2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고는 크레딧 스위스(이하 ‘CS’라 한다) 홍콩지점으로부터 국내회사 발행 사채(이하 ‘CS채권’이라 한다)를 매수하고, 아래 〈표1〉, 〈표2〉 기재와 같이 상환받았다.

* CB(Convertible Bond): 전환사채, BW(Bond with Warrant): 신주인수권부사채

* RBS: RBS Coutts Bank Ltd.(이하 ‘RBS'라 한다)

나. 피고는 2010. 7. 2. 원고에 대하여 “실질적 관리장소가 국내에 있으므로 내국법인이다”는 이유로, 법인세 2,803,592,540원(가산세 포함)을 부과·고지하였다(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다).

다. 원고는 2010. 9. 28. 이의신청을 제기하였으나, 2011. 7. 8. 서울지방국세청장으로부터 기각결정을 받았다. 원고는 2011. 8. 11. 조세심판원에 심판청구를 제기하였다.

[인정근거] 갑 제1, 4, 5, 6호증, 을 제1, 2호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 당사자의 주장

(1) 원고

(가) 2000년 싱가포르 법령에 따라 설립 후 현재까지 싱가포르에 사무실과 임직원을 두고 은행계좌 및 회계장부 등을 보관하면서 사업활동을 영위하고 있는 점, 싱가포르 법령에 따라 각종 세금 및 공과금 납부, 회계감사 등을 성실하게 이행하여 온 점, 최대주주 겸 대표이사인 소외 1은 2000년부터 계속 싱가포르에서 사업활동 및 직장생활을 하고 있는 점, 소외 1은 2002. 12.경 가족과 함께 싱가포르에 정착한 후 현재까지 싱가포르에 주거를 두고 원고를 경영하고 있는 점, 소외 1은 싱가포르 영주권자인 점 등을 고려할 때, 사업과 관련된 중요결정이 이루어진 장소는 설립 후 현재까지 싱가포르이므로, 실질적 관리장소가 국내임을 전제로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(나) 실질적 관리장소가 국내에 있다 하더라도, 피고는 원고가 언제 국내로 이전되었는지를 특정하지 않은 점, CS채권과 관련된 업무는 2009. 9.경 종료된 점 등을 고려할 때, 피고는 과세기간의 시기와 종기를 정하지 않았거나, 과세대상인 소득이 없는 기간에 관하여 법인세를 부과하였으므로, 이 사건 처분은 위법하다.

(다) 실지조사에 의하지 않았거나 (실지조사가 불가능하다면) 추계조사에 의하지 않고, 세무조사에서 제출된 가결산자료를 근거로 이루어진 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 피고

(가) 2008년 이후 싱가포르에서 별도의 사업을 수행한 사실이 없고, 2009. 9. 29. 서울 서초구 (주소 1 생략) ○○빌딩(이하 ‘○○빌딩’이라 한다)에서, 그 후 서울 강남구 (주소 2 생략) △△빌딩 7층(이하 ‘△△빌딩’이라 한다)으로 이전하여 업무를 수행한 점, 소외 1 등이 국내에 집무실을 마련하고, CS채권 투자사업을 수행한 점, 국내에서 이루어진 투자결정에 따라 원고 명의로 수령계좌를 개설한 점, 원고의 의사결정자는 임원인 소외 1과 소외 6인데, 소외 6은 국내거주자로 2006년 이후 출국한 사실이 없는 점, 소외 1은 2008년 206일, 2009년 271일을 국내거주하였고, 비등기이사인 소외 2는 국내에 주로 거주한 점, 소외 1 등은 △△빌딩에 집무실을 마련하고, 사업과 관련된 주요 업무를 수행한 점, △△빌딩에 관련 회계자료를 보관한 점, 원고는 2008. 7.경 사업을 중단한 휴면법인이고, CS채권 투자사업 외에 다른 영업활동이 없는 점, 원고가 싱가포르 거주자에 해당한다 하더라도 이중과세 조정은 대한민국과 싱가포르 과세당국이 상호합의하여 해결하여야 할 문제인 점 등을 고려할 때, 원고는 2009 사업연도에 실질적 관리장소를 국내에 두고 있었다고 볼 수 있으므로, 내국법인에 해당한다.

(나) CS채권 투자사업은 2009. 1.경부터 개시된 점, 법인세법 제6조 제2항 , 제5항 은 “사업연도를 신고하지 않은 법인의 사업연도는 매년 1. 1.부터 12. 31.로 한다”고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 이 사건 처분은 과세기간의 시기와 종기를 특정할 수 있고, 과세기간에 관한 법인세를 부과할 수 있다.

(다) 원고로부터 제시받은 가결산자료이므로 실지조사의 요건을 갖춘 점, 원고는 가결산자료에 따라 산출된 매출액 등에 관하여 이의제기를 하지 않은 점 등을 고려할 때, 가결산자료는 진실하고, 이를 근거로 이루어진 이 사건 처분은 적법하다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 인정사실

(1) 원고의 목적사업 등

(가) 원고는 2000. 3. 2. ‘Net2Room.Com Pte. Ltd.'라는 상호(2008. 5. 6. ’Magilink Pte. Ltd.‘로 변경되었다)로 싱가포르 회사법 제50조 제19(4)항에 따라 설립되었다. 원고는 설립부터 2008 사업연도까지 주로 싱가포르 내 특급호텔에 인터넷 서비스 제공 등 정보통신서비스 사업을 영위하였다. 2000 사업연도부터 2008 사업연도까지의 매출액은 아래 〈표3〉 기재와 같다.

(나) 원고의 주사무실 주소 및 이사회 구성은 2000 사업연도부터 2010 사업연도까지 아래 〈표4〉 기재와 같다.

소외 2는 비등기임원인데, 2004년부터 싱가포르에 거주지를 두고, 2009년 국내에서 CS채권 투자업무를 수행하였다. 싱가포르 회사법 제184A조 제1항 및 원고 정관 제107조에 의하면, 이사들의 서면결의는 장소를 불문하고, 소집·개최된 후 이루어진 이사회의 결의와 동일한 효력을 가진다.

(다) 원고의 주주현황 및 주주변동내역은 아래 〈표5〉, 〈표6〉 기재와 같다.

(라) 원고는 2009. 1. 28. 금융감독원장에게 외국인 투자자등록을 하였다.

(2) 주식회사 매지링크의 본점 소재지 등

주식회사 매지링크(이하 ‘매지링크’라 한다)는 2009. 9. 22. ○○빌딩에서 △△빌딩으로 본점변경등기를 하였다. 한편, 소외 6은 소외 1과 함께 매지링크의 실질적 대표자이고, 소외 4는 매지링크의 대표이사로 등재되어 있다.

(3) 소외 1의 근무내역 등

(가) 소외 1은 싱가포르 영주권자이다. 소외 1은 2000. 5.경부터 2007. 12.경까지 싱가포르 법인인 ‘Maginet Pte Ltd'(이하 ’MPL'이라 한다)의 대표이사로, 2008. 2.경부터 원고의 대표이사로 각 재직하였다.

(나) 소외 1은 지배주주로 아래 〈표7〉 기재와 같이 국내외 법인의 지분을 소유하고 있다.

(4) CS채권 투자 및 회수관련

원고는 2009. 1. 29. 대우증권 계좌, 2009. 2. 10. RBS 홍콩지점 계좌를 개설하였다. 원고는 2009. 2. 12. 대우증권에 2,200,000미국달러, RBS 홍콩지점에 9,000,000미국달러를 송금하였다. RBS 홍콩지점은 원고를 대리하여 2009. 2. 23. CS 홍콩지점에 대한민국 상장회사 발행 외화표시 사채 매수주문서를 발송하고, 2009. 3. 9. 벨기에 소재 'Euroclear'(국제적으로 거래되는 채권에 관한 계약체결 및 대금결제가 이루어지는 유럽의 거래소이다)를 통하여 대금을 결제하였다. 한편 CS 홍콩지점은 2009. 2. 23. 원고와 팩스로 대한민국 상장회사 발행 원화표시 사채 매매계약서를 교환하고, 원고의 싱가포르 주사무실로 매매계약서 원본 및 거래체결확인서를 송달하였다. 대우증권은 원고로부터 송금받은 9,000,000미국달러를 원화로 환전하고, CS 홍콩지점에 이를 송금하였다. 한편 원고는 아래 〈표8〉 기재와 같이 사채 인수대금을 조달하였다.

(5) 소외 1 등 진술

(가) 소외 1은 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 1은 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(나) 소외 6은 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 6은 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(다) 소외 2는 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 2는 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(라) 소외 3은 세무조사에서 아래와 같이 진술하였다.

소외 3은 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(마) 소외 14는 이 법원에서 아래와 같이 진술하였다.

(6) 소외 4 등의 메일

(가) 소외 4는 2009. 1. 15. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(나) 소외 4는 2009. 1. 16. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(다) 소외 1은 2009. 1. 17. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(라) 소외 2는 2009. 1. 20. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

소외 2는 같은 날 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(마) 소외 3은 2009. 1. 29. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(바) 소외 4는 2009. 1. 31. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(사) 소외 4는 2009. 2. 3. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

소외 1은 같은 날 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(아) 소외 4는 2009. 2. 11. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(자) 소외 4는 2009. 2. 13. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(차) 소외 2는 2009. 2. 20. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(카) 소외 2는 2009. 2. 24. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(타) 소외 4는 2009. 3. 19. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(파) 소외 4는 2009. 3. 21. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(하) 소외 1은 2009. 4. 2. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(거) 소외 2는 2009. 4. 23. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(너) 소외 1은 2009. 4. 24. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(더) 소외 2는 2009. 4. 24. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(러) 소외 1은 2009. 4. 27. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(머) 소외 2는 2009. 5. 18. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(버) 소외 2는 5. 22. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(서) 소외 2는 2009. 6. 8. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(어) 소외 2는 2009. 6. 15. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(저) 소외 2는 2009. 6. 16. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(처) 소외 2는 2009. 6. 18. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(커) 소외 2는 2009. 6. 20. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(터) 소외 2는 2009. 7. 6. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

소외 2는 같은 날 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(퍼) 소외 2는 2009. 7. 8. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(허) 소외 1은 2009. 7. 8. 아래와 같은 메일을 발송하였다.

소외 2는 같은 날 아래와 같은 메일을 발송하였다.

(고) CS채권 관련 소외 1, 소외 6, 소외 2의 이메일 발신 및 수신지 내역은 아래 〈표9〉 기재와 같다.

(7) 2009년 출입국내역

소외 1, 소외 6, 소외 2의 2009년 출입국내역은 아래 〈표10〉 기재와 같고, 국내체류일수는 소외 1은 271일, 소외 6은 331일, 소외 2는 288일이다.

(8) 원고 등 공과금 납부내역

(가) ① 원고는 2006년부터 2011년까지 이월결손금 공제 후 결손법인이고, 싱가포르 과세당국에 법인세를 납부하지 않았다. CS채권 관련 소득은 싱가포르 세법상 비과세대상인 자본소득이므로, 싱가포르 과세당국에 법인세를 납부하지 않았다.

② 원고는 2009년 국내에서 별지 〈표1〉 기재와 같이 증권거래세와 이자소득세를 납부하였다. 증권거래세는 CS로부터 인수한 신주인수권부사채의 신주인수권 행사로 취득한 상화마이크로텍, 아이니츠의 주식을 매각하면서 납부한 것이다. 이자소득세는 매지링크에 대한 대여금 및 CS로부터 인수한 신주인수권부사채(네오웨이브, 대신벤처)로부터 발생한 이자소득 지급자에 의하여 원천징수된 것이다.

③ 원고가 싱가포르 과세당국에 납부하거나 환급받은 부가가치세 내역은 아래 〈표11〉 기재와 같다.

(나) 원고는 2009년 아래 〈표12〉 기재와 같이 국민연금 분담금을 납부하였다.

(다) 원고는 2009. 5. 9. 싱가포르 상공회의소에 2009년 회비 428싱가포르달러를 납부하였다.

(라) 소외 1은 싱가포르 과세당국에 아래 〈표13〉 기재와 같이 소득세를 납부하였다.

(마) 소외 12는 싱가포르 과세당국에 아래 〈표14〉 기재와 같이 소득세를 납부하였다. 소외 2는 2010. 3. 1. 원고의 근로자로 소외 12의 2009년도 근로소득세 신고를 하였다.

(바) 소외 12는 국민연금 분담금을 아래 〈표15〉 기재와 같이 납부하였다.

(9) 원고의 다른 사업

(가) 소외 1은 2009년 아프리카 케냐에 거주하는 소외 15와 아래 〈표16〉 기재와 같이 메일을 주고받았다.

(나) 소외 12는 2009년 소외 1과 아래 〈표17〉 기재와 같이 메일을 주고받았다.

(10) 세무조사 당시 보관서류

(가) 피고 소속 세무공무원은 △△빌딩을 현장조사하고, CS채권 관련자료(별지 〈표3〉, 을 제30 내지 75호증)에 매지링크 대표이사의 직인을 날인하게 한 후, 이를 영치하였다. 원고는 싱가포르 사무실에 원본을 포함하여 회계자료(별지 〈표4〉, 갑 제71 내지 168호증)를 보관하고 있었다고 주장하면서 회계자료와 그 보관현장을 촬영한 사진(갑 제49호증의 1 내지 9)을 제출하였다. 원고는 피고로부터 “싱가포르 사무실에 보관하고 있었음을 증명할 수 있는 자료(실제촬영일자를 확인할 수 있는 사진, 국내에서 만들어진 서류를 싱가포르로 보냈음을 증명할 수 있는 운송 관련 서류 및 비용지출증빙 등)를 제출하라”는 요구를 받고도, 이에 응하지 않았다. 피고 소속 세무공무원들은 싱가포르 소재 ‘3, Anthony Road, (주소 6 생략).’을 현장조사하였으나, CS채권 관련 서류를 발견하지 못하였다.

(나) 한편, 원고는 싱가포르에 2001년부터 2008년까지의 회계자료를 보관하고 있었고, 이 법원에 별지 〈표2〉 기재와 같은 서류를 제출하였다.

[인정근거] 갑 제3, 7 내지 191호증, 을 제3 내지 85호(가지번호 포함)증의 각 기재, 증인 소외 6, 소외 2, 소외 3의 각 증언, 원고본인신문 결과, 변론 전체의 취지

라. 판단

(1) 쟁점

‘대한민국 정부와 싱가포르 정부간의 소득에 대한 조세의 이중과세회피와 탈세방지를 위한 협약’(이하 ‘한·싱가포르 조세협약’이라 한다) 제4조 제1항은 “이 협약의 목적상 ‘일방체약국의 거주자’라 함은 그 국가의 법에 따라 주소, 거소, 본점 또는 주사무소의 소재지, 관리장소 또는 유사한 성질의 다른 기준으로 인하여 그 국가에서 납세의무가 있는 인을 의미한다”고, 제4조 제2항은 “개인 이외의 인이 양 체약국의 거주자로 되는 경우에는 그 인은 그의 관리 및 통제의 장소가 있는 체약국의 거주자로 간주된다. 의문이 있는 경우에는 양 체약국의 권한있는 당국이 상호 합의에 의하여 문제를 해결한다.”고, 법인세법(2010. 12. 30. 법률 제10423호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제1조 제1호 , 제3호 는 “외국에 본점 또는 주사무소를 둔 법인이라 할지라도 국내에 실질적 관리장소가 소재하는 경우에는 내국법인이다”고 각 규정하고 있으므로, ① 원고의 실질적 관리장소가 대한민국에 소재하여 내국법인에 해당하는지, ② 원고가 싱가포르 거주자에도 해당하는지, ③ (이중거주자라면) 원고의 관리 및 통제 장소가 대한민국과 싱가포르 중 어디에 있는지가 문제로 된다.

(2) 실질적 관리장소의 판단기준

(가) 유래 및 입법경위

세법상 법인의 거주지는 19세기말 본국에서 경영방침을 결정하고, 식민지에서 구체적인 산업활동을 하는 형태의 법인이 등장한 영국에서 최초로 문제되었다. 영국은 ‘중요한 관리 및 통제’(central management and control)가 이루어지는 곳을 법인의 거주지로 보는 기준을 확립하였고, 이 기준이 ‘실질적 관리장소’ 개념의 토대가 되었다. ‘실질적 관리장소’는 1958년 유럽경제협력기구의 보고서에 최초로 등장했는데, 그 보고서에 의하면 해운, 내륙수운, 항공운송 사업에서 소득의 과세권 배분에 관한 조세조약 실무로부터 도출된 개념이다. OECD 모델조세조약(OECD Model Tax Convention) 제4조 제3항은 이중거주지를 가진 법인의 거주지 결정기준으로 ‘실질적 관리장소’(place of effective management) 개념을 채택하였다. 2005. 12. 31. 법률 제7838호로 개정된 법인세법 제1조 는 “외국에 명목상의 본점 내지 주사무소를 설치하고 국내에서 실질적으로 주된 영업활동을 영위하면서 국내에서의 납세의무를 회피하려는 시도를 차단한다”는 이유로, OECD 모델조세조약의 ‘실질적 관리장소’ 개념을 차용하여 내국법인의 판정기준으로 규정하였다. ‘effective'의 통상적 의미는 ’실질적‘이 아니나, OECD 모델조세조약을 만들 때 프랑스어 ‘effectif(실질적)’의 영향을 받은 점을 감안하여 ‘실질적’으로 번역되었다. 프랑스어에서 ‘effectif(실질적)’는 ‘formel(형식적)'에 견주어 쓰인다.

(나) OECD 모델조세조약 주석서의 해설

2010년 OECD 모델조세조약 제4조에 관한 주석 제24항은 “실질적 관리장소란 해당 기업 전체의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업상 결정이 이루어지는 장소를 의미한다. 모든 관련 사실과 상황을 조사하여 실질적 관리장소를 결정하여야 한다. 법인은 다수의 관리장소를 유지할 수 있지만 실질적 관리장소는 오직 하나만 존재한다.”(The place of effective management is the place where key management and commercial decisions that are necessary for the conduct of the entity's business as a whole are in substance made. All relevant facts and circumstances must be examined to determine the place of effective management. An entity may have more than one place of management, but it can have only one place of effective management at any one time.)고, 제24.1항은 “권한있는 과세당국이 이중거주자인 법인의 거주지를 결정할 때 ① 이사회나 이와 동일한 조직의 모임이 통상적으로 개최되는 장소, ② 최고경영자 및 기타 임원이 통상적으로 활동을 수행하는 장소, ③ 법인의 고위수준의 일상적 관리가 수행되는 장소, ④ 법인 본점 소재지, ⑤ 법인의 법적 자격을 규율하는 국가, ⑥ 회계기록이 보관되는 장소, ⑦ 조약목적상 법인이 일방체약국 거주자이고, 타방체약국 거주자가 아닌 것으로 결정되는 경우 조약규정의 부적절한 이용을 초래할 위험이 있는지 여부 등을 고려할 수 있다"(Competent authorities having to apply such a provision to determine the residence of a legal person for purposes of the Convention would be expected to take account of various factors, such as where the meetings of its board of directors or equivalent body are usually held, where the chief executive officer and other senior executives usually carry on their activities, where the senior day-to-day management of the person is carried on, where the person's headquarters are located, which country's laws govern the legal status of the person, where its accounting records are kept, whether determining that the legal person is a resident of one of the Contracting States but not of the other for the purpose of the Convention would carry the risk of an improper use of the provisions of the Convention etc.)고 각 규정하여 사례별 해결방식을 채택하고 있다. 이러한 OECD 모델조세조약 주석서의 해석은 일반적으로 승인된 국제법규는 아니지만, OECD 회원국 간에 체결된 조세조약에 관하여 국제적으로 권위를 인정받는 해석기준이므로, 실질적 관리장소를 해석함에 있어 참고할 수 있다.

(다) 각국의 해석

실질적 관리장소의 의미를 해석하는 방식은 ‘중요한 관리 및 통제장소’(central management and control)로 이해하는 영미 방식과, ‘관리장소’(Ort der Geschaftsleitung)로 이해하는 대륙식 방식으로 대별된다. ‘중요한 관리 및 통제 장소’는 이사회가 개최되고, 그에 따라 법인의 사업에 관한 최상위의 결정이 내려지는 장소를, 이사회가 다른 곳에서 내려진 결정을 추인하는 역할만 하는 경우에는 그 결정이 내려진 장소를 의미한다. ‘관리장소’는 법인의 최고경영자가 일상적인 경영활동을 수행하는 장소를, 이러한 장소가 분명하지 않을 때에는 최고경영자의 거주지를 의미한다. 두 가지 해석방식의 차이를 정리하면 아래 〈표18〉 기재와 같다.

한편 영국과 호주는 “두 개 이상의 국가에 중요한 관리 및 통제장소가 존재할 수 있다”는, 독일은 “하나 이상의 장소에 관리장소가 존재할 수 있다”는 입장을 취하고 있다.

(라) 국세청의 해석

국세청 2006년 개정세법해설에 “사업의 실질적 관리장소는 법인의 업무수행에 필요한 중요한 관리와 상업적 결정이 이루어지는 장소를 의미한다”고 기재되어 있다. 그리고 국세청 국세종합상담센터는 ‘실질적 관리장소의 의미와 판단기준’ 질의에 관하여 “사업의 실질적 관리장소는 법인이 사업을 수행함에 있어 중요한 관리 또는 상업적 의사결정이 실질적으로 이루어지는 장소를 의미한다. 국내에 사업의 실질적 관리장소를 두고 있는지 여부 및 조세회피행위에 해당하는지 여부는 이사회가 있는 장소, 법인의 최고의사결정이 이루어지는 장소, 투자구조의 목적 등 관련 사실과 제반여건을 종합적으로 고려하여 그 실질에 따라 사실판단할 사항이다.”고 회신하였다(2007. 1. 20. 서면인터넷방문상담2팀-2316).

(마) 국내사업장과의 관계

법인세법 제94조 제1항 , 제2항 , 제4항 의 문언내용 및 그 취지 등에 비추어 보면, 국내에 외국법인의 고정사업장이 존재한다고 하기 위하여는 외국법인이 ‘처분권한 또는 사용권한’을 가지는 국내의 건물, 시설 또는 장치 등의 ‘사업상의 고정된 장소’를 통하여 외국법인의 직원 또는 그 지시를 받는 자가 예비적이거나 보조적인 사업활동이 아닌 ‘본질적이고 중요한 사업활동’을 수행하여야 하며, ‘본질적이고 중요한 사업활동’인지 여부는 그 사업활동의 성격과 규모, 전체 사업활동에서 차지하는 비중과 역할 등을 종합적으로 고려하여 판단하여야 한다( 대법원 2011. 4. 28. 선고 2009두19229, 19236 판결 참조). 따라서 실질적 관리장소는 해당 법인 전체의 사업수행에 필요한 중요한 관리 및 상업상 결정이 이루어지는 곳인 반면, 국내사업장은 이와 같은 결정에 따른 사업활동이 수행되는 곳이라는 점에서 차이가 있다.

(바) 실질적 관리장소의 이동

‘실질적 관리장소’ 개념은 해운이나 내륙수운, 항공운송과 같이 영업활동이 이루어지는 장소가 수시로 이동하는 경우에도 법인의 거주지를 어느 정도 안정적이고 잘 이동하지 않는 요소에 결부시키고자 한 데서 유래한 것이므로, 실질적 관리장소는 법인의 사업과 관련된 몇몇 중요한 결정이 이루어진 것만으로는 충분하지 않다. 따라서 법인과 사업과 관련된 중요한 결정이 어느 정도 지속적으로 이루어지는 곳이어야 하고( 법인세법 제1조 제1호 에 ‘본점이나 주사무소’와 동등하게 실질적 관리장소를 규정하고 있는 점, 소득세법 제1조의2 제1호 에 거주자를 ‘국내에 주소를 두거나 1년 이상의 거소를 둔 개인’이라고 규정함으로써 어느 정도 지속적인 것을 규정하고 있는 점 등에 비추어, 본점이나 주사무소와 달리 실질적 관리장소를 판단할 때 중요한 결정이 어느 정도 지속적으로 이루어져야 하고, 이를 충족하는지는 개별사항에 따라 판단하여야 한다), 실질적 관리주체가 장소를 옮겨 다니면서 사업을 수행하는 경우 종래 법인의 사업과 관련된 중요한 결정을 내리는 장소와의 관련성이 아예 끊어지거나 그와 같은 장소로서의 성격이 약화된 정도에 이르러야 실질적 관리장소가 이동된다고 봄이 타당하다.

(3) 이 사건에의 적용

(가) 이사회나 이와 동일한 조직의 모임이 통상적으로 개최되는 장소

① 이사회 구성원의 거주지

원고의 이사회는 〈표4〉 기재와 같이 2009 사업연도에 소외 1, 소외 6, 소외 9로 구성되어 있는데, 소외 1은 싱가포르 영주권자, 소외 6은 국내 거주자, 소외 9는 미국 거주자이다.

한편, 비등기임원인 소외 2는 국내에서 CS채권 투자업무를 수행하였는데, 2004년부터 싱가포르에 거주지를 두고 있었다. 소득세법(2009. 12. 31. 법률 제9897호로 개정되기 전의 것) 제1조 제1항 제1호 는 ‘국내에 주소를 두거나 1년 이상의 거소를 둔 개인’을 거주자로 보고 있는데, 소외 1(국내 271일 거주), 소외 2(국내 288일 거주)는 거주자에 해당하지 않는다.

② 이사회 등 개최장소

2009 사업연도에 CS채권 투자를 하면서 국내에서 이사회가 개최되었다는 직접적인 증거가 없고, 증거로 이사회 임원들 사이의 메일만 존재한다(따라서 ○○빌딩, △△빌딩에서 의사결정이 이루어졌다고 단정할 수 없다). 이사회결의에 관하여는 이러한 메일의 방식에 의하더라도 적법한 결의가 이루어진 것으로 간주된다[다.(1)(나)]. 그런데 이러한 메일의 발송지는 〈표9〉 기재와 같이 국내에서만 이루어지지 아니하였고, 국외에서 이루어진 경우도 있었다. 따라서 2009 사업연도의 이사회 등 개최장소는 메일에 의하여 국, 내외에서 이루어졌다고 보아야 한다.

한편, 소외 6은 매지링크의 실질적 대표자, 소외 4는 법인등기부상 대표이사로 각 국내 거주자이나, 뒤에서 보는 바와 같이 의사결정권자로 볼 수 없고, 소외 1의 사무실이 매지링크의 소재지인 ○○빌딩에 있었다고 볼 수 없으므로, 의사결정이 매지링크의 소재지에서 이루어졌다고 볼 수 없다.

③ 의사결정권자

소외 1은 〈표7〉 기재와 같이 원고 이외에 국내의 매지링크, 미국의 ‘Magilink US, LLC’ 등을 운영하고 있다. 그리고 소외 1, 소외 6, 소외 2의 세무조사에서 “소외 9는 이사로 등재되어 있고, ‘Magilink US, LLC’를 운영하고 있다”고 진술하고 있는 점, 소외 1이 원고의 주식 93.5%를 소유하고 있는 점, 매지링크가 나머지 지분을 소유하고 있고, 소외 1이 매지링크의 주식 83%를 소유하고 있는 점, 소외 1, 소외 6은 매지링크의 대표이사로 되어 있고, 소외 6은 “소외 1과 소외 2가 원고의 업무를 총괄하였다”고 진술하고 있는 점, 소외 1, 소외 6, 소외 4, 소외 2, 소외 3의 각 메일의 내용에 의하면 소외 1이 업무지시를 한 사실이 인정되는 점 등을 고려할 때, 원고는 소외 1의 1인 회사이고, 소외 1에 의하여 지배, 운영되고 있다고 보이므로, 소외 1이 원고의 의사결정권자이다.

④ 소외 6 등의 관여

소외 1은 “소외 2가 CS채권 관련 업무를 수행하고, 자신과 소외 6에게 보고하였다”고, 소외 2는 “CS채권 인수 관련 업무를 수행하고, 소외 1과 소외 6에게 보고하였다”고 각 진술하고 있는 점, 소외 4의 2009. 1. 15.자, 같은 달 16.자, 같은 달 31.자, 2009. 2. 3.자, 같은 달 11.자, 같은 달 13.자 각 메일, 소외 1의 2009. 1. 17.자, 2009. 2. 3.자 각 메일, 소외 2의 2009. 1. 20.자, 2009. 2. 20.자 각 메일, 소외 3의 2009. 1. 29.자 메일에 의하면 소외 1, 소외 6, 소외 4, 소외 2, 소외 3은 CS채권 매입을 위한 내용을 주고받은 점, 그 외의 각 메일에 의하면 소외 1, 소외 4, 소외 2는 CS채권 회수에 관한 내용을 주고받은 점 등을 고려할 때, 소외 6, 소외 4, 소외 2, 소외 3은 CS채권 매입업무를, 소외 4, 소외 2는 CS채권 회수업무를 각 담당한 것으로 보인다.

⑤ 소결론

소외 1은 원고의 의사결정권자이므로, 이사회 등의 개최장소는 소외 1을 기준으로 판단하여야 하는 점, 국내 거주자인 소외 6, 소외 4, 소외 2는 소외 1을 보조하여 CS채권 매입과 회수업무를 담당한 집행기관에 해당하는 점, 소외 6, 소외 4는 매지링크를 대표 또는 운영하는 자이므로, 매지링크의 소재지(○○빌딩, △△빌딩)를 원고의 업무장소로 볼 수 없는 점, 소외 3은 소외 2의 지시를 받으면서 원고 명의로 CS채권 회수업무를 수행하였으므로, 소외 3 운영의 주식회사 와이앤와이리서치 소재지를 원고의 업무장소로 볼 수 없는 점 등을 고려할 때, 소외 6, 소외 4, 소외 2, 소외 3의 거주지 및 업무장소를 실질적 관리장소라고 볼 수 없다.

따라서 소외 1이 2009. 9.경 이전까지 ○○빌딩에 사무실을 두었는지, 그곳에서 어떤 업무를 수행하였는지는 확인되지 않고 있는 점(피고 소속 세무공무원들은 △△빌딩에서 소외 1의 사무실을 확인하고, 사무실에 비치된 컴퓨터의 비밀번호를 해제하여 메일내용을 확인하였을 뿐이다. 또한 세무조사과정에서 업무수행에 관한 진술이 있으나, 법정에서의 증언에 의하여 번복된 점, 메일 이외 업무수행자료가 없는 점 등에 비추어 그대로 믿기 어렵다.), CS채권 매입과 관련된 메일을 국외에서도 받은 점, CS채권 상환은 국외 계좌를 통해 이루어진 점 등을 고려할 때, 소외 1의 의사결정이 국내에서만 이루어졌다고 단정할 수 없다.

(나) 최고경영자 및 기타 임원이 통상적으로 활동을 수행한 장소(또는 법인의 고위수준의 일상적 관리가 수행되는 장소)

소외 1의 사무실이 ○○빌딩에 있었는지는 확인되지 않고 있는 점, 소외 1은 〈표10〉 기재와 같이 수차례 국외로 이동하였고, 메일로 지시하거나 보고를 받은 점(소외 6, 소외 2도 수차례 국외로 이동하였다), 소외 1의 사무실이 2009. 9.경부터 △△빌딩에 있었으나, CS채권 회수 업무는 2009. 9.경 이전까지 X-ROAD 채권 이외에 종결된 점(소외 3이 소외 2의 지시를 받고 채권 회수에 관련된 법률문제를 처리하였을 뿐이다), 소외 1은 2009. 1. 5.부터 2009. 11. 16.까지 〈표16〉 기재와 같이 케냐에 거주하는 소외 15와 에너지 사업 등에 관하여, 2009. 5. 14.부터 2009. 11. 19.까지 싱가포르에 거주하는 소외 12와 부동산 투자 등에 관하여 이메일을 주고받은 점, 소외 6은 위에서 본 바와 같이 CS채권 매입에 관한 업무를 수행하였을 뿐인 점(매입 이후에 관여한 내용을 확인할 증거가 없다) 등을 고려할 때, 소외 1이 국내에서 일부 CS채권 매입과 관련된 업무를 지시하였으나, 그 이외 원고의 업무를 국내에서 하였다고 보기 어렵고, 소외 6, 소외 2, 소외 3은 의사결정권자가 아닐 뿐만 아니라 CS채권 매입과 회수에 관한 집행업무만을 담당하였으므로, 통상적으로 활동을 수행한 장소를 국내라고 단정할 수 없다.

(다) 법인 본점 소재지

원고의 본점 소재지는 싱가포르이다.

(라) 법인의 법적 자격을 규율하는 국가

원고는 싱가포르법에 따라 설립되었고, 〈표11〉 기재와 같이 싱가포르에 부가가치세를 납부하거나 환급받았다. 원고는 싱가포르에서 소외 1, 소외 2, 소외 12에 대한 국민연금 분담금, 2009. 5. 9.자 상공회의소 회비, 소외 12에 대한 2009년도 근로소득세를 각 납부하였다.

따라서 원고의 법적 자격을 규율하는 국가는 싱가포르이다.

(마) 회계기록이 보관되는 장소

CS채권 관련 자료(별지 〈표3〉 기재)만 △△빌딩에 보관되어 있었던 점, 원고는 그 이외의 회계자료(별지 〈표4〉 기재) 및 2008 사업연도까지의 회계자료(별지 〈표2〉 기재)를 제출한 점, 피고는 “세무조사나 현지조사과정에서 압수되거나 발견되지 않았다”는 이유로 싱가포르 보관을 부정하나, 입증책임은 피고에게 있고, 조사과정에서의 누락된 회계자료를 부인할 수 없는 점 등을 고려할 때, CS채권 이외의 회계자료가 국내(또는 △△빌딩)에 보관되고 있었다고 볼 수 없다.

(바) 조약의 부적절한 이용을 초래할 위험

소외 1은 매지링크를 비롯한 여러 계열회사를 소유하고 있음에도 외국법인인 원고를 통해 CS채권 투자를 하였다. 그러나 원고는 증권거래세 및 이자소득세를 부담하는 점(별지 〈표1〉 기재), CS 홍콩지점은 “발행 후 1년이 지나지 않은 채권은 국내에서 거래를 하지 못한다”는 규정을 이유로 소외 1에게 원고 자격에 따른 채권 취득을 매각조건으로 내세운 점, 한·싱가포르 조세조약 제4조 제2항에 의하여 “관리 및 통제의 장소가 있는 체약국의 거주자로 간주되고, 의문이 있는 경우에는 양 체약국의 권한있는 당국이 상호 합의하여 문제를 해결한다”고 규정하고 있는 점 등을 고려할 때, 조약의 부적절한 이용을 초래할 위험이 있다고 볼 수 없다.

(사) 실질적 관리장소의 이동

위와 같이 소외 1이 지배주주로 이사회의 의사결정을 하거나 대표이사의 자격이 있으므로, 소외 1을 기준으로 실질적 관리장소를 정하여야 하는 점, 그런데 피고가 입증한 증거는 △△빌딩에서의 일부 CS채권 관련 자료 및 메일 자료만 있는 점, 소외 1의 의사결정은 일정한 고정된 장소에서 이루어진 것이 아니라(회의록 등이 없이 메일만 존재하기 때문이다) 장소를 특정할 수 없는 메일로 이루어진 점, 메일의 발송지가 국내에서만 이루어진 것이 아닌 점, CS채권 매입과 회수업무가 소외 2, 소외 3에 의하여 국내에서 이루어졌으나, 이는 소외 1의 지시에 따른 집행행위에 불과한 점(소외 2는 외국법인의 종속대리인의 지위에 있다), 이러한 집행행위도 2009. 9.경 이전에 사실상 종료되었고, CS채권 매입과 회수업무는 2009. 1. 5.부터 2009. 9.경까지이므로(메일에 의하면, 2009. 1. 15.부터 2009. 2. 20.까지는 CS채권 매입과 관련된 것이고, 2009. 2. 24.부터 2009. 7. 8.까지는 CS채권 회수와 관련된 것이다) 이 정도의 기간은 ‘본점 또는 주사무소의 소재지’와 같이 지속성을 가진다고 보기 어려운 점, 소외 1이 2009. 9.경 △△빌딩에 사무실을 두었을 뿐 이때부터 수행한 업무 내용이 불분명한 점, CS채권 관련 자료 이외의 회계자료의 보관이나 세금 등의 납부가 싱가포르에서 이루어지고 있었던 점, CS채권 이외의 투자활동 내역이 나타나는 등 싱가포르에서의 관리가 계속되어 있었던 점, 소외 4의 2009. 1. 31.자, 소외 1의 2009. 2. 3.자 각 메일에 의하면, 국내사업장으로 인정될 경우 발생할 세금부과를 피하기 위한 의견이 제시되었으므로, 국내사업장보다 더 큰 불이익이 있는 국내로 관리장소를 이전할 의사가 없었던 것으로 보이는 점 등을 고려할 때, CS 채권 매입과 회수업무가 수행된 사실만으로 국내에서 원고의 사업과 관련된 중요한 결정이 어느 정도 지속적으로 이루어지거나, 종전 싱가포르와의 관련성이 끊어졌다고 볼 수 없다.

(4) 소결론

위와 같이 국내거주자인 소외 6, 소외 4, 소외 3 또는 국외거주자인 소외 1, 소외 2가 국내에서 CS채권 매입과 회수업무를 수행하였다는 사실만으로 원고를 내국법인으로 볼 수 없다(오히려, 소외 6, 소외 4, 소외 2, 소외 3의 업무집행행위는 법인세법 제94조 제3항 에 의한 외국법인의 종속대리인에 해당하므로, 고정사업장 과세가 가능할 뿐이다).

따라서 원고가 내국법인임을 전제로 한 이 사건 처분은 위법하다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 청구는 이유 있으므로 이를 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.

[별지 생략]

판사 문준필(재판장) 이승훈 손화정

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