가. 청구인은 2006.12.6. OOO가 87 소재 대지408.9㎡과 건물 343.5㎡의 3분의 1(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 유증을원인으로 취득(평가액 OOO원)하여 2010.3.30. OOOOOOOOOO 주식회사(이하 “OOO정비사업”라 한다)에 OOO원에양도하고, 2010.5.31. 양도소득세 예정신고시 「조세특례제한법」 제77조 제1항 제2호(「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행자 에게 양도함으로써 발생하는 소득의 감면)와 같은 법 제133조 제1항에 의거 감면(OOO원)을 적용하고,「소득세법」부칙 제16조 제2항 예정신고 납부세액 공제 폐지에 관한특례규정에 의거 양도소득세 산출세액의 5% 공제를 각각 적용하여 2010년귀속 양도소득세 OOO원을 신고·납부하였다.

나. 처분청은 쟁점부동산의 양수자인OOOOOOOOOO(OOOOOOOOOO)이「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행자로 지정되지 아니하였다 하여감면적용을 배제하고2010.12.15. 청구인에게 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2011.3.11. 이의신청을 거쳐 2011.6.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」제77조 제1항 제2호에 사업인정고시일부터 소급 하여 2년 이전에 취득한 토지 등을「도시 및 주거환경정비법」상 정비구역 사업시행자로 인가받은 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는소득에 대해서는 양도소득세를 감면하도록 규정하고 있고,「도시 및 주거 환경정비법」제2조 제8호에서는 정비사업을 시행하는자를 “사업시행자”로규정하고 있으며, 같은 법 제28조 제1항과제4항에서는 ‘사업시행자는정비사업을 시행하고자 하는 경우 사업시행계획서를지방자치단체장 에게 제출하여 사업시행인가를 받아야 하고 사업시행인가를 신청하기 전에 토지 등 소유자의 동의를 얻어야 한다’고 규정하고 있는 점으로 보아 사업시행인가 이전이라도 사업시행자로 인정하고 있음을 알 수 있다.

「도시 및 주거환경정비법」상 정비사업을 시행하기 위해서는 사전에 정비구역 지정이 이루어져야 하고, 사업시행자는사업시행인가를 신청하기 전에 총회를 개최하여 조합원 과반수의 동의를얻어야 할 뿐(「도시및 주거환경정비법」제28조 제5항) 아니라, 토지 소유주의 동의, 사업시행계획서의 작성, 건축심의위원회의 심의 등 일련의 절차를 반드시 거쳐야하는 것인바, OOOOOOOOOO이 2009.12.30. 사업시행인가를 신청하여2011.4.19. 도시환경정비 사업시행자로 인가받았으나, 실질적 으로는 그 훨씬 이전부터 사업시행자로 정비사업을 추진하였으므로사업시행자로서 자격을 갖춘 것은 최소한 2009.12.30. 이전으로 보아야 한다.

「조세특례제한법」제77조의 감면규정 취지는 납세자의 세부담완화와 공익사업 등의 원활한 시행을 도모하는데 있음에도,처분청 의견과같이 사업시행자가 사업시행자로 지정된 이후의 토지 등 양도자들에게만동 감면규정을 적용할 경우, 정부시책에 적극 협조하여 사업시행자가사업시행자로 지정되기 전에 토지를 양도한 토지 등 소유자에게 오히려불이익을 주는 결과가 되므로, 사업시행자가 사업시행자로 지정되기 전에「도시 및 주거환경정비법」상 적법한 자격요건(사업시행인가를 받기 위해조합원 총회에서 토지 등 소유자 과반수 이상의 동의를 받은등)을 갖추었다면 실질적인 사업시행자로서 인정하여「조세특례제한법」상감면규정을 적용함이 타당하다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」감면규정상 사업시행자는「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행인가를 받은 사업시행자이고,OOOOOOOOOOOOOOOOOOOOOO OOO에 사업시행인가를 신청한 후, 2010.4.19. 도시환경정비사업자로 인가받았으므로OOOOOOOOOOOOOOOOOO OOO로 지정된 날은 2010.4.19.이라 할 수 있다.

따라서, 청구인은 OOO이 사업시행자로 지정일 (2010.4.19.) 이전인 2010.3.30. 쟁점부동산을 사업시행자로 지정받지아니한 OOO에게 양도하였는 바, 쟁점부동산의 양도는「조세특례제한법」상 감면규정 적용대상이 아니므로 이 건 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 양도가 「조세특례제한법」제77조의공익사업용 토지등에 대한 양도소득세의 감면대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(1) 구 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정되기 전의 것)제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의 양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의 25로 하되, 「보금자리주택 건설 등에 관한 특별법」 등 대통령령 으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득 으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

2.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

② 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 해당 사업시행자는 제1항에 따라 감면된 세액에 상당하는 금액을 그 사유가 발생한 과세연도의 과세표준신고를 할 때 소득세 또는 법인세로 납부하여야 한다.

2. 제1항 제2호에 따른 사업시행자가 대통령령으로 정하는 기한까지 「도시 및 주거환경정비법」에 따른 사업시행인가를 받지 아니하거나 그 사업을 완료하지 아니하는 경우

(2) 조세특례제한법(2010.12.27. 법률 제10406호로 개정된 것) 제77조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면】① 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득으로서 해당 토지등이 속한사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시일 전에 양도하는 경우에는양도일)부터 소급하여 2년 이전에 취득한 토지등을 2012년 12월 31일 이전에 양도함으로써 발생하는 소득에 대해서는 양도소득세의 100분의 20[토지등의양도대금을 대통령령으로 정하는 채권으로 받는 부분에 대해서는 100분의25로 하되,「보금자리주택 건설 등에 관한 특별법」등 대통령령으로 정하는 법률에 따라 협의매수 또는 수용됨으로써 발생하는 소득으로서 대통령령으로 정하는 방법으로 해당 채권을 3년 이상의 만기까지 보유하기로 특약을 체결하는 경우에는 100분의 40(만기가 5년 이상인 경우에는 100분의 50)]에 상당하는 세액을 감면한다.

2.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역(정비기반시설을 수반하지 아니하는 정비구역은 제외한다)의 토지등을 같은 법에 따른 사업시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

② 거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의 시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자(이하 이 조에서 “사업시행자”라 한다)로 지정되기 전의 사업자(이하 이 항에서 “지정 전 사업자”라 한다)에게 2년 이상 보유한 토지등(제1항 제1호의 공익사업에 필요한 토지등 또는 같은 항 제2호에 따른 정비구역의 토지등을 말한다. 이하 이 항에서 같다)을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고 해당 토지등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준신고(예정신고를 포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전 사업자가 그 토지등의 양도일부터 5년 이내에 사업 시행자로 지정받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 제1항에 따른 양도소득세 감면을 받을 수 있다. 이 경우 감면할 양도소득세의 계산은 감면율 등이 변경되더라도 양도 당시 법률에 따른다.

제133조【양도소득세 및 증여세 감면의 종합한도】① 개인이 제33조, 제43조, 제69조, 제70조, 제77조，제77조의 3, 제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액 중에서 다음 각 호의 금액 중 큰 금액은 감면하지 아니한다. 이 경우 감면받는 양도소득세액의 합계액은 자산양도의 순서에 따라 합산한다.

1. 과세기간별로 계산된 다음 각 목의 금액 중 큰 금액

가. 제33조, 제43조, 제70조, 제77조(100분의 20 및 100분의 25의 감면율을 적용받는 경우에 한한다), 제77조의 3，제85조의 10 또는 법률 제6538호 부칙 제29조에 따라 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액

부 칙 (2010.12.27. 법률 제10406호)제25조【공익사업용 토지 등에 대한 양도소득세의 감면에 관한 적용례】제77조 제2항, 제3항, 제5항 및 제9항(“제1항 및 제2항”의 개정부분만 해당한다)의 개정규정은이 법 공포일이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다.

(2) 도시 및 주거환경정비법 제2조【용어의 정의】8.“사업시행자”라 함은 정비사업을 시행하는 자를 말한다.

제8조【주택재개발사업 등의 시행자】③ 도시환경정비사업은 조합또는 토지 등 소유자가 시행하거나, 조합 또는 토지 등 소유자가 조합원또는 토지 등 소유자의 과반수의 동의를 얻어 시장ㆍ군수, 주택공사등, 「한국토지공사법」에 의한 한국토지공사(공장이 포함된 구역에서의 도시환경정비사업의 경우를 제외한다), 건설업자，등록사업자 또는 대통령령이 정하는 요건을 갖춘 자와 공동으로 이를 시행할 수 있다.

제28조【사업시행인가】① 사업시행자(제8조 제1항 내지 제3항의 규정에의한 공동시행의 경우를포함하되, 사업시행자가 시장ㆍ군수인 경우를 제외한다)는 정비사업을 시행하고자 하는 경우에는 제30조의 규정에의한 사업시행계획서(이하 “사업시행계획서”라 한다)에 정관등과 그 밖에국토해양부령이 정하는 서류를 첨부하여 시장ㆍ군수에게 제출하고 사업시행인가를 받아야 한다. 인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우에도 또한 같다. 다만, 대통령령이 정하는경미한 사항을 변경하고자 하는 때에는 시장ㆍ군수에게 이를 신고하여야한다.

② 시장ㆍ군수는 제4조 제1항의 규정에 의한 정비구역이 아닌 구역에서 시행하는 주택재건축사업의 사업시행인가를 하고자 하는 경우에는 건축물의 높이ㆍ층수ㆍ용적률 등 대통령령이 정하는 사항에 대하여 건축법 제4조의 규정에 의하여 시ㆍ군ㆍ구(자치구를 말한다)에 설치하는 건축위원회(이하 “건축위원회”라 한다)의 심의를 거쳐야 한다.

③ 시장ㆍ군수는 제1항에 따른 사업시행인가(시장ㆍ군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하고자 하는 경우(인가받은 내용을변경하는 경우를 포함한다) 정비구역으로부터 200미터 이내에 교육시설이설치되어 있는 때에는 해당 지방자치단체의 교육감 또는 교육장과 협의하여야 한다.

④ 시장ㆍ군수는 제1항의 규정에 의한 사업시행인가(시장ㆍ군수가 사업시행계획서를 작성한 경우를 포함한다)를 하거나 그 정비사업을 변경ㆍ중지 또는 폐지하는 경우에는 국토해양부령이 정하는 방법 및 절차에 의하여 그 내용을 당해 지방자치단체의 공보에 고시하여야 한다. 다만, 제1항 단서의 규정에 의한 경미한 사항을 변경하고자 하는 경우에는 그러하지 아니하다.

⑤ 사업시행자(시장ㆍ군수 또는 주택공사등을 제외한다)는 사업시행인가를 신청(인가받은 내용을 변경하거나 정비사업을 중지 또는 폐지하고자 하는 경우를 포함한다)하기 전에 미리 총회를 개최하여 조합원 과반수의 동의를 얻어야 한다. 다만, 사업시행자가 지정개발자인 경우에는 정비구역안의 토지면적 50퍼센트 이상 토지소유자의 동의와 토지등소유자 과반수의 동의를 각각 얻어야 하며, 제1항 단서에 따른 경미한 변경인 경우에는 총회 의결을 필요로 하지 아니한다.

⑦ 제8조 제3항에 따라 도시환경정비사업을 토지등소유자가 시행하고자 하는 경우에는 사업시행인가를 신청하기 전에 제30조에 따른 사업시행계획서에 대하여 토지등소유자의 4분의3 이상의 동의를 얻어야 한다. 다만, 인가받은 사항을 변경하고자 하는 경우에는 규약이 정하는 바에 따라 토지등소유자의 과반수의 동의를 얻어야 하며, 제1항 단서에 따른 경미한 변경인 경우에는 토지등소유자의 동의를 필요로 하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

처분청은 OOO이 쟁점부동산을 청구인으로부터 양수한 이후「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행자로 지정되었다 하여 이 건 처분을 하였고, 청구인은 OOOOOOOOOO(OOOOOOOOOO)이 2009.12.30. 사업시행인가를 신청하여2011.4.19. 도시 환경정비 사업시행자로 지정되었으나, 실질적으로는 그 훨씬 이전부터 사업시행자로 정비사업을 추진하였으므로 사업시행자로 지정전이라도사업시행자로 인정하여야 한다고 주장한다.

(1) 처분청이 제출한 자료를 보면,청구인은 2006.12.6. 쟁점부동산을취득(원인: 유증, 평가액 931,325,797원)하여 2010.3.30. OOO원에OOOOOOOOOO(OOOOOOOOOO)에게 양도하고, 2010.5.31. 양도소득세 예정신고시 「조세특례제한법」제77조 제1항 제2호에 의한 OOO원의 감면적용과「소득세법」부칙 제16조 제2항 예정신고납부세액공제폐지에 관한 특례규정에 의거 양도소득세 산출세액 5%공제를 적용하여 2010년 귀속 양도소득세 OOO원을 납부하였고, 처분청은 청구인이 쟁점부동산을OOOOOOOOOO에게 양도할 당시OOOOOOOOOO이「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행자로 지정되지 아니하였다 하여이 건 처분을 하였다.

(2)2010.12.27.법률 제10406호로 개정된 「조세특례제한법」제77조제2항과 같은 법 133조 및 부칙 제25조를 보면,‘거주자가 제1항 제1호에 따른 공익사업의시행자 및 같은 항 제2호에 따른 사업시행자로 지정 되기 전의 사업자에게 2년 이상 보유한 토지 등을 2012년 12월 31일 이전에 양도하고해당토지 등을 양도한 날이 속하는 과세기간의 과세표준 신고(예정신고를포함한다)를 법정신고기한까지 한 경우로서 지정 전사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정 받은 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 OOO원 이내에서 양도소득세를 감면하되,이 법 공포일(2010.12.27.)이 속하는 과세기간에 최초로 양도하는 분부터 적용한다’고 규정하여 공익사업의사업시행자가 토지 등을 양수할 당시「도시 및 주거환경정비법」상 사업시행자로 지정되기 전이라도, 지정 전 사업자가 그 토지 등의 양도일부터 5년 이내에 사업시행자로 지정받은 경우에는 OOO원 이내에서 양도소득세를 감면하되,쟁점부동산의 양도(2010.3.30.)와 같이 2010.1.1.이후 양도하는 분부터 소급 적용하는 것으로 해석된다.

(3)청구인이 쟁점부동산 양도와 관련하여 제출한 매매계약서· 금융증빙 및 OOO 고시[2010-25호(2010.4.19.)]를 보면, 청구인은 2010.3.30.「도시 및 주거환경정비법」에 따른 정비구역 내에 속한쟁점부동산을 OOO 시행자인 OOO에 양도하였고, OOO은 쟁점부동산 양수일로부터 5년 이내(쟁점부동산 양수일로부터 19일 이후)인2010.4.19. OOO으로부터「도시 및 주거환경정비법」상 OOOO OOOO OOOOOOOOOOO로 지정된 것으로 확인된다.

(4) 위의 내용을 종합하면, 청구인이「도시 및 주거환경정비법」상에 따른 정비구역내에 속한쟁점부동산을 OOO에 양도할 당시(2010.3.30.) OOO이「도시 및 주거환경 정비법」상 OOO 제3지구 도시환경 정비사업시행자로 지정되지는 아니하였으나, 쟁점부동산을 양수한 이후 5년 이내인 2010.4.19.도시환경 정비사업시행자로 지정되었으므로 쟁점부동산은 「조세특례제한법」제77조 제2항에 의한 양도소득세감면적용 대상에 해당한다 할 것이다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도가 양도소득세 감면적용 대상이 아닌 것으로 보아 과세한 이 건 처분에는 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과,「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.