가. 원고는 2010. 6. 23.부터 2013. 2. 1.까지 전세버스 운수업을 영위한 B 주식회사(이하 ‘이 사건 회사’라 한다)의 대표이사로 2011. 5. 12.부터 2013. 2. 1.까지 재직한 자이다.

나. 금정세무서장은 2013. 12. 16.부터 2014. 1. 15.까지 이 사건 회사의 2012 사업연도에 대한 법인세 세무조사를 실시하여 운송수입 누락액 249,039,758원, 관리비 수입 누락액 84,540,866원 합계 333,580,644원을 확인하고, 2014. 3. 18.부터 2014. 3. 27.까지 재조사를 통하여 신고 누락한 운송수입 중에서 108,081,245원은 직영차량 기사와 정비사의 인건비로 지출된 사실을 확인하여 신고누락액에 대응하는 손금으로 인정한 뒤 나머지 운송수입 140,958,513원과 관리비 수입 84,540,866원 합계 225,499,399원의 귀속이 불분명 한 것으로 보아 원고의 대표자 상여로 소득처분하여 소득금액변동통지를 하고, 피고에게 과세자료를 통보하였다.

다. 피고는 이에 따라 2014. 12. 26. 원고에게 2012년 귀속 종합소득세 81,374,760원을 경정, 고지하였다

(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다). 라.

원고는 이의신청을 거쳐 2015. 3. 19. 조세심판을 청구하였는데, 조세심판원은 2015. 9. 22. ‘이 사건 회사가 2012 사업연도 법인세 신고시 수입금액에 지입차량의 운송수입을 포함하여 신고하였는지 여부, 이 사건 회사가 위 신고 시 지입차량의 매출액에 대한 매입원가를 손금에 포함하여 신고하였는지 여부 및 이 사건 회사의 직원인 C 명의의 부외 계좌의 수입 및 지출내역 등을 재조사하여 그 결과에 따라 과세표준 및 세액을 경정하라’는 재조사결정을 하였다.

마. 피고는 재조사를 한 뒤 2015. 11. 2. 원고에게 '법인세 부분조사 시 수입누락액으로 확정한 부분은 직영차량의 운송수입과 관리비 수입으로 구성되어...