2. 나머지 심판청구는 기각합니다.

청구법인은 하OO 및 김OO의 공동소유인 OOOOO OOO OOO OOOOOOOO O OOOOOOOO의 대지(이하 “쟁점대지”라 한다) 위에 “주식회사 OOOOO”라는 상호로 자동차정비업을 영위하는 사업자로, 2003사업연도에 쟁점대지가 오피스텔 신축부지로 청구외 주식회사 OOOOO에 양도됨에 따라 쟁점대지상의 건물, 기계설비 등(이하 “쟁점공장”이라 한다)을 주식회사 OOOOO에 20억원(건물·사무실·부품창고·구축물·기계설비 등 11억원, 영업권리금 7억원, 이전비용 기타 2억원, 이하 “쟁점공장 양도가액”이라 한다)에 양도하고 2003사업연도 법인세 과세표준 신고시 이를 익금으로 신고하지 아니하였다.

처분청은 청구법인이 받은 쟁점공장 양도가액을 누락수입금액으로 보아 이를 익금산입하여 2007.1.8. 청구법인에게 2003사업연도 법인세 633,922,560원을 경정고지하면서 동 금액을 당시 대표자였던 황OO에 대한 상여로 소득처분하였다.

청구법인은 이에 대하여 2007.4.3. 이의신청을 제기하였고, 처분청은 동 법인세를 540,561,040원으로 감액경정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.9.21. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인의 자동차정비공장은 쟁점대지의 소유자인 하OO 및 김OO로부터 쟁점대지를 임차하여 운영하는 관계로 쟁점대지 위의 자동차정비공장 건물은 청구법인의 설립(2002.6.4.) 전인 2002.5.30. 황OO 개인이 신축한 후 쟁점대지 소유자인 청구외 하OO 및 김OO에게 소유권이전등기를 하였고, 그 후 쟁점대지가 오피스텔 부지로 주식회사 OOOOO로 양도됨에 따라 자동자정비공장 건물 및 기계설비 등을 주식회사 OOOOO과 협의하여 양도한 것인 바, 쟁점공장 양도가액 20억원중 정비공장 및 사무실 등 공장시설비 11억원은 황OO 개인소유이므로 청구법인의 수입금액으로 보아 이를 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 부당하며, 쟁점공장 양도가액이 청구법인의 수입금액에 해당한다면 쟁점공장 양도가액에 대응되는 원가로 부외부채로 취득한 부외자산 14억원(영업권 획득비용 3억원, 건물신축비 10억원, 열처리업자 보증금 반환금 1억원)을 손금으로 산입하여야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인의 자동차정비공장 건물의 명의(등기 등)가 황OO 개인 명의로 등재되어 있지 아니할 뿐만 아니라 공장 건물을 황OO 개인 자금으로 신축하였다는 객관적인 증빙서류의 제출은 없으며, 쟁점공장 매매계약서에 청구법인과 주식회사 OOOOO이 계약당사자로 되어 있고, 명도비도 청구법인이 수령한 것으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점공장 양도가액 전체를 청구법인의 수입금액으로 보아 익금에 산입하여 법인세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점공장 양도가액에 대한 대응원가가 없는 것으로 보아 쟁점공장 양도가액 전액을 법인소득으로 익금에 산입하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 법인세법(2003.12.30. 법률 제7005호로 개정되기 전의 것)

제4조 【실질과세】

① 자산 또는 사업에서 생기는 수입의 전부 또는 일부가 법률상 귀속되는 법인과 실질상 귀속되는 법인이 서로 다른 경우에는 그 수입이 실질상 귀속되는 법인에 대하여 이 법을 적용한다.

② 법인세의 과세소득이 되는 금액의 계산에 관한 규정은 소득ㆍ수익 등의 명칭이나 형식에 불구하고 그 실질내용에 따라 이를 적용한다.

제15조 【익금의 범위】

① 익금은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 OO산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액으로 한다.

② · ③ (생 략)

제19조 【손금의 범위】

① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 OO산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② · ③ (생 략)

제67조 【소득처분】

제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자에 따라 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법시행령(2003.12.30. 대통령령 제18174호로 개정되기 전의 것)

제11조 【수익의 범위】

법 제15조 제1항의 규정에 의한 수익은 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 한국표준산업분류에 의한 각 사업에서 생기는 수입금액(도급금액ㆍ판매금액과 보험료액을 포함하되, 기업회계기준에 의한 매출에누리금액 및 매출할인금액을 제외한다. 이하 같다). (단서 생략)

2. 자산(자기주식을 포함한다)의 양도금액

3. 자산의 임대료

4. 자산의 평가차익

5. ∼ 9. (생 략)

10. 제1호 내지 제9호외의 수익으로서 그 법인에 귀속되었거나 귀속될 금액

제106조 【소득처분】

① 법 제67조의 규정에 의하여 익금에 산입한 금액은 다음 각호의 규정에의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각목에 의하여 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(제87조 제2항의 규정에 의한 소액주주가 아닌 주주 등인 임원 및 그와 동조 제4항의 규정에 의한 특수관계에 있는 자가 소유하는 주식 등을 합하여 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 30 이상을 소유하고 있는 경우의 그 임원이 법인의 경영을 사실상 지배하고 있는 경우에는 그 자를 대표자로 하고, 조세특례제한법 제46조 제12항의 규정에 의하여 법인에게 원천징수의무가 면제되는 경우로서 주주 등인 임원 중에 당해 법인을 대표하고 있는 자가 따로 있다고 당해 법인이 신고한 때에는 그 신고한 자를 대표자로 하며, 대표자가 2인 이상인 경우에는 사실상의 대표자로 한다. 이하 같다)에게 귀속된 것으로 본다.

가. 귀속자가 주주 등(임원 또는 사용인인 주주 등을 제외한다)인 경우에는 그 귀속자에 대한 배당

나. 귀속자가 임원 또는 사용인인 경우에는 그 귀속자에 대한 상여

다. · 라. (생 략)

2. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출되지 아니한 경우에는 사내유보로 할 것

3. (생 략)

② ∼ ④ (생 략)

나. 사실관계

(1) 청구법인이 주식회사 OOOOO로부터 쟁점공장 양도가액으로 20억원(2003.7.24. 계약금으로 2억원, 2003.8.11. 중도금으로 6억원, 2003.10.24. 잔금으로 12억원)을 받은 사실에 대하여는 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(2) 청구법인은 쟁점공장 양도가액 20억원중 정비공장 및 사무실 등 공장시설비 11억원은 황OO 개인소유이므로 청구법인의 수입금액에서 제외하여야 하며, 쟁점공장 양도가액을 청구법인의 수입금액으로 본다고 하더라도 쟁점공장 양도가액에 포함되어 있는 부외자산 14억원(영업권 획득비용 3억원, 건물신축비 10억원, 열처리업자 보증금 반환금 1억원)은 부외부채로 취득한 것이므로 이를 손금으로 산입하여야 한다고 주장하면서, 쟁점공장 매매계약서 및 영수증, 기본합의서, 건축물관리대장, 공장건물 배치도 및 주식회사 OOO의 사업부지 전경 사진, OOOO주식회사의 자동자정비공장 신축공사 시공사실 확인서 등을 증빙서류로 제출하고 있다.

2003.7.24. 청구법인과 주식회사 OOOOO이 작성한 쟁점공장 매매계약서 및 영수증에는 청구법인은 쟁점대지 위의 자동차정비공장 등 지상물 일체(건물은 쟁점대지 소유자 김OO 및 하OO의 소유로 청구법인이 임차한 것으로 되어 있음)를 주식회사 OOOOO에 명도하고 명도대가로 20억원을, 2003.7.24. 계약금으로 2억원, 2003.8.11. 중도금으로 6억원, 2003.10.24. 잔금으로 12억원을 각각 수령한 것으로 되어 있고, 2003.7.5. 황OO(개인)와 주식회사 OOOOO(대표이사 이OO)이 작성하였다는 기본합의서{심판청구 심리과정에서 심판청구일(2007.9.21.) 이후에 작성된 것으로 확인됨}에는 쟁점대지가 주식회사 OOOOO에 양도됨에 따라 쟁점대지 위에 황OO 개인이 신축 및 증개축하여 사용중인 공장건물 및 사무실, 2층 부속실, 각종 시설과 구축물 등 투자금액에 대하여는 손해를 보지 않도록 철거이전보상비에 반영하도록 노력하며, 철거이전 대상물건 및 보상금으로 20억원{공장시설비(정비공장, 사무실, 부품창고, 구축물, 기계설비 등) 11억원, 영업권리금 7억원, 이전비용 등 기타 2억원}을 지급하는 것으로 되어 있다.

건축물관리대장 및 등기부등본, 정비공장건물 배치도 및 주식회사 OOO의 사업부지 전경사진을 살펴보면, 당초에는 OOOOO OOO OOO OOOOOO, OOO, OOO, OOO O OOO번지의 자동차정비공장 토지 2,319㎡ 위에 건물 3개동 749.71㎡(1동 : 1층 검사장 394.85㎡, 2층 사무실 16.18㎡, 지하 부속상 49.92㎡, 2동 : 검사장 214.56㎡, 3동 : 검사장 74.2㎡) 및 부속설비가 있었으나 정비공장 대지중 OOO OOOOOO, OOO, OOO의 1,052.8㎡가 2001.9.28. 건물신축부지로 OOO건설주식회사에게 양도됨에 따라 그 지상에 소재하던 정비공장 일부가 2002.2.28. 철거되었고, 쟁점대지 위의 자동차정비공장(철골조) 4개동 749.71㎡는 1992.6.13. 최초로 주식회사 OOOOO(청구법인과 같은 상호임) 명의로 등재된 후 2001.10.18. 청구외 이OO 및 청구법인 명의로, 2002.5.30.에는 쟁점대지 소유자인 하OO 및 김OO 명의로 이전되었다가 2003.10.23. 주식회사 OOOOO로 명의이전 된 후 2004.1.5. 멸실된 사실이 건축물관리대장 및 등기부등본에 의하여 확인되고, 정비공장건물 배치도 및 주식회사 OOO의 사업부지 전경사진에는 정비공장 일부가 철거됨에 따라 쟁점대지 위에 검사장 등 일부 건물을 신축한 것으로 되어 있다.

검사장 등 정비공장 일부를 신축하였다는 자동자정비공장 신축공사 시공사실 확인서에는 OOOO주식회사(OOOO OOO OOO OOOOO, OOOO OOO)는 2002년 8월경 원 도급자 정OO(사망)으로부터 150,000,000원의 정비공장 터파기, 기초공사, 철근가공조립 등의 공사를 하청받아 공사를 한 사실이 있다고 기재되어 있고, OOOO주식회사(OOOOO OOO OOO OOOOO OOOO OOOO, OOOO OOO)는 2002년 9월부터 12월까지 원 도급자 정OO으로부터 140,000,000원의 판넬, 창호, 유리, 지붕공사 등을 하도급받아 공사를 하였다고 되어 있으며, 주식회사 OOOO(OOOO OOO OOO OOO OOOOO, OOOO OOO)은 2002년 10월 청구법인에 유압기, 에어컴프레사, 전기공사, 자체발전기 공사 등을 한 사실이 있다고 되어 있고, OOOO(OOO OOO OOO OO OOOOO, OOO)는 2002년 10월경 원 도급자 정OO으로부터 25,000,000원의 수도공사 일체를 도급받아 청구법인에게 수도공사를 한 사실이 있다고 확인하고 있다.

또한, 2002.6.4. 청구법인이 주식회사 OOOOO를 인수하면서 권리금(영업권) 3억원중 1억1,500만원은 황OO의 남편 이OO의 당좌수표로 지급하였다고 OO은행에 보관중인 당좌수표 사본을 제출하고 있고, 이OO(OOOOO OOO OOO OOOO OOOOO OOOOOOO)의 확인서에는 2002.11.1. 공장시설 신축공사로 열처리 시설을 이전함에 따라 임대보증금 1억원을 받은 사실이 있다고 되어 있으며, 2008.3.26. 쟁점대지 취득자 주식회사 OOOOO 대표이사 이OO가 작성한 사실확인서에는 2003.7.5. 쟁점대지 위의 신축건물 보상 건 일체를 황OO와 협상하여 보상금으로 20억원(신축공장에 대한 보상금 11억원, 영업권 7억원, 이전비용 2억원)을 주기로 기본합의서를 작성한 후, 이를근거로 2003.7.24. 청구법인과 본 계약서를 작성하였으며, 기본합의서상황OO가 신축한 공장 보상금 11억원을 편의상 청구법인의 보상액에 포함시켰으며, 보상액 20억원을 황OO에게 지급하였다고 되어 있다.

(3) 한편, 2002.8.3. OOOO장이 발행한 건축허가서(OOOOOOOOOOOOO, OOOOO O,OOOO)에는 건축주가 쟁점대지 소유자인 하OO 및 김OO로 되어 있고, 처분청의 조사복명서에는 자동차 정비공장의 건축공사, 전기공사 및 설비공사 등은 청구법인의 전 주주 겸 대표이사였던 김OO과 이OO이 신축 및 공사를 한 것으로 조사되어 있으며, 청구법인의 2002사업연도 대차대조표에는 고정자산중 건물은 자산으로 계상되어 있지 아니하고 임차보증금으로 50,000,000원이 계상되어 있으며, 그 밖에 기계장치 86,125,000원, 집기비품 29,729,091원, 시설장치 5,150,000원이 각각 계상되어 있다.

(4) 이상과 같은 사실관계를 종합하여 볼 때, 청구법인은 쟁점공장 양도가액 20억원중 정비공장 및 사무실 등 11억원은 황OO 개인소유로 청구법인의 수입금액에서 제외하여야 한다고 주장하고 있으나, 2002.8.3. OOOO장이 발행한 건축허가서에는 건축주가 쟁점대지 소유자인 하OO 및 김OO로 되어 있고, 건축물관리대장 및 등기부등본에도 황OO 개인명의로 정비공장 등을 신축 또는 증축한 사실이 등재되어 있지 아니하며, 쟁점공장 매매계약서도 계약당사자가 청구법인과 주식회사 OOOOO로 되어 있고, 이에 대한 양도대금도 청구법인의 대표이사 황OO가 수령한 것으로 되어 있는 점 등으로 보아 쟁점공장 양도가액은 청구법인의 귀속으로 보는 것이 타당한 것으로 판단된다.

다만, 쟁점공장 양도가액 2,000,000,000원의 대응원가로 손금에 산입하여 달라는 영업권 취득비용 3억원, 정비공장 신축비 10억원, 열처리업자 이OO에 대한 보증금 반환액 1억원의 경우 건축물관리대장 또는 등기부등본에는 청구법인 또는 황OO 개인 명의로 신축 또는 증축한 정비공장 등이 등재되어 있지 아니 하나 증빙자료로 제출한 정비공장건물 배치도 및 주식회사 OOO의 사업부지 전경사진에 검사장 등 일부 건물을 신축 또는 증축한 것으로 볼 여지가 있으므로 영업권 취득, 정비공장 건물 신축 및 열처리업자 보증금 반환 여부를 재조사하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유있으므로 국세기본법제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.