가. 원고는 2002. 12. 16.부터 축산업체인 B농장을 운영하고 있고, 2009. 5. 18.부터는 축산업체인 C농장을 함께 운영하고 있다.

원고는 B농장에 관하여는 구 소득세법(2012. 1. 1. 법률 제11146호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘소득세법’이라 한다) 제160조의5에 따라 피고에게 사업용계좌를 신고하였으나, C농장에 관하여는 따로 사업용계좌를 신고하지 아니하였다.

나. 원고는 2012. 6. 30. 피고에게 2011년 귀속 종합소득세를 신고하면서 B농장의 소득금액만이 존재하고, C농장의 소득금액은 존재하지 아니하는 것으로 신고하여 산정한 종합소득세를 납부하였다가, 2013. 3. 6. 피고에게 구 조세특례제한법(2011. 12. 31. 법률 제11133호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘조세특례제한법’이라 한다) 제7조에 따른 중소기업에 대한 특별세액감면을 적용하여 210,070,170원을 환급하여 달라는 취지의 경정청구(이하 ‘1차 경정청구’라 한다)를 하였다. 다. 이에 대하여 피고는 2013. 5. 7. 원고에게, 원고가 복수의 사업장을 가지고 있는데 그 중 일부 사업장에 대한 사업용계좌를 신고하지 아니하였으므로 조세특례제한법 제128조 제4항에 따라 중소기업 특별세액감면이 배제된다는 이유로 원고의 경정청구를 거부(이하 ‘1차 거부처분’이라 한다)하였다. 라.

원고는 2013. 9. 24. 피고에게 구 국세기본법(2014. 12. 23. 법률 제12848호로 일부개정되기 전의 것, 이하 ‘국세기본법’이라 한다) 제66조에 따라 1차 거부처분에 대한 이의신청을 하였다.

그러나 피고는, 원고가 늦어도 2013. 6. 20.에는 1차 거부처분을 통지받았는데 그로부터 90일이 경과한 후인 2013. 9. 24.에야 이의신청을 하였으므로 이는 불복청구기간을 경과하여 부적법하다는 이유로, 2013. 10. 4....

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