청구법인은 재래시장 근대화에 의거 시장상가를 재건축하면서 이에 대한 공사비 충당을 목적으로 OOOO OOO OOO OOO OOOOOO번지외 2필지 지상에 OOOOO OOOOOO(지상 1층-8층, 이하 “쟁점상가”라 한다)를 신축하고 쟁점상가 33개호 중 29개호를 기존상가 소유주(이하 조합원 이라 한다)에게 분양하면서 부가가치세를 거래징수하지 아니하고 동 공사와 관련 각 시공업체들로부터 수취한 세금계산서의 매입세액을 공제하여 2006년 제2기 부가가치세 115,199천원을 환급신청하였다.

처분청은 현지확인조사를 실시하여 재화의 공급으로 신고하지 아니한 조합원 지분(14,169.89㎡중 2,544.1937㎡)에 상당하는 매입세액(82,894천원, 이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 불공제한 후 2007.4.25. 청구법인이 환급신청한 115,199천원 중 26,561천원을 환급결정하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.5.17. 이의신청을 거쳐 2007.9.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청은 당초 조합원들에게 공급하는 상가건물에 대하여 정책적 목적으로 부가가치세 등을 면제한 것이지 면세한 것이 아니므로 처분청이 이 건 쟁점매입세액을 불공제한 것은 부당하다.

(2) 위 주장이 받아들여지지 않는다면 조합원들이 개별적으로 부담한 공사비부족분 3.3㎡당 800천원에 대하여 매입세액을 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 재개발(재건축)사업 시행자가 신축한 주택 및 상가를 기존 소유자에게 분양하는 경우 부가가치세법 제6조의 “재화의 공급”에 해당하지 아니하므로 부가가치세가 과세되지 아니하는 것이며, 따라서 청구법인이 시공사인 건설회사로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액 중 조합원들에게 분양하는 건축면적의 비율에 상당하는 매입세액은 매출세액에서 공제받지 못하는 것이어서 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구법인은 조합원들에게 공사비 부족으로 평당 800천원(상가 전용면적 약 600평)에 대한 총 공급대가가 480,000천원이라고 주장하나, 심판청구서에 첨부된 부담금납입내역 증빙서류가 없어 실제 추가부담한 것인지 입증되지 아니하여 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵고, 가사 이러한 사실이 입증된다 하더라도 위 매입세액 48,000천원을 공제한다면 청구법인의 매출세액 48,000천원도 역시 공제하여야 하므로 아무런 청구의 실익이 없어 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 청구법인이 재래시장의 기존 상가 소유자에게 분양하는 건축면적의 비율에 상당하는 매입세액을 불공제한 처분의 당부

(2) 기존상가 소유주들이 추가부담한 공사비를 매입세액에서 공제하여야 하는지 여부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

4. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령이 정하는 토지관련매입세액

부가가치세법 시행령 제60조【매입세액의 범위】⑥ 법 제17조 제2항 제4호에서 대통령령이 정하는 토지관련 매입세액 이라 함은 토지의 조성 등을 위한 자본적 지출에 관련된 매입세액으로서 다음 각호의 1에 해당하는 매입세액을 말한다.

1. 토지의 취득 및 형질변경, 공장부지 및 택지의 조성 등에 관련된 매입세액

2. 건축물이 있는 토지를 취득하여 그 건축물을 철거하고 토지만을 사용하는 경우에는 철거한 건축물의 취득 및 철거비용에 관련된 매입세액

3. 토지의 가치를 현실적으로 증가시켜 토지의 취득원가를 구성하는 비용에 관련된 매입세액

부가가치세법 시행령 제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 공통매입세액 이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세사업에 관 면세공급가액

련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

(2) 조세특례제한법 제104조의 7【정비사업조합에 대한 과세특례】③ 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물(당해 정비사업의 시행으로 건설된 것에 한한다. 이하 이 조에서 같다)은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 처분청에 신청한 부가가치세 환급신청과 관련하여 매입세액 계산내용은 아래〈표〉와 같으며 처분청은 조합원들에게 배정된 상가 29개호에 대하여 재화의 공급에 해당되지 아니한다 하여 비과세하면서 비과세면적(14,169.89㎡ 중 2,544.1937㎡)에 상당하는 쟁점매입세액을 불공제한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

〈표〉청구법인이 처분청에 신청한 매입세액 계산내용

(2) 쟁점 ①에 대하여 본다.

(가) 처분청은 쟁점상가 중 과세대상인 국민주택 규모 이상의 아파트 7세대와 오피스텔 12호는 분양완료되었으며 상가 33호 중 주주들에게 배정된 29호는 재화의 공급에 해당하지 아니한다 하여 매입세액을 불공제하고, 쟁점상가의 건물 연면적 14,169.8969㎡ 중 과세대상이 4,776.4660㎡(33.7%)이며 과세대상 중 조합원들에게 배정한 상가를 제외한 일반분양 2,232.27㎡(46.7%)는 매입세액 공제대상으로 보아 매입세액을 공제하여 준 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 당초 처분청은 청구법인의 제4차(1989.12.7.～2003년)에 걸친 현대화사업시행 중 법원경락분과 조합원들을 포함한 일반분양분으로 소유권을 이전한 부분 등에 대하여 재화의 공급으로 보아 2004.8.15. 부가가치세 등 59,010천원을 고지하였으나, 청구법인이 2006.2.27. OOOOOOO에 고충을 제기함에 따라 OOOOOOO은 청구법인이 비록 영리법인으로 등기되었으나 사실상 재건축조합과 같은 성격의 법인으로 규정한 후 분양분 중 기존 주주와 일치하는 동호수에 대하여는 부가가치세 과세대상에서 제외한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

(다) 정비사업조합이 도시 및 주거환경정비법에 의하여 당해 정비사업에 관한 공사를 완료한 후에 그 관리처분계획에 따라 조합원에게 공급하는 것으로서 종전의 토지를 대신하여 공급하는 토지 및 건축물은 부가가치세법 제6조의 규정에 의한 재화의 공급으로 보지 아니한다고 조세특례제한법 제104조의 7에 규정되어 있으며, 매출세액에서 공제되는 매입세액은 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액으로 사업과 직접 관련이 없는 지출에 대한 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하는 것(OOOOOOOOO, 2004.6.9. 같은 뜻)이다.

(라) 청구법인이 건설사 등으로부터 쟁점상가를 신축하면서 세금계산서를 수취하였다면 청구법인은 조합원들의 부담분을 세금계산서를 발행하여 줄 수 있는 것이고, 조합원은 당해 매입세액이 자기의 과세사업과 관련있을 경우 자기의 매출세액에서 공제받을 수 있어 청구법인은 당초부터 조합원들에게 세금계산서를 교부하고 부가가치세를 전가할 수 있는 것이나, 시공사로부터 교부받은 세금계산서상의 매입세액 중 조합원들에게 분양한 상가 신축분은 청구법인의 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급과 관련된 세액으로 볼 수 없는 것이다.

그렇다면, 처분청이청구법인이 시공사인 건설회사로부터 교부받은 세금계산서의 매입세액 중 조합원들에게 분양하는 건축면적의 비율에 상당하는 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니한 당초 처분은 정당한 것으로판단된다.

(3) 쟁점 ②에 대하여 본다.

청구법인은 기존 상인들이 부담한 3.3㎡당 800천원(합계 약 480,000천원)을 실제 시공사에 공사비로 지급하였으므로 48,000천원의 매입세액공제를 주장하고 있으나, 쟁점 ①에서 검토한 바와 같이 기존 상가 주주인 조합원들에게 공급하는 분은 과세가 제외되어 청구법인의 주장을 받아들이기 어렵다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.