원고○○주식회사

피고○○세무서장

2.소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1994.경 ○○ ○○구 ○○동 77 일원에서 대지면적 980.8평, 연면적 11,690평(지하 6층, 지상 15층)규모의 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 내용의 부동산 개발을 계획하였다.

나. 한편, 원고 및 원고의 임원 최AA, 최BB, 최CC는 아래 표와 같이 ○○ ○○구 ○○동 66 토지 등을 각 취득하였다.

다. ○○시장은 2000.7.25.○○ ○○구 ○○동 77 일대 8,149.9㎡(이후 8,163.3㎡로 늘어났다)를 ○○구역 도심재개발구역으로 지정・고시(○○시 고시 제2000-197호)하였다.

라. □□디 주식회사는 2002.7.24.도심재개발사업시행인가 신청을 하였고, ○○ ○○구 도시계획위원회는 2002.10.11.□□디 주식회사를 시행자로 하는 사업시행인가를 조건부로 결정하였고, 이에 ○○시 ○○구청장(이하 '○○구청장'이라 한다)은 2003.2.24.□□디 주식회사를 시행자로 한 ○○구역 도심재개발사업시행을 인가하였다.

마. 이에 ○○구역 도시재개발구역 내에 토지를 소유하고 있던 최CC(보조참가인 원고, 최AA, 최BB)가 2002.11.21.경 ○○구청장을 상대로 이 법원 2002구합38726호로 위 ○○구역 도심재개발사업시행인가처분의 취소를 구하는 내용의 소(이하 '1차 소송'이라 한다)를 제기하였고, 이 법원은 2003.5.1.위 도심재개발사업시행인가처분을 취소한다는 판결을 선고하였으며, 이에 ○○구청장이 항소 및 상고를 제기하였으나 모두 기각되어 2005.3.11.위 판결이 확정되었다.

바. 한편, 원고는 2005.3.22.최AA 등 임원이 소유한 토지에 대한 토지사용승낙서를 첨부하여 ○○ ○○구 ○○동 77, 43, 44-1, 64, 66 대 1,126.54㎡ 지상 지하 2층, 지상 11층 연면적 4,790.74㎡ 건물과 같은 동 80 대 341.65㎡(이하 위 토지 전부를 합하여'이 사건 각 토지'라 한다)지하 2층, 지상 10층, 연면적 2,280.82㎡ 건물의 건축허가신청을 하였으나, 2005.6.16.○○구청장으로부터 이미 결정된 ○○동도심재개발구역에 적합하지 않다는 이유로 건축허가신청 반려통지를 받았다. 이에 원고는 2005.7.25. 이 법원 2005구합22746호로 건축허가신청반려처분취소를 구하는 소(이하'2차 소송'이라 한다)를 제기하였으나, 이 법원은 2006.1.10.원고의 청구를 기각하였고, 이에 원고가 항소 및 상고를 제기하였으나 모두 기각되었다.

사. 원고는 이 사건 각 토지와 관련한 소송비용은 868,932,958원(= 1차 소송비용 768,719,418원 + 2차 소송비용 100,213,540원), 재산세 등 유지관리비 19,106,610원을 2002 ~ 2005사업연도 손금에 산입하고 해당 매입세액을 공제하였으나, 피고는 1차 소송비용과 유지관리비를 업무와 관련 없는 비용으로 보아 손금불산입하고 같은 비용과 관련된 부가가치세를 매입세액 불공제하는 것으로 하여 2002 ~ 2006사업연도 법인세 및 부가가치세 348,782,610원을 과세예고통지 하였다.

아. 원고는 이에 불복하여 2007.1.11.과세전적부심사청구를 제기하였고, 피고는 2008.3.31.과세전적부심사에서 1차 소송비용(768,719,418원)은 해당 사업연도 기준 시가 평가액에서 원고 소유 토지의 기준시가 평가액이 차지하는 비율에 해당하는 금액만을 손금으로 보고, 유지관리비는 업무무관 비용으로 보아 해당 매입세액을 불공제하여 2008.6.13.원고에게 아래 표와 같이 2002 ~ 2006 사업연도 법인세 합계 271,428,110원, 2002년 2기 ~ 2006년 1기 부가가치세 합계 45,856,890원을 경정・고지하였다.

자. 원고는 이에 불복하여 2008.9.8.심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2010.2.5.경 유지관리비(19,106,610원)는 손금에 산입하는 것이 타당하다는 일부 인용 결정을 하였으며, 이에 따라 피고는 2010.2.23.아래표와 같이 법인세를 감액경정하여 원고에 대한 2002~2006 사업연도 법인세 및 2002년 2기 ~ 2006년 1기 부가가치세는 별지 부과처분목록 기재 각 법인세 및 부가가치세가 남게 되었다(이하'이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거]다툼 없는 사실, 갑 제1, 내지 14호증, 을 제1 내지 19호증(각 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2.이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자들의 주장

1)원고의 주장

1차 소송은 원고가 그 주요 목적사업인 도심재개발사업을 추진하기 위하여 또는 그 일환으로써 제기한 것이고, 1차 소송의 승패에 따른 효익의 대부분도 원고가 얻게 되는 점, 따라서 그 소송비용의 대부분을 원고가 부담한 점 등에 비추어 보면, 원고가 부담한 위와 같은 소송비용은 그 전부가 원고의 도심재개발사업과 관련한 비용이므로 손금에 포함시켜야 할 것임에도, 이와 달리 이 사건 각 토지의 기준시가 보유 비율에 따라 원고에 대한 안분액 이외의 부분은 원고의 업무와 관련 없는 비용으로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

2)피고의 주장

1차 소송의 당사자는 원고를 포함한 최AA 등 이 사건 각 토지의 소유자들이고, 소송에 따른 효익은 ○○구역 도심재개발사업 계획구역 안의 토지 소유자를 포함하여 소송의 당사자들 모두에게 돌아가는 것이 명백하므로 1차 소송비용 전부가 원고에게만 귀속된다고 볼 수 없으며, 소송의 승소시 원고 및 최AA 등의 토지 소유비율에 따라 이해관계가 발생하므로 1차 소송의 비용은 원고가 전액 부담할 것이 아니라 토지소유자인 개인이 부담하는 것이 타당하다 할 것이므로, 1차 소송비용을 원고, 최AA 등이 각 보유한 토지의 기준시가로 안분하여 법인세 등을 부과한 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 인정사실

1)원고는 1964.8.17.설립된 법인으로서, 그 목적사업은 광산개발사업, 비소광석 가공 및 안료제조업(1999.3.5.추가), 국내외 무역 및 대리점업, 부동산임대업, 합성수지 제조 판매업, 전자제품 제조 판매업, 음향 및 영상기기 제조업, 위 각 사업과 관련된 부대사업, 재개발사업 및 건축사업(1999.3.5.추가)으로 되어 있다.

2)대차대조표에 나타난 원고의 분양별 매출액 구성은 아래표와 같다.

3)원고는 ○○구역 도심재개발구역 지정・고시 이후 도심재개발사업의 추진 및 시행에 주력하여, 2001.9.경 △△브, 주식회사 ▷▷랜드 및 주식회사 ◇◇ Korea에게 위 재개발사업의 시행대행용역을 발주하였다.

4)그런데 □□디 주식회사를 시행자로 한 위 ○○구역 도심재개발사업시행인가조건부 결정으로 인하여 이 사건 각 토지 위에 빌딩을 신축하려던 원고의 계획이 무산될 처지에 놓이게 되었다. 이에 원고의 임원인 최CC는 이DD 변호사의 자문을 거쳐 1차 소송을 제기하였고, 원고 및 원고 임원인 최AA, 최BB는 ▽▽법률사무소의 법률자문을 거쳐 소송대리인으로 선임하여 원고 명의로 소송을 제기할 계획이었다가, 최CC가 이미 위와 같이 1차 소송을 제기하였으므로 동일 사안에 대한 중복 회피, 소송 기간 단축, 소송대리인의 편의 등을 위하여 보조참가인으로 참가하여 소송을 수행하기로 하였다.

5)원고는 1차 소송과 관련하여 소송위임 계약 등을 체결하고, ▽▽법률사무소 등 소송대리인에게 아래 표와 같이 722,681,000원을 지급하였다.

6)이 사건 각 토지에 대하여, 기준시가에 의한 2006년 6월 현재 지분비율은 원고 12.42%, 최AA 57.09%, 최BB 25.88%, 최CC 4.61%이다.

[인정근거]앞서 든 증거들, 증인 신EE의 증언

라. 판단

법인세법 제19조 제2항은 "손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다"고 규정하고 있고, 같은 법 제27조는 "내국법인이 각 사업연도에 지출한 비용중 다음 각 호의 금액은 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입하지 아니한다"고 규정하면서, 같은 조 제2호에서 "그 법인의 업무와 직접 관련이 없다고 인정되는 지출금액으로서 대통령령이 정하는 것"을 그 하나로 들고 있으며, 부가가치세법 제17조 제1항은 "사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하'납부세액'이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하'매출세액'이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하'매입세액'이라 한다)을 공제한 금액으로 한다"고 규정하면서, 제1호에서 "자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액"을 그 하나로 들고 있고, 같은 조 제2항은 "다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다"고 규정하면서, 제2호에서 "사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액"을 그 하나로 들고 있다.

그러므로 원고가 1차 소송과 관련하여 지출한 소송비용이 원고의 사업과 관련하여 지출된 비용인지 여부에 관하여 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 1994.경 ○○지구 내에 있는 원고의 임원인 최CC, 최AA 등 소유인 ○○ ○○구 ○○동 77 등 토지의 지상에 업무용 빌딩 및 호텔을 신축하는 것을 그 내용으로 하는 부동산개발계획을 세웠고, 위 부동산개발을 위하여 1994.12.31.부터 1997.8.4.까지 사이에 4회에 걸쳐 ○○동 66, 44-1, 43, 44-5 토지를 매입하기도 한 사실, 원고는 1999.3.5.경 정관상 '재개발 사업 및 건축사업'을 목적사업에 추가하였고, ○○구역의 도심재개발사업이 추진되자 원고도 도심재개발 사업의 추진 및 시행에 주력하여, 2001.9.경 △△브, 주식회사 ▷▷랜드 및 주식회사 ◇◇ Korea에게 위 재개발사업의 시행대행용역을 발주한 사실, 그러나 ○○ ○○구 도시계획위원회의 □□디 주식회사를 시행자로 하는 사업시행인가 조건부 결정 및 이에 기한 ○○구청장의 사업시행인가로 인하여 이 사건 각 토지 위에 빌딩을 신축하려는 원고의 계획이 무산될 처지에 놓이게 되자, 원고는 이를 다투기 위하여 ▽▽법률사무소를 소송대리인으로 선임하여 1차 소송에 참가하였고 이와 관련하여 각종 비용을 지출하게 된 사실, 원고는 1차 소송에서 2005.3.11.최종적으로 승소 확정되자, 같은 달 22.최AA 등 임원이 소유한 토지에 대하여 토지 사용승낙을 받아 이 사건 각 토지 위에 빌딩 건축허가신청을 한 사실을 인정할 수 있는바, 위와 같은 사실관계 의하면 원고가 1차 소송을 하게 된 것은 주로 이 사건 각 토지 위에 업무용 빌딩을 신축하여 '재개발 사업 및 건축사업, 부동산임대업'등 원고의 목적사업을 위한 것이었고, 위 소송의 효익이 이 사건 각 토지의 소유자들에게도 미친다고 볼 수 있으나, 이는 원고의 목적사업에 따른 부수적인 것으로 보이고 그 주된 효익은 원고에게 귀속된다고 봄이 상당하므로, 1차 소송과 관련하여 원고가 지출한 비용은 원고의 사업과 관련하여 발생한 비용으로 봄이 상당하다 할 것이다.

따라서, 1차 소송과 관련하여 원고가 지출한 비용 전부를 원고의 업무와 관련된 비용으로 볼 것임에도, 이와 달리 피고가 이 사건 각 토지의 기준시가 보유 비율에 따라 원고에 대한 안분액 이외의 부분은 원고의 업무와 관련 없는 비용으로 보고 한 이 사건 처분은 위법하다.

3.결론

그렇다면, 원고의 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여 주문과 같이 판결한다.