부가가치세법 제59조 (수정세금계산서)

2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 2002. 11. 8. 부동산임대업을 할 목적으로 주식회사 XX밀라노월드(이하 '소외회사'라 한다)와 서울 영등포구 영등포동3가 0 외 24필지 지상 XX밀라노상가 지상 3층 106호(이하 '이 사건 제1사업장'이라 한다)와 지상 6층 91호, 92호(이하 '이 사건 제2사업장'이라 한다)에 관한 분양계약(이하 '이 사건 분양계약'이라 한다)을 체결하였다.

나. 원고는 2002. 11. 12 이 사건 각 사업장에 대하여 별도로 사업자등록을 한 후 2002년 제2기부터 2004년 제2기까지 분양계약에 따른 계약금 및 중도금에 대한 세금 계산서를 수취하여 각각의 법정신고기한 내에 과세표준을 신고함으로써 총 14,383,526 원의 매입세액(이 사건 제1사업장 6,230,724원, 이 사건 제2사업장 8.152,802원)을 환급받았다.

다. 원고는 자금사정 이 좋지 않아 2005. 5. 9. 소외회사에 이 사건 분양계약을 포기 하고 이미 지급한 분양대금 221,257,347원 중 이 사건 분양계약서 제8조에 따른 위약 금 55,314,160원을 지급함과 동시에 분양계약에 대한 모든 권리를 포기하기로 하는 포기각서(이하 '이 사건 포기각서'라 한다)를 작성ㆍ교부하였고, 소외회사는 같은 날 원고에게 이미 지급한 분양대금 221,257,347원 중 위약금 55,314,160원과 국민은행 대출금 110,500,000원을 제외한 나머지 금액을 같은 해 5. 25 까지 원고의 국민은행 계좌로 입금하기로 하는 내용의 확약서(이하 '이 사건 확약서'라 한다)를 작성ㆍ교부하였다.

라. 소외회사는 이 사건 분양계약의 2005. 5. 9.자 합의해제에 따른 원상회복의무로 2005. 5. 25.까지 원고에게 55,443,187원(원고가 납입한 분양대금 221,257,347원 - 중도금 대출금 110,500,000원 - 위약금 55,314,160원)을 지급할 의무가 있지만 이를 이행하지 않았고, 이에 원고는 인천지방법원 2006가단54476호로 소외회사는 원고에게 위 분양대금 55,443,187원 및 이에 대한 지연손해금을 반환하라는 판결(이하 '이 사건 판결'이라 한다)을 선고받았으나 소외회사의 부도로 위 돈을 반환받지 못하였다.

마. 피고는 원고가 이 사건 각 사업장의 사용승인일인 2005. 2. 24 이후에도 사실상 사업개시를 하지 않자 사용승인일로부터 6개월 후인 2005. 8. 24. 이 사건 각 사업장을 폐업한 것으로 보고 2010. 11. 19 원고에 대하여 2005년 제2기 부가가치세 10,384,740원 및 13,588,270원을 경정ㆍ고지하였다(이하 '종전처분'이라 한다).

바. 원고가 2010. 12. 3. 조세심판원에 종전처분에 대한 심판청구를 하자, 피고는 이 사건 분양계약이 이 사건 포기각서 작성일인 2005. 5. 9. 해제된 것으로 보아 위 계약 해제일을 폐업일로 보고 종전처분을 직권취소하고 2011. 1. 13. 원고에 대하여 이 사건 제1사업장과 관련하여 환급받은 부가가치세 10,582,880원(가산세 4,352,160원 포함), 이 사건 제2사업장과 관련하여 환급받은 부가가치세 13,847,530원(가산세 5,694,730원 포함)을 각 경정ㆍ고지하였다(이하 위 각 부가가치세 부과처분을 '이 사건 처분'이라 한다).

사. 원고는 2011. 2. 15. 조세심판원에 이 사건 처분에 대한 심판청구를 하였으나 같은 해 5. 17. 기각결정을 받았다

[인정근거ㆍ다툼이 없거나, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1, 2호증의 각 1 내지 3, 을 제3호증의 1, 2, 을 제4호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

다음과 같은 이유로 이 사건 처분은 위법하다.

1) 이 사건 분양계약의 해제에 따라 위 분양계약에 따른 재화의 공급은 처음부터 존재하지 않았던 것으로 되므로 위 분양계약의 해제에 따른 부가가치세 부과제척기간의 기산일은 당해 매입세액을 공제하여야 할 세액으로 당초에 신고한 각 과세기간의 신고기한 또는 신고서 제출기한 다음날로 보아야 하고, 따라서 원고는 법정신고기한 내에 과세표준신고서를 제출한 것이므로 이 사건 분양계약의 해제에 따른 부가가치세 부과제척기간은 5년이다.

2) 그렇지 않다고 하더라도 원고는 소외회사로부터 이 사건 분양계약의 해제에 따른 수정세금계산서를 교부받지 못하여 위 분양계약의 해제에 따른 부가가치세를 신고ㆍ납부하여야 한다는 것을 알 수 없었으므로 이 사건 처분 중 가산세에 대한 부분은 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 첫 번째 주장에 대하여

가) 부가가치세법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19892호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제59조는 '부가가치세법(2006. 12. 30. 법률 제8142호로 개정되기 전의 것) 제16조 제1항의 규정에 의하여 세금계산서를 교부한 후 그 기재사항에 관하여 착오 또는 정정사유가 발생한 경우에는 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 경정하여 통지하기 전까지 국세청장이 정하는 바에 따라 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다. 다만, 당초의 공급가액에 추가되는 금액 또는 차감되는 금액이 발생한 경우에는 그 발생한 때에 세금계산서를 수정하여 교부할 수 있다'고 규정하고 있고, 국세기본법(2006. 12. 30 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제26조의2 제1항 제2호는 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 부과제척기간이 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간이라고 규정하고 있으며, 동법 제26조의2 제4항의 위임에 의한 국세기본법 시행령(2007. 2. 28. 대통령령 제19893호 로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제12조의3 제1항은 국세부과제척기간의 기산일인 국세를 부과할 수 있는 날에 관하여 그 제1호에서 '과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 '과세표준신고기한'이라 한다)의 다음날'로 규정하고 있다.

위 관계규정의 내용을 종합하면, 부가가치세법 시행령 제59조 단서의 취지는 당초 세금계산서상의 공급가액이 계약해제 등의 후발적 사유로 증가하거나 감소한 경우 과세관청과 납세자의 편의를 도모하기 위하여 그 사유가 발생한 날을 작성일자로 하여 그에 관한 수정세금계산서를 교부할 수 있게 함으로써 그 공급가액의 증감액을 증감이 발생한 날이 속하는 과세기간의 과세표준에 반영하도록 하는 데에 있고, 따라서 당초 환급받은 세액이 있으나 후발적 사유로 당초 세금계산서상의 공급가액이 감소하는 경우에는 그 공급가액이 감소하는 때가 속하는 과세기간의 부가가치세로 신고ㆍ납부하여야 하므로, 당초 세금계산서상 공급가액의 감소에 대응하는 매입세액공제액의 감소로 인하여 발생한 부가가치세액 증가분에 관하여는 국세기본법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에 의하여 당초 세금계산서상 공급가액의 감소에 따른 과세표준신고기한 다음날 부터 그 부과제척기간이 진행한다고 보아야 할 것이다(대법원 2011. 7. 28. 선고 2009두19984 판결 참조).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실과 위에서 든 증거를 종합하여 알 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고가 자금사정 이 좋지 않아 2005. 5. 9 이 사건 분양계약을 포기하면서 소외회사에 이 사건 포기각서를 작성ㆍ교부한 점, 소외회사도 같은 날 원고에게 이 사건 분양대금 중 일부를 반환한다는 내용의 이 사건 확약서를 작성ㆍ교부한 점, 소외회사가 이 사건 확약을 이행하지 아니하자 원고는 이 사건 판결을 선고받은 점 등을 종합하면, 이 사건 분양계약은 2005. 5. 9. 합의해제되었다 할 것이다.

그런데 위에서 든 증거에 의하면 원고는 이 사건 분양계약의 합의해제에 따른 부가가치세 과세표준신고기한인 2005. 7. 25.까지 과세표준신고서를 제출하지 않아 위 분양계약의 합의해제에 따른 부가가치세를 신고ㆍ납부하지 않은 사실을 인정할 수 있는 바, 위 인정사실에 의하면 이 사건 분양계약의 해제에 따른 부가가치세의 부과제척기간은 7년이라 할 것이고, 이 사건 분양계약의 해제에 따른 부가가치세는 위 계약해제일이 속하는 2005년 제1기에 귀속된다 할 것이므로 그에 대한 부과제척기간은 그 과세표준신고기한 다음날인 2005. 7. 26.부터 진행된다 할 것이다.

따라서, 이 사건 처분은 부과제척기간 기산일인 2005. 7. 26.부터 7년 이내인 2011. 1. 13. 이루어진 것임이 명백하므로, 원고의 위 주장은 결국 이유 없다.

2)두번째 주장에 대하여

가) 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고 납세의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서, 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우가 아닌 한 세법상 의무의 불이행에 대하여 부과되어야 한다(대법원 2003. 2. 14 선고 2001두8100 판결 등 참조).

나) 이 사건에 돌아와 보건대, 위 인정사실과 위에서 든 증거를 종합하여 인정할 수 있는 다음과 같은 사정, 즉, 원고는 2005. 5. 9 이 사건 분양계약을 합의해제하고 소외회사에게 이 사건 포기각서를 작성ㆍ교부하였을 뿐만 아니라 소외회사로부터 이 사건 확인서를 교부받았던 점, 원고가 소외회사로부터 수정세금계산서를 교부받지 못하였다고 하더라도 이 사건 분양계약의 해제에 따른 부가가치세 신고ㆍ납부의무가 면 제된다고 할 수 없는 점 등을 종합하면, 원고가 소외회사로부터 수정세금계산서를 수령한 바 없다는 사정만으로는 원고가 부가가치세 신고ㆍ납부의무를 해태한 것에 대하여 이를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있다고 보기 어려우므로, 원고의 위 주장도 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.