처분청은 청구인 소유의 ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지 48,904.3㎡(이하 “이 사건 토지”라 한다)에 대하여 2004년도 정기분 종합토지세를 과세함에 있어서, 건축물 바닥면적 3,130.602㎡(주유소 638.702㎡, 자동차판매시설 398.39㎡, 철골조립식 주차시설 2,093.51㎡)의 용도지역별 적용배율(3배, 상업지역)을 곱하여 산정한 면적 9,391.806㎡는 별도합산과세대상으로, 그 초과면적인 39,512.494㎡(이하 “쟁점 토지”라 한다)는종합합산과세대상으로 하여 그 가액(17,203,554,654원)을 과세표준으로 구 지방세법(2005.1.5. 법률 제7332호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제234조의16의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 종합토지세 593,972,040원,도시계획세 34,407,100원, 지방교육세 118,794,400원, 농어촌특별세 88,478,530원, 합계 835,652,070원을 2004.10.8. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 구 지방세법시행령 제194조의14제3항 본문 및 제1호에서 화물유통촉진법의 규정에 의하여 인가를 받은 자가 사용하는 화물터미널용 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 건축물의 부속토지로 보아 별도합산하도록 규정하고 있고, 같은 조 제1항에서 건축물의 부속토지에 건축중인 경우를 포함하도록 규정하고 있는 점에 비추어 볼 때, 화물터미널용 시설을 건축하고 있는 경우에도 화물터미널용으로 사용하는 것으로 보아 별도합산과세하는 것이 법령해석 체계상 합리적이라 하겠으며, 또한, 같은법시행령 제194조의14제3항제1호에서 “～ 사용하는 화물터미널용 토지”로만 규정하고 있을 뿐, 화물터미널용으로서 특정 용도로만 사용하여야 한다거나 그 면적을 제한하고 있지 아니하고 있으므로, 화물터미널용 토지로서 그 지하·상면을 이용하기만 한다면 이용하는 전체 토지에 대하여 사용하는 것으로 보아야 할 것인 바, 화물유통촉진법에 의하여 공용화물자동차 정류장 사업면허를 받아 공용화물자동차 정류장 사업(화물터미널 사업)을 영위하고 있는 법인으로서, 쟁점 토지를 포함한 이 사건 토지를 화물터미널용 토지로 사용하기 위하여 인천광역시장으로부터 2001.5.11. 도시계획시설(유통업무설비, 도로) 실시계획인가를 받은 후 2001.5.26.과 같은 해 7.13.에 화물보관용 시설(창고)과 자동차 주유소시설에 대한 건축허가를 받은 다음 같은 해 5.28.과 7.20.에 각각 착공신고를 하였고, 2003.2.21.에는 자동차판매시설에 대한 건축허가를 받아 건축 중에 있을 뿐만 아니라, 이 사건 토지 지하에 창고, 주유소, 주차타워 등 화물터미널 시설물을 건축하기 위한 상하수도, 전기공사 등의 기반시설공사를 완료한 점으로 보아 2001.5.28.부터는 화물터미널용 토지로 사용하고 있는 것으로 보아야 하겠고, 이 사건 토지상에 건축 예정인 집배송센타는 인근 주민들의 민원을 이유로 건축허가가 지연함에 따라 불가피하게 건축하지 못하고 있으므로 쟁점 토지를 포함한 이 사건 토지는 모두 별도합산과세대상이라 할 뿐만 아니라, 연수구세감면조례 제20조의 규정에 의하여 50%감면대상에 해당된다 할 것임에도, 공사가 진행 중인 경우는 화물터미널용으로 사용하고 있는 것으로 볼 수 없다고 하여 이 사건 종합토지세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 화물터미널을 조성중인 토지 일부에 화물터미널용 건축물을 신축중인 경우 그 토지 전체를 별도합산 과세대상 및 감면대상으로 볼 수 있는 지 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 보면, 구 지방세법 제234조의15제2항제1호 내지 제6호에서 종합합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 토지중 별도합산 또는 분리과세의 대상이 되는 건축물의 부속토지로서 대통령령이 정하는 건축물의 부속토지를 제외한 토지의 가액을 합한 금액으로 하되, 이 법 또는 관계법령의 규정에 의하여 종합토지세가 비과세 또는 면제되는 토지의 가액, 이 법 또는 다른 법령의 규정에 의하여 종합토지세가 경감되는 토지의 경감비율에 해당하는 토지가액, 공장용지·전·답·과수원 및 목장용지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액, 산림의 보호육성을 위하여 필요한 임야 및 종중소유 임야로서 대통령령으로 정하는 임야의 가액, 제112조제2항의 규정에 의한 골프장(동조동항 본문 후단의 규정을 적용하지 아니한다)용 토지의 가액과 동조동항의 규정에 의한 별장·고급오락장용 토지로서 대통령령이 정하는 토지의 가액 및 제188조제1항제2호(1)의 규정에 의한 주택의 부속토지로서 대통령령이 정하는 기준면적을 초과하는 토지의 가액, 제3호 내지 제5호의 규정에 의한 토지와 유사한 토지 및 종합토지세를 분리과세하여야 할 상당한 이유가 있는 것으로서 대통령령으로 정하는 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다고 규정하고 있고, 같은 조 제3항에서 별도합산과세표준은 과세기준일 현재 납세의무자가 소유하고 있는 전국의 모든 건축물의 부속토지 중 대통령령으로 정하는 건축물의 부속토지의 가액을 합산한 금액으로 하되, 제2항제1호 및 제2호의 규정에 의한 토지의 가액은 이를 합산하지 아니한다고 규정하고 있으며, 구 지방세법시행령(2005.1.5. 대통령령 제18669호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제194조의14제1항에서 법 제234조의15제2항 본문에서 “대통령령이 정하는 건축물의 부속토지”라 함은 건축물(법 제104조제4호의 규정에 의한 건축물과 행정자치부령으로 정하는 지상정착물을 말하며, 건축중인 경우와 과세기준일 현재 건물멸실등기를 한 날부터 6월이 경과하지 아니한 경우를 포함하되, 과세기준일 현재 건축기간이 경과하였거나 정당한 사유없이 6월 이상 공사가 중단된 경우를 제외한다. 이하 이 절에서 같다)중 다음 각호의 1에 해당하는 건축물을 제외한 건축물의 부속토지로서 건축물의 바닥면적(건물외의 시설물의 경우에는 그 수평투영면적을 말한다)에 제2항의 규정에 의한 용도지역별 적용배율을 곱하여 산정한 면적을 초과하지 아니하는 토지를 말한다고 규정하고 있으며, 같은 조 제3항 본문 및 제1호에서 여객자동차운수사업법 및 화물유통촉진법의 규정에 의하여 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 여객자동차터미널 및 화물터미널용 토지는 제1항 및 제2항의 규정에 불구하고 법 제234조의15 제2항 본문의 대통령이 정하는 건축물의 부속토지로 본다고 규정하고 있고, 인천광역시연수구세감면조례 제20조에서 과세기준일 현재 화물유통촉진법 제2조의 규정에 의한 화물터미널 및 창고용으로 사용되는 토지에 대하여는 취득 후 당해 납세의무가 최초로 성립한 날부터 5년간 종합토지세 과세표준액의 100분의 50을 경감한다고 규정하고 있으며, 화물유통촉진법 제2조제7호에서 “화물터미널”이라 함은 화물의 집하·하역·분류·포장·보관 또는 통관 등에 필요한 기능을 갖춘 시설물을 말한다고 규정하고 있고, 그 제9호에서 “창고”라 함은 물건의 멸실 또는 훼손을 방지하기 위한 보관시설 또는 보관장소를 말한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 1990.4월 화물유통촉진법에 의하여 공용화물자동차 정류장 사업면허를 받아 공용화물자동차 정류장 사업(화물터미널 사업)을 영위하고 있는 법인으로서, 2001.5.26. 이 사건 토지상에 지하 1층·지상 2층 연면적 5,171.04㎡ 규모의 창고를 신축하기 위하여 건축허가를 받은 후 2001.5.29. 착공신고를 하여 건축 중에 있고, 2001.7.13. 추가로 주유소를 건축하기 위하여 1차로 건축허가(설계변경) 변경허가를 받아 2001.7.20. 착공신고를 하였으며, 2003.2.21. 자동차관련시설을 추가로 건축하기 위하여 2차로 건축허가(설계변경) 변경허가를 받아 건축 중에 있고, 2003. 2월경 다시 집배송센타를 추가로 건축하기 위하여 3차로 건축허가(설계변경 허가) 변경허가 신청을 하였으며, 2003.4.10. 처분청으로부터 화물터미널 공사시행 인가를 받았고, 2003.12.12. 자동차관련시설에 대한 사용승인을 받은 사실과 처분청은 2003.4.25. 도로정체현상 등과 주민 녹지공간 확보를 이유로 인천광역시에 도시계획을 재고하여 줄 것을 건의하였다는 이유로 건축허가(설계변경) 일시 보류 통보 및 2003.11.13. 인근 주민들의 민원을 이유로 건축허가 변경 지연 통보를 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에 의하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 화물터미널 건축공사가 진행 중인 경우에도 화물터미널로 사용되는 토지로 보아야 하고, 일부 건축물에 대하여 처분청이 건축허가를 지연함에 따라 건축하기 못한 정당한 사유가 있으므로 쟁점 토지를 포함한 이 사건 토지는 모두 별도합산과세대상에 해당된다고 주장하고 있으므로 이에 관하여 보면, 구 지방세법시행령 제194조의14제3항 본문 및 제1호에서 화물유통촉진법의 규정에 의하여 면허 또는 인가를 받은 자가 계속하여 사용하는 여객자동차터미널 및 화물터미널용 토지를 별도합산과세대상으로 과세하도록 규정하고 있는 바, 동 규정에서 화물터미널용으로 계속하여 사용하는 토지라 함은 종합토지세가 매년 당해 토지의 현황을 판단하여 과세대상을 구분하여 과세하는 조세인 점에 비추어 과세기준일 현재 현실적으로 당해 용도로 사용되고 있는 경우를 의미한다고 보아야 하겠고, 같은법시행령 제194조의14제1항에서 말하는 건축물의 부속토지의 범위에 건축 중인 경우를 포함한다는 규정은 일반적으로 당해 건축물의 부속토지에 해당하는 범위안에서 인정한다는 것을 의미한다 하겠으므로, 같은 조 제3항의 규정을 적용함에 있어 화물터미널용으로 사용할 예정인 토지상에 일부 화물터미널용 건축물이 건축 또는 건축 중에 있다고 하여 당해 화물터미널 예정부지 전체를 화물터미널용으로 사용하는 토지로 볼 수는 없다 할 것으로, 이 사건 토지의 경우 2004년도 종합토지세 과세기준일(6.1) 현재 일부 건축물은 건축공사가 진행되고 있고, 일부 건축물(화물집배송센터)은 건축허가가 지연되어 착공도 하지 못하고 있는 상태에 있는 등 화물터미널용으로 사용하기 위한 준비공사가 진행 중에 있으므로, 처분청이 건축중인 건축물의 부속토지 해당하는 부분에 대하여만 별도합산과세대상으로, 쟁점 토지에 대하여는 화물터미널용 토지에 해당되지 않는다고 보아 종합합산과세대상으로 하여 이 사건 종합토지세 등을 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2005. 5. 30.

행 정 자 치 부 장 관