 없는 명목상의 거래라는 이유로 그 거래과정에서 수취한 세금계산서가 매입세액의 공제가 부인되는 부가가치세법 제17조 제2항 제1의 2호가 규정하고 있는 '사실과 다른 세금계산서'에 해당한다는 점에 관한 증명책임은 과세관청이 부담함이 원칙이다(대법원 2008. 12. 11. 선고 2008두9737 판결 등 참조).

돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 갑 제6호증의 1 내지 갑 제127호증의 28(가지번호 포함)의 각 기재에 변론 전체의 취지를 더하여 보면, 원고는 제1심 판결 별지 1 '세금계산서 내역'기재와 같이 2003. 5. 20.부터 2004. 8. 13.까지 사이에 엔우, 골드와이드, 선영금은 등 19개 업체로부터 97,030,922,977원 상당의 금지금을 매입한 사실, 원고는 위와 같이 매입한 금지금 중 위 별지 1 순번 제20, 21, 23, 24, 26, 27, 30, 31, 34, 35, 36, 37의 각 매입세금계산서와 관련하여서는 제1심 판결 별지 2 '원고의 매입 및 국내매출 내역'기재와 같이 공급가액 합계 934,190,040원 상당의 금지금을 @@@블유넷, @@아, @@석, @@@엔느 등의 국내업체에 매출하였고, 나머지 매입세금계산서와 관련하여서는 공급가액 합계 96,096,732,937원의 금지금을 이 사건 수출처에 수출한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같은 사실관계 및 기록에 나타난 여러 사정을 앞에서 본 법리에 비추어 살펴보면, 이 사건 금지금이 수입되어 수출되기까지의 일련의 전체거래가 대부분 하루 또는 이틀 만에 이루어지고, 그 중간 단계에 부가가치세가 면제되는 금지금을 매입한 다음 면세추천을 받지 아니한 자에게 부가가치세 과세대상이 되는 금지금으로 공급하면서 세금계산서를 작성ㆍ교부하고 그 부가가치세 상당액을 납부하지 않는 이른바 폭탄업체가 존재하고 있는 점 등의 사정만으로는 이 사건 일련의 거래 중의 하나인 이 사건 세금계산서에 기한 거래가 세금계산서만을 발행하여 수수하거나 실제 금지금이 인도되거나 대금이 지급되었더라도 폭탄영업을 실제거래로 위장하기 위한 명목상의 거래로서 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정하기는 어렵다.

따라서 이 사건 세금계산서에 기한 거래가 재화의 공급이 없는 명목상의 거래임을 전제로 한 이 사건 각 부가가치세부과처분은 위법하다고 할 것이다.

(2) 다음으로 이 사건 부과처분 중 법인세 부과처분 부분에 관하여 본다.

위 구 법인세법 제76조 제5항, 제116조 제2항 제2호에 의하면, "납세지 관할세무서장은 법인이 사업과 관련하여 사업자로부터 재화를 공급받고 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 세금계산서를 수취하지 아니한 경우에는 그 수취하지 아니한 금액의 100분의 2에 상당하는 금액을 가산한 금액을 법인세로서 징수하여야 한다."라고 규정하고 있고, 구 부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조는 "납세의무자로 등록한 사업자가 재화를 공급하는 때에는 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭, 공급받는 자의 등록번호, 공급가액과 부가가치세액 등을 기재한 세금계산서를 공급을 받은 자에게 교부하여야 한다."라고 규정하고 있다.

그런데 앞에서 본 바와 같이 이 사건 세금계산서에 기한 거래가 부가가치세 과세대상이 되는 재화의 공급이 아니라고 단정할 수 없는 이상 그에 따라 수취한 이 사건 세금계산서 역시 구 부가가치세법 제16조의 규정에 의한 적법한 세금계산서가 아니라고 단정하기는 어렵다.

따라서 이 사건 세금계산서가 위장 세금계산서임을 전제로 한 이 사건 각 법인세부과처분 역시 위법하다고 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 부과처분은 모두 위법하다고 할 것이나, 제1심이 원고의 청구를 일부 기각하고 일부 인용한 것에 대하여 피고만이 그 패소 부분에 불복하여 항소한 이 사건에 있어서는 피고에게 제1심보다 불리한 판결을 선고할 수 없으므로, 결국 피고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.