2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1975. 12. 5. 설립되어 선박용달업, 선박경비 및 강취방업, 선박통선업, 선박청소 및 유창청소업 등을 영위하는 주식회사이다.

나. 피고는 2018. 1. 22.부터 2018. 3. 12.까지 원고의 2012년부터 2016년까지의 사업연도에 대한 법인세통합조사를 실시한 결과, 원고가, ① 원고 대표이사의 모친인 C 및 아내 D이 실제 근로를 제공하지 않았음에도 급여를 지급하고 비용으로 처리하였음을 이유로 각 536,500,000원, 245,300,000원을 법인세 손금 부인하고, ② 주식회사 E(이하 ‘E’이라 한다)으로부터 실제 재화나 용역을 제공받지 않고 거짓으로 세금계산서를 수취한 뒤 친인척 계좌를 이용하여 자금을 돌려받았음에도 비용으로 처리하였다는 이유로 303,620,000원(공급가액)을 법인세 손금 부인 및 부가가치세 매입세액 불공제하였으며, ③ 복리후생비 및 여비교통비로 계상한 경비 중 28,100,000원이 업무무관경비에 해당하고, 접대성 비용을 복리후생비, 여비교통비계정에 고의로 분산하여 계상하였음을 이유로 146,289,000원을 법인세 손금 부인하였다.

다. 피고는 위와 같은 조사결과를 바탕으로 원고에게, 2018. 3. 9. 2012 사업연도 법인세 45,195,310원의 부과처분을, 2018. 4. 2. 2016 사업연도 법인세 44,004,110원의 부과처분을, 2018. 12. 18. 피고는 당초 2018. 4. 8.자로 소득금액변동통지를 하였는데(을 제3호증), 이후 2018. 12. 18. 다시 소득금액변동통지를 하였다

(갑 제35호증의1 내지 5, 갑 제36호증). 소득자를 B으로 하는, 2012년 귀속 상여 소득금액을 58,693,246원으로, 2013년 귀속 상여 소득금액을 156,897,893원으로, 2014년 귀속 상여 소득금액을 154,488,747원으로, 2015년 귀속 상여 소득금액을 177,901,701원으로, 2016년 귀속 상여 소득금액을 179,320,000원으로 하는 각...