2. 항소비용은 원고가 부담한다.

484,798,430원(가산세 포함)의 부과처분을 취소한다.

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 제1심 판결문 제9면 제6행 '관상사'를 '관 상수'로 고치고, 원고의 주장에 대하여 다음과 같은 판단을 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 인용한다.

2. 추가 판단

가. 원고의 주장

1) 구 소득세법 제95조 제2항은 제104조의3에 따른 비사업용 토지를 장기보유특별 공제 대상에서 배제하고 있으나 정작 제104조의3 제1항에서는 비사업용 토지를 정의하면서 제95조 제2항을 언급하지 않고 있다. 그러므로 구 소득세법 제95조 제2항의 비사업용 토지에 대한 장기보유특별공제의 배제는 위와 같은 법 규정 상의 흠결로 인하여 사문화되었다고 보아야 한다.

2) 구 소득세법 제95조 제2항은 위와 같이 흠결이 있는 상태임에도 최대 30%까지의 양도차익을 양도소득금액에서 공제할 수 있는 장기보유특별공제의 배제에 관하여 규정하고 있다. 더구나 2015. 12. 15. 개정된 소득세법 제95조 제2항에서는 비사업용 토지도 장기보유특별공제 대상에 포함시키고 있다. 그러므로 구 소득세법 제95조 제2항은 헌법 상 조세법률주의와 과잉금지원칙에 위반된다.

3) 원고가 이 사건 부동산의 매도 잔금을 수령한 시기는 2014. 9.부터 2014. 11.까지 이지만, 이는 도로 확보 등의 문제 때문에 잔금 지급이 늦어졌기 때문이고, 원고는 이 사건 부동산을 일괄 매도하여 2014. 4.경 계약금과 중도금까지 수령하여 이미 이 사건 부동산을 사실상 양도한 상태였으므로, 그 후 2014. 7. 1. 시행된 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항의 규정을 원고에게 적용하여서는 아니된다.

나. 판단

1) 구 소득세법 제95조 제2항의 사문화 주장에 대하여 구 소득세법 제95조 제2항은 제104조의3에 따른 비사업용 토지를 장기보유특별공제의 대상에서 제외하고 있고, 제104조의3 제1항 제1호 가목은 '대통령령으로 정하는 바에 따라 소유자가 농지 소재지에 거주하지 아니하거나 자기가 경작하지 아니하는 농지'를 비사업용 토지로 규정하고 있다. 위 규정 내용에 의하면 구 소득세법 제95조 제2항이 장기보유특별공제 비적용 대상으로 규정한 비사업용 토지에 제104조의3 제1항 제1호 가목에서 규정한 비자경농지가 포함됨이 분명하고, 거기에 어떠한 법 규정 상의 흠결이 있다고 할 수 없다.

원고는 구 소득세법 제104조의3 제1항의 '비사업용 토지'를 수식하는 문구에 '제96조 제2항 제8호 및 제104조 제1항 제8호'만이 표시되어 있음을 지적하고 있으나, 구 소득세법 제95조 제2항이 장기보유특별공제 비적용 대상으로 '제104조의3에 따른 비사업용 토지'를 명시하고 있는 이상 구 소득세법 제104조의3에서 규정한 비사업용 토지가 제95조 제2항의 장기보유특별공제 비적용 대상에 해당한다고 해석하기에 충분하고, 구 소득세법 제104조의3에서 제95조 제2항을 따로 거시하지 않았다고 하여 그 규정 형식에 어떠한 흠결이 있다거나 제95조 제2항의 규정이 사문화되었다고 할 것은 아니므로, 원고의 이 부분 주장은 이유 없다.

2) 조세법률주의와 과잉금지원칙 위반 주장에 대하여 앞서 본 바와 같이 구 소득세법 제95조 제2항과 제104조의3의 규정 형식 등에 어떠한 흠결이 있다고 보기 어려우므로 비사업용 토지를 장기보유특별공제의 대상에서 제외한 위 각 법 규정이 조세법률주의 원칙에 위반된다고 할 수 없다. 그리고 장기보유 특별공제가 최대 30%에 이르는 양도차익을 양도소득금액에서 공제할 수 있도록 하고, 구 소득세법 제95조 제2항이 그러한 장기보유특별공제를 배제하는 내용에 관하여 규정하고 있다는 점만으로 과잉금지원칙에 반하는 위법이 있다고 할 수도 없다.

한편 2015. 12. 15. 개정된 소득세법 제95조 제2항은 비사업용 토지를 장기보유특별 공제의 대상에서 배제하는 내용을 삭제하였는데, 위 개정규정은 그 시행 시기인 2016. 1. 1. 이후 양도하는 자산에서 발생하는 소득분부터 적용되므로,1) 그 전에 양도된 이 사건 부동산의 양도소득세 과세에 대하여 위 개정규정은 적용되지 않는다.2) 따라서 위 개정규정을 들어 비사업용 토지에 대한 장기보유특별공제를 배제하였던 기왕의 규정이 과잉금지원칙 등에 반하는 것이었다고 할 수도 없다. 원고의 이 부분 주장도 이유 없다.

3) 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항의 적용 대상이 아니라는 주장에 대하여 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항은 양도소득세가 감면되는 자경농지의 경작기간 중에서 경작자의 총 급여액이 3,700만 원 이상인 과세기간을 제외하도록 하는 내용으로 2014. 2. 21. 신설되어 2014. 7. 1.부터 시행되었다. 양도소득세는 매년 1. 1.부터 12. 31.까지 자산의 양도로 인하여 실현된 소득에 대하여 과세되고, 자산의 양도차익을 계산할 때 그 양도시기는 원칙적으로 해당 자산의 대금을 청산한 날이 되는바(소득세법 제5조 제1항, 제98조), 원고가 이 사건 부동산의 양도대금을 2014. 9.부터 2014. 11.까지 사이에 모두 지급받음에 따라 이 사건 부동산의 양도시기는 2014. 9.부터 2014. 11.까지라고 할 것이므로, 그 전에 시행된 구 조세특례제한법 시행령 제66조 제14항은 이 사건 부동산에 대한 양도소득세 감면 여부에 대하여 적용되고, 원고가 주장하는 도로 확보 등의 문제 때문에 잔금 지급시기가 늦어졌다는 사정만으로는 이 사건 부동산의 양도시기를 대금청산일이 아닌 그 전의 계약금 내지 중도금 지급시기로 앞당길 수 없다.

뿐만 아니라 구 조세특례제한법 제69조 제1항의 자경농지에 대한 양도소득세 감면은 '8년 이상 농작업의 1/2 이상 자기의 노동력을 들인 직접 경작' 사실을 납세의무자가 증명하여야 가능한데, 제1심 판결에서 살펴본 바와 같이 **대학교 교육행정직으로 근무하면서 성남시, 고양시, 서울시, 용인시 등으로 7차례에 걸쳐 빈번하게 주민등록을 옮겨다녔던 원고가 그러한 사정에 관하여 충분히 증명하였다고 보기 어렵고, 오히려 피고의 양도소득세 조사 당시 원고 스스로 "**대학교 직원으로 근무하는 관계로 농사를 짓지 못했다."는 등의 진술을 한 사실이 인정될 뿐이다. 원고의 이 부분 주장 역시 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 제1심 판결은 정당하므로, 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각한다.