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서울행정법원 2014.11.11 2014구합54851

부가가치세부과처분취소

주문

1. 원고의 청구를 기각한다.

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

이유

1. 처분의 경위

가. 원고는 2010. 9. 20. 주식회사 베네토아이엔디(이하 ‘소외 회사’라 한다)와 사이에 서울 서초구 B 대 559.3㎡, C 대 330.6㎡(이하 ‘이 사건 토지’라 한다) 및 그 지상 6층 건물(이하 ‘이 사건 건물’이라 하고, 이 사건 토지와 이 사건 건물을 통틀어 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 매매대금 34,995,000,000원에 매매하는 내용의 매매계약(이하 ‘이 사건 매매계약’이라 한다)을 체결하였고, 소외 회사는 2010. 11. 3. 이 사건 부동산에 관하여 소외 회사 명의로 소유권이전등기를 마쳤다.

나. 원고는 2011. 1. 31. 이 사건 토지의 양도가액을 34,995,000,000원, 이 사건 건물의 양도가액을 0원으로 하여 양도소득세 7,747,278,775원을 신고납부하였다.

다. 삼성세무서장은 2012. 6. 21.부터 2012. 7. 10.까지 원고에 대한 양도소득세 실지조사를 실시한 결과, 이 사건 부동산의 양도가액에는 이 사건 건물의 양도가액이 포함되어 있으나 그 가액 구분이 불분명하여 총 양도가액을 양도 당시의 기준시가로 안분 계산하여 이 사건 토지의 양도가액을 32,852,699,012원, 이 사건 건물의 양도가액을 2,142,300,988원으로 각각 경정하여 양도소득세 7,747,278,775원을 결정하였고, 이 사건 건물에 대한 양도가 임대사업의 포괄적 양도에 해당하지 아니하여 부가가치세 과세대상이라는 과세자료를 피고에게 통보하였다. 라.

한편, 원고는 이 사건 건물의 양도가액이 0원임을 전제로 장기보유특별공제가 과소계상되었다고 주장하면서, 2012. 8. 30. 삼성세무서장에게 과다납부한 양도소득세 49,054,907원을 환급해달라는 경정청구를 하였으나, 삼성세무서장은 2012. 10. 15. 이 사건 건물의 양도가액을 0원으로 볼 수 없다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다.

마. 원고가...