부가가치세법 제17조 제1항 에 의하면, 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액(이하 매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다.

다만 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액이라 한다)으로 한다고 규정한 다음 그 제1호에서 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액을 매입세액의 하나로 들고 있고, 같은 법 제1조 제1항 제1호 에는 재화의 공급을 부가가치세의 과세대상으로 규정하고 같은 법 제6조 제6항 에는 사업을 양도하는 것은 재화의 공급으로 보지 아니한다고 규정하고 있으며, 같은 법 제24조 제1항 에는 정부는 각 과세기간별로 당해 과세기간에 대한 환급세액을 대통령령이 정하는 바에 의하여 사업자에게 환급하여야 한다고 규정하고 있는바, 위의 각 규정에 의하면, 매출세액을 초과하는 매입세액으로서 같은 법 제24조 제1항 의 규정에 의하여 정부가 사업자에게 환급하여야 할 환급세액은 부가가치세의 과세대상이 되는 재화 또는 용역의 공급에 대한 매입세액을 말한다고 할 것이므로 설사 사업자가 타인으로부터 사업을 양수하면서 양수목적물의 대금에 대한 일정비율의 금액을 부가가치세 명목으로 지급하였다고 하더라도 이러한 경우의 부가가치세액 상당의 금액은 부가가치세의 과세대상이 되는 재화 또는 용역의 공급에 대하여 지급된 것이 아니어서 같은 법 제17조 제1항 제1호 가 규정하는 매입세액이나 환급세액으로 볼 수는 없고, 따라서 이는 같은 법 제24조 제1항 의 규정에 의하여 정부가 사업자에게 환급해야 할 환급대상에도 해당하지 않는다고 할 것이다.

그런데, 원심판결 이유에 의하면, 원심은 이 사건 금 84,158,910원은 원고가 소외 정일실업주식회사로부터 동 소외회사의 사업을 양수하면서 동 소외회사에게 지급한 부가가치세액 상당의 금액임을 확정하고서도 이 금액을 부가가치세법 제17조 제1항 제1호 가 규정하는 매입세액 및 환급세액으로 단정하고 같은 법 제24조 제1항 이 규정하는 환급대상에 해당하는 것으로 판단하고 있으니, 원심판결에는 부가가치세의 환급세액에 대한 법리를 오해하여 판결결과에 영향을 미친 위법이 있다 할 것이고, 따라서 이점을 지적하는 논지는 이유 있다.

이에 원심판결을 파기환송하기로 관여법관의 의견이 일치되어 주문과 같이 판결한다.