가. 원고는 2009. 7. 1. 설립돼 전자상거래 및 전자상거래 관련 솔루션 사업을 영위하는 회사인데, 2010년 1기 및 2기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 중소기업유통센터(이하 ‘중소기업유통센터’라 한다)로부터 매입세금계산서 9매(공급가액 합계 8,200,598,264원, 이하 ‘이 사건 매입세금계산서’라 한다)를 수취하고, 주식회사 A(이하 ‘A’라 한다)에 매출세금계산서 9매(공급가액 합계 8,322,688,855원, 이하 ‘이 사건 매출세금계산서’라 한다)를 발행ㆍ교부하였다

(이하 이 사건 매입ㆍ매출 세금계산서와 관련된 거래를 ‘이 사건 거래’라 한다). (단위: 원, %) 매입세금계산서 수취내역 매출세금계산서 교부내역 마진율 매입일자 공급가액 매출일자 공급가액 1.48 2010. 3. 31. 1,220,874,600 2010. 3. 31. 1,239,187,700 1.40 2010. 4. 30. 1,155,053,582 2010. 4. 30. 1,171,453,937 1.48 2010. 5. 31. 830,172,091 2010. 5. 31. 842,629,273 1.48 2010. 6. 30. 1,179,247,818 2010. 6. 30. 1,196,938,982 1.48 2010. 7. 31. 960,282,364 2010. 7. 31. 974,686,455 1.48 2010. 7. 31. 319,513,173 2010. 7. 31. 324,306,145 1.48 2010. 8. 31. 586,112,364 2010. 8. 31. 594,903,545 1.48 2010. 8. 31. 666,823,636 2010. 8. 31. 676,826,182 1.48 2010. 9. 30. 1,282,518,636 2010. 9. 30. 1,301,756,636 1.48 합계 8,200,598,264 합계 8,322,688,855

나. 서울지방국세청장은 2011. 5. 17.부터 2011. 8. 24.까지 원고 및 관련 업체 등에 대한 부가가치세 조사를 실시하여, 이 사건 매입ㆍ매출세금계산서를 가공세금계산서로 보아 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 이에 따라 피고는 이 사건 매입ㆍ매출세금계산서를 실물거래 없는 사실과 다른 세금계산서로 판단하고 매입ㆍ매출세액을 각 감액하는 한편, 이 사건 매입ㆍ매출세금계산서 수수에 대하여 구 부가가치세법 2010. 12. 27. 법률 제10409호로...

참조조문