2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2015. 4. 17. 원고에게 한 부가가치세 2012년 제2기 51,764,559원 및 2012 사업연도 법인세 86,164,832원의 부과처분과 2015. 4. 17. 원고에게 한338,422,470원의 소득금액변동통지 처분을 각 취소한다.

가. 원고는 음료 판매사업 등을 목적으로 2011. 11. 29. 설립된 법인으로서, 생수(CC수) 도매업을 영위하고 있는 회사이다.

나. 피고는 2013. 7. 10.부터 2013. 7. 29.까지 원고에 대한 법인세 통합조사를 실시하였다. 피고는 원고의 거래처에 대한 매출세금계산서 교부내역과 원고의 주거래 통장인 DD 계좌(OO1-OO97-OO30-OO, 이하 '이 사건 계좌'라고 한다)에 대한 금융거래내역을 비교하여, 원고가 공급가액 합계 2012년 제1기분 82,915,000원(㉠ 100원 미만 버림,이하 같다. ㉡ 공급가액 기준, 이하 모두 공급가액 기준으로 표시한다), 2012년 제2기분 329,544,000원의 매출세금계산서를 과소발급하여 매출신고를 누락한 것으로 판단하였다. 피고는 위 매출누락금액을 각 과세기간 동안의 과세표준으로 산입하여, 2013.12. 3. 원고에게 부가가치세 2012년 제1기분 14,497,670원, 2012년 제2기분 55,801,770원 및 2012년 사업연도 법인세 117,048,920원을 각 경정‧고지하고, 동시에455,855,363원을 원고의 대표이사 한EE에 대한 인정상여로 소득처분한 소득금액변동 통지를 하였다(이하 '당초 처분'이라 한다).

다. 원고는 이에 불복하여 2014. 2. 28. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다. 조세심판원은 2015. 4. 2. 이 사건 계좌 입금액 중에서 파렛트 보증금, 운송료, 금전대차, 홈뱅킹 실수 입금액 합계 2012년 제1기 263,915,000원, 2012년 제2기 26,226,000원은 매출과 관련 없는 입금액에 해당함을 이유로 매출누락에서 제외하는 것으로 하여 그 과세표준, 세액 및 소득금액변동통지 대상금액을 각 경정하도록 결정하였다.

라. 이에 피고는 원고의 매출신고누락 금액을 아래의 표와 같이 특정한 후 2015. 4.17. 당초 처분 중 2012년 제1기 부가가치세를 취소하고, 2012년 제2기 부가가치세를 51,764,559원으로, 2012 사업연도 법인세를 86,164,832원으로, 한EE에 대한 인정상여로 소득처분한 소득금액을 338,422,470원으로 각 감액 경정‧고지하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

인정근거 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 7호증, 을 제1 내지 13호증(가지번호 있는 것은 각 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 원고의 주장

가. 피고는 이 사건 계좌에 입금된 총 금액에서 매출세금계산서 신고 금액의 차액 상당의 금원에 대하여 세금계산서가 과소발급된 것으로 보아 이 사건 처분을 하였다.

그러나 이 사건 계좌에는 거래처로부터 입금된 생수 판매대금뿐만 아니라 파렛트 보증금, 운송료, 대여금 등이 혼재되어 있다. 따라서 피고가 위와 같은 부정확한 방법으로 매출세금계산서 과소발급액을 산정한 것은 위법하다. 한편 수입누락금액에 해당된다는 과세요건은 처분청인 피고가 이를 입증하여야 하는 것임에도 오히려 원고측의 소명이 이루어지지 않았다는 이유로 이 사건 계좌에 입금된 금액에서 매출세금계산서 신고 금액의 차액 상당의 금원에 대해 근거 없이 수입누락금액으로 단정하는 것은 부당하다

(이하 '제1주장'이라 한다).

나. 조세심판결과 2012년 제1기에는 263,915,000원, 2012년 제2기에는 26,226,000원을 매출누락에서 제외하여야 함에도 2012년 제1기 매출누락액에서 82,915,000원만을 제외한 이 사건 처분은 조세심판원의 결정이 행정청을 기속한다고 규정한 국세기본법 제80조의 규정에 반하는 것으로 위법하다(이하 '제2주장'이라 한다).

3. 관계 법령

별지 기재와 같다.

4. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 제1주장에 대한 판단

1) 관련 법리

소득세법의 규정에 의한 납세자의 과세표준확정신고에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부나 증빙에 의함이 원칙이라고 하겠으나 다른 자료에 의하여 그 신고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료에 의하여서도 이를 경정할 수 있는바, 실지조사는 그것이 실제의 수입을 포착하는 방법으로서 객관적이라고 할 수 있는 한 특별한 방법상의 제한이 없다 할 것이므로, 납세의무자의 금융기관계좌에 입금된 금액을 조사하는 방법으로 납세의무자의 총수입액을 결정한 것은 객관성이 있는 적법한 실지조사방법에 속한다 할 것이다(대법원 2004. 4. 27. 선고 2003두14284 판결 등 참조). 한편 조세부과처분 취소소송에서 과세요건사실에 대한 증명책임은 과세관청에 있으므로, 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당하고, 그것이 신고에서 누락된 금액이라는 과세요건 사실은 과세관청이 증명하여야 하는 것이 원칙이다. 다만 납세의무자의 금융기관 계좌에 입금된 금액이 매출이나 수입에 해당한다는 것은 구체적인 소송과정에서 경험칙에 비추어 이를 추정할 수 있는 사실을 밝히거나 이를 인정할 만한 간접적인 사실을 밝히는 방법으로도 증명할 수 있는데, 이 경우 그와 같이 추정할 수 있는지 여부는 해당 금융기관 계좌가 과세 대상 매출이나 수입에 관한 주된 입금・관리계좌로 사용되었는지, 입금일자나 상대방, 금액 등에 비추어 매출이나 수입에 해당하는 외형을 가지고 있는지, 그 계좌의 거래 등에 비추어 매출이나 수입 관련 거래가 차지하는 비중, 반대로 매출이나 수입이 아닌 다른 용도의 자금이 혼입될 가능성 및 그 정도 등 해당 금융기관 계좌에 입금된 금액에 관한 여러 사정들을 종합하여 판단하여야 한다(대법원 2015.6. 23. 선고 2012두7776 판결 참조).

2) 판단

앞서 본 법리에 비추어 이 사건에 관하여 보건대, 앞서 거시한 각 증거들에다가 을 제14 내지 20호증의 각 기재 및 변론 전체의 취지를 보태어 살펴 볼 수 있는 다음과 같은 사실 내지 사정들을 종합하여 보면, 피고가 이 사건 계좌에 입금된 금액에서 원고 명의로 세금계산서가 발행된 금액, 파렛트 보증금, 운송료, 원고가 대여금 또는 미수금이라 주장하며 제출한 소명자료를 면밀히 검토하여 원고에게 유리한 방법으로 이 사건 계좌에 입금된 총 금액에서 매출세금계산서를 발행한 금액의 차액 상당 금원을 원고의 매출누락으로 본 것은 합리성, 객관성이 있는 방법으로서 적법한 실지조사방법에 속한다고 판단된다. 원고의 제1주장은 이유 없다.

㈎ 피고는 원고에 대한 세무조사과정에서 원고가 거래처인 KKK에게 생수를 판매하고, 그 매출대금을 이 사건 계좌로 지급 받으면서 입금자를 KKK의 대표 김FF가 아닌 김GG, 이HH, 한I, 김JJ, 김FF 개인 명의로 입금받고 세금계산서를 교부하지 않거나 과소발급하는 방법으로 매출을 누락한 사실을 확인하였다. 이에 김FF는 2013. 4.경 피고에게 다음과 같은 내용의 확인서를 작성하여 제출하였다.

㈏ 원고는 위 확인서가 피고의 강요에 의하여 허위로 작성되었다는 취지로 주장하나, ① 피고는 KKK의 금융거래내역 등 객관적 자료를 확인 한 후 위와 같은 내용의 확인서를 제출받았을 뿐만 아니라 KKK에게 위 매출누락을 이유로 2012년 제1기 부가가치세 8,816,126원, 2012년 제2기 부가가치세 62,600,668원을 각 결정・고지하였고, 이는 그대로 확정된 점, ② 원고는 과세처분에 대한 심사청구 과정이나 이 사건 소를 제기하고 수차례의 변론기일을 거치면서도 위 확인서의 증명력을 부인하지 않고 있다가 이 사건 변론 종결이 임박하여 위 확인서의 증명력을 부인하는 점 등에 비추어 보면, 원고의 위 주장을 받아들이기는 어렵다.

㈐ 피고는 원고에 대한 법인세 통합조사 당시부터 원고의 구체적인 소득 누락액을 파악할 목적으로 수차례에 걸쳐 원고에게 매출・매입에 관한 장부, 원고의 보증금,대여금, 차입금 등에 대한 자료 등의 제출을 요구하였으나, 원고가 이를 제출하지 못하자 부득이 원고의 사업용 계좌인 이 사건 계좌에 입금된 금원을 기준으로 매출 누락액을 산정하였다.

㈑ 피고는 거래처의 생수 판매대금이 입금된 것으로 확인되는 이 사건 계좌를 상세히 조사하여 그 중에서 세금계산서가 발급된 금액, 생수 판매대금이 아님이 밝혀진 금액 등은 거래처 입금액에서 공제하는 등의 방법으로 원고의 매출액을 확정하고자 하였다.

그 과정에서 피고는 원고에게 소명자료 제출기회도 부여하였으며 파렛트 보증금, 운송료, 대여금 등에 관한 증빙자료를 상세히 비교하여 입금된 금원 중 위 각 금액으로 소명되는 부분을 매출액에서 제외하였다.

㈒ 피고가 이 사건 처분의 대상으로 삼은 이 사건 계좌에 관하여, 원고는 이 사건 계좌를 사용하여 입・출금 작업을 반복하였고 그로 인하여 원고 외의 제3자가 실제 자금흐름을 파악하기가 어려워졌으며, 피고는 확인 가능한 범위 내에서 과세표준의 중복 계산을 피하기 위하여, 위 과세기간 동안 이 사건 계좌에 입금된 금액과 원고가 발행한 매출세금계산서 중 거래처가 확인되는 금액의 차액(위 방법을 통해 산정된 금액은 총 426건 합계 730,844,000원에 이른다)이 아닌, 원고에게 유리한 방법인 이 사건 계좌에 입금된 금액과 세금계산서 신고금액의 차액인 305,702,000원 만을 신고누락 수입금액으로 산정하였다. 사정이 위와 같다면 피고가 미처 반영하지 못한 공제 부분이남아 있다는 점은 원고가 증명하도록 하는 것이 형평에 부합한다.

한편 원고는 이 사건 계좌에 입금된 금액에는 조세심판원이 인정한 파렛트 보증금 76,707,100원 이외에 추가로 상당한 금액의 파렛트 보증금이 포함되어 있는바, 위 금액이 매출누락금액에서 제외되어야 한다고 주장하나, 원고는 이에 대한 객관적인 자료를 제출하고 있지 않아 원고의 위 주장을 받아들이기는 어렵다.

㈓ 원고는 위와 같은 실지조사에 대한 소명자료 제출기회나 과세처분에 대한 심사청구 과정에서 피고의 위와 같은 조사방법을 다툰 적은 없고, 다만 원고가 매출이 아닌 보증금, 운송료 등으로 주장한 부분이 받아들여지지 않고 매출액에 산입된 것의 부당성만을 다투었다.

㈔ 기록상 나타나는 여러 사정에 비추어 이 사건 계좌를 원고가 생수판매대금을 관리하는 주된 계좌로 보기에 충분한 간접사실이 밝혀진 이상, 이 사건 계좌에 입금된 금액이 원고의 매출에 해당할 개연성이 높으므로, 경험칙상 이 사건 계좌에 입금된 돈이 매출에 해당됨을 전제로 하여 그에 따른 과세요건사실이 충족되었다고 보고 부가가치세를 부과한 이 사건 처분에 어떠한 잘못이 있다고 볼 수 없다.

다. 제2주장에 대한 판단

살피건대, 피고는 당초 2012년 제1기분 매출누락액이 82,915,000원 임을 전제로 위 경정처분을 하였으나, 조세심판원은 2012년 제1기 매출누락액에서 263,915,000원이 제외되어야 한다고 결정한 사실, 피고는 위 조세심판원 결정에 따라 매출누락액을 다시 산정하여 2012년 제1기분 매출누락액을 0원으로 보고, 당초 처분 중 2012년 제1기 부가가치세를 취소한 사실은 앞서 본 바와 같다. 위와 같이 조세심판원의 결정은 2012년 제1기 매출누락액 263,915,000원이 피고의 당초 처분에서의 2012년 제1기 매출누락액 82,915,000원에서 제외되어야 한다는 취지일 뿐, 그 차액이 2012년 제2기 매출누락액에서 제외되어야 한다는 취지로 볼 수 없으므로, 이 사건 처분이 위 조세심판원 결정의 기속력에 반한다는 원고의 위 주장은 이유 없다.

5. 결론

원고의 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.