2. 피고가 2017. 12. 5. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 219,092,960원의 경정거부처분 중 39,475,260원을 초과하는 부분을 취소한다.

3. 소송비용은 각자 부담한다.

청 구 취 지

피고가 2017. 12. 5. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 219,092,960원, 2013 사업연도 법인세 355,082,832원, 2014 사업연도 법인세 274,910,534원, 2015 사업연도 법인세 119,781,564원, 2016 사업연도 법인세 9,121,410원의 각 경정거부처분을 취소한다.

가. 원고는 2000. 2. 10. 소프트웨어 개발 및 판매 등을 목적으로 설립된 법인으로, 2002. 12. 9. 한국산업기술진흥협회장으로부터 기업부설연구소(이하 '이 사건 연구소'라 한다)의 설립을 인정받아 연구소를 운영하여 왔다.

나. 원고는 2012 사업연도부터 2016 사업연도까지 매월 이 사건 연구소에서 근무하는 직원들에 대하여 근로자퇴직급여 보장법에 따른 확정기여형 퇴직연금보험료로 2012사업연도 547,732,400원, 2013 사업연도 1,070,284,549원, 2014 사업연도 1,496,284,810원, 2015 사업연도 1,497,269,550원, 2016 사업연도 114,017,630원 합계 4,725,588,939원을 지출하였다(이하 '이 사건 퇴직연금보험료'라고 한다).

다. 원고는 2017. 10. 23. 피고에게, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법(2013. 1. 1. 법률 제11614호로 개정되기 전의 것, 2014. 1. 1. 법률 제12173호로 개정되기 전의 것의 것, 2014. 12. 23. 법률 제12853호로 개정되기 전의 것, 2015. 12. 15. 법률 제13560호로 개정되기 전의 것, 2016. 12. 20. 법률 제14390호로 개정되기 전의 것, 이하 각 '구 조세특례제한법'이라 한다) 제10조 제1항의 연구・인력개발비 세액공제 대상인 인건비에 해당함에도, 2012 내지 2016 사업연도의 법인세 과세표준 및 세액신고시 연구・인력개발비 세액공제를 과소하게 적용하여 법인세를 과다하게 납부하였으므로 아래 표 기재와 같이 2012 내지 2016 사업연도 연구・인력개발비 세액공제액 977,989,300원을 추가하여 2012 사업연도 법인세는 이월세액 공제액을 39,475,260원 증액하고, 나머지 179,617,700원을 환급하여 주며, 2013 내지 2016 사업연도는 이월세액 공제액을 합계 798,371,600원 상당 증액하여 달라는 내용의 경정청구를 하였다.

라. 피고는 2017. 12. 5. 원고에게 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 시행령(2012. 4. 10. 대통령령 제23718호로 개정되기 전의 것, 2016. 2. 5. 대통령령 제26959호로 개정되기 전의 것, 이하 각 '구 조세특례제한법 시행령'이라고 한다) 제8조 제1항 [별표 6] 제1호 가목 1)에 따라 연구・인력개발비에서 제외되는 구 소득세법(2013. 1. 1. 법률 제11611호로 개정되기 전의 것, 2014. 12. 23. 법률 제12852호로 개정되기 전의 것, 2015. 12. 15. 법률 제13558호로 개정되기 전의 것, 이하 각 '구 소득세법'이라 한다) 및 소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당하는 금액으로 세액공제 대상 인건비에서 제외되고, 해당 과세연도의 연구 및 인력 개발에 직접적으로 대응하는 비용으로 보기 어렵다는 이유로 원고의 경정청구를 거부하였다(이하 '이 사건 처분'이라 한다).

마. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2018. 1. 22. 조세심판원에 심판청구를 하였고, 조세심판원은 2018. 5. 8. 원고의 청구를 기각하였다.

인정근거다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제 1 내지 3호증(각 가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다), 변론 전체의 취지

2. 피고의 본안 전 항변에 관한 판단

피고는, 원고의 경정청구 중 2012 사업연도 법인세 179,617,700원의 환급을 구하는 부분을 제외한, 2012 사업연도 법인세 39,475,260원의 이월세액 공제를 구하는 부분과, 2013 내지 2016 사업연도 각 법인세의 경정을 구하는 부분(이하 '쟁점 이월세액 공제 경정청구 부분'이라 한다)은 모두 국세기본법 제45조의2에서 규정한 경정청구사유에 해당하지 아니하는 이월세액공제액의 증액을 구하는 것으로서, 원고에게는 그 경정을 청구할 법규상, 조리상의 청구권이 인정되지 않으므로, 이 사건 처분 중 위 각 경정청구에 대한 거부처분 부분은 단순한 민원회신에 불과하여 항고소송의 대상이 되지 않는다고 본안 전 항변을 한다.

국세기본법 제45조의2 제1항은 과세표준신고서에 기재된 과세표준 및 세액이 세법에 따라 신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하거나, 과세표준신고서에 기재된 결손금액 또는 환급세액이 세법에 따라 신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미치지 못하는 경우에 신고한 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 청구할 수 있다고 규정하고 있다.

"그런데 원고는 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 연구・인력개발비 세액공제를 적용하여 세액공제조정명세서상 2012 사업연도 39,475,360원과 2013 사업연도 2,298,332,764원, 2014 사업연도 6,674,662,138원, 2015 사업연도 6,442,440,805원, 2016 사업연도 5,266,391,424원의 각 이월세액공제액의 증액을 구하는 경정청구를 한 사실은 앞서 살펴본 바와 같으므로, 이와 같은 이월세액공제액의 증액 경정청구는 국세기본법 제45조의2에서 정한 '신고하여야 할 과세표준 및 세액을 초과하는 때'에 해당한다거나,신고하여야 할 결손금액 또는 환급세액에 미달하는 때'에 해당한다고 볼 수 없다.",원고의 주장을 조리상 경정청구권을 행사하는 것으로 선해하더라도, 국세기본법 또는 개별 세법에 경정청구권을 인정하는 명문의 규정이 없는 이상 조리에 의한 경정청구권은 인정되지 아니하고(대법원 2006. 5. 12. 선고 2003두7651 판결 등 참조), 원고는 차후 사업연도 법인세에 관하여 이월세액공제액을 주장하여 과세관청의 결정을 다툴 수 있으므로 이 사건 처분 중 쟁점 이월세액공제 증액 경정청구에 대한 부분을 다툴 소의 이익도 없다.

따라서 이 사건 소 중 이 사건 처분 중 쟁점 이월세액공제 증액 경정청구 부분에 대한 청구는 부적법하므로, 피고의 본안 전 항변은 이유 있고, 이 사건 처분 중 2012 사업연도 법인세 179,617,700원의 환급 청구에 대한 경정거부처분 부분만이 본안판단의 대상이 된다.

3. 이 사건 처분 중 2012 사업연도 법인세 179,617,700원의 환급 청구에 대한 경정거부처분 부분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

피고는 그 처분사유와 관계법령의 규정을 들어 이 사건 처분이 적법하다고 주장한다.

이에 대하여 원고는, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 시행령 제8조 제 1항 [별표6] 1. 가. 1)에서 연구・인력개발비에서 제외되는 것으로 규정한 구 소득세법 및 소득세법 제22조에 따른 퇴직소득에 해당되지 아니하므로, 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세기간의 연구개발에 직접 대응하는 비용으로 구 조세특례제한법 제10조 제1항에 따른 연구・인력 개발비 세액공제 대상 인건비에 해당한다. 따라서 이 사건 퇴직연금보험료를 조세특례제한법상 세액공제 대상으로 인정하지 아니한 이 사건 처분은 위법하다고 다툰다.

나. 관계 법령

별지 기재와 같다.

다. 판단

위 인정사실에 의하면, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 조세특례제한법 제10조 제1항이 정한 연구・인력개발비 세액공제의 대상이 되는 인건비에 해당한다(대법원 2017. 5. 30. 선고 2016두63200 판결 참조)고 할 것이고, 그 이유는 아래와 같다.

① 이 사건 연구소의 직원은 조세특례제한법상 세액공제에 관한 전담부서에서 근무하는 직원으로 인정된다. 원고가 확정기여형 퇴직연금제도에 기초하여 과세연도 및 대상근로자별로 연구소 근속 여부에 따라 실제로 지출한 이 사건 퇴직연금보험료는 그 지출 사업연도의 비용으로 인정받을 수 있고, 위 보험료 상당의 금원은 각 연구원들에게 확정적으로 귀속하는 것으로 볼 수 있다.

② 이 사건 퇴직연금보험료는 해당 과세연도의 연구 및 인력개발에 직접적으로 대응하여 연구원별로 실제 지출된 비용으로, 적정한 기간손익의 계산을 위하여 합리적으로 그 비용액을 추산한 것에 불과한 퇴직급여충당금과는 그 성격을 달리한다.

③ 이 사건 퇴직연금보험료는 현실적인 퇴직이나 퇴직을 원인으로 근로자에게 지급된 금원이 아니라 지출 시점에 이미 각 연구원들에게 확정적으로 귀속되는 것으로 해당 사업연도에 재직 중인 근로자의 퇴직 전 이미 지급된 금원에 해당하는 점, 이 사건 퇴직연금보험료는 일시금으로 지급되지 않았고, 해당 연구원이 실제 퇴직 후에야 비로소 그 의사에 따라 연금 또는 일시금으로 지급받을 것을 선택하게 되는 점 등을 종합하면, 이 사건 퇴직연금보험료는 구 소득세법 제22조 및 소득세법 제22조의 퇴직소득에 해당한다고 볼 수 없다.

따라서 피고가 2017. 12. 5. 원고에 대하여 한 2012 사업연도 법인세 219,092,960원에 관한 경정거부처분 중 이월세액 공제를 구하는 것으로 부적법한 39,475,260원을 초과하는 179,617,700원의 환급 청구에 대한 부분은 위법하므로 취소되어야 한다.

4. 결론

그렇다면, 이 사건 소 중 피고가 2017. 12. 5. 원고에 대하여 한 경정거부처분 중, 2012 사업연도 이월세액 39,475,260원의 공제 경정청구와 2013 사업연도 내지 2016 사업연도 각 법인세 경정청구에 대한 취소 청구 부분은 부적법하므로 이를 모두 각하하고, 2012 사업연도 법인세 219,092,960원에 관한 경정거부처분 중 39,475,260원을 초과하는 부분에 대한 취소 청구는 이유 있으므로 이를 인용한다.