원고는 1997년경부터 서울 강남구 B 외 5필지 및 그 위에 있는 지하 6층, 지상 24층 규모의 건물(이하 위 토지와 건물을 ‘이 사건 부동산’이라 한다)을 소유하면서 부동산임대업을 영위하는 6월 말 결산법인이다.

재일교포인 망 C(2010. 7. 26. 사망, 이하 ‘망인’이라 한다)이 1995. 10.경 원고를 인수하여 경영하다가 사망한 후 그 자녀인 D(2010. 9. 28.부터 2011. 2. 11.까지), E(2011. 2. 11.부터 현재까지)가 각 원고의 대표이사로 재직하였다.

원고는 제40기 사업연도(2011. 7. 1.~2012. 6. 30.) 결산 무렵, 제39기 사업연도(2010. 7. 11.~2011. 6. 30.) 결산 재무제표에 계상된 차입금 및 미지급이자 합계 57,271,669,318원(이하 ‘쟁점 차입금’이라 한다)을 삭제하는 것으로 제39기 사업연도 재무제표를 소급하여 다시 작성하였다.

서울지방국세청(이하 ‘조사청’이라 한다)은 2016. 8.경 조사대상기간을 2011. 7.부터 2015. 6.까지로 하여 원고에 대한 세무조사(이하 ‘이 사건 세무조사’라 한다)를 실시한 후, ① 쟁점 차입금이 장부상 삭제됨으로써 원고가 망인의 아내인 F, 자녀인 E, G, D(이하 위 4인을 통칭하여 ‘상속인들’이라 한다)에 대하여 부담하던 쟁점 차입금 상당의 채무를 면제받았고, ② G가 이 사건 세무조사 대상 기간 동안 국내에 입국하지 아니하였고 원고의 업무를 처리한 사실이 확인되지 아니함에도 아래 [표1] 기재와 같이 인건비 명목으로 합계 474,234,730원을 지급받았으며, ③ 원고가 지출한 접대비, 복리후생비 및 여비교통비 중 아래 [표2], [표3] 기재와 같이 원고의 업무와 관련 없이 접대비 합계 802,131,289원, 복리후생비 합계 16,867,134원, 여비교통비 합계 11,115,490원이 지출되었고 그 중 ‘2015년 복리후생비 10,230,000원’은 여성의류 구입대금으로,...