청구인은 OOOOOO이라는 상호로 OOO OOO OOO OOO OOOOO에서 철강제품 원재료를 매입하여 합금제조판매업을 운영하면서 OOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)로부터 2002년 1기에 535,053,170원, 2002년 2기에 1,751,870,730원, 합계 2,286,923,900원의 매입세금계산서(이하 “쟁점매입세금계산서”라 한다)를 교부받아 부가가치세 신고시 관련 매입세액을 매출세액에서 공제하였다.

처분청(OOOOOO)은 쟁점매입세금계산서가 실물거래없이 교부받은 가공세금계산서에 해당한다 하여 쟁점매입세금계산서에 상당하는 매입세액과 2002년 2기의 기타 불부합자료 3,220,000원에 대한 매입세액을 매출세액에서 불공제하였으며, 청구인이 2002년 1기에 OOOOOOOO(OO OOOOOOOO OO)로부터 3,802,909,104원, OOOOOOOOOO(OO OOOOOOOOOO OO)로부터 541,443,981원, 소계 4,344,353,085원을, 2002년 2기에 OOOO으로부터 3,478,393,264원, OOOOOO으로부터 1,014,936,941원, 소계 4,493,330,205원, 합계 8,837,683,290원(이하 “쟁점매입누락액”이라 한다)을 매입하고도 세금계산서를 교부받지 아니하였다하여 쟁점매입누락액에서 쟁점매입세금계산서 상당액을 공제한 순매입누락액 2002년 1기 3,809,299,915원과 2002년 2기 2,741,459,475원 합계 6,550,759,390원(이하 “쟁점순매입누락금액”이라 한다)에 부가가치율 35.74%를 적용하여 매출액으로 환산한 각 5,927,948,825원과 4,266,198,996원 합계 10,194,147,821원(이하 “쟁점환산매출누락금액”이라 한다)에 기 과세분과 기타 불부합 매출누락금액을 가감하여 각 2002년 1기 5,657,990,825원, 2002년 2기 4,261,609,996원과 기타 과세연도 2000년 1기 250,254,000원, 2000년 2기 330,245,000원, 2001년 1기 149,925,000원, 2000년 2기 200,692,000원을 매출누락한 것으로 보아 2005. 6. 20. 청구인에게 부가가치세 2000년 1기분 52,365,640원, 2000년 2기분 66,065,510원 2001년 1기분 28,635,670원, 2001년 2기분 36,655,470원 2002년 1기분 1,070,404,600원, 2002년 2기분 983,504,770원 합계 2,237,631,660원을 경정고지하였으며, 이 과세자료를 통보받은 처분청(OOOOOO)은 2005. 6. 20. 청구인에게 종합소득세 2000년 귀속분 448,153,710원, 2001년 귀속분 244,484,760원, 2002년 귀속분 1,901,974,170원 합계 2,594,612,640원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2005. 9. 14. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 처분청(OOOOOO)은 OO지방국세청장으로부터 통보받은 과세자료에 의하여 OOOO으로부터 매입누락 7,281,302,368원, OOOOOO으로부터 매입누락 1,556,380,922원, 동신특강으로부터 가공매입 2,286,923,900원을 가감한 금액을 매입누락액이라 하여 매출액으로 환산하여 세금을 부과하였으나, 청구인이 만약 매입누락과 가공매입이 있었다면 반대로 거래상대인 위 대기업 3사들은 매출누락 및 가공매출이 있었다는 결과가 되는데, 청구인은 OOOO 등으로부터 과다매입 및 매입누락한 사실이 없으며 OO지방국세청장이 OOOOOO 주식회사(이하 “청구외법인”이라 한다)에 대한 특별세무조사시 청구인이 청구외법인, OOOOOOO, OOOOOOOOOO(OO OOOOOOOOOO OO) 등으로부터 의뢰받아 임가공생산을 하면서 청구외법인 등이 OOOO 등에 원재료인 코일의 착지를 청구인의 사업장으로 지정하여 주문함으로써 코일의 착지가 청구인의 사업장이 된 사실을 오해하여 매입누락으로 본 것이며, 반대로 청구인이 착지를 청구외법인, OOOOOOO, OOOOOO 등으로 하여 주문하는 경우 가공매입이라고 하여 마치 거대한 부정이 있었던 것으로 오해하여 위와 같은 48억여원에 이르는 세금을 부과하였다.

(2) 처분청(OOOOOO)은 청구인의 부가가치율을 청구인의 업종과는 관계없는 철문, 건축부착물, 금속공작물의 부가가치율 35.74%를 적용하여 매입누락 65억여원을 매출누락 101억여 원으로 환산하였는바, 당사의 부가가치율을 35.74%로 적용함은 조립식판넬 제조업체의 치열한 영업현실을 잘 알지 못하는데서 기인한다고 보여지며, 조립식판넬 제조업체의 평균부가가치율은 아무리 높게 잡아도 8%대에 불과하므로 국세청에 신고한 조립식판넬 제조업체의 신고내역을 근거로 업종별 평균부가가치율을 정확히 산출하여 매출누락액을 환산하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 청구외법인의 관리차장인 이OO이 OO지방국세청으로부터 특별세무조사를 받는 과정에서 진술한 전말서에 의하면 청구외법인이 1988년부터 OOOO, OOOO, OOOOOO으로부터 원재료를 매입하면서 세금계산서는 청구외법인에서 매입하는 것으로 교부받고 실제 원재료의 일부는 청구외법인의 관계회사인 청구인에게 보내져 세금계산서 내용과 실물의 움직임이 일치하지 않았던 것으로 진술하고 있는 점, 원재료 매입대금의 일부는 청구인의 어음에 청구외법인이 배서하여 결제한다고 진술한 점, 청구외법인이 청구인에게 원재료를 공급하는 행위는 부가가치세법상 과세거래에 해당하므로 매출세금계산서를 발행하여야 함에도 발행하지 않은 점, 이 건과 직접 관련된 청구외법인의 국세심판결정례(OOOOOOOOOOO) 에서도 청구외법인이 원재료를 청구인에게 매출하고 신고누락한 것으로 보아 청구외법인에게 부가가치세를 과세한 처분에 대하여 청구외법인은 원재료를 매출한 것이 아니라 임가공하기 위하여 제공한 것이라고 주장하였으나 청구주장이 받아들여지지 않은 점 등으로 보아 매입누락 또는 가공매입으로 과세한 당초 처분은 정당하다.

(2) 청구인이 매입누락한 2002년 1기에 3,809,299,915원, 2002년 2기에 2,741,459,475원, 합계 6,550,759,390원의 원재료에 상응하는 매출액에 대하여 장부기록이나 증빙등을 제시하지 아니하여 부가가치세법 시행령 제69조 제1항 4호 마목에 규정하는 “국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 부가가치율”을 적용하여 국세청장이 고시한 2002 과세연도의 구조용 금속판 및 패널 등의 구조용 철판 가공제품의 부가가치율 35.74%로 매출누락액을 산정하여 과세한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 쟁점원재료의 매출·매입거래는 사실상 부가가치세 과세거래가 아니라 임가공 생산을 위하여 관계회사에 입고되었다가 환입된 것으로 볼 수 있는지 여부

(2) 쟁점매입누락금액에 부가가치율 35.74%를 적용하여 매출누 락액을 산정한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제21조 【결정 및 경정】 (2003. 12. 30. 제목개정) ① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 결정 또는 경정한다.

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

② 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 제1항의 규정에 의하여 각 과세기간에 대한 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 한다. 다만, 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 추계할 수 있다.

1. 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비인 때

2. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 시설규모ㆍ종업원수와 원자재ㆍ상품ㆍ제품 또는 각종 요금의 시가에 비추어 허위임이 명백한 때

3. 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙의 내용이 원재료사용량ㆍ동력사용량 기타의 조업상황에 비추어 허위임이 명백한 때

(2) 부가가치세법 제22조 【가산세】③ 사업자가 제1호 및 제2호에 해당하는 경우에는 제출하지 아니하였거나 제출한 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 분의 공급가액에 대하여 100분의 1에 상당하는 금액을, 제3호에 해당하는 경우에는 그 공급가액에 대하여 1천분의 5에 상당하는 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다. 다만, 매출처별세금계산서합계표의 기재사항이 착오로 기재된 경우(제20조 제2항의 규정에 의하여 제출하는 경우를 제외한다)로서 대통령령이 정하는 바에 따라 거래사실이 확인되는 분의 공급가액에 대하여는 그러하지 아니하다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매출처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 때

⑤ 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 각호에 규정된 금액을 납부세액에 가산하거나 환급세액에서 공제한다.

1. 제18조 제1항 및 제2항 단서 또는 제19조 제1항의 규정에 의하여 신고를 하지 아니하거나 신고한 납부세액이 신고하여야 할 납부세액에 미달하거나 신고한 환급세액이 신고하여야 할 환급세액을 초과하는 때에는 그 신고하지 아니한 납부세액(미달하게 신고한 경우에는 그 미달한 납부세액) 및 초과하여 신고한 환급세액의 100분의 10에 상당하는 금액

2. 제18조 제4항 또는 제19조 제2항의 규정에 의하여 납부하지 아니하거나 납부한 세액이 납부하여야 할 세액에 미달하거나 환급받은 세액이 환급받아야 할 세액을 초과하는 때에는 다음 각목의 금액의 합계액

가. 납부하지 아니한 세액(미달하게 납부한 경우에는 그 미달한 세액)×납부기한의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

나. 초과하여 환급받은 세액×환급받은 날의 다음날부터 자진납부일 또는 납세고지일까지의 기간×금융기관이 연체대출금에 대하여 적용하는 이자율을 감안하여 대통령령이 정하는 이자율

(3) 부가가치세법시행령 제69조 【추계결정ㆍ경정방법】① 법 제21조 제2항 단서에 규정하는 추계는 다음 각호에 규정하는 방법에 의한다.

4. 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 다음의 기준 중의 하나에 의하여 계산하는 방법

마. 일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점(1)에 대하여 본다.

(가) OO지방국세청장이 청구인과 특수관계법인인 청구외법인에 대한 특별세무조사결과 청구인이 OOOO 등으로부터 매입한 원재료를 세금계산서를 교부하지 아니하고 청구외법인에게 넘겨주거나(청구인의 입장에서는 가공매입에 해당함), 청구외법인이 OOOO 등으로부터 매입한 원재료를 세금계산서를 교부받지 아니하고 청구인이 넘겨받는 방법(청구인의 입장에서는 매입누락에 해당함)으로 아래와 같이 철강제품을 가공매입하거나 매입누락하였다고 과세자료를 처분청에 통보하였고,

과세자료를 통보받은 처분청(OOOOOO)은 매입누락자료금액(매입누락자료금액에서 가공매입자료금액을 공제한 금액)에 금속공작물제조업의 부가가치율 35.74%를 적용 매출누락금액을 산정하여 부가가치세를 과세하고, 주소지 관할세무서에 과세자료를 통보하여 처분청(OOOOOO)은 청구인에게 종합소득세를 과세하였음이 부가가치세 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

OOOO O OOOOO OO

(OO O O)

(나) 청구외법인은 이 건과 관련하여 매입누락액과 가공매입액은 관계회사간에 원재료를 매출·매입한 것이 아니라 관계사간의 위탁생산을 위하여 청구외법인이 OOOO 등으로부터 원재료를 매입하면서 청구외법인이 아닌 청구인 등 관계사에 도착되도록 하였으므로 이는 임가공을 위한 원재료 입출고에 불과한데 OO지방국세청장이 이를 원재료 가공매입 또는 매입누락으로 보아 과세한 처분은 부당하다는 심판청구를 제기하였으나 2005. 9. 30. 기각된바 있다.

(다) 청구인이 OOOO, OOOOOO, OOOO으로부터 철강제품 원재료를 매입하고 이를 누락하는 것은 불가능하다 면서 쟁점매입누락금액과 쟁점가공매입금액은 정상적으로 매입한 원재료를 임가공 목적으로 관계사로 출고하였다가 다시 입고된 것이라고 주장하고, 처분청은 청구외법인이 원재료를 실제로 매입하고도 세금계산서만 청구인이 수취하거나 청구인이 OOOO 등으로부터 원재료를 세금계산서 없이 무자료로 매입하였다고 주장하는데 대하여 본다.

1) OO지방국세청장이 청구외법인에 대한 특별세무조사시 청구외법인이 2002년 과세기간 중에 OOOO 등으로부터 주문하여 매입한 원재료 중 청구인에 직접 납품된 원재료에 대하여 청구외법인이 이를 매입하여 관계사에게 매출하고 신고누락한 것으로 보아 이 건 부가가치세를 과세하였음이 OO지방국세청의 과세기록에 의하여 확인된다.

2) OO지방국세청이 청구외법인의 경리직원 등으로부터 징취한 전말서에 의하면, OOOO 등에서 청구인의 담보여력 부족을 이유로 청구인과의 직접거래를 회피함에 따라 청구외법인이 원재료를 매입하여 청구인 등 관계사에게 제공하였고, 원재료 매입대금 결제는 청구외법인의 어음과 관계사의 어음으로 결제하면서 관계사의 어음에 대하여는 청구외법인이 배서하였으며, 추후 관계사는 실지 매입에 따른 대금을 청구외법인의 당좌계좌에 입금하였다고 진술하고 있다.

또한, 청구외법인과 관계사는 임가공계약을 체결한 사실이 없을 뿐만 아니라, 임가공에 따른 수수료를 수수한 사실이 없고, 청구외법인이 원재료를 일괄구매하여 관계사에 제공한 관계로 장부상 과다 계상된 재고자산에 매출을 맞추기 위해 가공매출세금계산서를 발행한 사실이 있다고 진술하고 있다.

3) 청구외법인이 제기한 심판청구(OOOOOOOOOOO)의 결정문에 의하면 “청구외법인이 쟁점원재료를 관계사에게 매출한 것이 아니고 임가공하기 위하여 제공한 것이라고 주장하면서 임가공계약서, 관계사간의 임가공수익정산서 및 관계사별 임가공생산실적합계표, 관계사별 코일입고 및 임가공정산서, 청구외법인의 임가공제품에 대한 매출장을 증빙자료로 제시하고 있으므로 이에 대하여 보면, 임가공계약서 등은 관계사 상호간에 임가공 수수료를 수수한 증빙자료가 없어 이를 뒷받침하지 못하고 있고, 또한 매출장도 그 매출대금이 청구외법인에 입금된 증빙자료 등이 뒷받침되지 않아 청구주장을 입증할 수 있는 증빙자료로 보기는 어렵다”고 되어 있고,

청구인은 쟁점매입세금계산서 상당액이 임가공을 위하여 관계사로부터 원재료를 제공받은 것이라고 주장하면서도 임가공계약서, 관계사간의 임가공수익정산서 및 관계사별 임가공생산실적합계표, 관계사별 코일입고 및 임가공정산서, 청구외법인의 임가공제품에 대한 매출장 등 임가공을 입증할 수 있는 증빙자료로 제시하지 아니하였다.

4) 위 사실내용을 종합하여 보면, 청구외법인의 직원들이 청구외법인과 청구인 등 관계사가 임가공계약을 체결하거나 청구외법인이 청구인 등 관계사에게 쟁점원재료의 임가공료를 지급한 사실이 없고, 또한 청구외법인이 원재료를 공급받지 아니하고 매입세금계산서만 교부받은 관계로 장부상 원재료 대비 매출액이 적어서 가공매출세금계산서를 교부하였다고 진술한 점과 청구외법인이 관계사에게 임가공 목적으로 쟁점원재료를 제공하였음이 객관적인 증빙자료에 의해 뒷받침되지 않는 점 등에 비추어 볼 때, 청구인이 쟁점가공매입액과 쟁점매입누락액된 원재료를 관계사간에 임가공을 위하여 제공받거나 제공한 것이라는 청구주장은 받아들일 수 없다고 판단된다.

(2) 쟁점(2)에 대하여 본다.

(가) 부가가치세법 제21조 제1항에 사업장 관할세무서장이 사업자의 부가가치세 과세표준과 납부세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙을 근거로 하여야 하나 과세표준을 계산함에 있어서 필요한 세금계산서ㆍ장부 기타의 증빙이 없거나 그 중요한 부분이 미비한 때는 추계에 의하여 경정할 수 있도록 규정하고 있고, 같은 법 시행령 제69조 제1항 4호 마목에는 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 “일정기간동안의 매출액과 부가가치액의 비율을 정한 부가가치율”에 의하여 추계결정 할 수 있도록 규정하고 있다.

(나) 청구인의 경우 2002년 1기에 3,809,299,915원, 2002년 2기에 2,741,459,475원, 합계 6,550,759,390원의 원재료 매입누락액이 있었으나, 매입누락에 상응하는 매출액에 대한 장부기록이나 증빙이 비치·기록되지 아니하여 처분청이 매입누락액에 대하여 부가가치세법 시행령 제69조 제1항 4호 마목에 규정하는 국세청장이 사업의 종류별, 지역별로 정한 부가가치율을 적용하여 국세청장이 고시한 2002 과세연도의 구조용 금속판 및 패널 등의 구조용 철판 가공제품의 부가가치율 35.74%로 매출누락액을 산정하여 과세한 처분은 잘못이 없다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.