2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 주택신축판매업 등을 목적으로 설립된 법인으로서, 2006. 4.경부터 용인시 기흥구 신갈동 435-81 일원에서 아파트를 신축분양하는 사업(이하 ‘이 사건 사업’이라 한다)을 진행하였다.

나. 원고는 2008. 7. 25. 피고에게 위 사업추진 과정에서 지출한 PM(Project Management) 용역비, 금융자문수수료 등(이하 이들을 통틀어 ‘이 사건 용역비’라고 한다)에 대한 부가가치세 매입세액을 공제하고, 공통 매입세액에 대한 면세 관련 불공제 세액을 '0'으로 하여, 2006년도 제1기부터 2008년도 제1기까지 부가가치세 신고를 하였다.

다. 피고는 2008. 8. 13.부터

8. 22.까지 원고의 부가가치세 신고분에 대하여 ‘부가가치세 환급 현지확인’을 실시한 결과, 이 사건 용역비 총 4,691,600,000원에 대하여 별지 매입가액 불공제 내역표(이하 ‘내역표’라고만 한다) 기재와 같이, ① PM 용역비에 대한 부가가치세 매입세액을 사실과 다른 세금계산서로 보아 1,600,000,000원을 매입세액 불공제하고, ② 토지취득 목적의 금융조달을 위한 금융자문수수료, 감정평가수수료, 신용평가수수료, 법률자문수수료 중 토지취득 사용비율에 대한 부가가치세 매입세액, 토지신탁등기 및 소유권이전등기 수수료에 대한 부가가치세 매입세액, 지구단위계획수립용역비에 대한 부가가치세 매입세액은 부가가치세법(2008. 12. 26. 법률 제9268호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제17조 및 동법 시행령(2010. 2. 18. 대통령령 제22043호로 일부개정되기 전의 것, 이하 같다) 제60조 제6항에서 정한 토지 관련 매입세액에 해당하는 것으로 보아 총 2,327,930,000원을 불공제하였으며, ③ 과세면세 겸영하는 사업인 아파트 신축분양사업에 따른 공통매입세액은 부가가치세법...

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