2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 10. 1. 컴퓨터 및 주변기기 도소매업으로 사업자등록을 한 개인사업자(2003. 2. 11. 법인사업자로 전환)로서 2001년 1기 과세기간 중 ○○○○ 주식회사(이하 ○○○○라 한다) 용산지점이 발행한 공급가액 21,229,000원의 세금계산서 16장(이하 이 사건 세금계산서라 한다)을 취득한 후 위 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세 신고를 하였다.

나. 피고는 ○○세무서장으로부터 이 사건 세금계산서가 가공거래에 따른 것이라는 과세자료를 통보받고 이 사건 세금계산서의 매입세액을 불공제하여 2006. 5. 22. 원고에게 2001년 1기 부가가치세 4,395,000원을 결정 · 고지하였다(이하 이 사건 처분이라 한다).

〔인정근거〕 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1 내지 16, 을 제1호증의 각 기재

2. 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

이 사건 세금계산서는 ○○○○○ 직원의 소개로 ○○○○ ○○지점으로부터 컴퓨터 부품을 공급받고 교부받은 것인바, 이 사건 세금계산서에 해당하는 실물 거래가 없음을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

나. 인정사실

(1) ○○세무서장의 ○○○○에 대한 조사과정에서 ○○○○ 대표이사 황○○는 " 2001년 상반기 중 ○○○○○ 대표 김○○과 거래한 금액 중 일부인 공급가액 21,229,000원을 ○○○○○의 요청에 따라 ○○시스템(원고)에게 세금계산서를 발행한 사실이 있는데 ○○시스템과는 거래한 사실이 없다" 고 진술하면서 이 사건 세금계산서의 발행내역이 기재된 거래처 조회전표를 제출하였다.

(2) 한편 황○○가 피고에게 제출한 ○○○○의 매출현황 및 매출대금 수금통장에 의하면 ○○○○ ○○지점이 ○○○○○에 2001. 4. 10. 248,000원, 2001. 4. 14. 5,910,000원 상당의 컴퓨터 부품을 매출하고 2001. 4. 24. ○○○○○ 대표 김○○으로부터 매출대금 합계 6,158,000원을 입금받았음에도 이 중 5,910,000원의 매출에 대하여는 원고에게 세금계산서(갑 제1호증의 1)를 발행 · 교부한 것으로 나타난다.

〔인정근거〕을 제2호증의 1, 2, 을 제3호증의 각 기재, 증인 박○○의 증언, 변론 전체의 취지

다. 판단

과세관청이 세무조사 과정에서 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제적으로 작성되었다거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없다고 할 것인바(대법원 2002. ○○. ○. 선고 ○○○○두○○○○판결 등 참조), 이 사건 경우 거래 상대방의 대표이사가 작성한 이 사건 처분에 부합하는 내용의 확인서가 제출되어 있고, 위 확인서를 신뢰할 수 없는 특별한 사정을 인정할 자료가 없는 점에 비추어 원고는 ○○○○로부터 실물거래 없이 이 사건 세금계산서를 교부받은 것으로 인정할 수 있고, 갑 제2, 3, 4호증, 갑 제5호증의 1 내지 15, 갑 제6호증의 1 내지 48, 갑 제7호증의 1, 2, 갑 제8, 9호증, 갑 제10호증의 1, 2의 각 기재만으로 위 인정을 뒤집기에 부족하므로, 이와 다른 전제에 선 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 이유 없어 기각한다.