청구인의 아버지 이OO(2001.7.5 사망)이 OO목재를 경영하면서 목재·합판 제조업에 사용하던 OO광역시 남구 OO동 OOO 대지 2,295.2㎡, 공장 및 부속건물 1,055.84㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 1999.6.29 악기부품제조업을 영위하는 OO산업(주)(이하 “양수법인”이라 한다)에 750백만원에 양도하고, 건물가액 33,336,339원(공급가액)에 대한 세금계산서를 발행 교부하고, 부가가치세를 신고하였다.

OO지방국세청장은 업무감사에서 쟁점부동산의 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분되어 있지 않아 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 지방세법에 의한 시가표준액으로 안분계산하여 건물가액을 152,321,899원으로 하여 부가가치세를 경정하여야 한다고 지적함에 따라 처분청은 2001.11.3 청구인에게 1999년 1기분 부가가치세 19,216,160원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2001.12.18 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

쟁점부동산은 1994.2.28 OO알미늄공업(주)(이하 “양도법인”이라 한다)로부터 700백만원에 매입하였는 바, 당시 건물은 1977년에 건축된 노후건물로 양도법인의 장부가액등을 감안하여 건물가액 75,130,000원에 대한 세금계산서를 교부받았으며, 청구인은 복식기장의무자로서 토지와 건물이 구분 기장된 재무제표를 사업소득세 신고시에 첨부제출하였음에도 구분기장 유무의 확인 및 보정자료의 제출을 요구함이 없이 일방적으로 결정한 것은 부당하고,

현재 부동산거래시 노후한 건물은 평가에서 제외하고 토지만 평가하여 거래하는 것이 통상적인 관행인 바, 이 건 매매계약시에도 쟁점건물이 내용연수가 경과된 노후건물이고, 매입자가 건물을 철거하고 신축할 것임을 감안하여 건물의 가액을 계약서에 명시하지 아니하였으며, 건물가액 33,336,339원의 산출근거는 취득후 회사경영상 적자가 누적되어 양도시까지 감가상각을 못한 상태임을 감안하여 계산한 것으로 청구인 및 양수법인의 장부에 위 건물가액이 기장된 사실이 확인되므로 이 건 양도당시의 건물가액이 불분명한 것으로 보아 시가표준액으로 안분계산하여 건물가액을 152,321,899원으로 하여 과세한 처분은 취소하여야 한다.

나. 처분청 의견

쟁점부동산의 매매계약서에 매매대금을 750,000,000원으로 기재하였으나, 토지가액과 건물가액을 구분 표시하지 않았으며, 쟁점부동산 매입당시인 1994년에 기장한 장부가액(토지 670,632,000원, 건물 75,130,000원)은 1999.6.29 양도시까지 감가상각을 하지 않았고, 양도당시 토지와 건물의 실지거래가액을 반영한다고 볼 수 있는 지방세법상 시가표준액(토지 543,503,360원, 건물 142,137,600원)과도 상당한 차이가 나므로 토지 및 건물가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 부가가치세법시행령 제48조의 2 제4항의 규정에 의하여 지방세법상 시가표준액으로 안분계산한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점부동산의 총 양도가액 중 토지와 건물의 자산별 양도가액의 구분이 불분명한 것으로 보아 시가표준액으로 안분계산하여 과세한 처분의 당부.

나. 관련법령

부가가치세법 제13조 【과세표준】

① 재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가치세의 과세표준은 다음 각호의 가액의 합계액(이하 공급가액 이라 한다)으로 한다. 다만, 부가가치세는 포함하지 아니한다.

1. 금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가

같은 법 시행령 제48조의 2 【과세표준의 안분계산】

④ 사업자가 토지와 그 토지에 정착된 건물 및 기타 구축물을 함께 공급하는 경우에 그 건물 및 기타 구축물등의 공급가액은 실지거래가액에 의한다. 다만, 실지거래가액 중 토지의 가액과 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 경우에는 공급계약일 현재의 지방세법에 의한 시가표준액에 따라 계산한 가액에 비례하여 안분계산한다.

⑤ 제4항의 본문의 규정을 적용함에 있어서 다음 각호의 경우에는 그 가액을 건물 및 기타 구축물의 실지거래가액으로 본다. 이 경우 적용순서는 다음 각호의 순에 의한다.

1. 주택건설촉진법에 의하여 국가 또는 지방자치단체로부터 사업계획의 승인을 얻어 공급하는 주택의 경우에는 그 승인된 사업계획상의 분양가액

2. 토지와 건물 및 기타 구축물의 장부가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액. 이 경우 장부가액이 없는 경우에는 취득가액

3. 지가공시 및 토지 등의 평가에 관한 법률에 의한 감정평가법인이 감정평가한 가액이 있는 경우에는 그 가액에 비례하여 안분계산한 가액

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 쟁점부동산의 양도당시 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 시가표준액으로 안분계산하여 과세한 데 대하여, 청구인은 양도당시 매매계약서상에는 토지와 건물가액을 구분기재하지 아니하였으나, 토지와 건물의 실지거래가액이 확인되는 것으로 보아야 한다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

청구인은 1994.2.28 양도법인으로부터 쟁점부동산을 700백만원에 취득하고, 토지가액 670,632,000원과 건물가액 75,130,000원을 장부에 기장하였으며, 건물가액 75,130,000원에 대한 세금계산서를 교부받아 부가가치세를 신고한 사실이 있고, 이에 대하여는 처분청과 청구인간에 다툼이 없다.

청구인은 아버지가 경영하던 사업장(OO목재)이 결손인 관계로 쟁점부동산에 대한 감가상각을 하지 못하였으나, 이를 장부에 계속 기장하여 왔다고 주장하면서 OO목재의 대차대조표등 재무제표를 제출하고 있는 바, 동 자료에 의하면 아래 표와 같이 쟁점부동산의 보유기간인 1994사업연도부터 1999사업연도 기간중 4개 사업연도에 당기순손실이 발생된 사실이 확인되고, 자산 중 토지와 건물의 금액이 취득당시부터 양도당시까지 동일한 금액으로 계상된 사실이 확인된다.

OO목재의 재무제표상 당기순이익 및 토지, 건물가액

(단위: 천원)

또한, 청구인이 제출한 OO목재의 계정별 원장(토지, 건물) 사본에 의하면, 쟁점부동산의 취득당시인 1994년도에는 토지대금 624,870,000원(93년도 계약금 300,000,000원, 94.2.26 324,870,000원)과 등기비, 취득세 등 45,762,000원(합계 670,632,000원) 및 건물대금 75,130,000원과 예수부가세 등 4,135,715원 누계 79,265,715원이 기장되어 있고,

양도당시인 1999년도에는 토지대금 670,632,000원 및 건물대금 33,336,339원(부가가치세 제외), 건물매각 차액 45,929,376원, 합계 79,265,715원이 기장된 사실이 확인되며,.

또한, 양수법인의 1999년도 대차대조표 및 토지, 건물계정원장 사본에 의하여도 청구인으로부터 매입한 쟁점부동산의 토지대금 716,663,661원과 건물대금 33,336,339원이 기장된 사실이 확인되고 있다.

한편, 청구인이 제출한 쟁점부동산의 건축물관리대장에 의하면 1977.6.27 철근브럭조 공장건물(265.04㎡)인 신축되었고, 1988.2.16 철골조 공장, 식당 등 731.4㎡, 사무실 등 59.4㎡ 계 790.8㎡ 의 건물이 증축된 사실이 확인되며, 1999.10.7 양수법인이 1977.6.27 신축한 공장건물 265.04㎡를 멸실〔도심58510-204(99.10.7)호로 멸실〕하고 1999.9.22 공장 956.965㎡, 창고등 38.44㎡를 증축하여 1988.2.16 신축한 철골조 건물 731.4㎡과 함께 사용중인 사실이 확인되고,

쟁점부동산의 건물에 대한 시가표준액을 살펴보면 취득당시의 건물시가표준액은 117,745,080원이고, 양도당시의 시가표준액은 142,137,600원으로 취득당시 보다 오히려 증가한 것을 알수 있다.

(2) 이상의 사실을 종합하여 보면, 청구인은 비록 매매계약서상에 자산별(토지, 건물) 거래가액을 구분기재하지는 아니하였으나, 쟁점부동산을 양수한 자가 법인으로서 양수법인의 장부등에 의하여 쟁점부동산의 토지가액 716,663,661원과 건물가액 33,336,339원이 사실로 확인되고 있고,

쟁점부동산 중 일부는 20년이상된 노후 건물로 양수법인이 쟁점부동산을 취득하고 멸실한 사실이 확인되고, 나머지 건물도 10년이상된 건물인 점 및 건물에 대한 시가표준액이 취득당시 보다 양도당시 더 높게 나타나는 점 등에 비추어 보아 처분청이 단지 매매계약서상에 토지와 건물가액이 구분기재되어 있지 아니하다는 이유로 시가표준액으로 안분계산한 건물가액은 시간의 경과에 따라 노후해진 건물의 가격을 제대로 반영하지 못함으로써 합리성이 결여되어 있으므로 청구인이 주장하는 양도당시 거래상OO이 장부가액으로 계상한 건물가액이 현실을 반영한 것이라고 보는 것이 타당하다고 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점부동산의 양도당시 토지와 건물의 실지거래가액이 불분명한 것으로 보아 시가표준액으로 안분계산하여 이 건 부가가치세를 과세한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.