1. 구 「지방세법」(2010.3.31. 법률 제10221호로 전문 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제72조 제1항의 규정에 의하면 이 법에 의한 처분(신고납부 또는 수정신고납부를 한 경우에는 그 신고납부를 한 때에 처분이 있었던 것으로 본다. 이하 이 절에서 같다)으로서 위법 또는 부당한 처분을 받았거나 필요한 처분을 받지 못함으로써 권리 또는 이익의 침해를 당한 자는 이 절의 규정에 의한 이의신청, 심사청구 및 심판청구를 할 수 있다고 규정하고 있고, 같은 법 제73조 제1항의 규정에 의하면 이의신청을 하고자 할 때에는 그 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 통지를 받은 날)부터 90일 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 불복의 사유를 구비하여 도세에 있어서는 도지사에게, 시·군세에 있어서는 시장·군수에게 이의신청을 하여야 하도록 규정하고 있으며, 같은 법 제74조 제1항의 규정에 의하면 이의신청을 거친 후에 심사청구 또는 심판청구를 하려는 때에는 이의신청에 대한 결정의 통지를 받은 날부터 90일이내에 도지사의 결정에 대하여는 조세심판원장에게 심판청구를, 시장·군수의 결정에 대하여는 도지사에게 심사청구를 하거나 조세심판원장에게 심판청구를 하여야 한다고 규정하고 있다.

또한, 「국세기본법」 제65조 제1항 및 제81조의 규정을 종합하면 심판청구가 청구기간(90일)이 지난 후에 청구되었을 경우에는 그 청구를 각하하는 결정을 하도록 규정하고 있다.

2. 처분청의 과세기록 및 청구법인의 심판청구서 등에 의하면 아래와 같은 사실이 확인된다.

가. 청구법인은 2009.7.20. OOO을 OOO 주식회사로부터 공매로 취득한 후, 낙찰가액 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 OOO, 등록세 OOO, 지방교육세 OOO, 농어촌특별세 OOO, 합계 OOO을 2009.7.20 및 2009.8.17. 신고납부하였다(이하 “이 건 제1처분”이라 한다).

나. 그 후 청구법인은 이 건 부동산 등의 유치권자 82명에게 공매대금 이외에 유치권 포기에 대한 합의금 OOO을 2009.10.16. 지급한 후, 이 합의금에 기타부대비용을 합한 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO을 2009.12.11. 및 2009.12.14. 수정신고납부하였고, 이후 2차로 지급한 합의금 OOO을 과세표준으로 하여 산출한 취득세 등 합계 OOO을 2010.1.29. 수정신고납부 하였다(2009.12.11. 및 2010.1.29. 수정신고납부를 “이 건 제2처분”이라 한다, 이하 같다)

다. 청구법인은 이 건 제2처분에 불복하여 2010.3.5. 이의신청과 2010.7.26. 심판청구를 거쳐 행정소송을 제기하였고, OOO은 2012.12.6. 이 건 제2처분을 취소하는 판결을 하였다.

라. 청구법인은 이 판결을 근거로 2013.2.4. 이 건 제1처분 중 일부 세액에 대하여 환급을 구하는 수정신고를 하였으나, 처분청이 2013.2.14. 환급세액이 없다고 통지하자, 2013.5.7. OOO에게 이의신청을 하였다.

마. OOO은 이 건 제1처분에 대한 불복청구는 당초 신고납부일부터 90일 이내에 제기하였어야 하나, 청구법인은 이를 경과한 2013.5.7. 이의신청을 하였으므로 불복기간을 경과한 부적법한 신청에 해당된다는 이유로 2013.7.5. 각하 결정을 하고 청구법인에게 통지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 이 건 제1처분을 경정하라는 심판청구를 2013.10.1. 제기하였다.

3. 관련법규 및 사실관계를 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 심판청구가 본안심리대상이라고 주장하고 있으나, ① 이 건 제1처분과 제2처분이 각각 별개의 처분으로 본 경우에는, 이 건 제1처분이 이 건 제2처분과 별개의 처분이므로 청구법인이 이 건 제1처분에 대해 이의신청을 하고자 하였다면 이 건 부동산에 대한 취득세 등의 신고납부일인 2009.7.20. 및 2009.8.17.부터 90일 이내에 제기하였어야 하나, 청구법인은 신고납부일로부터 90일이 경과한 2013.5.7. OOO에게 이의신청을 하였고, OOO이 2013.7.5. 각하결정을 하자 2013.10.1. 심판청구를 제기하였음이 OOO과 청구법인이 제출한 자료에 의해 확인되는 바, 청구법인이 OOO에게 한 이의신청은 신청기간을 경과하여 제기한 부적법한 이의신청에 해당하고, 이 건 심판청구는 부적법한 이의신청에 터잡아 제기된 부적법한 심판청구이므로 본안 심리대상에 해당되지 않는다고 판단되는 점, ② 청구법인이 2009.12.14. 등에 이 건 부동산 등에 대한 취득세 등을 수정신고납부하여 이 건 제1처분의 증액경정처분이 되었고, 이 건 제1처분이 증액경정된 처분인 이 건 제2처분으로 흡수된 것으로 보는 경우, 이 건 제2처분만이 불복청구의 대상이 되는 것으로 보아야 하고, 청구법인은 이 건 제2처분의 처분일인 2009.12.14. 등으로부터 90일 이내에 불복청구를 하여 이 건 제1처분 및 이 건 제2처분이 부당하다고 주장할 수 있으나, 청구법인은 이 건 제2처분에 대해 이의신청, 심판청구, 행정소송을 이미 제기하여 OOO에 따라 이 건 제2처분이 확정되어 불가쟁력이 발생되었으므로 이 건 제2처분에 흡수된 이 건 제1처분에 대해 다시 불복청구를 하는 것은 허용될 수 없어 본안심리대상으로 보기는 어려운 점, ③ 청구법인은 위의 OOO 판결에 따라 2013.2.4. 이 건 제1처분 중 일부 세액에 대하여 환급을 구하는 수정신고를 하였으나,구 「지방세법」 제71조 제1항의 규정에 의하면이 법에 의한 신고납부기한내에 지방세를 신고납부한 자가 다음 각호의 1에 해당하는 사유가 발생한 경우에는 대통령령이 정하는 날부터 60일이내에 수정신고를 할 수 있다고 규정하면서 그 제1호에서 신고납부한 후에 과세표준액 및 세액계산의 근거가 되는 면적·가액 등이 공사비의 정산, 건설자금의 이자계산, 확정판결 등에 의하여 변경되거나 확정된 경우를 규정하고 있는 바, 구 「지방세법」 상 수정신고제도는 지방세 납세자가 취득세 등의 과세대상 물건을 취득하고 취득세 등의 신고납부할 당시 취득세 과세대상 물건의 가액이나 면적이 확정되지 않아 취득세 등을 정확히 신고납부할 수 없는 경우 일단 취득시점까지의 면적 및 가액 등을 기준으로 취득세 등을 신고납부하고 추후 가액 등이 확정되는 경우 그 확정된 내용을 바탕으로 취득세 등을 수정신고납부토록 하는 제도임에 비추어 청구법인은 이 건 제2처분이후 이 건 부동산의 면적과 가액이 변동된 사실이 없으므로 청구법인이 2013.2.4. 처분청에 행한 수정신고는 구 「지방세법」상 수정신고라고 보기는 어려운 점, ④ 지방세 경정청구제도는 2011.1.1.이후에 납세의무가 성립된 분부터 도입된 제도이므로 청구법인이 2013.2.4. 행한 수정신고를 경정청구로 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때, 청구법인의 이 건 심판청구는 이 건 제1처분과 제2처분을 각각 별개의 처분으로 보는 경우이든 이 건 제1처분이 이 건 제2처분으로 흡수된 것으로 보는 경우이든 모두 부적법한 청구로 본안심리대상에 해당되지 아니한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 부적법한 청구에 해당하므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제1호에 의하여 주문과 같이 결정한다.