처분청은 청구인이 1997.2.3. ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ가 ㅇㅇ번지 외 12필지 토지 28,273㎡ 및 그 지상건축물 3,272.538㎡(이하 “이 사건 부동산”라 한다)를 청구외 (주)ㅇㅇ와 공유지분(청구인 3분의 2, ㅇㅇ 3분의 1)으로 취득한 후, 그 중 3,332.3㎡의 토지를 1년내에 목적사업에 사용하지 아니하였으므로 청구인의 지분에 해당하는 2,221.54㎡(이하 “이 사건 쟁점토지”라 한다)를 법인의 비업무용 토지로 보아, 그 취득가액(1,078,349,116원)에 지방세법 제112조제2항의 세율을 적용하여 산출한 세액에서 이미 납부한 세액을 차감한 취득세 103,521,500원, 농어촌특별세 9,489,460원, 합계 113,010,960원(가산세 포함)을 2001.1.18. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 해상운송업 등을 목적사업으로 하는 법인으로서, 총 32척의 컨테이너선을 투입 한일, 동남아 항로 전지역에 걸쳐 해상운송 서비스를 실시하고 사업에 필요한 컨테이너 4만여대를 보유하면서 청구외 (주)ㅇㅇ를 통해 관리해 오던 중 (주)ㅇㅇ가 국방부로부터 임차하여 사용하던 기존의 사업장이 ㅇㅇ시의 정보산업단지계획에 의해 ㅇㅇ시에 수용됨에 따라1997.2.3.에 컨테이너 야적장 이전부지로 이 사건 부동산을 (주)ㅇㅇ와 공동으로 취득하였으나, 1997.6.16.에 ㅇㅇ시의 ㅇㅇ대교교량공사계획에 의하여 일부 토지(4,807.1㎡)가 ㅇㅇ시에 수용됨에 따라 컨테이너 야적장으로의 사용이 불가하게 되었는 바, 이 사건 토지 중 일부 토지(20,133.6㎡)는 청구외 (주)ㅇㅇ종합건설에 매각하였고, 나머지 토지 중 청구인 소유지분인 이 사건 쟁점토지는 1997.7.1.에 (주)ㅇㅇ와 빈컨테이너 장치장 운용약정을 체결한 후 계속하여 빈컨테이너 야적장으로 직접 사용하고 있으며, 빈컨테이너 야적장은 행정관청의 인·허가를 요하지 아니함(관세청 고시 1997.8.29. 제1997-34호)에도, 인·허가 없이 사용하였다는 이유를 들어 이 사건 쟁점토지를 법인의 비업무용 토지로 보아, 취득세 등을 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 그 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 이 사건 쟁점토지를 1년내 목적사업에 직접 사용한 토지로 볼 수 있는 지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제112조제2항 및 구지방세법시행령(1998.7.16. 대통령령 제15835호로 개정되기 전의 것)제84조의4제1항제1호에서 법인이 토지를 취득한 날부터 1년내에 정당한 사유없이 당해 법인의 고유업무에 직접 사용하지 아니하는 토지는 법인의 비업무용 토지로 보아 취득세를 중과세 하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1997.2.3. 이 사건 부동산을 청구외 (주)ㅇㅇ와 공유지분으로 취득하였으나, 일부 토지가 ㅇㅇ시에 도로부지로 수용되어 컨테이너 야적장으로의 사용이 어렵게 되자 그 중 일부 토지는 (주)ㅇㅇ종합건설에 매각하였고, 나머지 이 사건 쟁점토지를 빈컨테이너 야적장으로 사용하였고, 처분청은 이 사건 쟁점토지를 빈컨테이너 야적장으로 사용하였다 하더라도 행정관청의 인·허가를 받은 사실 없이 사용하였음은 목적사업에 직접 사용한 경우로 볼 수 없다고 보아, 이건 취득세 등을 중과세하였음을 관계자료에서 알 수 있다.

살피건대, 청구인은 해상운송업 등을 목적사업으로 1961.12.8.에 설립되었고 1985.1.14.에 법원의 회사정리절차개시결정에 의하여 정리절차 중에 있는 법인으로서, 사업에 필수적인 컨테이너 4만여대를 보유하면서 이를 (주)ㅇㅇ에게 운송료 및 관리비를 지급하고 야적해 사용해 오던 중 (주)ㅇㅇ가 임차하여 사용하던 국방부 소유의 토지가 부산정보산업단지개발 계획에 의거 ㅇㅇ시에 매각됨에 따라 그 대체부지로 (주)ㅇㅇ와 공동으로 이 사건 부동산을 취득하였으나, ㅇㅇ시의 도시계획사업에 의한 계획도로가 이 사건 토지를 왼쪽으로 치우쳐 관통하게 되었고, 그 도로부지가 ㅇㅇ시에 수용되어 당초 취득 목적인 보세창고 및 야적장으로의 사용이 어렵게 되자 청구인과 (주)ㅇㅇ는 일부 토지(20,133.6㎡)를 청구외 (주)ㅇㅇ종합건설에 매각하였으며, 그 매각한 토지는 계획도로의 편입으로 당초 취득 목적대로의 사용이 어렵게 되어 부득이 매각한 것으로서 정당한 사유에 해당되므로 법인의 비업무용 토지에서 제외된다는 부산지방법원의 판결(2000.4.20. 99구4297)을 받은 사실을 알 수 있고, 잔여 토지인 이 사건 쟁점토지도 당초 취득 목적인 컨테이너 야적장으로의 사용이 부적합 함에 따라 청구인이 1997.7.1.부터 빈컨테이너를 야적해 온 사실을 직원(과장,ㅇㅇㅇ) 인사발령서와 1997.7월부터 1998.2월까지의 월간 및 일일 컨테이너 반출입대장 및 현장사진에서 알 수 있으며, 컨테이너관리에관한고시 제2-2-1조에서 『컨테이너는 컨테이너보세장치장(C.Y)에 장치하여야 한다. 다만, 물품이 적입되지 않은 컨테이너(이하 “빈컨테이너”라 한다)는 세관장의 승인을 받아 컨테이너보세장치장이 아닌 장소에 장치할 수 있다』고 규정하였다가 1997.8.29. 관세청 고시 제1997-34호에서 제2-2-1조의 단서를 『다만, 물품이 적입되지 아니한 컨테이너(이하 빈컨테이너”라 한다)는 그러하지 아니하다』라고 개정되었는 바, 빈컨테이너 야적장을 설치함에 있어서는 세관장의 승인을 요하지 않을 뿐만 아니라 컨테이너보세장치장이 아닌 다른 장소에서도 설치가 가능하게 된 점 등을 종합해 볼 때, 이 사건 쟁점토지는 유예기간(1년)내에 청구인의 목적사업에 직접 사용한 토지로 보아야 할 것이며, 비록 청구인이 컨테이너관리에관한고시의 개정(1997.8.29.)이 있기 전까지 세관장의 승인 없이 사용하였다 하더라도 단순한 행정법규상의 절차 지연 등 시정이 가능한 경우라든가 사실상 공장 등 법인의 고유업무에 공하고 있으면서 단지 사소한 행정법규의 위반이 있다는 등의 경우까지 위 규정에서 말하는 사용에 해당하지 않는다고 할 수 없다 는 대법원 판결(1998.4.28. 97누20922) 취지에 비추어 볼 때, 이 사건 쟁점토지는 법인의 비업무용 토지에서 제외함이 타당하다 할 것임에도, 처분청이 취득세 등을 중과세한 처분은 잘못이 있는 것이라 하겠다(같은 내용의 행정자치부 심사결정 2001.4.30. 제2001-206호).

따라서 청구인의 주장은 이유가 있다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2001. 5. 28.

행 정 자 치 부 장 관