1. 원심은, 구 조세특례제한법(2003. 12. 30. 법률 제7003호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘법’이라 한다) 제6조 제4항 제1호 는 법 제6조 제2항 에 의한 소득세 또는 법인세 등 국세감면의 적용을 배제하기 위한 규정일 뿐, 법 제119조 제3항 제1호 및 제120조 제3항 에 의한 취득세, 등록세 등 지방세의 면제에 관하여는 적용되지 않는다고 보아, 원고 회사가 지논 주식회사와 합병함으로써 법 제6조 제4항 제1호 에 해당하여 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당하지 않음을 전제로 취득세 및 등록세 등을 부과한 이 사건 처분은 위법하다고 판단하였다.

2. 그러나 원심의 위와 같은 판단은 다음과 같은 이유로 수긍하기 어렵다.

법 제6조 는 제2항 에서 “ 벤처기업육성에 관한 특별조치법 제2조 제1항 의 규정에 의한 벤처기업 중 대통령령이 정하는 기업으로서 창업 후 2년 이내에 동법 제25조 의 규정에 의하여 벤처기업으로 확인받은 기업(이하 ‘창업벤처중소기업’이라 한다)의 경우에는 … 소득세 또는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.”고 규정하여 창업벤처중소기업에 관하여 정의하면서, 같은 조 제4항 에서 “ 제1항 내지 제3항 의 규정을 적용함에 있어서 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 이를 창업으로 보지 아니한다.”고 하여 같은 조 제2항 의 창업으로 보지 않는 경우를 규정하고 있으므로, 법 제6조 이하에서 ‘창업벤처중소기업’에 해당하는지 여부에 관하여는 법 제6조 가 적용된다고 할 것이고, 따라서 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 소정의 ‘창업벤처중소기업’에 해당 여부도 법 제6조 규정에 의하여 판단하여야 한다 ( 대법원 2004. 9. 3. 선고 2004두7412 판결 참조).

그럼에도 불구하고, 법 제119조 제3항 제1호 , 제120조 제3항 에서 규정하고 있는 창업벤처중소기업에 해당 여부를 판단함에 있어서 법 제6조 제4항 제1호 가 적용될 수 없음을 전제로 위 규정을 적용하여 이루어진 이 사건 처분이 위법하다고 본 원심판결에는 법 제6조 제2항 및 제4항 의 해석에 관한 법리를 오해하여 판결 결과에 영향을 미친 위법이 있고, 이 점을 지적하는 상고이유의 주장은 이유 있다.

3. 그러므로 원심판결을 파기하고, 사건을 다시 심리·판단하게 하기 위하여 원심법원으로 환송하기로 하여 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.