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가. 원고는 2006. 9.부터 충남 예산군 B 및 C 대지 면적 6,192㎡ 지상에 연면적 2,475.75㎡의 강파이프구조 비닐지붕 동식물 관련시설 수개 동을 신축하여 육계용 닭을 사육하여 왔다.

나. 원고는 2014. 3. 24. 충청남도지사로부터 D사업 대상자로 선정되었고, 사업지원내용은 원고가 축사시설을 현대화함에 있어 총 사업비 10억 6천만 원 중에서 보조금 3억 1,800만 원, 융자 5억 3,000만 원을 지원받고, 나머지는 자부담 2억 1,200만 원으로 지출한다는 것이었다.

원고는 D사업 대상자로 선정됨에 따라 새로운 축사를 신축하기 위하여 2014. 5. 15. 피고로부터 동ㆍ식물관련시설(계사) 용도의 건축허가를 받고, 2014. 6. 5. 피고에게 기존 축사의 철거신고서를 제출하여 그 무렵 위 축사가 철거되었다.

위와 같이 기존 축사가 철거됨에 따라 원고는 2014. 5. 21. 마지막으로 육계를 출하하고, 육계의 사육을 중단하였다.

다. 그런데 기존 축사위치에서의 축사신축과 관련한 주변 주민들의 강한 반대로 원고는 예정되어 있던 새로운 축사를 착공하지 못하게 되었다. 라.

원고는 2014. 9. 29. 충청남도지사에게 D사업 소재지를 예산군에서 서산시로 변경하겠다고 요청하였고, 충청남도지사는 2014. 10. 6. 원고의 사업예정지를 예산군에서 서산시로 변경하였다.

마. 원고는 서산시로부터 사업예정지에서의 축사시설 건축허가를 받지 못하였고, 이에 따라 2015. 6. 26. 원고에 대한 D사업 대상자 선정이 취소되었다.

바. 원고는 2015. 3. 18. 피고에게 가축사육업 휴업신고서를 제출하여 그 무렵 수리되었는데, 자유무역협정체결에 따른 농어업인 등의 지원에 관한 특별법(이하 ‘자유무역협정지원법’이라 한다) 제9조 제2항, 동법 시행령 제6조 제1항, 제3항에 의하여 2015. 6....