따라서 법인이 어느 사업연도에 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다면, 구 법인세법 시행령 제89조 제3항 단서 제2호 에 따라 해당 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수는 없다. 나아가 그 이후의 사업연도에 대하여도 원칙으로 돌아가 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 법인이 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 다시 위 규정에 따라 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 이와 달리 법인이 최초로 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 한하여 위 규정이 적용된다고 볼 수는 없다.

1. 사안의 개요

가. 원고는 2010 내지 2018 사업연도 법인세를 신고하면서, 특수관계인인 대표이사에게 가지급금을 대여한 것으로 보아 2010 내지 2016 사업연도에는 당좌대출이자율을, 2017 및 2018 사업연도에는 가중평균차입이자율을 각각 이자율의 시가로 적용하여 가지급금 인정이자를 계산하고, 이를 위 각 사업연도의 익금에 산입하였다.

나. 피고는 원고에게 ‘2016 사업연도에 가지급금 인정이자 계산 시 당좌대출이자율을 시가로 선택하였으므로, 구 법인세법 시행령(2019. 2. 12. 대통령령 제29529호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제89조 제3항 단서 제2호 에 따라 이후 2개 사업연도인 2017 및 2018 사업연도에도 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 한다.’는 내용의 수정신고 안내를 하였다.

다. 이에 원고는 2019. 11. 19. 2017 및 2018 사업연도의 가지급금에 대하여 당좌대출이자율을 적용하여 인정이자를 계산하고, 당초 신고액과의 차액을 익금산입하여 2017 및 2018 사업연도의 법인세를 수정신고·납부하였다.

라. 그 후 원고는 2020. 10. 6. ‘2017 및 2018 사업연도에는 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수 있다.’고 주장하면서, 2017 및 2018 사업연도 법인세의 일부 환급을 구하는 취지의 경정청구를 하였으나, 피고는 2020. 12. 3. 이를 거부하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라고 한다).

2. 상고이유에 관한 판단

가. 구 법인세법(2018. 12. 24. 법률 제16008호로 개정되기 전의 것) 제52조 제1항 및 구 법인세법 시행령 제88조 제1항 제6호 본문, 제89조 제5항 본문은 ‘법인이 특수관계인에게 무상 또는 시가보다 낮은 이율로 금전을 대여함으로써 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 과세관청이 이를 부당행위계산으로 보아 그에 관한 인정이자를 계산하여 익금에 산입한다.’고 규정하고 있다.

그리고 구 법인세법 제52조 제2항 은 ‘부당행위계산의 부인을 적용함에 있어서 건전한 사회 통념 및 상거래 관행과 특수관계인이 아닌 자 간의 정상적인 거래에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 가격(요율·이자율·임대료 및 교환 비율과 그 밖에 이에 준하는 것을 포함한다)인 시가를 기준으로 한다.’고 규정하고 있다. 구 법인세법 제52조 제4항 등의 위임에 따라 시가의 범위 등에 관하여 정하고 있는 구 법인세법 시행령 제89조 는, 제3항 본문에서 ‘특수관계인에 대한 금전의 대여 등의 경우에는 가중평균차입이자율을 시가로 한다.’고 규정하고, 제3항 단서 제2호 (이하 ‘이 사건 규정’이라고 한다)에서 ‘다만 해당 법인이 법인세법 제60조 에 따른 신고와 함께 기획재정부령으로 정하는 바에 따라 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 당좌대출이자율을 시가로 하여 선택한 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 한다.’고 규정하고 있다.

나. 앞서 본 관련 규정에 따르면, 금전의 대여 등에 대하여 부당행위계산의 부인을 적용할 때 원칙적으로 ‘가중평균차입이자율’을 그 기준이 되는 시가로 하면서도, 법인이 법인세 신고와 함께 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 예외적으로 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 ‘당좌대출이자율’을 시가로 하도록 정하고 있다. 이는 납세편의를 도모하고자 법인에 시가에 대한 선택권을 부여하되, 일단 선택권을 행사한 경우 일정기간 동안 그 시가를 의무적으로 적용하게 함으로써 조세회피를 방지하는 데 그 취지가 있다 .

따라서 법인이 어느 사업연도에 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다면, 이 사건 규정에 따라 해당 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 가중평균차입이자율을 시가로 적용할 수는 없다. 나아가 그 이후의 사업연도에 대하여도 원칙으로 돌아가 가중평균차입이자율을 시가로 하되, 법인이 위와 같은 방법으로 당좌대출이자율을 시가로 선택하는 경우에는 다시 이 사건 규정에 따라 그 사업연도와 이후 2개 사업연도는 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 하고, 이와 달리 법인이 최초로 당좌대출이자율을 시가로 선택한 경우에 한하여 이 사건 규정이 적용된다고 볼 수는 없다 .

다. 원심은 판시와 같은 이유로, 이 사건 규정이 1회 이상 적용될 수 있다는 전제에서 원고가 2010 사업연도와 2013 사업연도에 법인세를 신고하면서 당좌대출이자율을 시가로 선택하였다 하더라도, 2016 사업연도에 법인세를 신고하면서 다시 당좌대출이자율을 시가로 선택한 이상, 이 사건 규정에 따라 2017 및 2018 사업연도에도 당좌대출이자율을 시가로 적용하여야 한다고 판단하였다.

라. 원심판결 이유를 앞서 본 규정과 법리에 비추어 살펴보면, 이러한 원심의 판단은 정당하고, 거기에 상고이유 주장과 같이 이 사건 규정 등의 해석에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

3. 결론

그러므로 상고를 기각하고 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.