원고는 건축 및 토목공사업을 주된 업무로 하는 업체(2017. 4. 14. 변경 전 상호: 주식회사 C, 이하 상호변경 전후를 통틀어 ‘원고’라 한다)이고, 피고는 토목공사용 기계장비 및 부품 제조 및 도ㆍ소매업을 주된 업무로 하는 업체이다.

원고는 2014. 9. 2. 피고와 화성시 D 외 5필지(이하 ‘이 사건 공장용지’라 한다)에 유사용기계장비 제조업을 위한 공장(이하 ‘이 사건 공장’이라 한다) 신축을 도급받는 내용의 공사계약(이하 ‘이 사건 공사계약’이라 한다)을 체결하였다.

이 사건 공사계약에 따르면 공사기간은 계약 후 4개월, 공사금액은 2,167,000,000원(부가가치세 포함)이고, 이 사건 공사계약 체결일 당일 계약금으로 총 공사대금의 30%를 지급하고, 중도금은 공사진행 기성고에 따라 지급하며, 잔금은 공사 마감 후 1개월 내에 지급하기로 되어 있다.

원고는 2014. 12. 28. 피고와 설계변경(미시공)으로 인한 공사금액 감액을 이유로 이 사건 공사계약에 따른 공사금액을 1,960,200,000원(부가가치세 포함)으로 감액하는 내용으로 변경하였다.

원고는 이 사건 공사계약에 따라 공사를 진행하던 중 피고의 요청에 따라 ① 총 6동의 이 사건 공장 건물 중 제1동의 건물 바닥에 호이스트 크레인의 움직임을 위한 약 65미터의 레일 설치, ② 호이스트 크레인을 지탱하기 위한 거더 1대 설치, ③ 제2동과 제3동 사이 화장실 설치, ④ 제4동 2층 사무실 벽, 문, 테라스 설치, ⑤ 제2동 칸막이 설치, ⑥ 제4동 프로젝트 창호, 단열프레임, 정면중앙 방풍실 및 통행문 설치 등의 추가공사(이하 ‘이 사건 추가공사’라 한다)를 실시하였다.

원고는 이 사건 공사계약에 따른 공사와 관련하여 피고에게 합계 2,030,600,000원 상당의 전자세금계산서를 발행하였다....