2. 소송비용은 원고들이 부담한다.

가. 파산자 주식회사 AB상호저축은행(이하 'AB은행'이라 한다)은 1972. 10. 23. 상호저축은행법에 의하여 설립되어 여수신업무 등 신용업무를 취급하여 오다가 2007 11. 20. 광주지방법원으로부터 파산선고를 받았고, 원고들이 그 파산관재인으로 선임되었다.

나. 금융감독원은 2006. 11. 6.부터 2007. 5. 15.까지 AB은행에 대하여 부문검사를 실시한 결과, AB은행이 2006사업연도에 ① 대출기간에 걸쳐 수익으로 인식하도록 되 어 있는 프로젝트 파이낸싱(Project Financing) 대출취급수수료 63억 9,200만원(이하 '이 사건 수수료수익'이라 한다)을 전액 당기의 수익으로 계상하고, ② 정상적인 이자수익 이외에 허위의 이자수익 40억 원(이하 '이 사건 이자수익'이라 한다)을 계상하였으며, ③ 타인 명의를 차용하여 대환 처리하는 방법으로 대출채권에 대한 자산건전성 분류를 부 당하게 하여 대손충당금 1,142억 2,000만원(이하 '이 사건 대손충당금'이라 한다)을 과소 설정하는 등의 방법으로 당기순이익을 실제보다 1,220억 3,100만원 과다계상한 것으로 확인되자, 원고들은 2008. 7. 28. 피고에게 이 사건 수수료수익과 이자수익을 익금불산입하고 이 사건 대손충당금을 손금산입하여 과다신고ㆍ납부된 법인세 3,494,904,070원 을 환급해달라는 취지의 과세표준 및 세액 경정청구서를 제출하였으나, 피고는 2008. 9. 22. 원고들의 경정청구를 모두 거부하였다.

다. 이에 원고들이 2008. 11. 10. 조세심판을 청구하였고, 조세심판원은 2009. 3. 5. "피고는 이 사건 이자수익을 익금불산입하고, 이 사건 수수료수익은 대출기간에 걸쳐 해당사업연도의 수입금액으로 익금산입할 금액을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 과세액을 경정하며, 나머지 청구는 기각한다"는 내용의 결정을 하였다.

라. 피고는 위 조세심판원의 결정에 따라 2009. 5.경 재조사 현지확인을 실시하여 2009. 9. 11. 이 사건 이자수익을 익금불산입하고, 이 사건 수수료수익을 2004-2008사업연도에 각 익금 및 손금으로 산입하여 2004사업연도 법인세 136,951,650원, 2005사업연도 법인세 303,684,688원, 2006사업연도 법인세 2,185,121,777원을 환급하되, 환급금 은 법인세법 제58조의3에 의하여 향후 5개 사업연도에 걸쳐 납부세액에서 공제하기로 하는 내용의 법인세 경정처분을 하였다(이하 피고의 2008. 9. 22.자 법인세 경정청구 거부처분 중 2009. 9. 11.자 법인세 경정처분에 의해서도 여전히 환급이 거부된 1,309,782,293원 부분을 '이 사건 처분'이라 한다).

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 3, 5호증, 갑 제4호증의 1, 2, 을 제1, 3호증, 을 제2호증의 1 내지 5의 각 기재 변론 전체의 취지

2. 이사건처분의적법여부

가. 원고들의주장

법인세법상 대손충당금은 당해 사업연도에 손금으로 계상한 경우에 한하여 일정한 한도액 범위 안에서 손금으로 인정할 수 있다 하더라도 원고들은 AB은행과는 별개의 법인격으로서 선의의 제3자로서의 지위에 있고, AB은행이 이 사건 대손충당금을 손금으로 계상할 수 있었던 것을 대주주들의 불법행위로 인하여 계상하지 못했던 특별한 사정이 있을 뿐만 아니라, 그로 언하여 AB은행은 파산선고를 받고 대주주들은 형사처벌을 받기에 이르렀는데도, 그와 같은 사정을 고려하지 않고 형식적으로만 법을 해석ㆍ적용하는 것은 위법ㆍ부당하다.

나. 판단

살피건대, 구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것) 제34조 제1항은 내국법인이 각 사업연도에 외상매출금ㆍ대여금 기타 이에 준하는 채권의 대손 에 충당하기 위하여 대손충당금을 손금으로 계상한 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 계산한 금액의 범위 안에서 당해 사업연도의 소득금액계산에 있어서 이를 손금에 산입한다 고 규정하고, 같은 조 제7항은 제1항 및 제2항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 대통령령이 정하는 바에 따라 대손충당금 및 대손금에 관한 명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다 고 규정하고 있으며, 한편 구 법인세법 시행령 (2008. 2. 29. 대통령령 제20720호로 개정되기 전의 것) 제61조 제7항은 법 제34조제1 항의 규정을 적용받고자 하는 내국법인은 법 제60조의 규정에 의한 신고와 함께 재정 경제부령이 정하는 대손충당금 및 대손금 조정명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출 하여야 한다 고 규정하고 있는바, AB은행이 이 사건 대손충당금을 2006사업연도에 손금으로 계상하거나 피고에게 대손충당금 및 대손금 조정명세서를 제출하지 아니한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없으므로, 이 사건 대손충당금을 손금에 산입할 수는 없다 할 것이다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 적법하고 그 취소를 구하는 원고들의 청구는 모두 이유 없으므로 이를 모두 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.