가. 당사자의 지위 원고는 인도네시아의 국영기업체 등과 유전개발 분배계약을 체결하고 지분비율에 따라 배분되는 수익분배금만을 수익의 원천으로 하는 법인이고, 피고 세무법인 가나(이하 ‘피고 법인’이라 한다)는 원고로부터 위임을 받아 조세에 관한 신고 등의 대리, 세무조정계산서 기타 세무관련서류의 작성, 조세에 관한 상담 또는 자문 등 업무를 수행한 세무법인이며, 피고 A은 피고 법인 소속 세무사로서 원고의 세무대리 업무를 실시한 자이다.

나. 피고 법인의 세무 대행 원고의 위임을 받은 피고 법인은 2008 사업연도 귀속 법인세 신고시 인도네시아에서 납부한 외국법인세액 19,966,852,507원 중 9,816,709,389원은 당해 사업연도의 법인세액에서 공제하는 방법(이하 ‘세액공제방법’이라 한다)으로, 나머지 10,150,143,118원은 각 사업연도의 소득금액계산에 있어서 손금에 산입하는 방법(이하 ‘손금산입방법’이라 한다)으로 외국납부세액공제를 적용하여 과세표준 15,241,379,215원, 산출세액 3,782,344,803원, 공제감면세액 3,782,344,803원으로 신고하였고, 2009 사업연도 귀속 법인세 신고시 인도네시아에서 납부한 외국법인세액 12,153,032,975원 중 7,028,260,036원은 세액공제방법으로, 나머지 5,124,772,939원은 손금산입방법으로 외국납부세액공제를 적용하여 과세표준 24,037,672,032원, 산출세액 5,266,287,847원, 공제감면세액 5,266,287,847원으로 신고하였다.

다. 법인세 등의 부과 및 납부 1 서울지방국세청장은 2011. 1. 25.부터 2011. 3. 28.까지 원고에 대한 2005 ~ 2009 사업연도 법인세 통합조사를 실시한 결과, 외국납부세액공제는 세액공제방법과 손금산입방법 중 하나를 선택하여 적용하여야 함에도, 원고가 2008 및 2009 사업연도에 각각...