울산세관 | 울산세관-조심-2017-73 | 심판청구 | 2017-12-12
울산세관-조심-2017-73
청구법인이 해경에 판매한 쟁점물품이 부가가치세 면제대상인 조특법 제106조 제2항 제3호의 “과세사업에 사용하기 위한 선박”에 해당하는지 여부
심판청구
기타
2017-12-12
울산세관
심판청구를 기각한다.
가. 청구법인은 해양경찰청(이하 “해경”이라 한다)으로부터 5척의 해경경비함(관세율 : 무세, 이하 “쟁점물품”이라 한다)을 수주받은 후, 처분청으로부터 「관세법」 제188조 단서 및 같은 법 시행령 제204조에 따른 “내․외국물품 혼용 승인”을 받아 청구법인의 보세공장에서 외국원재료와 내국원재료를 혼용하여 쟁점물품을 제조하였다. 나. 청구법인은 2012.1.12.부터 2012.7.12.까지 처분청에 납세의무자를 청구법인으로 하여 수입신고번호OOO호 외 4건으로 쟁점물품을 수입신고하면서, 각 쟁점물품의 가격에서 외국물품이 차지하는 비율(3.11～14.41%)에 해당하는 금액을 과세가격으로 하여 이에 대한 부가가치세 OOO원을 신고납부하고, 처분청으로부터 이를 수리받은 다음 쟁점물품을 해경에 납품하였다. 다. OOO세관장은 2016.10.18. 청구법인에게 「수출입 안전관리 우수업체 공인 및 운영에 관한 고시」(이하 “AEO고시”라 한다) 제21조에 따라 쟁점물품 생산 당시 외국원재료 비율이 과소신고되어 과세표준이 누락되는 등 청구법인의 “내․외국물품 혼용 승인” 신청 오류에 대하여 자율점검 안내를 하였고, 청구법인은 2016.10.20. 처분청에 각 쟁점물품의 가격에서 외국물품이 차지하는 실제 비율(83.34～92.44%)에 따른 과세가격을 수정신고하고, 당초 신고납부시 누락된 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 수정신고․납부하였다. 라. 청구법인은 쟁점물품이 수입신고 당시 시행되었던 「조세특례제한법」 제106조 제2항 제3호(이하 “쟁점면세조항”이라 한다)에서 규정한 부가가치세가 면제되는 “과세사업에 사용하기 위한 선박”에 해당한다는 이유로, 2016.12.30. 처분청에 당초 신고납부한 부가가치세 OOO원 및 수정신고․납부한 부가가치세 OOO원 합계 OOO원의 환급을 구하는 경정청구를 제기하는 한편, 가산세 OOO원의 면제를 신청하였으나, 처분청은 2017.2.28. 이를 모두 거부처분하였다. 마. 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.17. 심판청구를 제기하였다.
가. 청구법인 주장 (1) 쟁점물품은 수입신고 당시 시행된 쟁점면세조항에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다. (가) 구 「조세특례제한법」(2014.1.1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것) 제106조 제2항 제3호에서 “과세사업에 사용하기 위한 선박”은 부가가치세를 면제한다고 규정하였다가, 2014.1.1. 법률 제12173호로 개정된 「조세특례제한법」 제106조 제2항 제3호(이하 “개정 후 면세조항”이라 한다)에서 “과세사업에 사용하기 위한 선박(제3자에게 판매하기 위하여 선박을 수입하는 경우는 제외한다)”고 개정되었고, 개정 부칙 제2조 제2항에서 부가가치세에 관한 개정 규정은 이 법 시행 후 재화를 수입신고하는 분부터 적용한다고 규정하고 있다. 따라서, 2013.12.31.까지 수입된 과세사업에 사용하기 위한 선박은 “판매용”이라고 하더라도 부가가치세가 면제되고, 2014.1.1. 이후 수입된 선박은 과세사업에 사용하기 위한 선박이더라도 “판매용” 선박은 부가가치세 면제 대상에서 제외된다. (나) 쟁점물품은 개정 후 감면조항이 시행되기 이전인 2012.1.12.부터 2012.7.12.에 걸쳐 수입신고되었으므로 쟁점물품을 제3자에게 판매하기 위하여 수입한 것이라 하더라도 “과세사업에 사용하기 위한 선박”의 범위에 포함되므로 부가가치세가 면제되어야 한다. (다) 처분청은 “과세사업” 여부를 수입자가 아닌 최종수요자를 기준으로 판단하여야 한다는 의견이나, 개정 후 면세조항도 수입자가 선박판매업자인 경우에는 면제 대상이 아니라고 규정하고 있을 뿐이고, 국세청에서는 쟁점면세조항 하에서 수입자가 “판매용” 선박을 수입하더라도 부가가치세가 면제된다고 2회에 걸쳐 유권해석하였으므로 “과세사업”의 판단기준은 수입자를 기준으로 판단하여야 한다. (라) 처분청은 쟁점물품에 대한 수입부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있으므로 면세의 필요성이 없다는 의견이나, 판매 목적으로 선박을 수입하는 경우뿐만 아니라 다른 과세사업(선박임대업, 화물운송업 등)을 목적으로 선박을 수입하는 경우에도 수입부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있으므로 위와 같은 처분청 의견은 타당하지 않다. (2) 이 건 거부처분은 소급과세금지의 원칙을 위배하였으므로 취소되어야 한다. (가) 납세의무 성립 후 새로운 법률에 따른 소급과세는 조세법률주의 원칙상 허용될 수 없는바, 개정 후 면세조항은 기존의 세법해석을 명확화한 것이 아니라 기존의 부가가치세 면제 대상범위를 축소하는 것으로 개정되었고, 부칙 제2조 제2항에서 해당 개정 규정은 이 법 시행 후 수입신고되는 분부터 적용하도록 규정하고 있다. 따라서, 2012년에 수입된 쟁점물품은 개정 후 면세조항이 적용될 수 없고 쟁점면세조항 하에서는 선박판매업도 당연히 과세사업의 범위에 포함되는바, 쟁점물품에 대하여 부가가치세를 과세하는 것은 개정 후 면세조항을 소급하여 적용하는 것이므로 소급과세금지의 원칙에 정면으로 반하고, 「조세특례제한법」 개정 전․후를 동일하게 취급하는 결과가 되어 개정 부칙 제2조 제2항의 취지에 맞지 아니한다. (나) 국세청장은 2007년 및 2011년 쟁점면세조항 하에서 “판매용” 선박을 수입하더라도 부가가치세가 면제된다고 유권해석하였고, 위와 같은 국세청장의 유권해석은 2013.4.24.자 기획재정부장관의 유권해석을 통하여 선박건조(판매)사업자가 “판매용” 선박을 수입하는 경우에는 부가가치세가 과세되는 것으로 변경되었으나, 2013.4.24.자 기획재정부장관의 유권해석은 쟁점면세조항 하에서 “판매용” 선박을 부가가치세 면제 대상에서 제외할 수 있는 어떠한 명시적인 근거 없이 면세의 범위를 축소시키는 것이므로 조세법률주의에 반한다. (다) 「국세기본법」 제18조 제3항 및 「관세법」 제5조 제2항에서 세법해석의 변경에 따른 소급과세금지의 원칙을 천명하고 있는바, 2013.4.24.자 기획재정부장관의 유권해석이 법리적으로 타당하다고 하더라도 그 이전에 이미 수입신고가 완료되어 납세의무가 성립한 쟁점물품에 대하여 변경된 유권해석을 적용할 수 없으므로, 2012년 수입신고시 및 2016년 수정신고시 납부한 부가가치세 및 이에 따른 가산세는 납세의무가 존재하지 아니하므로 전액 감액경정되어야 한다. (라) 처분청은 납세자에게 일반적으로 받아들여진 비과세 관행이 성립하지 아니하였다는 의견이나, 개별 납세자의 인식 여부에 따라 비과세 관행의 성립 여부가 개별적으로 달리 적용될 수 없는바, 국세청장은 “판매용” 선박이 부가가치세 면제 대상이라는 2007년 및 2011년 유권해석을 일반인들이 쉽게 검색․조회할 수 있도록 국세법령정보시스템에 등재하였으므로 그 자체로 세법의 해석이나 과세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 것으로 보아야 한다. (마) 처분청은 해경경비함의 경우 2002년부터 2013년까지 일관되게 수입신고 당시 부가가치세를 신고납부하였으므로 비과세 관행이 성립되지 아니하였다는 의견이나, 비과세 관행의 존재 여부 판단은 해경경비함을 기준으로 판단해야 하는 것이 아니라 판매용 수입 선박을 기준으로 판단하여야 한다. (바) 처분청은 쟁점물품에 대하여 수입신고수리 전까지 부가가치세 면제 신청이 되지 아니하였으므로 부가가치세를 면제할 수 없다는 의견이나, 조세의 감면 요건은 납세의무의 유무에 직결되는 사항으로서 절차적인 사항이 아니라 실체적인 사항이므로 그 신청절차도 「관세법」이 아닌 각 실체법을 따라야 하는바, 쟁점면세조항은 과세사업에 사용하기 위한 선박에 대하여 부가가치세를 면제한다고만 규정하고 있을 뿐 관련 규정 어디에도 별도의 면제신청 절차나 서식을 규정하고 있지 아니하므로 쟁점물품 수입신고 당시 부가가치세 면제 신청을 하지 아니하였더라도 현 시점에서 면제를 주장하여 경정청구가 가능하다. (사) 이는 미가공식료품에 대하여 별도의 부가가치세 면제 신청을 하지 아니하더라도 당연 면제되는 것과 같은 이치이고, 관세청 지침에서도 부가가치세 감면의 경우 사후감면 신청이 가능한 것으로 확인되며, 대법원에서 조세감면의 경우 면제신청을 필요로 하는 특수한 사정이 존재하지 아니하는 경우에는 감면신청을 조세 면제의 필수적인 요건으로 보지 않은 판례와 법령이나 조례에 감면신청에 관한 명문의 규정이 있는 경우에도 감면신청이 없더라도 당연히 감면된다고 판시한 사례가 다수 확인된다OOO (3) 2016년 추가 납부한 부가가치세 본세와 가산세는 중복조사 금지의 원칙에 반하여 납부되었으므로 취소되어야 한다. (가) 「관세법」 제111조 제2항에서 중복조사금지의 원칙을 규정하고 있는바, OOO세관장은 2012.10.22.부터 2012.11.16.까지 청구법인에 대하여 실지심사를 실시하였고, 그 심사대상기간은 쟁점물품이 수입된 시기가 포함된 2010.7.1.부터 2012.10.21.까지임에도 보세공장 내․외자재 혼용률과 관련하여 어떠한 지적도 하지 아니하였다. (나) 처분청은 2016.8.23. 청구법인에게 이메일(e-mail)로 쟁점물품의 수입신고서, 혼용작업신청서 및 내․외자재 목록 등 자료 제출을 요구하였고, 이에 청구법인은 2016.8.29. 및 2016.8.30. 처분청에 관련 자료를 제출하였을 뿐만 아니라 2016.9.1. OOO세관 2층 회의실에서 관세청 감사관실 직원들을 만나 자료를 제출하고 질의․응답하였는바, 2016년에 이루어진 처분청 및 관세청 감사관실의 조사는 중복조사에 해당하여 위법하므로 청구법인은 그에 따른 부가가치세 및 가산세를 납부할 의무가 없다. (다) 청구법인이 2016.10.20. 부가가치세를 수정신고․납부한 이유는 수정신고를 거부함으로써 처분청으로부터 경정․고지를 받을 경우 가산세 부담의 증가와 수정수입세금계산서 발급이 제한되는 불이익을 우려한 부득이한 조치였으므로 수정신고․납부한 부가가치세 및 가산세는 감액경정되어야 한다. (4) 청구법인에게 가산세를 면할 정당한 사유가 있으므로 이 건 가산세 부과처분은 취소되어야 한다. (가) 대법원에서 단순한 법률의 부지나 오해의 범위를 넘어 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 등의 경우에는 그 의무해타를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있으므로 가산세를 부과할 수 없다고 판단OOO하였는바, 쟁점물품이 부가가치세 과세 대상이라고 하더라도 쟁점물품에 대한 부가가치세 면제 여부에 관하여는 법률의 해석상 논란의 여지가 있고, 국세청에서도 2회에 걸쳐 “판매용” 선박은 부가가치세 면제 대상이라고 유권해석하였으므로 이는 전형적인 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 경우에 해당한다. (나) 따라서, 청구법인이 쟁점물품에 대하여 부가가치세를 전혀 납부하지 아니하였던 경우라고 하더라도 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에 해당하고, 부가가치세를 납부하였으나 단지 내․외자재 혼용률 산정에 기술적 오류가 있었던 것에 불과한 이 건의 경우에는 당연히 가산세가 면제되어야 한다.
(1) 쟁점물품은 쟁점면세조항에 따르더라도 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니한다. (가) 쟁점면세조항은 “과세사업에 사용하기 위한 선박”을 수입하는 경우 부가가치세를 면제한다고 규정하고 있고, 「부가가치세법」 제2조 제6호에서 “과세사업”이란 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업이라고 정의하고 있는바, 쟁점면세조항에서 부가가치세 면제 대상으로 규정한 선박은 부가가치세가 과세되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 영위하기 위하여 사용하는 선박으로 보는 것이 타당하다. (나) 쟁점물품은 당초 「부가가치세법」에 따른 과세사업이 아닌 해양경비에 사용할 목적으로 발주․건조된 선박으로서 수입통관 후 청구법인이 사용하지 아니하고 해경에 납품되었으므로 쟁점면세조항에 따른 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니한다. (다) 과세사업과 관련하여 기획재정부장관은 이 건과 같이 보세공장에서 외국원재료 등을 사용하여 선박을 건조한 후 자기 명의로 수입하여 국내에 판매하는 경우에는 쟁점면세조항에서 규정한 부가가치세 면제 대상이 아니라고 유권해석하였고, 동일한 견지에서 같은 항 제4호에서 규정한 “과세사업에 사용하기 위한 「관세법」에 따른 보세건설물품”도 보세건설 종료 후 과세사업의 제품 생산에 사용되는 시설재․설비재로 해석하였다. (라) 이러한 해석은 개정 후 면세조항의 괄호 부분에 “제3자에게 판매하기 위하여 선박을 수입하는 경우는 제외한다.”는 내용이 추가되면서 명확화 되었는데, 괄호 부분을 추가한 것은 기존의 세법 해석을 명문화한 것에 불과하고 이는 면세대상인 선박의 범위를 명확하게 재확인한 것일 뿐 새로운 입법을 통하여 창설적으로 규정한 것이라고 볼 수 없으므로 개정 부칙 제2조 제2항의 적용 대상에 해당하지 아니한다. (마) 부가가치세는 재화 또는 용역의 거래에서 발생한 부가가치를 과세 대상으로 하는 간접세로서 제3자에게 판매할 목적으로 선박을 수입하는 경우 수입부가가치세를 매입세액으로 공제받을 수 있으므로 굳이 수입부가가치세를 면제하여 조세부담을 완화하여 줄 정책적 목적이 적고, 청구법인은 수정신고납부한 부가가치세에 대하여 수정수입세금계산서를 발급받았으므로 청구법인은 실질적으로 부가가치세를 부담하지 아니한다. (바) 쟁점감면조항은 당초 1997.12.28. 「조세감면규제법」으로 신설되었는데, 그 취지는 원래 수입시 부가가치세를 징수하고 조기환급 하던 것을 사전면제로 전환함으로써 이들 사업을 지원하기 위한 조치이고, 대법원에서 과세사업에 공할 선박에 대해 부가가치세를 면제받은 후 면세사업에 전용할 경우 과세사업 지원을 위한 면제조항의 취지에 어긋난다고 판시하였는바, 쟁점물품은 수입신고 당시 해양경비(면세사업)에 사용하기 위한 선박임이 명백하여 과세사업에 사용하기 위한 선박으로 볼 수 없으므로 이 건 경정거부처분은 적법․타당하다. (2) 이 건 거부처분이 소급과세금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 이유 없다. (가) 국세청장은 2005.11.4. 쟁점면세조항에 따른 부가가치세 면제 대상인지 여부는 선박의 용도 및 사업내용 등을 종합하여 판단할 사항이라고 유권해석하였고, 청구법인이 제시한 2007년도 국세청장 질의회신은 사업자가 발주자의 과세사업에 사용하기 위한 선박을 보세공장에서 제조한 후 수입통관하여 발주자에게 인도한 사례이므로 그 전제가 청구주장과 다르며, 「조세특례제한법」 및 「부가가치세법」에 대한 최종 유권해석기관인 기획재정부장관은 2013.4.24. 2007년도 국세청장의 유권해석의 오류를 시정하였다. (나) 소급과세금지의 원칙이 적용되기 위해서는 단순히 세법의 해석기준에 관한 공적 견해의 표명이 있었다는 사실만으로 부족하고, 특정납세자가 아닌 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여져 납세자가 그와 같은 해석 또는 관행을 신뢰하는 것이 무리가 아니라고 인정될 정도에 이른 것을 말한다OOO (다) 청구법인을 포함한 국내 조선업계는 2002년부터 2013년까지 해경경비함을 일관되게 부가가치세 과세 대상물품으로 수입신고하여 왔고, 청구법인 역시 쟁점물품 수입신고시 부가가치세를 신고납부한 사실로 볼 때, 납세자에게 일반적으로 받아들여진 비과세 관행이 성립하였다거나 “판매용” 선박이 부가가치세 면제 대상이라는 국세청장의 유권해석이 불특정한 일반납세자에게 정당한 것으로 이의 없이 받아들여졌다고 볼 수 없다. (라) 한편, 관세 및 내국세를 감면받고자 하는 자는 「관세법 시행령」 제116조에 따라 수입신고수리 전까지 관세감면 신청을 하여야 하는바, 2011년부터 2013년까지 보세공장에서 건조 후 수입신고된 선박 중 부가가치세를 면제받은 선박(화물선) 26척은 수입신고 당시 세관장이 사업종목업태(해운업, 해상운송 등), 과세표준증명원(과세사업자), 수입신고서에 기재된 감면부호 등을 엄격하게 심사하여 과세사업에 사용될 것임을 확인한 후 부가가치세를 면제하였으나, 쟁점물품은 수입신고수리 전까지 부가가치세 면제 신청을 하지 아니하였으므로 부가가치세를 면제할 수 없다. (3) 처분청은 중복조사 금지의 원칙을 위배한 사실이 없다. (가) 관세청장은 2016년 8월 처분청에 대한 업무감사를 실시하던 중 쟁점물품에 대한 외국원재료 비율이 과소신고된 사실 등을 확인하고 OOO세관장에게 이를 통보하였고, OOO세관장은 청구법인에게 자율점검 안내를 하였으며, 해당 안내를 받은 청구법인은 오류를 인정하고 스스로 부가가치세 및 가산세를 수정신고․납부하였는바, 처분청이 쟁점물품의 과세표준과 세액의 결정 또는 경정을 위하여 실지조사 또는 서면조사를 하였거나 청구법인에게 그에 따른 어떠한 처분도 한 적이 없으므로 처분청이 중복조사 금지의 원칙을 위배하였다는 청구주장은 이유 없다. (나) 나아가 중복조사로 인한 과세처분은 위법을 면치 못할 것이지만 이로 인해 납세의무까지 당연히 면하는 것은 아니므로 자발적인 수정신고까지 금지된다고 보기 어렵다. (4) 청구법인은 쟁점면세조항에 따라 쟁점물품의 부가가치세를 면제하였다가 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립으로 인하여 수정신고 및 가산세를 납부한 것이 아니라, 쟁점물품 수입신고시 부가가치세를 신고납부하였다가 내․외국물품 혼용 비율의 오류로 인하여 수정신고한 것인바, 이는 납세자의 의무위반을 탓할 수 없는 정당한 사유에 해당하지 아니하므로 이 건 가산세 면제 신청 거부처분은 적법․타당하다.
① 청구법인이 해경에게 판매한 쟁점물품을 「조세특례제한법」 제106조 제2항 제3호의 “과세사업에 사용하기 위한 선박”으로 보아 쟁점물품에 대한 부가가치세를 면제하여야 한다는 청구주장의 당부 ② 소급과세금지 원칙을 위배하였다는 청구주장의 당부 ③ 중복조사금지 원칙을 위배하였다는 청구주장의 당부 ④ 가산세 면제 신청 거부처분의 당부
[쟁점물품설명] [사실관계및판단] (1) 이 건 처분경위는 다음과 같다. (가) 청구법인은 2012.1.12.부터 2012.7.12.까지 쟁점물품을 자신의 보세공장에서 건조한 후 자신의 명의로 수입신고하면서 「관세법」 제188조 단서 조항에 따라 각 쟁점물품의 가격에서 외국물품이 차지하는 가격의 비율(3.11～14.41%)에 해당하는 금액을 과세가격으로 하여 부가가치세 OOO원을 신고납부하였다. (나) 관세청 감사담당관은 2016.8.16.부터 2016.8.19.까지 처분청에 대하여 세액정정 특정감사 예비조사를 실시하였다가, 2016.8.29.부터2016.9.21.까지 처분청에 대하여 세액정정업무 특정감사를 실시하였다. (다) 처분청으로부터 청구법인에 대한 감사결과를 통보받은 OOO세관장은 2016.10.18. 청구법인에게 보세공장 간 이동물품을 내국물품으로 분류하거나 혼용작업 승인 전 내․외국물품 혼용작업 등에 따른 외국물품 비율 과소계산으로 총 6건, 약 OOO원(가산세 포함)을 부족하게 납부한 사실에 대하여 자율점검한 후, 수정신고 등 결과를 알려달라는 취지의 “AEO업체 통관적법성 정보제공”OOO을 하였다. (라) 청구법인은 2016.10.20. 처분청에 각 쟁점물품의 가격에서 외국물품이 차지하는 실제 비율(83.34～92.44%)에 해당하는 금액을 정당한 과세가격으로 수정신고하고, 누락된 과세가격에 대한 부가가치세 OOO원 및 가산세 OOO원 합계 OOO원을 수정신고․납부하였다. 수입신고시 및 수정신고시 납부한 세액 등은 아래 <표1>과 같다.OOO (마) 청구법인은 2016.12.30. 처분청에 관세행정정보시스템으로 당초 신고납부한 부가가치세 및 수정신고․납부한 부가가치세 합계 OOO원의 경정을 청구함과 동시에 서면으로 수정신고시 납부한 가산세 OOO원의 면제를 신청하였는데, 경정청구서상 정정사유는 “조특법 제106조 제2항 제3호에 의거 부가세 당연 면제 및 가산세 면제”로, 감면코드는 “E106203”(쟁점면세조항에 해당하는 감면코드이다)으로 기재되어 있고, 가산세(보정이자) 면제 신청서상 의무불이행에 대한 정당한 사유로 “조특법 제106조 제2항 제3호에 의거 부가세 당연 면제”가 기재되어 있다. (바) 처분청은 2017.1.18. 청구법인에게 경정청구 5건OOO 및 가산세 면제 신청 5건OOO에 대하여, OOO세관장으로부터 처리의견이 회신되지 아니하여 처리가 지연되고 있다는 취지의 “경정청구 및 가산세 면제신청 처리 지연 안내”를 통지OOO하였다. (사) 처분청은 2017.2.18. 청구법인에게 부가가치세에 대한 경정청구와 가산세 면제 신청을 따로 구분하지 아니하고, 부가가치세 및 가산세에 대하여 “경정청구 기각 통보”OOO를 하였다. (아) 청구법인은 이에 불복하여 2017.3.17. “부가가치세 및 가산세 경정 거부처분을 취소”해 달라는 취지의 심판청구를 제기하였다. (자) 처분청은 가산세에 대한 심판청구와 관련하여 가산세는 경정청구 대상이 아니므로 각하되어야 한다고 본안 전 항변하였다가, 이 건 가산세는 “가산세 면제 신청 거부처분”임에도 청구법인이 “가산세 경정 거부처분 취소”를 청구하여 가산세에 대한 적법한 청구가 없으므로 각하해 달라는 취지로 본안 전 항변을 변경하였다. (차) 이에 청구법인은 예비적으로 “가산세에 대한 경정 거부처분을 취소”하여 달라는 청구취지를 “가산세 면제 신청 거부처분을 취소”하여 달라는 것으로 변경하였다. (2) 청구이유서 및 처분청의 답변서 등 이 건 심리자료를 종합하면, 다음의 사실이 나타난다. (가) 청구법인은 사업자가 과세사업에 사용하기 위한 선박을 「관세법」에 의한 보세공장에서 외국의 원재료 등을 사용하여 제조한 후 자기의 명의로 통관하여 발주자에게 인도하는 경우와 사업자가 선박을 국내에서 판매할 목적으로 수입하는 경우 쟁점면세조항에 따라 부가가치세가 면제된다는 2007.7.3.자 및 2011.7.19.자 국세청장의 유권해석OOO을 제출하였다. (나) 처분청은 수입하는 선박이 과세사업에 사용하기 위한 것인지 여부는 선박의 용도, 사업내용 등을 종합하여 사실 판단할 사항이라는 2005.11.4.자 국세청장의 유권해석OOO과 선박 건조(판매)사업자가 “판매용” 선박을 수입하는 경우에는 쟁점면세조항에 따른 “과세사업에 사용하기 위한 선박”의 수입에 해당하지 아니하므로 선박 수입시 부가가치세가 과세된다는 2013.4.24.자 기획재정부장관의 유권해석OOO을 제출하였다. (다) ‘과세사업에 공할 수입 선박’에 대한 부가가치세 면세조항은 1979.12.28. 법률 제3196호로 「조세감면규제법」 개정시 제11조의2 제3항 제3호로 신설되었는데, 당시 국회 재무위원회의 개정법률안 심사보고서에서 수입시 부가가치세를 징수하고 조기환급하던 것을 사전면제로 전환하여 이들 사업을 지원하기 위한 것으로 나타난다. (라) 「조세감면규제법」상 ‘과세사업에 공할 수입 선박’에 대한 부가가치세 면제규정은 1998.12.28. 법률 제5584호로 「조세특례제한법」 전부개정시 제106조 제2항 제3호의 쟁점면세조항으로 개정되었다가, 2014.1.1. 법률 제12173호로 「조세특례제한법」 일부개정시 개정 후 면세조항으로 개정되었는데, 2013.8.8.자 기획재정부의 「2013년 세법개정안」에서 그 개정이유가 “과세기준 명확화”로 나타나고, 그 하단에 2013.4.24.자 기획재정부 유권해석OOO으로 기(旣) 시행 중인 것으로 기재되어 있다. (마) 2002.8.23.부터 2013.11.15.까지 해경경비함OOO을 부가가치세 과세 대상으로 수입신고한 실적은 112건인데, 이 중 청구법인이 부가가치세 과세 대상으로 수입신고한 실적은 10건으로 나타나고, 쟁점물품 중 4건은 첨부서류 제출없이 P/L(Paperless)로 수입신고되었으며, 나머지 1건은 서류제출 대상으로 수입신고되었는데 수입신고서에 첨부된 서류는 송품장(Invoice) 및 내․외국물품 혼용승인 신청서 2종류로 나타난다. (바) 2011.11.18.부터 2013.12.4.까지 보세공장에서 건조된 후 우리나라로 수입된 선박OOO을 쟁점감면조항을 적용하여 부가가치세 면세 대상으로 수입신고한 실적 26건인데, 처분청이 샘플로 제출한 수입신고번호 41337-13-0*****U호 외 1건의 수입신고서에 감면분납코드 “E106203”이 기재된 것으로 나타나고 첨부된 서류 및 쟁점감면조항의 부가가치세 면제 요건(과세사업) 확인사항과 관련된 기재내용은 아래 <표2>와 같다.OOO (사) 관세청 홈페이지에서 「조세특례제한법」상 부가가치세 면세추천서 또는 감면신청서 제출대상 물품(예 : 제106조의3, 제121조의3)의 경우에는 수입신고수리 전까지 부가가치세 감면추천서 또는 감면신청서 등을 제출하여야 하고, 관세감면 여부에 관계없이 부가가치세가 면세되는 물품은 감면요건에 부합하는 경우 수입신고수리 후에도 감면신청이 가능하다는 2005.6.21.자 관세청장의 업무처리지침OOO이 확인된다. (아) OOO세관장은 2012.10.22.부터 2012.11.16.까지 청구법인에 대하여 AEO 종합심사를 실시하고, 2013.2.8. 청구법인에게 종합심사 결과를 통지OOO하였는데, 심사대상기간은 쟁점물품이 수입신고된 시기가 포함된 2010.7.1.부터 2012.10.21.까지로 나타나고, 결과통지서에서 쟁점물품의 내․외국물품 혼용 비율 오류에 대한 지적사항은 확인되지 아니한다. (자) 처분청은 2016.8.24. 청구법인에게 화물 관련서류 보관기간이 2년이라 2012년 혼용작업신청서를 작년에 폐기해서 서고에도 없으므로 혼용작업신청서, 내․외국물품 혼용물품계산내역(원재료 실소요량 계산서 등)과 원재료별 구입처 내역을 제출하여 달라는 취지의 이메일을 송부하였다. (차) 청구법인은 2016.8.29. 및 2016.8.30. 처분청에 관련 자료를 제출하였고, 2016.9.1. 처분청 2층 회의실에 출장하여 관세청 감사담당자에게 쟁점물품 관련 설명 및 질의․응답하였다고 주장하나, 처분청이 청구법인에게 출석을 요구하거나 자료를 제출하라는 공문은 확인되지 아니한다. (3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여, (가) 먼저, 쟁점①에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점물품이 “판매용” 선박이므로 쟁점감면조항에 따라 부가가치세가 면제되어야 한다고 주장하나, 청구법인이 쟁점물품을 직접 사용하지 아니하고 해경(면세사업자)에게 납품하였으므로 쟁점물품을 과세사업에 사용되는 선박으로 보기 어려운 점, 기획재정부장관이 쟁점면세조항 하에서 “판매용” 선박은 부가가치세 과세 대상이라고 유권해석한 점, 기획재정부의 「2013년 세법 개정안」에서 개정 후 면세조항은 과세기준을 명확화하기 위한 것으로 기재되어 있고, 개정 후 면세조항은 확인적 의미의 법률 개정으로 보이는 점, 개정 후 면세조항은 과세사업용 선박 중 제3자 판매용 선박에 대하여 부가가치세 면제 대상에서 제외한다는 것이므로 과세사업용이 아닌 쟁점물품은 쟁점면세조항에 따르더라도 부가가치세 과세 대상에 해당하는 것인 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 쟁점물품을 부가가치세 면제 대상이 아닌 것으로 보아 청구법인의 경정청구를 거부한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다. (나) 다음으로, 쟁점②에 대하여 살펴본다. 청구법인은 개정 후 면세조항은 부가가치세 면제 대상을 축소한 창설적인 법률개정이고, 국세청장이 2007년 및 2011년 쟁점면세조항 하에서 “판매용” 선박은 부가가치세 면제 대상이라고 유권해석하였음에도 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 소급과세금지원칙을 위배한 처분이라고 주장하나, 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 쟁점물품은 쟁점면세조항에 따르더라도 부가가치세 면제 대상에 해당하지 아니하여 소급과세금지원칙이 적용될 여지가 없는 점, 개정 후 면세조항은 확인적 의미의 개정으로 보이는 점, 2002.8.23.부터 2013.11.15.까지 청구법인을 포함한 다른 수입자들이 보세공장에서 해경경비함을 건조하여 수입한 112건 모두 부가가치세를 신고납부하여 “판매용” 선박에 대하여 비과세 관행이 성립되었다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청의 이 건 거부처분이 소급과세금지원칙을 위배하였다고 보기는 어렵다고 판단된다. (다) 다음으로, 쟁점③에 대하여 살펴본다. 청구법인은 이 건 거부처분이 중복조사를 위배한 처분이라고 주장하나, 단순히 납세협력을 구하는 자료제출 및 설명요구는 중복조사가 금지되는 관세조사라고 보기 어려운 점, 청구법인은 OOO세관장의 자율점검 안내에 따라 내․외국물품 혼용 비율 오류를 인정하고 스스로 수정신고․납부한 것인 점 등에 비추어 볼 때, 이 건 거부처분이 중복조사금지원칙을 위배하였다는 청구주장은 받아들이기 어려운 것으로 판단된다. (라) 마지막으로, 쟁점④에 대하여 살펴본다. 청구법인은 쟁점물품이 부가가치세 면제 대상에 해당하는지 여부에 대하여 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있으므로 가산세가 면제되어야 한다고 주장하나, 이 건은 청구법인이 쟁점물품을 부가가치세 면제 대상으로 신고하였다가 부가가치세 과세 대상으로 밝혀져 과세된 것이 아니라, 청구법인이 과세 대상으로 신고하였다가 오류가 발견되어 수정신고한 사안이므로 세법해석상 의의로 인한 견해의 대립이 있는 경우라고 보기 어려운 점, 쟁점물품 수입신고시 외국물품 비율(3～14%)과 수정신고시 외국물품 비율(83～92%)의 차이가 현저하여 청구법인에게 납세의무를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려운 점 등에 비추어 볼 때, 처분청이 청구법인의 가산세 면제 신청을 거부한 처분도 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.
이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「관세법」 제131조와 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.