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재조사
쟁점부동산의 임대수익을 청구법인과 쟁점법인 사이에 배분한 것이 부당행위계산 부인대상인지 여부 등

조세심판원 조세심판 | 조심2017서3342 | 법인 | 2018-03-13

[청구번호]

[청구번호]조심 2017서3342 (2018. 3. 13.)

[세목]

[세목]법인[결정유형]재조사

[결정요지]

[결정요지]쟁점부동산의 임대차계약에 관련 분쟁의 법률상 당사자가 청구법인만 기재된 점 등에 비추어 공동사업보다는 청구법인이 쟁점법인으로부터 쟁점토지를 임차하여 쟁점건물을 건축한 후 임대한 것으로 쟁점법인에게 배분한 쟁점임대수익은 쟁점토지에 대한 임대료로 보는 것이 타당하고, 처분청이 충분한 유사사례를 확인한 것으로 볼 증빙이 부족한 점 등에 비추어 인근 토지에 대한 임대료에 대한 유사사례 등을 재조사하여 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다

[관련법령]

[관련법령] 법인세법 제52조

[참조결정]

[참조결정]조심2015서2029

[주 문]

OOO세무서장 및 OOO세무서장이 청구법인에게 한 <별지>의 부과처분은 청구법인이 주식회사 OOO으로부터 임차한 OOO에 소재하는 토지(5,821㎡)에 대한 임대료의 시가를 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하고, 나머지 심판청구는 기각한다.

[이 유]

1. 처분개요

가. 청구법인은 방직제조업 등을 영위하는 법인으로 주식회사 OOO(이하 “쟁점법인”이라 한다)의 지분을 100% 소유하고 있다.

나. 청구법인은 쟁점법인과 부동산임대업을 공동으로 영위하기 위하여 쟁점법인이 OOO 5,821㎡ 토지(이하 “쟁점토지”라 한다)를 제공하면 청구법인이 비용을 부담하여 건물(이하 “쟁점건물”이라 하며, 쟁점토지와 합하여 “쟁점부동산”이라 한다)을 신축하기로 하는 내용의 공동사업수익배분계약(이하 “쟁점1계약”이라 한다)을 1993.10.1. 체결하였다.

쟁점1계약에 따라 2009.10.31. 쟁점건물은 청구법인이, 쟁점토지는 쟁점법인이 각각 소유하고 두 법인의 손익분배비율을 62.2%(청구법인), 37.8%(쟁점법인)로 하는 ‘부동산임대사업이익배분계약’(이하 “쟁점2계약”이라 한다)을 체결하여 쟁점건물을 임대하고 받은 임대수익(이하 “쟁점임대수익”이라 한다)을 위 손익분배비율에 따라 배분하여 법인세 및 부가가치세를 신고하였다.

다. OOO국세청장(이하 “조사청”이라 한다)은 2017.1.17.~2017.3.31. 청구법인에 대한 법인세통합조사(조사대상기간 : 2012.1.1.~2014.12.31., 이하 “쟁점세무조사”라 한다)를 실시하여, 쟁점2계약에 따라 쟁점법인에 배분한 수익금은 청구법인이 쟁점법인으로부터 쟁점토지를 임차하고 시가를 초과하여 임대료를 지급한 것으로 판단하여 시가 초과분에 해당하는 금액을 부당행위계산 부인대상으로 보고 손금불산입하여 자료를 통보하였으며, 처분청은 <별지>에 기재된 것과 같이 법인세 및 부가가치세를 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2017.6.13. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장과 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점부동산의 임대수익을 청구법인과 쟁점법인 사이에 배분한 것을 부당행위계산 부인대상으로 보아 법인세를 과세한 처분은 부당한 것이다.

(가) 청구법인과 쟁점법인은 쟁점1·2계약 등에 따라 청구법인이 쟁점건물을 쟁점법인이 쟁점토지를 각각 소유하고 별도로 부동산임대업을 영위하면서 각자가 임차인에게 쟁점부동산에 대한 임대료를 수취하는 것이므로 「민법」이나 「상법」 등이 규율하는 민사관계에서 일반적으로 허용되는 상관행에 부합하는 행위이다.

또한, 쟁점부동산을 임대하면서 청구법인과 쟁점법인이 체결한 쟁점1·2계약은 조합과는 다른 공동사업과 유사한 특수계약관계이며, 이러한 특별하게 설정된 관계에서 청구법인과 쟁점법인은 별도의 임대차계약을 체결한 사실이 없어 임대차와 관련한 문제를 제기하는 것은 그 계약관계를 잘못 이해한 것이다.

(나) 청구법인과 쟁점법인은 각각 자신이 소유한 부동산을 근거로 별도의 사업자 등록을 하였으며, 청구법인이 대표로 쟁점부동산에 대한 임대차 계약을 체결하고 분쟁시 단독 당사자로 규정한 것은 건물을 중심으로 임대차계약을 체결하는 거래관행(조심 2015서2029, 2016.2.17. 같은 뜻)과 쟁점2계약 제1조(부동산임대사업내용)에 따른 것으로 조합과 같은 공동사업자와 달리 청구법인은 수익배분시 쟁점법인이 수취한 임대료에 대하여 세금계산서를 발급하였다.

또한, 쟁점법인은 쟁점부동산을 관리하는 주식회사 OOO(이하 “관리업체”라 한다)에 청구법인과 공동으로 용역비용을 분담하였으며, 처분청의 의견과 달리 쟁점부동산 전체를 임대목적으로 사용했을 뿐 청구법인이나 쟁점법인이 직접 사용한 부분은 없다.

(다) 쟁점2계약에 따른 청구법인과 쟁점법인간의 손익분배비율은 2개의 감정평가법인OOO으로부터 감정을 받아 산정한 것으로 「법인세법 시행령」 제89조 제2항에 따른 평가로 쟁점부동산의 시가가 불분명하여 2개 이상 감정평가법인의 감정가액으로 정당한 절차와 기준에 따라 산정한 것이다.

(라) 청구법인은 쟁점법인의 지분을 100% 소유하여 쟁점임대수익을 청구인과 쟁점법인 사이에서 어떻게 배분하느냐와 무관하게 그 수익의 최종적인 귀착은 청구법인이 되므로, 경제적 합목적성에 비추어 보아도 조세를 회피할 이유가 없는 경우에 해당한다.

(2) 청구법인은 2013년 6월경 OOO국세청장(이하 “전 조사청”이라 한다)으로부터 법인세 통합조사(이하 “과거세무조사”라 한다)를 받았으며, 그 당시 2009사업연도에 청구법인이 쟁점부동산과 관련하여 토지임대료 OOO원에 대하여 과다 지급한 혐의를 두고 조사하여, 2009년 6월부터 2013년 3월까지 전 조사청이 요구한 관련 자료를 제출하였고 그 이유를 소명하자 혐의가 없어 세무상 문제가 없다는 결론에 따라 세무 및 회계처리를 하여 왔다.

따라서 이미 2013년 과거세무조사에서 쟁점임대수익을 배분하는 것에 대하여 문제없다는 공적견해를 하였고 이에 반하는 이 건 과세는 신의성실의 원칙에 반하는 위법한 것이다.

(3) 앞서 본바와 같이 과거세무조사 당시 전 조사청은 청구법인과 쟁점법인이 쟁점임대수익을 배분한 것에 대하여 2009년 6월부터 2013년 3월까지 자료를 요구하고 이를 제출받아 청구법인으로부터 소명을 받는 등 실제 조사활동을 하였으므로, 2017년 쟁점세무조사에서 2011~2012사업연도에 해당하는 부분은 「국세기본법」 제81조의4 제2항의 중복조사를 금지하는 규정을 위반한 처분이므로 이 건 과세처분은 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 쟁점부동산의 임대수익을 청구법인과 쟁점법인 사이에 배분한 것은 쟁점토지에 대한 임대료를 고가로 지급한 것으로 부당행위계산 부인이 적용되는 것이다.

(가) 청구법인은 쟁점부동산의 임대에 대하여 ①각자 부동산임대 사업자등록을 한 점, ② 쟁점법인이 배분받은 쟁점임대수익에 대하여 세금계산서를 발급한 점, ③쟁점부동산의 일부를 청구법인이 직접 사용한 점, ④쟁점부동산 임대차계약에서 청구법인만 임대인으로 기재하고 관련 세금계산서를 청구법인만 발급한 점, ⑤쟁점토지에 대하여 청구법인에게 지상권이 설정된 점, ⑥쟁점법인이 쟁점부동산의 임대와 관련한 활동에 참여한 사실이 없는 점, ⑦임대차계약에 관련 분쟁의 법률상 당사자가 청구법인만 기재된 점 등으로 보건데, 쟁점부동산의 임대인은 청구법인으로서, 쟁점임대수익의 배분은 청구법인이 쟁점토지를 쟁점법인으로부터 임차하여 그 대가를 지급한 것에 해당한다.

(나) 쟁점부동산은 제3자에게 임대한 부분과 청구법인이 직접 사용하는 부분, 공실부분이 혼재되어 있어 쟁점토지와 쟁점건물의 가액을 비례하여 임대료를 안분하여 계산하는 것은 부적절하며, 청구법인과 같이 조세의 부담을 부당하게 감소시키려는 경우에는 추계로 임대소득금액을 산정(OOO법원 2011.5.4. 선고 2010누15119 판결, OOO법원 2011.5.25. 선고 2009구합3653 판결 등 참조)할 수 있으므로 보충적평가법으로 적정임대료를 산정하여 부당행위계산 부인을 적용한 것은 타당하다.

(2) 과세관청의 세무조사결과통지가 과세관청이 발견하지 못한 사항에 대하여 앞으로도 과세를 하지 않는다는 견해의 표명이 아니며, 합법성의 원칙을 희생하더라도 처분 상대방의 신뢰를 보호하는 것이 정의의 관념에 부합하는 특별한 사정이 인정되는 경우에 신의성실의 원칙이 적용되는 것이고, 과세관청은 신고내용에 탈루·오류가 있는 때에는 경정·결정할 수 있으므로( 「법인세법」 제66조 제2항) 2013년 6월 전 조사청의 세무조사결과 쟁점부동산에 대하여 과세된 사실이 없었더라도 추후에 문제점을 발견하여 과세하는 것이 신의성실의 원칙에 반하는 것이라고 할 수 없다.

(3) 2013년 전 조사청의 세무조사는 2009사업연도에 대한 것으로 시작하여 감가상각비 항목에 대해서만 2012사업연도까지 범위를 확대하였고, 2017년 조사청의 세무조사는 2012~2014사업연도 중 전 조사청이 2013년 세무조사한 2012년 귀속 법인세 부분조사 항목은 제외하고 착수하여 쟁점임대수익의 배분과 관련한 부분만 2011사업연도로 조사범위를 확대하였다.

이는 2013년 세무조사 당시 범위확대로 2011~2012사업연도의 모든 항목에 대한 세무조사가 무리였으므로 당초 세무조사대상인 감가상각비 항목을 제외한 나머지에 대한 조사로 「국세기본법」 제81조의4 제2항에서 금지하는 중복조사가 아니며 이는 대법원판례(2015.2.26. 선고 2014두12062 판결)에서도 인정하는 것이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 쟁점부동산의 임대수익을 청구법인과 쟁점법인 사이에 배분한 것이 부당행위계산 부인규정의 적용대상인지 여부

② 과거세무조사에서 무혐의로 처리한 것을 쟁점세무조사에서 과세하는 것이 신의성실의 원칙을 위반한 것인지 여부

③ 쟁점세무조사가 중복조사 금지에 반하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법

제14조[실질과세] ① 과세의 대상이 되는 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 귀속이 명의(名義)일 뿐이고 사실상 귀속되는 자가 따로 있을 때에는 사실상 귀속되는 자를 납세의무자로 하여 세법을 적용한다.

② 세법 중 과세표준의 계산에 관한 규정은 소득, 수익, 재산, 행위 또는 거래의 명칭이나 형식에 관계없이 그 실질 내용에 따라 적용한다.

③ 제3자를 통한 간접적인 방법이나 둘 이상의 행위 또는 거래를 거치는 방법으로 이 법 또는 세법의 혜택을 부당하게 받기 위한 것으로 인정되는 경우에는 그 경제적 실질 내용에 따라 당사자가 직접 거래를 한 것으로 보거나 연속된 하나의 행위 또는 거래를 한 것으로 보아 이 법 또는 세법을 적용한다.

제15조[신의·성실] 납세자가 그 의무를 이행할 때에는 신의에 따라 성실하게 하여야 한다. 세무공무원이 직무를 수행할 때에도 또한 같다.

제81조의4[세무조사권 남용 금지] ① 세무공무원은 적정하고 공평한 과세를 실현하기 위하여 필요한 최소한의 범위에서 세무조사를 하여야 하며, 다른 목적 등을 위하여 조사권을 남용해서는 아니 된다.

② 세무공무원은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우가 아니면 같은 세목 및 같은 과세기간에 대하여 재조사를 할 수 없다.

1. 조세탈루의 혐의를 인정할 만한 명백한 자료가 있는 경우

2. 거래상대방에 대한 조사가 필요한 경우

3. 2개 이상의 과세기간과 관련하여 잘못이 있는 경우

4. 제65조 제1항 제3호 단서(제66조 제6항과 제81조에서 준용하는 경우를 포함한다) 또는 제81조의15 제4항 제2호 단서에 따른 재조사 결정에 따라 조사를 하는 경우(결정서 주문에 기재된 범위의 조사에 한정한다)

5. 납세자가 세무공무원에게 직무와 관련하여 금품을 제공하거나 금품제공을 알선한 경우

6. 그 밖에 제1호부터 제5호까지와 유사한 경우로서 대통령령으로 정하는 경우

③ 누구든지 세무공무원으로 하여금 법령을 위반하게 하거나 지위 또는 권한을 남용하게 하는 등 공정한 세무조사를 저해하는 행위를 하여서는 아니 된다.

(2) 법인세법

제52조[부당행위계산의 부인] ① 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령으로 정하는 특수관계인(이하 "특수관계인"이라 한다)과의 거래로 인하여 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산(이하 "부당행위계산"이라 한다)에 관계없이 그 법인의 각 사업연도의 소득금액을 계산할 수 있다.

② 제1항을 적용할 때에는 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율ㆍ이자율ㆍ임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함하며, 이하 이 조에서 "시가"라 한다)을 기준으로 한다.

③ 내국법인은 대통령령으로 정하는 바에 따라 각 사업연도에 특수관계인과 거래한 내용이 적힌 명세서를 납세지 관할 세무서장에게 제출하여야 한다.

④ 제1항부터 제3항까지의 규정을 적용할 때 부당행위계산의 유형 및 시가의 산정(算定) 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제66조[결정 및 경정] ② 납세지 관할 세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조에 따른 신고를 한 내국법인이 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우에는 그 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고 내용에 오류 또는 누락이 있는 경우

(3) 법인세법 시행령

제88조[부당행위계산의 유형 등] ① 법 제52조 제1항에서 "조세의 부담을 부당하게 감소시킨 것으로 인정되는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

6. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 무상 또는 시가보다 낮은 이율·요율이나 임대료로 대부하거나 제공한 경우. 다만, 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다.

7. 금전, 그 밖의 자산 또는 용역을 시가보다 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공받은 경우

9. 그 밖에 제1호 내지 제7호, 제7호의2, 제8호 및 제8호의2에 준하는 행위 또는 계산 및 그 외에 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 경우

제89조[시가의 범위 등] ① 법 제52조 제2항을 적용할 때 해당 거래와 유사한 상황에서 해당 법인이 특수관계인 외의 불특정다수인과 계속적으로 거래한 가격 또는 특수관계인이 아닌 제3자간에 일반적으로 거래된 가격이 있는 경우에는 그 가격(주권상장법인이 발행한 주식을 한국거래소에서 거래한 경우 해당 주식의 시가는 그 거래일의 한국거래소 최종시세가액)에 따른다.

② 법 제52조 제2항을 적용할 때 시가가 불분명한 경우에는 다음 각 호를 차례로 적용하여 계산한 금액에 따른다.

1. 「감정평가 및 감정평가사에 관한 법률」에 의한 감정평가법인이 감정한 가액이 있는 경우 그 가액(감정한 가액이 2 이상인 경우에는 그 감정한 가액의 평균액). 다만, 주식등을 제외한다.

2. 「상속세 및 증여세법」 제38조·제39조·제39조의2·제39조의3, 제61조부터 제66조까지의 규정 및 「조세특례제한법」 제101조를 준용하여 평가한 가액. 이 경우 「상속세 및 증여세법」 제63조 제1항 제1호 나목 및 같은 법 시행령 제54조에 따라 비상장주식을 평가함에 있어 해당 비상장주식을 발행한 법인이 보유한 주식(주권상장법인이 발행한 주식으로 한정한다)의 평가금액은 평가기준일의 한국거래소 최종시세가액으로 하며, 「상속세 및 증여세법」 제63조 제2항 제1호·제2호 및 같은 법 시행령 제57조 제1항·제2항을 준용할 때 "직전 6개월(증여세가 부과되는 주식등의 경우에는 3개월로 한다)"은 각각 "직전 6개월"로 본다.

④ 제88조 제1항 제6호 및 제7호의 규정에 의한 자산(금전을 제외한다) 또는 용역의 제공에 있어서 제1항 및 제2항의 규정을 적용할 수 없는 경우에는 다음 각 호의 규정에 의하여 계산한 금액을 시가로 한다.

1. 유형 또는 무형의 자산을 제공하거나 제공받는 경우에는 당해 자산시가의 100분의 50에 상당하는 금액에서 그 자산의 제공과 관련하여 받은 전세금 또는 보증금을 차감한 금액에 정기예금이자율을 곱하여 산출한 금액

(4) 민법

제279조[지상권의 내용] 지상권자는 타인의 토지에 건물 기타 공작물이나 수목을 소유하기 위하여 그 토지를 사용하는 권리가 있다.

제703조[조합의 의의] ① 조합은 2인 이상이 상호출자하여 공동사업을 경영할 것을 약정함으로써 그 효력이 생긴다.

② 전항의 출자는 금전 기타 재산 또는 노무로 할 수 있다.

제711조[손익분배의 비율] ① 당사자가 손익분배의 비율을 정하지 아니한 때에는 각 조합원의 출자가액에 비례하여 이를 정한다.

② 이익 또는 손실에 대하여 분배의 비율을 정한 때에는 그 비율은 이익과 손실에 공통된 것으로 추정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 1993.11.3. 관할 OOO구청장으로부터 쟁점법인과 공동명의로 쟁점건물에 대한 건축허가OOO를 받아 1993.12.31. OOO 주식회사(이하 “OOO건설”이라 한다)와 건축공사계약을 체결하여 공사를 진행하였다.

쟁점건물에 대한 공사는 1996년에 중단되었으나, 2006.5.17. 공사를 재개하여 2009년에 준공되었다.

(2) 청구법인은 쟁점법인 소유 토지에 청구법인 명의로 건물을 신축하여 공동의 임대사업을 영위하는 쟁점1계약을 아래와 같은 내용으로 1993.10.1. 체결하였다.

<쟁점1계약의 주요내용>

(3) 청구법인은 2009.5.27. 쟁점부동산에 대한 사용승인을 받은 후 청구법인과 쟁점법인은 각자 아래 <표1>과 같이 업종을 “부동산/임대”로 하여 별도의 지점사업자등록을 하였다.

<표1> 쟁점부동산에 대한 임대사업자 등록 상황

(4) 2009년 청구법인과 쟁점법인은 쟁점1계약 제3조에 따라 쟁점2계약을 체결하였으며, 그 주요내용은 아래와 같이 청구법인을 대표사업자로 지정하고 쟁점토지에 대한 지상권을 설정하는 내용의 계약을 하였다.

<쟁점2계약의 주요내용>

(가) 조사청의 조사당시 처음 제출한 쟁점2계약서에는 작성일자가 2009.6.29.로 되어 있어서 조사담당공무원이 감정평가가 2009.10.31.이므로 쟁점2계약서 작성일자와 맞지 않음을 지적하자 청구법인은 작성일자가 2009.10.31.로 되어있는 새로운 쟁점2계약서를 제출하였다.

두 계약서는 모든 내용이 동일하나 2009.6.29. 작성분은 수익배분비율이 62.1%(청구법인):37.9%(쟁점법인)로 되어 있으나, 2009.10.31. 작성분은 62.2%(청구법인):37.8%(쟁점법인)로 변경되어 있다.

(나) 이에 대하여 청구법인측은 2009.6.29. 당시에 감정평가서상 손익분배비율에 따랐으나 준공 후 발생한 공사비용에 대한 추가 투자금을 반영한 후 감정평가 받은 손익분배비율을 조정하여 2009.10.31. 재작성하였다고 주장하였으며, 아래 <표2>와 같이 추가비용내역(2009.10.29. 작성으로 기재됨)을 제출하였다.

<표2> 추가공사비 내역 예시

(5) 쟁점2계약에 첨부된 감정평가법인의 임대권가치에 따른 손익분배비율 계산내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 감정평가에 따른 손익분배비율 계산내역

(6) 2010년 청구법인과 쟁점법인 사이에 쟁점부동산의 임대수익을 배분한 내역을 살펴보면 아래 <표4>와 같다.

<표4> 2010년 쟁점부동산 임대수익 배분내역

2009.10.31.기준 쟁점부동산 감정평가액에 대한 배분받은 임대순수익의 비율은 약 5.4%OOO수준에 해당한다.

(7) 쟁점부동산의 임대차계약 및 관리에 대한 계약은 청구법인 단독 명의로 체결하였으며, 쟁점임대수익 배분과 관련하여 쟁점법인이 청구법인에게 배분받은 수익에 대한 세금계산서를 발급하고 청구법인은 이를 매입으로 하고 임차인에게 쟁점부동산의 임대에 대한 매출세금계산서를 발급하였다.

(8) 쟁점부동산에 대한 등기부등본을 살펴보면, 쟁점토지는 쟁점법인의 단독 소유로 되어 있고, 청구법인의 쟁점토지에 대한 지상권은 등기된 바 없으며, 쟁점건물은 청구법인이 단독으로 소유하고 임차인의 전세권이 설정되어 있다.

(9) 청구법인이 2015년 7월에 OOO구청장에게 제출한 쟁점건물에 대한 건물사용명세서상 건물사용내역은 아래 <표5>와 같으며, 쟁점건물 중 17,866.29㎡(전체면적 대비 67.8%)가 공실이며, 이는 2015.4.13. 임차인OOO이 이주하면서 발생한 부분이 14,948.72㎡(전체면적 대비 56.8%)에 해당한다.

<표5> 쟁점건물사용명세서상 사용내역

(10) 청구법인 대표이사인 OOO가 대표이사 직인을 날인하여 조사청에 제출한 확인서의 내용은 아래와 같이 공동사업과 관련한 양도소득세를 신고한 사실이 없으며, 청구법인이 쟁점법인에게 지급한 수익분배금은 쟁점토지에 대한 임차료라고 기재되어 있다.

<청구법인 대표이사 OOO의 확인서>

(11) 청구법인에 대한 조사청과 전 조사청의 법인세 조사내역을 살펴보면,

2013년에 실시한 과거세무조사는 당초 2009사업연도에 대한 법인세 통합조사로 시작되었으나 2010~2012사업연도까지 감가상각비 항목에 대한 부분조사를 확대하였고,

2017년에 실시한 쟁점세무조사에서는 당초 2012~2014사업연도에 대한 법인세 통합조사로 시작하였으나 2011사업연도 및 2015~2016사업연도에 대하여 부분조사로 조사범위를 확대하였으며, 이 때 2011, 2015사업연도는 이 건과 관련한 쟁점부동산에 대한 부분이 조사대상으로 포함되었다.

따라서 2011~2012사업연도에 대하여 조사가 중복되어 중복조사 금지를 위반한 것으로 청구법인이 주장하고 있다.

(12) 2013년 과거세무조사 당시 전 조사청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하기 위해 아래와 같이 세무조사 사전통지(OOO국세청 조사관리과-663, 2013.4.10.)를 하였다.

<과거세무조사 당시 세무조사 사전통지>

(13) 2013년 전 조사청은 청구법인에 대한 세무조사를 실시하던 중 아래와 같이 세무조사 범위확대 통지(OOO국세청 조사1과-386, 2013.6.3.)를 하였다.

<과거세무조사 당시 조사범위확대 통지>

(14) 청구법인은 OOO 토지 임대료 지급관련 과거세무조사 당시 조사담당 공무원이 쟁점부동산과 관련한 조사자료의 제출을 요구하는 자료제출요구서와 이에 대하여 제출한 청구법인의 소명서를 심리자료로 제출하였다.

<과거세무조사 당시 조사담당공무원의 자료제출 요구서>

소명서에는 위의 요구서에 기재된 요구사항에 따라 청구법인은 쟁점2계약서, 쟁점토지등기부등본, 쟁점건물의 건축물대장, 감정평가서를 제출한 것으로 나타난다.

그 외에 청구법인은 전 조사청에 2009년~2013년 기간 동안 쟁점건물 임대수익 및 경비배분 내역을 당시 조사담당공무원의 요구에 따라 제출하였다고 주장하며, 당시 제출한 관련 서류를 심리자료로 제출하였으나, 조사담당공무원이 2010~2013사업연도에 해당하는 자료제출을 요구하였다는 사실을 증명하는 증빙을 제출하지는 못하였다.

(15) 전 조사청은 2013.6.12.(OOO국세청 조사1과-444) 청구법인에 세무조사 결과통지를 법인세 OOO원만 과세하는 것으로 통지하였으며, 2013.10.29.(OOO국세청 조사1과-988) 청구법인에 세무조사결과 사후관리사항으로 아래 <표6>과 같이 조사항목별 적출내역을 통지하였다.

<표6> 전 조사청의 세무조사항목별 적출내역 통지사항

(16) 2017년 조사청의 청구법인에 대한 세무조사 통지(OOO국세청 조사관리과-205, 2017.1.17.)의 내용은 아래와 같다.

<쟁점세무조사에 대한 세무조사 통지서>

(17) 2017년 조사청의 세무조사에서 조사범위확대 통지(OOO국세청 조사3과-197, 2017.2.24.)의 내용은 아래와 같다.

<쟁점세무조사 당시 조사범위확대 통지서>

(18) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 다음과 같이 살펴본다.

(가) 쟁점①과 관련하여,

1) 우선 청구법인이 쟁점임대수익을 쟁점법인과 배분한 행위가 공동사업과 유사한 것으로 사업에 대한 수익배분으로 볼 수 있는지를 살펴보면, 「국세기본법」 제14조 제1항, 제2항의 실질과세 원칙은 헌법상 기본이념인 평등의 원칙을 조세법률관계에 구현하기 위한 실천적 원리로서, 조세의 부담을 회피할 목적으로 과세요건사실에 관하여 실질과 괴리되는 비합리적인 형식이나 외관을 취하는 경우에 그 형식이나 외관에 불구하고 실질에 따라 담세력이 있는 곳에 과세함으로써 부당한 조세회피행위를 규제하고 과세의 형평을 제고하여 조세정의를 실현하고자 하는 데 주된 목적이 있는 것(대법원 전원합의체 2012.1.19. 선고 2008두8499 판결)이고, 실질과세 원칙에 따라 계약내용을 해석할 때 당사자가 표시한 문언으로 객관적 의미가 명확하지 않는 경우에는 문언내용, 계약이 성립된 동기 및 경위, 계약으로 달성하려는 당사자의 목적과 진정한 의사, 거래관행 등을 종합적으로 고려하여 사회정의와 형평의 이념에 맞도록 논리와 경험의 법칙, 그리고 사회일반의 상식과 거래의 통념에 따라 합리적으로 해석하여야 하는 것(대법원 2009.2.26. 선고 2008두21874 판결 참조)인바,

청구법인과 쟁점법인이 각자 부동산임대 사업자등록을 한 점, 쟁점법인이 배분받은 쟁점임대수익에 대하여 청구법인에게 세금계산서를 발급한 점, 쟁점부동산 임대차계약상 청구법인만 임대인으로 기재하고 임차인에게 세금계산서를 청구법인이 단독으로 발급한 점, 쟁점2계약 제4조에 따라 청구법인에게 쟁점토지의 지상권을 설정하기로 되어있는 점, 쟁점법인이 쟁점부동산의 임대와 관련한 활동에 참여한 사실이 특별히 확인되지 않는 점, 쟁점부동산의 임대차계약에 관련 분쟁의 법률상 당사자가 청구법인만 기재된 점 등에 비추어 볼 때, 공동사업을 영위하였다기 보다는 청구법인이 쟁점법인으로부터 쟁점토지를 임차하여 쟁점건물을 건축한 후 임대한 것으로 보이므로 쟁점법인에게 배분한 쟁점임대수익은 쟁점토지에 대한 임대료로 보는 것이 타당하다고 판단된다.

2) 청구법인이 쟁점법인에게 배분한 쟁점임대수익이 쟁점토지에 대한 적정한 임대료보다 고가로서 부당행위계산 부인이 적용되는지를 살펴보면, 청구법인과 쟁점법인이 비록 2개의 감정평가법인으로부터 쟁점토지와 쟁점건물에 대한 감정평가를 받았으나 이는 쟁점토지 및 쟁점건물 가액에 대한 감정평가로서 쟁점토지를 사용하고 지급하여야 하는 임대료에 대한 감정평가액이 아니어서 쟁점임대수익을 쟁점토지 및 쟁점건물 가액으로 배분한 금액을 적정한 임차료로 보기 어려운 점, 쟁점부동산의 관리를 청구법인이 수행하는 것으로 보임에도 쟁점임대수익의 배분시 청구법인의 이에 대한 기여를 추가로 인정하지 않은 점, 처분청이 임대료와 관련한 유사사례가액이 없어서 보충적평가법으로 적정임대료를 산정하였다는 의견을 제시하나 충분한 유사사례를 확인한 것으로 볼 증빙이 부족한 점 등에 비추어 인근 토지에 대한 임대료에 대한 유사사례 등을 재조사하여 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(나) 쟁점②와 관련하여, 당초 전 조사청의 과거세무조사 당시 쟁점부동산에 관하여 자료제출 및 소명을 요구하여 조사한 것은 인정되나, 앞서 쟁점①에서 살펴본 바와 같이 청구법인이 조세를 회피할 목적으로 쟁점1·2계약을 체결하고 쟁점법인에 이익을 배분한 것은 신의성실을 적용하기에는 청구법인에 귀책사유가 있는 것으로 보이므로 쟁점세무조사에서 쟁점부동산에 대한 수익배분이 부당행위계산 부인 대상에 해당하는 것으로 하여 법인세를 과세한 이 건 처분은 신의성실의 원칙에 반하는 것으로 볼 수 없다.

(다) 쟁점③과 관련하여, 당초의 세무조사가 다른 세목이나 다른 과세기간에 대한 세무조사 도중에 해당 세목이나 과세기간에도 동일한 잘못이나 세금탈루 혐의가 있다고 인정되어 관련 항목에 대하여 세무조사 범위가 확대됨에 따라 부분적으로만 이루어진 경우와 같이 당초 세무조사 당시 모든 항목에 걸쳐 세무조사를 하는 것이 무리였다는 등의 특별한 사정이 있는 경우에는 당초 세무조사를 한 항목을 제외한 나머지 항목에 대하여 향후 다시 세무조사를 하는 것은 구 국세기본법 제81조의3 제2항에서 금지하는 재조사에 해당하지 아니한다고 볼 것(대법원 2015.2.26. 선고 2014두12062 판결 참조)인바,

전 조사청은 과거세무조사에서 당초 2009사업연도에 대하여 법인세 통합조사를 실시하였으나 감가상각비 부분에 한하여 2010~2012사업연도까지 확대한 것으로 여러 여건상 쟁점부동산에 대한 부분을 조사범위도 확대하지 않았다는 사실이 인정되고, 과거세무조사에서 조사담당공무원이 2010~2012사업연도까지에 대하여 쟁점부동산의 수익배분과 관련한 자료의 제출을 요구한 것으로 볼 수 있는 증빙도 확인되지 않아 쟁점세무조사가 중복조사 금지원칙을 위반하지 않은 것으로 보이므로 법인세를 과세한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유가 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

<별지>

<별지> 부과처분 내역