원고의 택지조성공사 도급계약 체결 원고는 1986. 4. 9. 주택건설사업, 대지조성 및 공급업 등을 목적으로 설립된 회사로서, 금광기업 주식회사(이하 ‘금광기업’이라 한다)와 함께 2006. 11. 8. 서울특별시 에스에이치공사(‘서울특별시 에스에이치공사 설립 및 운영에 관한 조례’에 따라 서울특별시가 자본금 전액을 출자하여 설립한 지방공기업으로서 이하 ‘에스에이치공사’라 한다)로부터 상계ㆍ장암지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라 한다) 택지조성공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다)를 수급하기로 하는 내용의 공사도급계약(이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다)을 체결하면서, 공사대금을 19,593,244,000원, 공사기간을 2006. 11. 10.부터 2009. 5. 10.까지로 정하였는데, 위 공사대금에 포함된 부가가치세 1,781,204,000원은 이 사건 공사의 면세비율을 0%로 정하여 산정된 것이다.

부가가치세 면세율 변경 지시에 따른 변경계약 체결 서울특별시는 국민주택 건설용역사업에 대한 부가가치세 납부실태 및 개선방안에 대하여 검토한 결과, 부가가치세가 면제되는 국민주택 건설용역에는 국민주택 건설용지 외부에 제공된 도로, 공원, 시설녹지 등 무상공급 면적에 해당하는 용역 중 국민주택건설용지의 면적이 총 유상공급 면적에서 차지하는 비율에 상응하는 부분도 포함되므로 이 부분에 해당하는 부가가치세도 면제된다는 결론을 내리고, 2007. 8.경 에스에이치공사에게 이와 같은 결론에 따라 기납부한 부가가치세는 경정청구를 통해 환급받고, 아직 부가가치세 상당액이 지급되지 않은 국민주택 건설사업과 관련하여서는 시공사와의 설계변경을 통해 공사대금 감액조치를 취하라고 지시하였다.

에스에이치공사는 위와 같은...