2. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

3. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 1967. 3. 28. 서울 중구 (주소 2 생략)에 주사무소로 하여 설립된 의료법인이다. 원고는 1995. 1. 3. 서울 노원구 ((주소 1 생략):대판 주소 생략)에 분사무소인 노원을지병원을 설치하였다.

나. 원고는 임시투자세액공제를 적용하지 않고, 2005 내지 2007 사업연도 법인세를 신고·납부하였다. 원고는 2007. 3.경 경정청구를 하고, 2007. 11.경 임시투자세액 상당을 환급받았다. 원고는 임시투자세액공제를 적용하여 2008 사업연도 법인세를 신고·납부하였다.

다. 피고는 원고에 대하여 “노원을지병원에 대한 투자는 임시투자세액공제대상이 아니다”는 이유로, 2011. 3. 29. 2005 사업연도 법인세 546,158,490원(가산세 포함), 2011. 5. 12. 2006 사업연도 법인세 380,429,250원(가산세 포함), 2007 사업연도 법인세 336,058,850원(가산세 포함), 2008 사업연도 법인세 252,680,190원(가산세 포함)을 각 경정·고지하였다.

라. 원고는 2011. 6. 20. 심판청구를 제기하였는데, 2012. 4. 20. 조세심판원으로부터 “2011. 3. 29.자 및 2011. 5. 12.자 각 경정·고지 중 납부불성실가산세 부분을 취소하고, 나머지 청구를 기각한다”는 결정을 받았다. 이에 따라 피고는 2012. 6. 5. 원고에 대하여 2011. 3. 29.자 및 2011. 5. 12.자 각 경정·고지 중 납부불성실가산세 부분을 취소하고 환급하였다(취소되고 남은 부분을 이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

마. 2005 내지 2008 사업연도 세액산출내역은 별지 표 기재와 같다.

[인정근거] 갑 제1 내지 7호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

(1) 노원을지병원을 설치한 것은 2001. 12. 29. 법률 제6359호로 개정된 조세특례제한법(이하 ’2001년 개정된 조세특례제한법‘이라 한다) 제130조 제1항 의 ’내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시한 경우’에 해당하지만, 부칙 제22조(이하 ‘이 사건 부칙’이라 한다)가 “ 제130조 제1항 의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 2002. 1. 1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있으므로, 2001. 12. 29. 법률 제6359호로 개정되기 전 조세특례제한법(이하 ‘2001년 개정전 조세특례제한법’이라 한다) 제130조 제1항 에 따라 임시투자세액공제대상에서 배제되는지를 판단하여야 한다. 또한, 위 규정의 입법취지, 규정체계, 개정연혁, 경과규정 등을 고려할 때, ‘창업’에 ‘새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것’은 포함되지 않는데도, 동 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘2001년 개정전 조세특례제한법 시행령‘이라 한다) 제124조 제1항 은 “창업이라 함은 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다”고 규정하고 있으므로, 상위법령에 위배되어 무효이다.

따라서 노원을지병원을 설치한 것은 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 의 ‘내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업하는 경우‘에 해당하지 않으므로, 임시투자세액공제대상에서 배제되지 않는다 할 것이니, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 설령, 임시투자세액공제대상에서 배제된다고 하더라도, 피고가 임시투자세액공제대상임을 이유로 한 원고의 2005 내지 2007 사업연도 법인세 경정청구를 받아들여 임시투자세액 상당을 환급하여 주었는데도 다시 임시투자세액공제대상에서 배제된다는 이유로 이루어진 이 사건 처분은 행정처분의 불가변력에 위반되어 위법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

(1) 근거법령에 관하여

(가) 문제의 소재

이 사건 부칙은 “ 제130조 제1항 의 개정규정 중 사업장에 관한 부분은 2002. 1. 1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 분부터 적용한다”고 규정하고 있다. 따라서 이 사건 부칙이 조세특례제한법 개정에 따라 실효되었는지, 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 의 ‘새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우’ 부분이 개정된 것인지가 문제로 된다. 즉, 이 사건 부칙이 실효되었거나 ‘새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우’ 부분이 개정되었다면, 2005 내지 2007 사업연도 법인세의 경우 2004. 12. 31. 법률 제7322호로 개정되고, 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되기 전 조세특례제한법 제130조 제2항 , 2008 사업연도 법인세의 경우 2007. 12. 31. 법률 제8827호로 개정되고 2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전 조세특례제한법 제130조 제2항 에 따라 임시투자세액공제대상에서 배제되는지를 판단하여야 한다. 반면에 이 사건 부칙이 유효하게 존속하고, ‘새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우’ 부분이 개정되었다면, 이 사건 부칙에 따라 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 이 적용되지 않고, 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 에 따라 임시투자세액공제대상에서 배제되는지를 판단하여야 한다.

(나) 실효 여부

1) 법령을 개정하는 방식에는 부분개정과 전부개정이 있고, 부분개정은 개정대상이 되는 기존법령과 개정법령의 관계에 따라 흡수방식(기존법령의 일부를 추가·수정·삭제하는 개정법령이 성립·시행되자마자 그 개정내용이 기존법령의 내용에 흡수되는 방식)과 증보방식(기존법령의 일부를 추가·수정·삭제하는 개정법령이 성립·시행된 후에도 기존법령에 흡수되지 않고, 형식상 그 자체 독립적으로 존재하며, 기존법령을 내용적으로 수정하는 방식)으로 구분된다. 우리나라는 부분개정방식을 취하므로, 부칙의 경과규정 자체가 명시적으로 개정·삭제되거나 나중에 모순·저촉되는 규정이 생겨 사실상 실효되거나 종전 규정을 갈음(대체)할 부칙이 새로이 생기는 등의 특별한 사정이 없는 한 원칙적으로 부칙도 독립된 규정으로서 효력을 가지고 존속한다( 대법원 1995. 12. 22. 선고 95누2746 판결 참조).

2) 이 사건으로 돌아와 보건대, 이 사건 부칙이 신설된 이후 조세특례제한법은 부분개정되어 왔고, 이 사건 부칙이 명시적으로 개정·삭제되거나 나중에 모순·저촉되는 규정이 생겨 사실상 실효되거나 종전 규정을 갈음(대체)할 부칙이 새로이 생기지 않았으므로, 이 사건 부칙은 유효하게 존속하고 있는 것으로 봄이 상당하다.

(다) 개정 여부

1989. 12. 30. 법률 제4165호로 개정된 조세감면규제법은 향후 수도권 안에서 새로이 설립하는 기업에 대한 투자세액공제를 배제함으로써 수도권 안에 산업시설 및 기업활동의 집중을 억제하고, 수도권 안에 있는 기업의 지방이전을 유도하기 위하여 “내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 창업하는 경우(수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다) 수도권 안에 소재하는 당해 사업용 고정자산에 대하여는 임시투자세액공제를 배제한다”는 규정( 제43조의6 제1항 )을 신설한 점, 같은 날 대통령령 제12881호로 개정된 동 시행령은 “ 제43조의6 제1항 에서 창업이라 함은 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다”는 규정을 신설한 점( 제37조의5 제1항 ), 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 과 동 시행령 제124조 제1항 은 조세감면규제법 및 동 시행령 규정과 동일한 점, 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 은 “내국인이 1990. 1. 1. 이후 수도권 안에서 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 종전의 사업장(1989. 12. 31. 이전에 설치된 사업장을 포함한다)을 이전하여 설치하는 경우 수도권안에 소재하는 당해 사업용고정자산(대통령령이 정하는 디지털방송장비를 제외한다)에 대하여는 임시투자세액공제를 배제한다”고 규정하고, 2001. 12. 31. 대통령령 제17458호로 개정된 동 시행령은 창업에 관한 개념규정을 삭제한 점, 이 사건 부칙은 동법 시행 전 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우에 관하여 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 이 적용됨을 전제로 하고 있는 점, 조세심판원은 “이 사건 부칙을 문리해석하면, 노원을지병원 설치는 제130조 제1항 의 감면배제대상에서 제외되는 경우로 해석할 수 있다”고 설시한 점(갑 제2호증의 2) 등을 고려할 때, 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 중 ‘새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 경우’ 부분은 개정된 것으로 봄이 상당하다.

(라) 소결

따라서 2001. 12. 29. 이전에 설치된 노원을지병원은 이 사건 부칙에 따라 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 의 임시투자세액공제대상 배제 여부를 판단해야 한다.

(2) 창업 해당성에 관하여

(가) 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 의 ‘창업’의 의미

위 규정은 입법취지, 개정연혁에 비추어 수도권 안에서 새로이 설립하는 기업에 대한 투자세액공제를 배제하기 위한 규정인 점, 창업에 ‘수도권지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우’가 포함된다면 위 규정의 괄호(수도권 외의 지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우를 포함한다)나 동 시행령 제124조 제1항 (창업이라 함은 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하는 것을 말한다)과 같은 규정을 둘 필요가 없는 점, 국세청에서 발간한 2002년 개정세법 해설서에 “ 2001년 개정된 조세특례제한법 제130조 제1항 의 창업개정부분은 2002. 1. 1. 이후 최초로 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하여 사업을 개시하거나 기존사업장을 이전하여 설치하는 분부터 적용한다”고 기재되어 있는 점 등을 고려할 때, 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 의 ‘창업’에 ‘수도권지역에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우’가 포함된다고 볼 수 없다.

(나) 동 시행령 제124조 제1항 의 위헌성

1) 헌법 제38조 는 '모든 국민은 법률이 정하는 바에 의하여 납세의 의무를 진다'고 규정하고, 제59조 는 '조세의 종목과 세율은 법률로 정한다'고 규정함으로써 조세법률주의를 채택하고 있는바, 이러한 조세법률주의 원칙은 과세요건 등은 국민의 대표기관인 국회가 제정한 법률로써 규정하여야 하고, 그 법률의 집행에 있어서도 이를 엄격하게 해석·적용하여야 하며, 행정편의적인 확장해석이나 유추적용은 허용되지 않음을 의미하므로, 법률의 위임이 없이 명령 또는 규칙 등의 행정입법으로 과세요건 등에 관한 사항을 규정하거나 법률에 규정된 내용을 함부로 유추, 확장하는 내용의 해석규정을 마련하는 것은 조세법률주의 원칙에 위배된다( 대법원 2000. 3. 16. 선고 98두11731 전원합의체 판결 참조).

2) 이 사건으로 돌아와 보건대, 2001년 개정전 조세특례제한법 시행령 제124조 제1항 은 법률의 위임 없이 ‘창업’의 의미를 ‘수도권 안에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우’까지 포함함으로써 조세감면배제의 범위를 확장하였으므로, 창업의 의미에 ‘수도권 안에 소재하는 기업이 수도권 안에 새로이 사업장을 설치하는 경우’까지 포함하는 것으로 해석하는 한 조세법률주의 원칙에 위배된다.

(다) 소결

따라서 2001. 12. 29. 이전에 설치된 노원을지병원은 2001년 개정전 조세특례제한법 제130조 제1항 에 해당하지 않으므로, 임시투자세액공제대상에서 배제되지 않는다 할 것이니, 이와 전제를 달리 한 이 사건 처분은 위법하다.

(3) 취소의 범위

원고는 감액 전(납부불성실가산세가 포함된) 부과처분세액을 기준으로 하여 취소를 구하고 있으나, 과세관청에 의한 세액취소가 있는 경우 취소대상이 되는 부과처분세액은 감액된 세액이므로, 취소대상인 부과처분세액은 감액된 세액으로 한다. 이에 따라 부과처분세액은 고지세액에서 납부불성실가산세를 공제한 잔존세액이므로, 별지 표의 ‘차감고지세액’란 기재 금액 중 아래 표 기재와 같이 납부불성실가산세가 취소되고 남은 부분이 이 사건 처분의 세액이다. 따라서 2005 내지 2007 사업연도 법인세의 경우 잔존세액이 원고가 취소를 구하는 세액(임시투자세액)보다 적으므로 잔존세액이 전부 취소되어야 하고, 2008 사업연도 법인세의 경우 잔존세액 중 임시투자세액의 범위 내에서(원고가 구하는 바에 따라 십원 미만은 버린다) 취소되어야 한다.

3. 결론

그렇다면 원고의 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있으므로 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없으므로 이를 기각하기로 하여(원고가 감액 전 부과처분세액 중 납부불성실가산세를 초과한 부분, 즉 임시투자세액의 취소를 구하고 있는데, 위와 같이 임시투자세액이 잔존세액을 초과하는 부분에서는 과다취소를 구하는 것이므로, 이 부분에 관하여는 청구를 기각한다), 주문과 같이 판결한다.

[별지 관계법령 등 생략]

판사 문준필(재판장) 이승훈 안승훈

안승훈 전출로 서명날인 불능

심급 사건

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