가. 원고는 건물구조안전진단업을 목적으로 설립된 후 2010년경부터 알루미늄 유통업을 영위하고 있는 회사이다.

나. 원고는 2012년 1기, 2기 및 2013년 1기, 2기 각 부가가치세 과세기간 동안에 B 주식회사(이하 ‘B’라 한다)로부터 공급가액 6,033,354,992원의, 주식회사 C(이하 ‘C’이라 한다)로부터 공급가액 5,303,425,337원의, 주식회사 D(이하 ‘D’라 한다)로부터 공급가액 529,472,997원의, E 주식회사(이하 ‘E’라 한다)로부터 공급가액 532,281,823원의, 주식회사 F(이하 ‘F’이라 한다)으로부터 공급가액 437,486,346원의 알루미늄 잉고트(이하 ‘알루미늄’이라 한다)를 각 매입한 것으로 매입세금계산서를 각 교부받고 그 매입세액을 매출세액에서 공제한 후 피고에게 부가가치세를 신고납부하였다.

다. 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시하였고, 그 결과 위 각 세금계산서가 공급자가 사실과 다른 세금계산서라고 판단하고, 위 각 세금계산서상 매입세액을 불공제하여, 2015. 12. 1. 원고에 대하여 2012년 1기 부가가치세 293,927,610원, 2012년 2기 부가가치세 714,653,970원, 2013년 1기 부가가치세 865,380,750원, 2013년 2기 부가가치세 530,980,260원(각 가산세 포함)을 각 경정고지하였다. 라.

원고는 위 다.

항 기재 과세처분에 불복하여 2016. 2. 23. 조세심판원에 심판청구를 제기하였는데, 조세심판원은 2016. 6. 29. ‘원고가 B로부터, 2013. 5. 24. 수취한 공급가액 110,737,340원 및 2013. 9. 6. 수취한 공급가액 101,629,724원의 각 세금계산서(이하 위 나.항 기재 각 세금계산서에서 위 각 세금계산서를 제외한 나머지 세금계산서를 ’이 사건 각 세금계산서‘라 한다) 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하여 그 세액을 경정하고 나머지 청구는 기각한다’는 취지의...