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기각
면세포기신고 없이 농산물 수출시 영세율에 대한 매입세액 공제를 받을 수 없음(기각)

조세심판원 조세심판 | 조심2009서4123 | 부가 | 2010-03-31

[사건번호]

조심2009서4123 (2010.03.31)

[세목]

부가

[결정유형]

기각

[결정요지]

면세물품인 농산물을 수출하는 법인이 면세포기를 신고하지 아니하고 영세율에 대한 매입세액을 공제받아 부가가치세를 환급받은 것으로 보아 당해 매입세액을 불공제한 것은 정당함

[관련법령]
[주 문]

심판청구를 기각합니다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 농산물을 수출하는 청구법인은 2009년 제1기 부가가치세 과세표준 및 세액의 확정신고당시 OOOO 등 면세물품 수출분을 영세율 적용대상으로 하여 부가가치세 조기환급을 신청(11,033천원)하였다.

나. 처분청이 환급에 대한 현지확인조사를 실시한 결과 청구법인이 영세율을 적용받기 위해서는 「부가가치세법 시행령」제47조에 의하여면세포기신고를 하여야 함에도 그러하지 아니한 사실을 확인하고, 청구법인이 2004년 제2기부터 2009년 제1기까지의 과세기간 중 면세포기를 하지 아니하고 해당 매입세액을 공제하여 환급받은 세액을 추징하여 2009.10.6.청구법인에게 부가가치세 2004년 제2기분 5,454,180원, 2005년 제1기분 5,265,680원, 2005년 제2기분 6,759,910원, 2006년 제1기분 5,164,280원, 2006년 제2기분 5,382,640원, 2007년 제1기분 4,157,790원, 2007년 제2기분 3,508,480원, 2008년 제1기분 3,381,050원, 2008년 제2기분2,666,900원 및 2009년 제1기분 3,661,320원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.11.18. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 농산물 수출과 관련하여 부가가치세 면세포기신고를하여 매입세액을 공제받았는데, 청구법인이 부가가치세 환급 현지확인조사당시 면세포기신고서를 제시하지 못하자, 처분청이 면세포기신고를 하지 아니하였다는 내용의 확인서를 작성할 것을 요구한 것은 납세자권리헌장에 나와 있는 세무조사시 조세전문가의 조력을 받을 권리를부당히 침해한 것이며, 청구법인이 제출한 면세포기신고서는 문서보존기간(5년)이 경과하여 폐기하였고, 처분청이 그동안 청구법인에게 전혀 이의를 제기하지 아니한 점으로 보아 면세포기한 사실을 전제로 하여 영세율에 대한 매입세액공제를 인정한다는 공적인 견해를 표명하거나 묵시적으로 견해를 표명한 것으로 보아야 하는 만큼, 처분청의 이 건 부과처분은 신의성실원칙에 위배되어 위법·부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인은 면세포기신고서의 미제출 확인서와 관련하여 납세자권리헌장에 나와 있는 조세전문가의 조력을 받을 권리를 침해받았다주장하나, 청구법인이 납세자권리헌장을 제시받았다는 내용의 수령증을 작성한 점, 현지확인조사당시 대표이사인 OOO는 면세포기신고서를 제출하지 아니하였다는 내용의 확인서를 작성한 점, 그 후에도 수차면세포기신고서를 제출한 증빙서류를 요구하였음에도 그러하지 아니한 점, 개업일인 2002.7.2.부터 2009년 8월까지 면세포기신고서를 제출한 사실이 확인되지 아니하다가 청구법인이 2009.11.6. 대리인을 통하여 제출한 점 등으로 보아 면세포기를 신고하지 아니하고 영세율에 대한 매입세액을 공제받아 부가가치세를 환급받은 청구법인에게 당해 매입세액을 불공제하여 부가가치세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

면세물품인 농산물을 수출하는 청구법인이 면세포기를 신고하지 아니하고 영세율에 대한 매입세액을 공제받아 부가가치세를 환급받은 것으로 보아 당해 매입세액을 불공제하고 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제12조【면세】① 다음 각호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 부가가치세를 면제한다.

1. 가공되지 아니한 식료품(식용에 공하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물을 포함한다) 및 우리 나라에서 생산된 식용에 공하지 아니하는 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물과 임산물로서 대통령령이 정하는 것

③ 제1항의 규정에 의하여 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 필수적으로 부수되는 재화 또는 용역의 공급은 면세되는 재화 또는 용역의 공급에 포함되는 것으로 본다.

④ 사업자는 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급으로서 제11조의 규정에 의하여 영세율 적용의 대상이 되는 것과 제1항 제11호ㆍ제13호 및 제16호의 재화 또는 용역의 공급에 대하여는 대통령령이 정하는 바에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니할 수 있다.

⑤ 제1항과 제2항에서 규정하는 재화 또는 용역의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제17조(2003.12.30. 법률 제7007호로 개정된 것)【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물 등” 이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우(제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세 면제를 받지 아니하기로 하고,제11조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다.

④ 제3항의 규정은 사업자가 제18조 및 제19조의 규정에 의한 신고와 함께 대통령령이 정하는 바에 따라 면세농산물 등을 공급받은 사실을 증명하는 서류를 사업장 관할세무서장에게 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑤ 제1항의 규정에 의하여 매입세액이 공제된 재화를 부가가치세가면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업 기타의 목적을 위하여 사용하거나 소비하는 때에는 당해 사업자는 대통령령이 정하는 바에 의하여 납부세액 또는 환급세액을 재계산하여 제19조의 규정에 의한 당해 과세기간의 확정신고와 함께 관할세무서장에게 이를 신고납부하여야 한다.

⑥ 제2항의 규정에 의하여 공제되지 아니하는 매입세액의 범위에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 부가가치세법 시행령 제47조【면세포기신고】① 법 제12조 제1항의 규정에 의하여 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급이 법 제11조의 규정에 의하여 영세율적용의 대상이 되는 경우와제37조 제1호에 규정하는 학술연구단체 또는 기술연구단체가 이를공급하는 경우에 법 제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세의 면제를 받지 아니하고자 하는 사업자는 다음 각호의 사항을 기재한 면세포기신고서에 의하여 관할세무서장에게 신고(국세정보통신망에 의한 신고를 포함한다)하고, 법 제5조의 규정에 의하여 지체없이 등록하여야 한다.

1. 사업자의 인적사항

2. 면세를 포기하고자 하는 재화 또는 용역

3. 기타 참고사항

② 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자는 신고한 날로부터 3년간은 부가가치세의 면제를 받지 못한다.

③ 제1항의 규정에 의한 신고를 한 사업자가 제2항의 기간경과 후 부가가치세의 면제를 받고자 하는 때에는 다음 각호의 사항을 기재한 면세적용신고서와 함께 제7조 제3항의 규정에 의하여 교부받은 사업자등록증을 제출하여야 하며, 면세적용신고서를 제출하지 아니한 경우에는 계속하여 면세를 포기한 것으로 본다.

1. 사업자의 인적사항

2. 면세를 받고자 하는 재화 또는 용역

3. 기타 참고사항

(3) 국세기본법 제18조【세법해석의 기준, 소급과세의 금지】①세법의 해석ㆍ적용에 있어서는 과세의 형평과 당해 조항의 합목적성에 비추어 납세자의 재산권이 부당히 침해되지 아니하도록 하여야 한다.

② 국세를 납부할 의무(세법에 징수의무자가 따로 규정되어 있는 국세의 경우에는 이를 징수하여 납부할 의무. 이하 같다)가 성립한 소득ㆍ수익ㆍ재산ㆍ행위 또는 거래에 대하여는 그 성립후의 새로운 세법에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

③ 세법의 해석 또는 국세행정의 관행이 일반적으로 납세자에게 받아들여진 후에는 그 해석 또는 관행에 의한 행위 또는 계산은 정당한것으로 보며, 새로운 해석 또는 관행에 의하여 소급하여 과세하지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 처분청이 당해 법인에게 면세포기신고서를 제출하지 아니하였다는 내용의 확인서를 작성할 것을 요구한 것은 납세자권리헌장에 나와 있는 세무조사시 조세전문가의 조력을 받을 권리를 부당하게 침해한 것이며, 청구법인이 당초 제출한 면세포기신고서는 문서보존기간(5년)이 경과하여 폐기하였고, 처분청이 그동안 영세율에 대한 매입세액공제를 인정한 것은 묵시적 견해표명이 있었던 것으로 보아야 하는 만큼, 처분청의 이 건 과세처분은 신의성실원칙에 위배되어 위법·부당하다고 주장하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(2) 청구법인(대표이사 OOO)은 2002.7.2. 개업한 이후로 면세포기신고서를 제출한 사실이 없고, 처분청이 부가가치세 환급에 대한현지확인조사를 실시할 당시 대표이사가 세무조사통지서와 납세자권리헌장을 제시받은사실을 확인하였음이 심리자료에 나타난다.

(3) 개업일인 2002.7.2.부터 현지확인조사할 당시인 2009년 8월까지 청구법인이 면세포기신고서를 제출한 사실이 확인되지 아니하다 2009.11.6. 대리인을 통하여 제출한 사실이 심리자료에 나타난다.

(4) 청구법인은 처분청이 그동안 영세율에 대한 매입세액공제를 인정한 것은 그에 대하여 묵시적인 견해표명이 있었던 것으로 보아야하므로 신의성실원칙을 적용하여야 한다고 주장하고 있으나, 조세법률관계에 있어 과세관청의 행위에 대하여 신뢰보호원칙을 적용하기 위한 요건은 ① 과세관청이 납세자에게 신뢰의 대상이 되는 공적인 견해를 표명할 것, ② 납세자가 과세관청의 견해표명이 정당하다고 신뢰하는 것에 귀책사유가 없을 것, ③ 납세자가 그 견해표명을 신뢰하고 그에 따라서 일정한 행위를 할 것, ④ 과세관청이 위 견해표명에 위반하는 처분을 하여 납세자의 이익이 침해되는 결과가 초래될 것(OOO OOOOOOOO, 1996.1.23. 같은 뜻) 등인바, 처분청이 그동안 영세율에 대한 매입세액공제를 적용하였다 하더라도, 그와 같은 사실만 가지고 신의성실원칙의 요건인 공적견해를 표명하였다고 인정하기는 어려운 만큼, 청구법인에게 신의성실원칙을 적용할 수는 없다 하겠다.

(5) 청구법인은 면세포기신고서를 제출하지 아니하였다는 사실확인서와 관련하여 납세자권리헌장에서 명시한 조세전문가의 조력을 받을 권리를 침해받았다고 주장하고 있으나, 세무조사시 청구법인이납세자권리헌장을 제시받았다는 내용의 수령증을 작성한 점, 현지확인조사시 대표이사인 OOO는 면세포기신고서를 제출하지 아니하였다는취지의 확인서를 작성한 점, 그 후에도 처분청이 수차 면세포기신고한 증빙서류를 요구하였음에도 그러하지 아니한점,개업일(2002.7.2.)부터 2009년 8월까지 면세포기신고서를 제출한 사실이 확인되지 아니하다가청구법인이 2009.11.6. 대리인을 통하여 제출한 점 등을 감안하면, 청구법인이 면세포기를 신고하지 아니하고 영세율에 대한 매입세액을 공제받아 부가가치세를 환급받은 것으로 보아 처분청이 당해 매입세액을 불공제하여 과세한 처분은 정당한 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.